G127398


Basic Information

Item Value
gene id G127398
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035910.1
NCBI id CM008313.1
chromosome length 38842236
location 36181058 ~ 36183606 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU172057
ggaatcatgtagtaacttaaaagtgttaaacaaaccaaaaaaaatactctgtgaaaaaTCATTTAGATGCTTTTATCTGGGGAGGCTGGTAACCCTGATAAACTTATCCCGTACAACAGagagaactcttgctcttctatcctttcttggagcagtcctgatgtgtgccagtttcatcattatactgtttttgatggtctttgcggcgACTGCGCTTGAGGATGCTTTTTAAAGTTACTGAAATTCTTATTTTCAGATTAATATACCTTCATATtatcttaaagtaatttttctttatttagttgagtagttgttgcttctcataatctggattcgaacattattcaaatattcactattcactgtatacctgtaactctacatcttcactactttactttaactgatgctctcaaacactttttttattaagagacaagaaattcaaaaagaattaactcttgatgagttcagcacagctgttaactgaaagcctgaattccaggagactcataaagctgactgagaaaatgcgaAAAGCCAAGATATATAAAGCTGTCTAATCTAAGGAAGAGGTGTTAGttagaagaatataaaatataattaaatataatgcatattctggtttgtttaacacttttttgtttatgtatCAAGTTAGCAATACCAGCTGATAAGGCATTTTactctatttttattattattttttttttttacatctaaatACTATAAAAGCATGGCCACGGAGAGAAATTTGGGTTTTACTGTGTTCATAACTGATTTAATGTCACACAAATAGATAGACGTGATAATGATCtgtataatactactgcttttaaaactTCCTTCTTTTAGGGACACTTTTCTAAAGTAAGAAATAGGATAATTAGACTTGTTGGCGTGATCCAGATGAAAATCCCTTTTTGGTACCTGGAAACTCAAATGCAGCAATAGTGTTGGCGTCCTGTTGTTTAGGCTTGTTGGCTGTGTAGGTTAGCATAACTAACTGTCTCCACTCCCTGTTTGACACAAAAGagcactttgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgttttgttgtaaGATGTGTGGTTTATCTGGTAGCTGAGAGGGACTCAGAACCATTTAAGCACGtttaaaccctaaaaaaaaaattgtcactatgatttatttcataaaaaaaaaaaaaaaaaaaactgtaacaagAAATGATAGACAGGTTGCGCAGCAAAAATGGCTCCCAATGTTCCctatgttggttgctatggtgttgttaagtggttgctaggcccttgctatggtgtctgtggtggttgctaagtggttgctaggcatttgctatggtgtctgtggtggttgccaAACgattgctagatggttgctaaagtgttgctgtggtatctgtggtggttgatatggtgttgctagctgcttgctaggtggttgctaaggcgttgctatggtatccacagtgtttactatggtgttgctaagtggttgcaaggtgcttgctatggtggttgcttagtgattgctaaggtgttgctatggtgtctgtggtggttgatTTGGTGTTGTTACGTGGTTGCTACGTGgttggtatccatggtggttactatggtgttgttaagtggttgctaggtgcgTGCTAcagtgtctgtggtggttgctaagcggttcctaggtggttgctaaggcattgctaaggtgtctgtggtggttgctaaggtgttgctttagtgtctgtggtggttggtAAGGCGTTGCTGTGGTATccgttttttgtttgttagggttttgtgccatatcagcaacatgTTGGCTATTTAATGGCTACCCCTCTAGTCCATGTGCGGTccgtggtatctgtggtggttaatatggtgttgctaagaagttgctaggtggttgctaaggtgttgttcgGTGGTTGCTACTATGTTGTTATGGtgtttgtggtggttgctatgacgttgctaaggtgttgctaggtggttgctatgcaaaCACAATGTGCAAACACAGAAGGGAAAATGGCACAGCCCCATTGAACCATGTAAGCACGTTTAAACCATAGAAAATTAATGGTCACTAtttttctcttaaaaaaaaaaaaagaaaggtaaaaagcaatagacaaatataataaacaaaaaaaaaatactttgaaaacCCTTCACTTGTAATCTGCCACTACGTTTTGGGGGTGTGTTTTCGGAGTGTTCTGTACTTTAATAAACGCCTCTGATAAATGAGTGTTAATGTTATTTGTTCTGCTCCGTCTGTAGGTTAGATTTTTCAAGTGTTCAGTGCAATACAAAGCTGGAACAGTCCCCCCAACCCC
>TU172058
