G78889


Basic Information

Item Value
gene id G78889
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035905.1
NCBI id CM008308.1
chromosome length 42966623
location 7977800 ~ 7981423 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU106339
TCAAAAACATATAAGCAGTAAGTGGGTGTGGCTTAAGCTATACAGTTTGCATAATGCTAATTTAAGTTCTTGTGGCTTTAAACACCATGGCTGATCAGCTCCATTTGCATTCAGCTCCGACTACATTAAATGTACTCGCGTATTGGAACACCTGCTCATGCATTGTTCCCCAAAATTAACTGTATTAACAAAACAAAGAGTGTGTTATGCTATTGTGGAAGTTTCTTCTCTCCAGGAAAGGTTTTctacaatatttgtttttaattgctgtgaggatttgtttGCTTTCAGTGGCAAGAGCATGAATGAGGTTAGTCAGAATGTTGCGTGATCAGCTCACCTCGTCCCCAACAACCAACTTAATCCTGTTCTAGGAAATAGACGCATGGTGTATCTACATTTAGTAGTACCACACTATTCCTGTACACTTACATTTAATGCAGTTCACAACAAGGCATCTCTGAATACAGTatcatataccgtatttttcgcacaataaggcacactggattataaggtgcattatgcaacactagtaagaaacaggggtgtcgtcatgttttccttctatttcagcaggtcttgccgctggttGGTGGTGGGGgtaactgaaaaaaaactgtacttcttaaaaaagaacattttaaagtcaaacgagcgctggatttCTCTcctgggtgagtaaagcgcttctgtttatttacagtaagcttagatttccagattttcactaaggctgggtgcagcgcattagcattagcggctaaccgctagccacGGTTATGGTTGGGAAACTCGGCTTCATGGCTCCTTACAacatgactggtaaaattcatacataaggcgcactggattataaggcatgcTAACGAATTTaagtgtgcaaaaaatacggtagaaACTTAAGTAAGTCAAATTTTGAGGCCGGTTAAGGAATTTGTTACATTTCAATATAGATTTTGATATTTTACACCATAATCGAAATTATAGATATATCCTATTTCAGTAGGAAAAAATTTGCCCCACCACTACAGATGTTCTCACTTAACCAAGACGTGTTTGATGCTTCACTTCTAACAAACATTGAAAGTCAGTGGTCACTTAAATATTTTCCATATATTTAAGAATATGCCCATCCCTGTGCCTATACACAACCACAGTGTCTCTTGAGGGTTTGCAgtttgttgtttctttttataaacacaacataacaATATTTTCAGctagaaaatgtaaaattctcATTTATTTCTGAACATAAATAGAAGTGACAAATTTAAAACATGAGTTGAGACTAGAATTTAGACCAAACATATCGTGTTCAAGCATCTCTATCTGGAGTAAGTGTAAAATCAGGCAAACTAGATTTGATACCAAACTATTCCTTCAGTTCAACAGAGACTTTTGACCTTGTGAGACCCTGTTTGATAACATGTGACCTGCAAAAGGTCATTGGTTCACATCTGTGGCCAAATAATAAAACCCAAGTTGTAAAGAAGTGCCACGTGACCTCTTAATGAGGTAAGAAGGAACTATTTTCGGTTCCTTTAATTTAAGAACAGCAAATGATCTAGTCCCATCACAGGTTTTATAAGCATCCCCCATAACTTCCTGTGTGCTATGTTCTGATGATTTGGGAGATATGATGAGTGTTGTGCTGCAGATCATGTGTTCATCTGTCTACATTTCTTATAATTGTGTTTAGTGGATTTTAAGTTAAGTATACTGTCTCTAACTCAAAGGAAGTTCTCAATTTAAGCATCTTGTGCTTCCAATTCTTATCAGACACTGGAGAAACCGTGCGGTGTTGGTGGTATTGCCTGCTGATGATTGAAGAAGTTATAGtgtgctttttgtttgctgTTTCGAAGCAGAAAATCTGTTCTTTTGGGTTCTGAATGTAGAGTGAAAATGCTTCAAAGATTCCTCACAGAAGCGTCGCTGCATCTTGAGTTCCAATGTCaagcctgtttttctgcattcaGCAGTATGCAGTGAAGTTTAGCATGAAAatgaaaacaacagaaaacaacatTTTCACAGTCAGTATATTTCTGCACTTGTTATGCACAGTATAGCAGATGTATTCTCTTGGTATAAACTGTAAACATAAGGTCGAAACATAAAGTCGTAACCTTGTGATCAATTCAGGGGGTTAGAGCCCAGGATTGTTCATGCTATGGTGCTCTTGGACCAGGGAAAGTATTTTGCTCAGGGGTACAACAGTGGCTGCTTAATGAATATGGGTATTAAATCCACAACCCTGTGGTCAATTGAAGGGTCAAAGCACAGGGTAATTCGTGATACAGTGCCCCTGGAGCAGAGCAGGTTAAATATCTTGCTTAAGGGTCAAAAAGTGGCTGCTTAATGAGtatgggtattgaacccaccaCCCTATTACAATTCAGGCatcagagcaaaaaaaaaaaaaaatcatccaagCTACACTGCCCCTGGAGCAGAGATGGTTAAGTGTCTTGCTCAAGACTCCAATAATGGCTGCTTTAATTAatgtgggtattgaacccacaaccctgtggtAAATTAAAGGGTCAAAGCACAGGGTAATTCGTGTTACAGTGCCCCTGAAGCAGAGCAGGTTAAATATCCTGCTTAAGGGTCAAAGAGTGGCTGCTTAATATGtatgggtattgaacccacaaccctgttacaATTCAGGCatcagagcaaaaaaaaaaaaataaaaaaatcatccatcggtattgaacccacaaccatgtGATCAATCAATTTAGGGGTCAAAGCAGAtagaatatccctggtttttaatcacagttttcatgcatcttggtatcatgttctcctccaccagtcttacacactgcttttggataactttatgctgctttactcctggtgcaaagattctgcaagcagttcagtttggtttgatggcttgtgatcatccatcttcctcttgattatattccagaggtttttaatttggtaaaatcaaagttcAGTCTAAATATTCTGTTATCCCACGACTTTCGGCGTGTCCGTgcatggattaaaataaaattattcttATTTATCCCTCAAAGAACCTCTTTTAGCGCcgtatgaagcttacagcataACCACCATGGCTGAACTTTAACCTGCAGTGGATGAATTCAGTGCTCTGTGGAAGCCACTATTAGATGATCTGACCAAATTGAATTAATTcaaattcattttcattttcttgcCGTTTtgatactactttt
>TU106340
TCAAAAACATATAAGCAGTAAGTGGGTGTGGCTTAAGCTATACAGTTTGCATAATGCTAATTTAAGTTCTTGTGGCTTTAAACACCATGGCTGATCAGCTCCATTTGCATTCAGCTCCGACTACATTAAATGTACTCGCGTATTGGAACACCTGCTCATGCATTGTTCCCCAAAATTAACTGTATTAACAAAACAAAGAGTGTGTTATGCTATTGTGGAAGTTTCTTCTCTCCAGGAAAGGTTTTctacaatatttgtttttaattgctgtgaggatttgtttGCTTTCAGTGGCAAGAGCATGAATGAGGTTAGTCAGAATGTTGCGTGATCAGCTCACCTCGTCCCCAACAACCAACTTAATCCTGTTCTAGGAAATAGACGCATGGTGTATCTACATTTAGTAGTACCACACTATTCCTGTACACTTACATTTAATGCAGTTCACAACAAGGCATCTCTGAATACAGTatcatataccgtatttttcgcacaataaggcacactggattataaggtgcattatgcaacactagtaagaaacaggggtgtcgtcatgttttccttctatttcagcaggtcttgccgctggttGGTGGTGGGGgtaactgaaaaaaaactgtacttcttaaaaaagaacattttaaagtcaaacgagcgctggatttCTCTcctgggtgagtaaagcgcttctgtttatttacagtaagcttagatttccagattttcactaaggctgggtgcagcgcattagcattagcggctaaccgctagccacGGTTATGGTTGGGAAACTCGGCTTCATGGCTCCTTACAacatgactggtaaaattcatacataaggcgcactggattataaggcatgcTAACGAATTTaagtgtgcaaaaaatacggtagaaACTTAAGTAAGTCAAATTTTGAGGCCGGTTAAGGAATTTGTTACATTTCAATATAGATTTTGATATTTTACACCATAATCGAAATTATAGATATATCCTATTTCAGTAGGAAAAAATTTGCCCCACCACTACAGATGTTCTCACTTAACCAAGACGTGTTTGATGCTTCACTTCTAACAAACATTGAAAGTCAGTGGTCACTTAAATATTTTCCATATATTTAAGAATATGCCCATCCCTGTGCCTATACACAACCACAGTGTCTCTTGAGGGTTTGCAgtttgttgtttctttttataaacacaacataacaATATTTTCAGctagaaaatgtaaaattctcATTTATTTCTGAACATAAATAGAAGTGACAAATTTAAAACATGAGTTGAGACTAGAATTTAGACCAAACATATCGTGTTCAAGCATCTCTATCTGGAGTAAGTGTAAAATCAGGCAAACTAGATTTGATACCAAACTATTCCTTCAGTTCAACAGAGACTTTTGACCTTGTGAGACCCTGTTTGATAACATGTGACCTGCAAAAGGTCATTGGTTCACATCTGTGGCCAAATAATAAAACCCAAGTTGTAAAGAAGTGCCACGTGACCTCTTAATGAGGTAAGAAGGAACTATTTTCGGTTCCTTTAATTTAAGAACAGCAAATGATCTAGTCCCATCACAGGTTTTATAAGCATCCCCCATAACTTCCTGTGTGCTATGTTCTGATGATTTGGGAGATATGATGAGTGTTGTGCTGCAGATCATGTGTTCATCTGTCTACATTTCTTATAATTGTGTTTAGTGGATTTTAAGTTAAGTATACTGTCTCTAACTCAAAGGAAGTTCTCAATTTAAGCATCTTGTGCTTCCAATTCTTATCAGACACTGGAGAAACCGTGCGGTGTTGGTGGTATTGCCTGCTGATGATTGAAGAAGTTATAGtgtgctttttgtttgctgTTTCGAAGCAGAAAATCTGTTCTTTTGGGTTCTGAATGTAGAGTGAAAATGCTTCAAAGATTCCTCACAGAAGCGTCGCTGCATCTTGAGTTCCAATGTCaagcctgtttttctgcattcaGCAGTATGCAGTGAAGTTTAGCATGAAAatgaaaacaacagaaaacaacatTTTCACAGTCAGTATATTTCTGCACTTGTTATGCACAGTATAGCAGATGTATTCTCTTGGTATAAACTGTAAACATAAGGTCGAAACATAAAGTCGTAACCTTGTGATCAATTCAGGGGGTTAGAGCCCAGGATTGTTCATGCTATGGTGCTCTTGGACCAGGGAAAGTATTTTGCTCAGGGGTACAACAGTGGCTGCTTAATGAATATGGGTATTAAATCCACAACCCTGTGGTCAATTGAAGGGTCAAAGCACAGGGTAATTCGTGATACAGTGCCCCTGGAGCAGAGATGGTTAAGTATCTTGCTCAAGACTCAACAATGGCTGCTTTAATTAATGTGGGTATTGAACccacaaccatgtGATCAATCAATTTAGGGGTCAAAGCAGAtagaatatccctggtttttaatcacagttttcatgcatcttggtatcatgttctcctccaccagtcttacacactgcttttggataactttatgctgctttactcctggtgcaaagattctgcaagcagttcagtttggtttgatggcttgtgatcatccatcttcctcttgattatattccagaggtttttaatttggtaaaatcaaagttcAGTCTAAATATTCTGTTATCCCACGACTTTCGGCGTGTCCGTgcatggattaaaataaaattattcttATTTATCCCTCAAAGAACCTCTTTTAGCGCcgtatgaagcttacagcataACCACCATGGCTGAACTTTAACCTGCAGTGGATGAATTCAGTGCTCTGTGGAAGCCACTATTAGATGATCTGACCAAATTGAATTAATTcaaattcattttcattttcttgcCGTTTtgatactactttt

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU106339 True 3230 lncRNA 0.38 3 7977800 7981423
TU106340 False 2887 lncRNA 0.38 4 7977800 7981423

