fubp1 (fubp1,LOC107681766,LOC107703234)


Basic Information

Item Value
gene id fubp1
gene name fubp1,LOC107681766,LOC107703234
gene type coding
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056700.1
NCBI id CM032069.1
chromosome length 25613461
location 1006589 ~ 1015386 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

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tgttaaacaGAGTTGCTTTAAACCTAGTCTTTATCCATTGCTGCATATCGTTTTGTATGCATGCAAGATGTTTCCTTTGAGCAAATTGTTCACAACAGAATTCGTGGGGGTCTAAAAACGAAGAGAAAATCGGAGGCTATCTGAGAAATTTGGAGCATGCCTTTGAGGTAAAACTATCATGAACTGTTAAAAGTTGTTGAATGTAATTTTGATTTTTGCTGAAACTTGTTGGTCTGAAATGTTAAAGACTGTTGCCATTGTCATCAATAAAATTGTAATCATTAAAATTGgctttaagatttt
>XM_043257365.1
CTGCAGTCAGTTTCCTTCATCACTCTCGCGCGTACGGCCATCTTCCTTCAGCTCGAGAAGATAGTTTCTGCAGTCATGGCCGACTACTCTAGCGTGGCTCCACCGTCCTCAAACGCCGGTGGAGGAATGAACGATGCTTTTAAAGACGCCCTTCAGAGAGCCAGACAAATTGCTGCAAAAATAGGAGGTGATGGTGTACCCCCCTCTCCAGTATCCAATGAGTTTGGTTATGGAGGACAGAAAAGACCTCTTGAAGATGGCGATCAACCAGAAACAAAGAAGGTTCCACCAAGCGATCCTTTTTCATCTGTAATGGGAGGCATGGGTGGCCCACCAAGGACCTTATCAGAGGAGTTCAAGGTTCCTGATGGCATGGTTGGCTTCATAATTGGAAGGGGAGGAGAACAGATTTCAAGAATACAACAGGACTCAGGTTGCAAAATACAGATTGCTCCTGACAGTGGTGGCATGCCTGAGAGGTCAGTGACATTAACGGGCTCACCTGATTCAATCCAGACTGCAAAGAGGTTGCTCTCAGAGATTGTAGAGAAAGGTAGACCATCTCCAGCATTCCACCACAATGATGGACCAGGGATGTCTGTTCAGGAGATGATGATCCCTGCCTCCAAAGCTGGTCTGGTCATCGGAAAAGGAGGAGAAACTATCAAACAGTTACAGGAACGTGCAGGGGTCAAAATGGTCATGATTCAAGATGGACCCCAAAATACAGGGGCTGATAAACCACTTCGAATCTCTGGCGATCCTTTTAAAGTCCAgCAAGCTAAAGACATGGTGATGGATCTGATCCGAGATCAGGGTTTCCGGGAACAGAGAGGAGAGTATGGTTCTAGAGTGGGCGGTGGAGACAGTCTGGATGTTCCCGTGCCAAGGTTTGCAGTGGGGATTGTGATTGGCAGGAATGGTGAAATGATCAAGAAGATTCAGAATGACACTGGTGTGAGGATTCAGTTCAAACCAGATGATGGCTCCACACCAGAGAGGATCGCTCAGATTATGGGGCCTCCAGACAGGTCACAGCATGCAGCAGATATCATATCTGACCTGCTGAGAAGTGTGCAGGCCGGGGGCCCCCCTGGTCACGGGGGCAGAGGGAGGGGCCGTGGACAGGGAAACTGGAACATGGGCCCTCCTGGAGGCCTGCAGGAATTCACTTTCACTGTGCCTACCATGAAGACAGGCCTCATTATTGGCAAAGgCGGTGAAACCATTAAGAACATCAGCCAGCAGTCAGGAGCCAGGATAGAGTTACAAAGAAACCCTCCACCTAATTCAGACCCTAATATAAAGATCTTTACAGTCCGTGGATCACCCCAACAGATTGATTACGCCAGACAGTTAGTCGAGGAAAAGATTGGAGGTCCAGTTAGCCCTATGGGTGGTCCTCATGGTCCTCCTGGGCCCCATGGAGGTCCTTCTCACGGCCCTCCCGGTCCACCAGGACCACCTGCTCCCATGGGCCCATACAACCCTGGGCCCTATGGTCAGGGCCCTCCTGGACCACATGGTCCCCCAGCACCATACCAGCCTCAAGGCTGGGGCAACGGATATCCTCATTGGCAGCAAGGACAGCCAGATCCCAATAAAGCTGCAGCTGATGCTAATGCTGCCGCATGGGCAGCCTATTATTCTCAGTACCAGCAGCAGCCCCAGGGCCCCATGACACCAACGTCGGCAGCCCCTGGCACATCCCAAACCAATGGACAAGGTCAAGGACAGCCTCAGCAGGACTACACAAAGGCATGGGAAGAGTACTATAAGAAACAAGgtcAAGCTGCACCTCAGGCGGCTGCAGCGGCAGCGGCGTCTCAGCCGGGAGGTCAGCCAGATTACAGTGCAGCGTGGGCAGAATACTACCGCCAGCAGGCAGCTTACTATGGCCAAGGCGCCCCTCAGGCGATGGGAGCTGCACCCCAGGCTCAGCAGGTACACTCCCATTAAAACACTCGGCTCTTTGCCTTTTGCTCTCTTCACTTGATGTGCATGTGTACATGTCCCCtccccctttctttttttccccccataaCATTTACTTCGACAGGTTCAGCAGGTTTCCAGAAGAGTCATCGATACGACACATAACCAAACTCTTTCCTCCTCAAACaggctttttatcttttttttttgggagggtGTTGGATAAATGTTTCTGCTCTTAACATGTTGTGTATTTCTTATGTATTTCTTCTGCACAGGGCCAGTAATGTGAAGTGGACATAAAGTAAATGCTACATTGTCAGAAAAAACCTTTGTTAAATGTTTGGATGCAGACGCCATGATGAAGATCTTTATTTCATTGGTTTGAGTGTTTAAGCTAGATCGCAGACCAGCTCCAAAGtcaagtataaatatatatatatataattttttcctttttgttttgccACTCTTGTAAATGAACGGTTTGTTTTTAGTCAGGTAATTTTGGTCATTCCAGCTCCTGTATCTCCTGTATTTCATGTAGTTCTGAGACTAAACTTTAGTCATTTTCCATGTAAATCATCTCAGTTTTAATATGATATGCCTGTTGTGTTttgcaataaaacaatgaaacctCCTGTGTTGGTAAGTGGGGTGCAAAAGTGgggaatgttttgtaaaaatttaatttcctgTTTTGGATATTGGGGGTGGTATGCAGATTTCCGGAACAAAAATGttgctcttgtttttttttttttttagtttttttttttcttctttcaactGTCTTATTACCCTTGATTTTTAGTTTGATTCCTGGTCTATTTTAAAGTCACAAGTAAGAGATCATTGATCATTTGACATTGCTTGTTTGACACATGGACAGCTCTGTTTttatgctgcattttttttaactggtcATTGCTGTGGATGTAGGTGTAGGCAGGTTATCTAAGGCAAGGTGGCTTGGTGTTGGCAAGGTATGTGACTCATGCAATAACTCTTCAGTGCTGTAGTGTTGCTCATTCTTGTATTGCATTTTTACCTGGTTTGTTGAGGTAGTGTGCACTGTTAATGAGAGACATTTCCTCCCTCACAGGCAAGATTAGGAAGGCGGTAAGCAAGTATGCGTCTTTACATAAACTGTTCCTTTTTATATTGTGACTGCGATCATGTTGCAAGTATTTTAGTTTGTTCTCCAAGTTTGCTGCTTTTTTACAGGGCAGGTCAAGTGTTCTGATCAACAGTTATGTCTTGCGAAATTACTTGTCCCCATCCTATATTTTACATGTCTAAAATCGacaaattgtgtatatatttctacCAATATTGCTGgcattttaaaaaccattttgaTACGATTAAAAAAAGCTCGAATGCGAACATGGACTACTTTTTTGTCTGCCCCATTGTCTAAGCATTCCTCCAATATAGGCCTATAGGTTTTTGGAGACTCTGGCCTCCTTCACCAGTGAAATGAGCTCTCCACTGTAAGTACAAAATGTACATGATTTTGCGGCCCAATTTGTTTTTTGCTGTCAATGCATTGTCTTTGACCGAATGAAACGCAATGTATATAAATCGCTAAATGTTGCCCTTTTTTGGGTAAGTATGTCAGGGCTGTAATTTTGATTTGACATGTTCAAGATAATAATGACCTGACCCTATTTCACATTGGACTGTTACTTTTTTTGCCATAACAGCATTGTGTGATATTTACAAATTGAGACATTGCCATGTTGACACCTGCTTTAGTCATTTAAGACTTGTCTCTCAGACTTCTCCTATGAAACTGTGAACTGTACCACTGTGCTCAAGTCAGTCCGTCTGTAGGCACGGCAACTTTTTCCATCTGCGAATGTGTGGTTTAACATTGACTAGACATGTAAATTGTCTTTTTGTGAATTGACAAGTGTTTCATATGCTGCATAGCCCATTAAGACCGTCAGCAAATGGCCTCTTTCAAATGTTAATTAGTATTAATGTCCTATTTCTAAATCTGTGCCTGACCTGTTTGTGATTAAGGTCATTGAGGCTGTCGATTTgatgcaagttttttttatttcgacTGTTCATTAGTGAGCAGTGCAATGTCTAATCTTGCAGTGTCATCCCTGACCTTGCACCTTAGGTTCTGCAGCAATAACACAGGTAAGAGTATCCTAAGAAATTGAACCTGTGATCTAGTGTAATGCTTTTCACCTTTGAAACTGAGGTCAATTTGTGCCGCTGTTTAAATGAAGGATGTCTCTCATAGTAGATAGACTGACGTACATCACATGTCAGAATTAAGATCTCTTAGACgtatgtattctttttttttttccatatgaaTTGCATGGCCTTGACCTGTAGTTCACAAATGTTTTCCTCTGTTGAAATCTAACTagaattatgctttttttttttttttttctaattgaaACAAATGTGATTTTGATTTGCTCATTTGTTAGCTTCCTGGTAAGTCTGTTTAGTGTGGTTCTGTTCTACTCTTACACAATGCATGCAGATGCAAAATGATCCAGAGTTAGCTCTATGAATGCACTCACTGATAAATGAcgtatactgtatgtatgctCATGTTTCATTGGTTTGCAAGCTTTCTTGTTGCCCCTCTGTAGTGCTAATGTTTGTCCCACATTGCTGCCTTCATTCTCACTCACAGTGTTGAAGATGCTGCAGGCGTAGTTCGTAGAATCAGGTCCTGAGCTAGTTTGTCCGTAAGGAGGAATCCTTTGAGTCTGTCCCTCCGCTGAACGTAGACTGTTCAAGGGCTCCAATTATAAGGTAAAAACAAAATCCTGAGGAATCTGTCATTGCAAAGTCAATGTTATTGTTAGTTTAGGGTGATGCCAGTTAGCTTTGATTATAGAAATGTAGTTATATGCCTCTGTATTATTGGTTGACTAATGGTtctatgaaatgttttgagtACATTCTTTGCCTTTTGTTGATAAGTGTAGGGATTTTATGTGCATCAATGCTGTACAGGTGGACCATGAccaggaactttttttttcttttcagtagaCATTTGCCAGgctggtttttgtttgttaaacaGAGTTGCTTTAAACCTAGTCTTTATCCATTGCTGCATATCGTTTTGTATGCATGCAAGATGTTTCCTTTGAGCAAATTGTTCACAACAGAATTCGTGGGGGTCTAAAAACGAAGAGAAAATCGGAGGCTATCTGAGAAATTTGGAGCATGCCTTTGAGGTAAAACTATCATGAACTGTTAAAAGTTGTTGAATGTAATTTTGATTTTTGCTGAAACTTGTTGGTCTGAAATGTTAAAGACTGTTGCCATTGTCATCAATAAAATTGTAATCATTAAAATTGgctttaagatttt

