LOC122325550


Basic Information

Item Value
gene id LOC122325550
gene name NA
gene type misc
species tiger barb (Puntius tetrazona)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056718.1
NCBI id CM032087.1
chromosome length 27616869
location 3968763 ~ 3975258 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome

Sequence

>TU200727
GACCGCATTTGTTTCTCTCCTTCTTTTCTGTGATTGGATAATTTTAGTGACgtcttttctgttattatttgctgctgttttttattaggtttcttTATTGGTTCGCCTGACCATCTGGGAGGATCTGGATGTCCAATCAGGAGCCGCGATGCAGAATTTAAATGGAATTGGTGTGCATGTTTCGGAAGGGCGGTGGAGTTGTGGCTAGCTTCACCGTACCTCATTTGTGCTGTGGTTTTCTTTTGAGTACTGTAATCGAACAAACTGAGATGAGTTAATTTAATCGAGAGAAGAGGGAGTTAGTGATGTCACGTGACGTACATTTCCCCAACACGTAGGTGTACCTATGTTTAACTCACTAGTTTAGGAGCGGgtgctgtttgtgtatttatgtttcagctagggtagtttattatttgttttctttcttttcagttagGTTAGAGGAAAAGGGGGATTTCAGTtagtattgtatgttttgttaatttcttttatttagcaccgctcgtttctttttcttctctctgtttgtttccGTTTGTACAacctgtatatatgtatatatatattgactcaCTCACGATCAGATTGCTTTTGGCAAGAGCCAGTTAATAAAGCGAACCGCGAGGTTTGTAGTAAAAATCTcggattgttttggtttctttcttcttccccGTTCTCGGATGTTATTCAAAAGGTTTATTTCTCCCGGTTATGTGCGTCCTTATTTTCCCTAGAC
>XM_043220590.1
ACCGCATTTGTTTCTCTCCTTCTTTTCTGTGATTGGATAATTTTAGTGACgtcttttctgttattatttgctgctgttttttattaggtttcttTATTGGTTCGCCTGACCATCTGGGAGGATCTGGATGTCCAATCAGGAGCCGCGATGCAGAATTTAAATGGAATTGGTGTGCATGTTTCGGAAGGGCGGTGGAGTTGTGGCTAGCTTCACCGTACCTCATTTGTGCTGTGGTTTTCTTTTGAGTACTGTAATCGAACAAACTGAGATGAGTTAATTTAATCGAGAGAAGAGGGAGTTAGTGATGTCACGTGACGTACATTTCCCCAACACGTAGGTGTACCTATGTTTAACTCACTAGTTTAGGAGCGGgtgctgtttgtgtatttatgtttcagctagggtagtttattatttgttttctttcttttcagttagGTTAGAGGAAAAGGGGGATTTCAGTtagtattgtatgttttgttaatttcttttatttagcaccgctcgtttctttttcttctctctgtttgtttccGTTTGTACAacctgtatatatgtatatatatattgactcaCTCACGATCAGATTGCTTTTGGCAAGAGCCAGTTAATAAAGCGAACCGCGAGGTTTGTAGTAAAAATCTcggattgttttggtttctttcttcttccccGTTCTCGGATGTTATTCAAAAGGTTTATTTCTCCCGGTTATGTGCGTCCTTATTTTCCCTAGACCATCACACCAATAGGGGGCGTAACATAaatgggggctcgtccgggatacaTGTCCATGTCCGGTTGCTTGGGAGGTCCTTCCTGTTTACTCTGAGGACGGTGTTGGATTGAATTGAAACGTGGATCGTGTTTGTTGGGCCTGGTGTTGTGGCTGCATCTTTGAATACTGTACCGGCCAAGATCAATGGGGAACGGTTTAGAGAAAAACGTGAGTGTTTTTATTGCCATAAAGTAGGTCATGTCATTGCTGACTGTATGGtattaaagagaaaatcaaATCCGGTTAAAACGCAGTCAGTAGGTCTTATCAAAACTTCTTTAGTACAGGCTGATTCAGGGTATGAACCATTTTTGTTAGATGGTTTTGTGTCTTTCAGTGGTCAACTTGAGGACCGAGTTGCAGTGAGAGTGTTGAGGGACACTGGTGCTGCTCGCTCGTTGATACGCGGTGATGTTTTGCCTTTCTCCAAGGAGTCTGGTTTGGATTCCAGCATTTTAGTGCAAGCAGAATTGACTCAGAGATTTCCAGAAGTTTTCCCAGCGTGTGTCCTGACTCGGTCTCAGACGAAGAGGATGGGAACGGAGTTTACACTAGATGACACCTTCATGTGCACTGATCATCCAGTTCAAGTTGATGTGGAGTCTGTCAGTGTCAAAGAGCATCCATGCCAGGAGTCAGAATCAGAACAGAGGTGGATGCTAGTGCCGTTGGAGCTGGTGCTGTGCTCTTACAGGAAGATAAAGAAGCATTTCGAAGTTTATGTGGGGTCTACCCCATATCAAGTGATAGTGTATACAGATCACAATCCCCTTACCTTCTTGTGTCGAATGTACAACCACAATCAGCGGCTTATGCGTTGGGCTTTAATTGTCCAAGATTACAACCTGGAAATTCGGCACAAGAGAGGCACAGATAACGTGGTAGCTGATGCTCTTTCTAGAGTTTAACAAgtttcttTATTGGTTCGCCTGACCATCTGGGAGGATCTGGATGTCCAATCAGGAGCCGCGATGCAGAATTTAAATGGAATTGGTGTGCATGTTTCGGAAGGGCGGTGGAGTTGTGGCTAGCTTCACCGTACCTCATTTGTGCTGTGGTTTTCTTTTGAGTACTGTAATCGAACAAACTGAGATGAGTTAATTTAATCGAGAGAAGAGGGAGTTAGTGATGTCACGTGACGTACATTTCCCCAACACGTAGGTGTACCTATGTTTAACTCACTAGTTTAGGAGCGGgtgctgtttgtgtatttatgtttcagctagggtagtttattatttgttttctttcttttcagttagGTTAGAGGAAAAGGGGGATTTCAGTtagtattgtatgttttgttaatttcttttatttagcaccgctcgtttctttttcttctctctgtttgtttccGTTTGTACAacctgtatatatgtatatatatattgactcaCTCACGATCAGATTGCTTTTGGCAAGAGCCAGTTAATAAAGCGAACCGCGAGGTTTGTAGTAAAAATC
>XM_043220591.1
ACCGCATTTGTTTCTCTCCTTCTTTTCTGTGATTGGATAATTTTAGTGACgtcttttctgttattatttgctgctgttttttattaggtttcttTATTGGTTCGCCTGACCATCTGGGAGGATCTGGATGTCCAATCAGGAGCCGCGATGCAGAATTTAAATGGAATTGGTGTGCATGTTTCGGAAGGGCGGTGGAGTTGTGGCTAGCTTCACCGTACCTCATTTGTGCTGTGGTTTTCTTTTGAGTACTGTAATCGAACAAACTGAGATGAGTTAATTTAATCGAGAGAAGAGGGAGTTAGTGATGTCACGTGACGTACATTTCCCCAACACGTAGGTGTACCTATGTTTAACTCACTAGTTTAGGAGCGGgtgctgtttgtgtatttatgtttcagctagggtagtttattatttgttttctttcttttcagttagGTTAGAGGAAAAGGGGGATTTCAGTtagtattgtatgttttgttaatttcttttatttagcaccgctcgtttctttttcttctctctgtttgtttccGTTTGTACAacctgtatatatgtatatatatattgactcaCTCACGATCAGATTGCTTTTGGCAAGAGCCAGTTAATAAAGCGAACCGCGAGGTTTGTAGTAAAAATCTcggattgttttggtttctttcttcttccccGTTCTCGGATGTTATTCAAAAGGTTTATTTCTCCCGGTTATGTGCGTCCTTATTTTCCCTAGACCATCACACCAATAGGGGGCGTAACATAaatgggggctcgtccgggatacaTGTCCATGTCCGGTTGCTTGGGAGGTCCTTCCTGTTTACTCTGAGGACGGTGTTGGATTGAATTGAAACGTGGATCGTGTTTGTTGGGCCTGGTGTTGTGGCTGCATCTTTGAATACTGTACCGGCCAAGATCAATGGGGAACGGTTTAGAGAAAAACGTGAGTGTTTTTATTGCCATAAAGTAGGTCATGTCATTGCTGACTGTATGGtattaaagagaaaatcaaATCCGGTTAAAACGCAGTCAGTAGGTCTTATCAAAACTTCTTTAGTACAGGCTGATTCAGGGTATGAACCATTTTTGTTAGATGGTTTTGTGTCTTTCAGTGGTCAACTTGAGGACCGAGTTGCAGTGAGAGTGTTGAGGGACACTGGTGCTGCTCGCTCGTTGATACGCGGTGATGTTTTGCCTTTCTCCAAGGAGTCTGGTTTGGATTCCAGCATTTTAGTGCAAGCAGAATTGACTCAGAGATTTCCAGAAGTTTTCCCAGCGTGTGTCCTGACTCGGTCTCAGACGAAGAGGATGGGAACGGAGTTTACACTAGATGACACCTTCATGTGCACTGATCATCCAGTTCAAGTTGATGTGGAGTCTGTCAGTGTCAAAGAGCATCCATGCCAGGAGTCAGAATCAGAACAGAGGTGGATGCTAGTGCCGTTGGAGCTGGTGCTGTGCTCTTACAGGAAGATAAAGAAGgtttcttTATTGGTTCGCCTGACCATCTGGGAGGATCTGGATGTCCAATCAGGAGCCGCGATGCAGAATTTAAATGGAATTGGTGTGCATGTTTCGGAAGGGCGGTGGAGTTGTGGCTAGCTTCACCGTACCTCATTTGTGCTGTGGTTTTCTTTTGAGTACTGTAATCGAACAAACTGAGATGAGTTAATTTAATCGAGAGAAGAGGGAGTTAGTGATGTCACGTGACGTACATTTCCCCAACACGTAGGTGTACCTATGTTTAACTCACTAGTTTAGGAGCGGgtgctgtttgtgtatttatgtttcagctagggtagtttattatttgttttctttcttttcagttagGTTAGAGGAAAAGGGGGATTTCAGTtagtattgtatgttttgttaatttcttttatttagcaccgctcgtttctttttcttctctctgtttgtttccGTTTGTACAacctgtatatatgtatatatatattgactcaCTCACGATCAGATTGCTTTTGGCAAGAGCCAGTTAATAAAGCGAACCGCGAGGTTTGTAGTAAAAATC

