XLOC_006283 (CU570781.3)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_006283
gene name CU570781.3
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007124.7
NCBI id CM002897.2
chromosome length 52186027
location 50481817 ~ 50517225 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00012279
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>TCONS_00013435
TGCACAGAGACACACAGGACAAGACCGAGCTtgtgtccggactctgccaccaaagaAATCACAAGACTAGAGTGGCAGTACCCTGACATTAGAGGCatgatatattcacacactgctgagacacaactgtgtttaagccCCTTAtagaagtgatttttgcataatagctcccctttaaagtTGTTCATGTCTTTTATAGGGGTCTGTATAGCCAACATGAATGGGGTCAATGCCAACCCTCACACTCAGGTTGAAAAGGAGGAAACGGGCATTTGGCACAAACGCCTGCGTCTCAGGAAAACCTCCTTTTCTGATCAAAACACTGTGAAGGAGGAGAACAATGTTACTACATGTGAAGAGAAAGCAACAGGGGAGTCCAAGAAACGAGCGCTGAACACTTTCACCTGCTCCACATGCAACGACGGCATCTCCTTTAAACCTGGAGAATTAATCACGCACTTTAAGGTCATCCATGGAGGCGAAGGAAACCCACCGATGTTTCCATGCAGCATGTGTGATTTCTCCACATCAGTGTTTATTACGCTTCAGAAACACCGAATGAAACACAAGGACTGTTTGTTTACTTGTGATAGTTGTGAAGATGACGTTCAGCAAACATTGCCTCAACTAATCAAACATATTCAAACACATCACTCCCTCGATGGCCAATTCTACTGTACCAAATGCAAACTCTCTATGCAGGAAATTGAGCAGTTTGTGTGTCATTCTTGTCCACAACCAGTCAAAAGCAAGCATGAAGAAAGCATCACTAATGGTGTGAAGTTGGAGACGCCACAGAAAAACGATCTCCTACAACACATGGCTGCTGCGTGTCGGCGAAAATGGAGCCgaagaaattggtggaaaaagcGAGAATCTTCTTCAAAAGAAGAAAACAATAACTTATCCCAGGAGTTGAAGCTTCTGCATCCTAAACCAGAACCCAAATGGCCGTCCACTTTACTGGACACCAATGGCATCTTAGTGGATCCAGAGAAGACTTTGGAAGAAACGAAGCAGTTTCTTGAAAGAACGGTTGTTAGTGGTAAGAAGTGGAGCATGTCTCTAAAAGATGAGCAGGACTTTGCTCCCCCACATTTAAATGGGATAAACCATTGGCGTGTTGGGAAAGATAAGATATCCGGACTGATGGAGAAAAACAATATAACCGTTCCCCCAGATTGCACTACGAAAGTGGTCGGATTCAAGATGGTGGACGGCAAAAAGCATTTAGTCCTCAGAGTCATTCCTTCAGACAAGCAAGATGAGGCGTTCAGATCTAACACTGtgaaaccaaccaatcaatcttCGGTTGAGCCAAACGACACTGTTAAAGCTTCAGGAAACTGTTCTCAGGGGACTCCGGAAAGGATTTTATCCCCGGGACGATGTGCAACTCAACATAGCATTTCATCGTCAGTGATTGAGAGATGTAATAGCCAACAACAAGATGTCTACGATAACCGGGACTTCAATAACCTCCAACATAATCCAGTCAGAAAGACCAAAACAACCAATCTACGGCAAGAAAAGCCTCTCAGTGGGTCAGAGCAAAACTCTAATGAGGATCTGAGCTCTGATGTGGGATCTGCGCAAGAGAAACGCGACCTGGCattggatccaaatgcagatcTGTGCTCCACTTTTGGGTTTGATTGCATTAGTCCATCTTTGAATAACCTGAGCGAGTCATTGTGTGGTTTTCAAAGTGCAGATGGAGGATTGTTATTCCACAGCGAAAGCACAAACAACTGCGACCCCAGAGAGGCTGCTGTGTTCCCGGTGGGTCAGTATGACTGCGAGAGGGAGAATCTGTGTGTTTCAGAGCTGAATCAGACGGTGGAGGAGCTGCCTTTGACTACAGTCAGACACTTACTGGATGAGTCTTCAAGTTCGGATGAACCACAGAGAGACTCAGCATGCACTGGAGGAACAATCGAGCGACATGAGCCAGAAAACACCAGCATCATCTTCTCTGAGGATTCAGACTCGTCCACAACTGTTCCTGAGTCAGCCGCCGGCTCCATTTCATCACTAAACAGAAAGCGCATGGGAGAAGAATCCTCAACAGACTCCCAACAACAACCCGTCAGTAAATCCCCAAAGCCATCCATTCTCCATTGGGAACCGGCGTCTCGAGACACTCCGACAACCCTTCGACTGATTCCCTTCAATTCCACACAATCCCTCAAAATCCCTGCTGAGAACCAACCCGTTATAGTCCTCAACCATCCAGATTCTGATATCCCCGAAGTGACGAACATCATGAAAGTCGTGCACAAACACAAAGCTGCGATCCAGCGTGTGGTTTTGTCTCGTAAAACTCTCCGTGCGCTGTCGGAGTTTAATTGCAATGCATTCATTTCAACGAATCTCCTCACCAGTTATCACTATAGGAGGGAATGGCCAAATAGCAGCGTTAAGGAGAGATTCAGCTTGAAACTGAGACTCAAAAGAGTGCGTGGAAGAAAGTATACCGTGGTGCCGACGCTATCAGAAAGCGCTGTTCTGCAGCCGACGTTCACATGCTGGTTTTGCGGGCGTGTTTTCAGGAATCAAGAAGCTTGGGTTGGACACGGACAGAGACATCTGACTGAAGCCACCAGAGGCTGGAAGCAGATCTTCAACACATAGAAGACCTGAATCAGAGAGTTAGACGTTTATAAATGCAGTGAGAGCTAAAATCAGGGTTACTATGCTAATCTCAGGGCGAGAAAATGTGCAAATGTCAGGATCTTTATTTTAGTGTTGCAAAAAAAGagcttgtttctagtccaaatatcaaaacattctCATTTTTATACAAGCAgttaatattgtgttgttttctgaagtgatgagtcaaaatgaagtgagttttgcattaaaatgagctaaatagTCTTCCATTAGGGTAAGCAAAATAGTCTTATGTCAAAAAGAAAACTAGATTCTTttactcaccccattggcagattattttgcttgttttaaggaaaaactcacttaattttgactcattatttatgaaaacaacacaatatgttCTGCTTGTCTAGTAAATACTTCTTGATTGAAAGAGTTTTAGGTATTTGGACTGGAATCAAGCTTTATTTGCAGTGTTTATAATAACACAATCGCTTAAAGGCATTTAGGCTGGAAATTGATATGACTGAATAATTATATTGTCGagaatgcattatttattttcactatcGCTTTATTTTTGACtgtcattttgacacattttgctGACTACAAGTTATAGTGCCAGCTATTTCTTGTTGGAATATTAGCAGATAGTTTGCTTATTGTTTGCTGATATTTCTTATCTAACACACATCCTGCTTATTATAAGAaacattgcaagtacatgtcaatgtATAGTAATCCCAACgcttcaatgcaaaaaaaaaagactttgtttttgtctcgtttgaatctaaaaagtcttaaatcaagaagcattttctagatgagctaaaaatattgtgttgtttttagaaatattaagccaaaatgaagtaagttttgcagtaaaacaagcaaaataatctgccattaggttaaacaaaacaagcattttgaaataagactattttaaggaaaaacttgcttaattttgaCTCCTTATTTCTGCAAACATGACAATATTTTCtgcttgtctggaaaatgcttcttgatttaaagagTTTTACATATTTGGACCGGAATCAAGCCTTATTTTGCAGTGTTTATAATAACACAATCGCTTAAAGGCATTTAGGCTGGAAATTGATATGACTGAATAATTATATAGTCGAGAATGCATTAATTATTTTGCCTATCGCTTTATTTTTGACTgtcatttttaagcattttgctgACTACAAGTTATAGTGCCAGCTATTTCTTGTTGGAATATTAGCAGATAGTTTGCTTATTGTTTGCTGATATTTCTCCTCTAacacacatcttgcttattataagaaacattgcaagtacatgtcaatgtATAGTAATCCCAACgcttcaatgcaaaaaaagactttgtttttgtctcttttgaatctaaaaagtcttaaatcaagaagctttttctagacgAGCTAAAAATACTGTTGATTTCAGAAATAAGGAGCCAAAATGAAGTAAGTTTtgcatttaaacaagcaaaataatctgccattaggctaaacaaaataaacttatttctgaaaacatgacattattatttgcttgtctagtaaatgcttcttgatttaaagagttttagatatttgtacCAGAATCAAgctttattttgcagtgtttatAATAACACAATCTCTTAAAGCCGATTAGGCTGGTAATTGATATGACTGAATAATTATATACTCGagaatgcattatttattttgcctATAGCTTTATTTTTGATGCTCCTTTTACACATTTTGCTGACTACAAGTTATAATGCCAGCTATTTCTTGTTGGAATATTAGCAGATTGTTTGCTTAGTATCTGTTGATATTTCTCTATTAACATTCTCCTGATACAAAACATTTCAAGTACATGTAAATTAATACttaattcataaaaacatgataTATTGACTTAAAAAGCAGCAAGCGCTTACTAAAATCAGGGTTTCTGTGCTAATCTCAGGGCGAGACATGTACATGTGCAGATGTGAGGAGCTTTGAGTTACATTCTTCACTGTAAAACAGGCTTTGCTCATCTAAAGTCTAgcacaaatatctaaaaaactcttaaatcaagaagcattttctagatgagctaaaaatattgtgttgttttcagaaataatgaggaaaaatgaagtgagttttgcatcaaaacaagcaaaataatctgccattagGCTAAACAAAACAgtcttatttctgaaaacatgacaatattctttgcttgtctagtaaatgcttcttgatttaaagagttttagatatttggaccagaatcaagctttattttgcagtgtttatAATAACACAATCTCTTAAAGCCGATTAGGCTGGAAATTGATATGACTGAATAAT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Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000117342

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00012279 False 7630 lncRNA 0.37 4 50481817 50517225
TCONS_00013435 True 7361 lncRNA 0.36 4 50499520 50517225

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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XLOC_006281 NA coding upstream 27117 50451904 ~ 50454700 (+)
XLOC_006280 NA coding upstream 91407 50383914 ~ 50390410 (+)
XLOC_006279 cox5b2 coding upstream 103779 50375800 ~ 50378038 (+)
XLOC_006278 dnajc12 coding upstream 108796 50368668 ~ 50373021 (+)
XLOC_006285 NA coding downstream 3400 50520625 ~ 50521600 (+)
XLOC_006286 dre-mir-202 coding downstream 85414 50602639 ~ 50602714 (+)
XLOC_006287 dntt coding downstream 260962 50778187 ~ 51021871 (+)
XLOC_006288 CABZ01077016.1 coding downstream 276531 50793756 ~ 50793872 (+)
XLOC_006289 CABZ01083953.1 coding downstream 483834 51001059 ~ 51001178 (+)
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XLOC_006275 NA non-coding upstream 655919 49825560 ~ 49825898 (+)
XLOC_006290 CABZ01078666.1 non-coding downstream 585519 51102744 ~ 51102859 (+)

Expression


Co-expression Network