Function

symbol description
fubp1 Enables mRNA 3'-UTR binding activity. Acts upstream of or within regulation of gene expression. Predicted to be active in cytoplasm and nucleus. Orthologous to human FUBP1 (far upstream element binding protein 1).

NR:

description
unnamed protein product

GO:

id name namespace
GO:0003723 RNA binding molecular_function

KEGG:

id description
K13210 FUBP; far upstream element-binding protein

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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XM_043257365.1 False 5301 mRNA 0.43 18 1006589 1015386

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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LOC122328985 NA coding upstream 368322 1383708 ~ 1383784 (-)
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G8439 LOC107722542 non-coding upstream 294559 1309945 ~ 1310291 (-)
G8443 NA non-coding upstream 317459 1332845 ~ 1333104 (-)
LOC122325167 NA other downstream 402645 119350 ~ 603944 (-)
dipk2aa dia1a,LOC107681802,LOC107599840,LOC107722302,LOC107565821,LOC108437525,LOC108268022 other upstream 164559 1179945 ~ 1202987 (-)
mfsd8l2 si:ch211-38m6.6,LOC107681768,LOC107656858,LOC107565819,LOC107722537,LOC107599859,LOC108437504,LOC105026921 other upstream 316044 1331430 ~ 1337998 (-)
colgalt2a LOC107593860,LOC107681694,LOC107715500 other upstream 510362 1525748 ~ 1532557 (-)
gng5 NA other upstream 906909 1922295 ~ 1940721 (-)
slc1a7a slc1a7a,slc1a7,LOC107722044,LOC107671767,LOC107681716,LOC107593788 other upstream 1001022 2016408 ~ 2038705 (-)

Expression


Co-expression Network