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU200727 False 739 lncRNA 0.39 2 3968763 3975258
XM_043220590.1 True 2245 mRNA 0.42 6 3968858 3975257
XM_043220591.1 False 2041 mRNA 0.42 5 3968858 3975257

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
tshr LOC107728338,LOC107549347,LOC107657214,LOC107681439,LOC107742823,LOC107569215 coding downstream 421559 3537873 ~ 3547204 (-)
LOC122324861 rhob,LOC107730407,LOC107704819,LOC107569216,LOC107549346,LOC107657220,LOC105907285,LOC103025336,LOC106607565 coding downstream 495358 3471994 ~ 3473405 (-)
LOC122324803 rev3l,LOC107675651,LOC107705450,LOC107712405,LOC107676701 coding downstream 748214 3196313 ~ 3220549 (-)
LOC122324357 tshr,LOC107657214,LOC107728338,LOC107569215,LOC107681439,LOC107549347,LOC107742823 coding downstream 789481 3132081 ~ 3179282 (-)
rev3l rev3l,LOC107675651,LOC107705450,LOC107712405,LOC107676701,LOC107569208 coding downstream 1120138 2787139 ~ 2848625 (-)
trnat-ugu_52 NA coding upstream 474125 4449383 ~ 4449455 (-)
tmem242 tmem242,LOC107560201,LOC107678668,LOC107679673,LOC107555301 coding upstream 693421 4668679 ~ 4674148 (-)
lgals8a lgals8a,LOC107747965,LOC107678666,LOC107560204,LOC107679690 coding upstream 720256 4695514 ~ 4705308 (-)
bcl11bb LOC107742200,LOC107678676,LOC107679682,LOC107560207,LOC107555305 coding upstream 874121 4849379 ~ 4881627 (-)
LOC122324970 cldn20,LOC107560197,LOC107678665,LOC107555306,LOC107679668,LOC107742202 coding upstream 942549 4917807 ~ 4928160 (-)
G135901 NA non-coding downstream 71181 3897202 ~ 3897582 (-)
G135800 NA non-coding downstream 441706 3120341 ~ 3527057 (-)
G135819 NA non-coding downstream 581234 3387192 ~ 3387529 (-)
G135782 NA non-coding downstream 729894 2866794 ~ 3238869 (-)
G135781 NA non-coding downstream 737389 2859267 ~ 3231374 (-)
G135910 NA non-coding upstream 14599 3989857 ~ 3990072 (-)
G135916 NA non-coding upstream 29579 4004837 ~ 4006307 (-)
G135918 NA non-coding upstream 31297 4006555 ~ 4007352 (-)
G135970 NA non-coding upstream 65165 4040423 ~ 4040768 (-)
G135971 NA non-coding upstream 67370 4042628 ~ 4042996 (-)
nrxn3b nrxn3b,LOC107747953,LOC108410406,LOC106571678,LOC102203786,LOC101486071,LOC105017684 other downstream 98697 3638289 ~ 3870066 (-)
cep170bb LOC107670249,LOC107715684,LOC107714793,LOC107550527 other downstream 1211333 2740552 ~ 2757430 (-)
G135548 NA other downstream 1603939 2364053 ~ 2364824 (-)
G135527 LOC107731523,LOC107660498,LOC107575177,LOC107657216,LOC107549340,LOC107730404 other downstream 1955236 2005549 ~ 2013527 (-)
myo6a myo6a,myo6,LOC107660505,LOC107707325,LOC107680308 other downstream 2092471 1840128 ~ 1876292 (-)
LOC122324820 ccdc85cb,LOC107678669,LOC107747948,LOC107572128,LOC107555299,LOC107740595,LOC107751728,LOC107668618,LOC105902331 other upstream 589098 4564356 ~ 4582097 (-)
si:ch73-111k22.3 LOC107742221 other upstream 1036123 5011381 ~ 5012580 (-)
selenol sell,LOC107679675,LOC107558766,LOC107742218,LOC107742854 other upstream 1049548 5024806 ~ 5029567 (-)
LOC122324433 LOC107727350,LOC107558762,LOC101885478,LOC106571404,LOC103026919,LOC106607809,LOC105897019 other upstream 1185948 5161206 ~ 5360069 (-)
LOC122324832 enpp1,LOC107745282,LOC107685780,LOC107562320,LOC107733306 other upstream 1616080 5591338 ~ 5598666 (-)

Expression


Co-expression Network