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC111193126 NA coding downstream 10122 7931051 ~ 7967678 (-)
arhgef10 arhgef10,LOC107721185,LOC107716000 coding downstream 51841 7825663 ~ 7925959 (-)
kbtbd11 kbtbd11,LOC102794541 coding downstream 157598 7811870 ~ 7820202 (-)
LOC111193181 NA coding downstream 219597 7747106 ~ 7758203 (-)
LOC103025534 LOC108433315 coding downstream 327925 7629780 ~ 7649875 (-)
cln8 cln8 coding upstream 4738 7986161 ~ 7996819 (-)
dlgap2 dlgap2,LOC107583594,LOC107654879,LOC107715999,LOC107721130,LOC107583025 coding upstream 27124 8008547 ~ 8222318 (-)
zbtb8a zbtb8a coding upstream 538652 8520075 ~ 8527936 (-)
gale gale,LOC107721820,LOC107583591 coding upstream 548414 8529837 ~ 8549967 (-)
LOC103047525 LOC108433331 coding upstream 593843 8575266 ~ 8580061 (-)
G78885 NA non-coding downstream 62588 7849753 ~ 7915212 (-)
G78859 NA non-coding downstream 210473 7745303 ~ 7767327 (-)
G78871 NA non-coding downstream 212304 7762967 ~ 7765496 (-)
G78861 NA non-coding downstream 237207 7740016 ~ 7740593 (-)
G78643 NA non-coding downstream 615364 7362219 ~ 7362436 (-)
G78891 NA non-coding upstream 547 7981970 ~ 8040192 (-)
G78911 NA non-coding upstream 169032 8150455 ~ 8151276 (-)
G78940 NA non-coding upstream 310839 8292262 ~ 8294085 (-)
LOC111193182 NA non-coding upstream 398066 8379489 ~ 8415110 (-)
G78890 NA non-coding upstream 447095 8428518 ~ 8432284 (-)
LOC111193177 kcnh1,LOC108433307,LOC106904951,LOC103476431,LOC102309410,LOC103370850,LOC103137420,LOC101155792 other downstream 756946 7198909 ~ 7220854 (-)
G78297 kdm1a other downstream 2791442 5184792 ~ 5186358 (-)
G78083 NA other downstream 3771416 4045434 ~ 4206384 (-)
G78023 scfd1 other downstream 4137230 3834562 ~ 3840570 (-)
prkd1 prkd1,LOC107590910,LOC107719483,LOC107733145 other downstream 4263443 3645097 ~ 3714357 (-)
LOC111193183 NA other upstream 494974 8476397 ~ 8517648 (-)
spdya spdya other upstream 651223 8632646 ~ 8641832 (-)
LOC111193185 stac,LOC107715935,LOC107670884 other upstream 669205 8650628 ~ 8655017 (-)
LOC103027354 LOC103027354,LOC108438753 other upstream 2053263 10034686 ~ 10071884 (-)
LOC103027264 NA other upstream 2313065 10294488 ~ 10336716 (-)

Expression


Co-expression Network