GCTCCCAATGTTCCctatgttggttgctatggtgttgttaagtggttgctaggcccttgctatggtgtctgtggtggttgctaagtggttgctaggcatttgctatggtgtctgtggtggttgccaAACgattgctagatggttgctaaagtgttgctgtggtatctgtggtggttgatatggtgttgctagctgcttgctaggtggttgctaaggcgttgctatggtatccacagtgtttactatggtgttgctaagtggttgcaaggtgcttgctatggtggttgcttagtgattgctaaggtgttgctatggtgtctgtggtggttgatTTGGTGTTGTTACGTGGTTGCTACGTGgttggtatccatggtggttactatggtgttgttaagtggttgctaggtgcgTGCTAcagtgtctgtggtggttgctaagcggttcctaggtggttgctaaggcattgctaaggtgtctgtggtggttgctaaggtgttgctttagtgtctgtggtggttggtAAGGCGTTGCTGTGGTATccgttttttgtttgttagggttttgtgccatatcagcaacatgTTGGCTATTTAATGGCTACCCCTCTAGTCCATGTGCGGTccgtggtatctgtggtggttaatatggtgttgctaagaagttgctaggtggttgctaaggtgttgttcgGTGGTTGCTACTATGTTGTTATGGtgtttgtggtggttgctatgacgttgctaaggtgttgctaggtggttgctatgcaaaCACAATGTGCAAACACAGAAGGGA
>TU172060
GCTCCCAATGTTCCctatgttggttgctatggtgttgttaagtggttgctaggcccttgctatggtgtctgtggtggttgctaagtggttgctaggcatttgctatggtgtctgtggtggttgccaAACgattgctagatggttgctaaagtgttgctgtggtatctgtggtggttgatatggtgttgctagctgcttgctaggtggttgctaaggcgttgctatggtatccacagtgtttactatggtgttgctaagtggttgcaaggtgcttgctatggtggttgcttagtgattgctaaggtgttgctatggtgtctgtggtggttgatTTGGTGTTGTTACGTGGTTGCTACGTGgttggtatccatggtggttactatggtgttgttaagtggttgctaggtgcgTGCTAcagtgtctgtggtggttgctaagcggttcctaggtggttgctaaggcattgctaaggtgtctgtggtggttgctaaggtgttgctttagtgtctgtggtggttggtAAGGCGTTGCTGTGGTATccgttttttgtttgttagggttttgtgccatatcagcaacatgTTGGCTATTTAATGGCTACCCCTCTAGTCCATGTGCGGTccgtggtatctgtggtggttaatatggtgttgctaagaagttgctaggtggttgctaaggtgttgttcgGTGGTTGCTACTATGTTGTTATGGtgtttgtggtggttgctatgacgttgctaaggtgttgctaggtggttgctatgcaaaCACAATGTGCAAACACAGAAGGGAAAATGGCACAGCCCCATTGAACCATGTAAGCACGTTTAAACCATAGAAAATTAATGGTCACTAtttttctcttaaaaaaaaaaaaagaaaggtaaaaagcaatagacaaatataataaacaaaaaaaaaatactttgaaaacCCTTCACTTGTAATCTGCCACTACGTTTTGGGGGTGTGTTTTCGGAGTGTTCTGTACTTTAATAAACGCCTCTGATAAATGAGTGTTAATGTTATTTGTTCTGCTCCGTCTGTAGGTTAGATTTTTCAAGTGTTCAGTGCAATACAAAGCTGGAACAGTCCCCCCAACCCC
>TU172061
AATTTGGGTTTTACTGTGTTCATAACTGATTTAATGTCACACAAATAGATAGACGTGATAATGATCtgtataatactactgcttttaaaactTCCTTCTTTTAGGGACACTTTTCTAAAGTAAGAAATAGGATAATTAGACTTGTTGGCGTGATCCAGATGAAAATCCCTTTTTGGTACCTGGAAACTCAAATGCAGCAATAGTGTTGGCGTCCTGTTGTTTAGGCTTGTTGGCTGTGTAGGTTAGCATAACTAACTGTCTCCACTCCCTGTTTGACACAAAAGagcactttgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgttttgttgtaaGATGTGTGGTTTATCTGGTAGCTGAGAGGGACTCAGAACCATTTAAGCACGtttaaaccctaaaaaaaaaattgtcactatgatttatttcataaaaaaaaaaaaaaaaaaaactgtaacaagAAATGATAGACAGGTTGCGCAGCAAAAATGGCTCCCAATGTTCCctatgttggttgctatggtgttgttaagtggttgctaggcccttgctatggtgtctgtggtggttgctaagtggttgctaggcatttgctatggtgtctgtggtggttgccaAACgattgctagatggttgctaaagtgttgctgtggtatctgtggtggttgatatggtgttgctagctgcttgctaggtggttgctaaggcgttgctatggtatccacagtgtttactatggtgttgctaagtggttgcaaggtgcttgctatggtggttgcttagtgattgctaaggtgttgctatggtgtctgtggtggttgatTTGGTGTTGTTACGTGGTTGCTACGTGgttggtatccatggtggttactatggtgttgttaagtggttgctaggtgcgTGCTAcagtgtctgtggtggttgctaagcggttcctaggtggttgctaaggcattgctaaggtgtctgtggtggttgctaaggtgttgctttagtgtctgtggtggttggtAAGGCGTTGCTGTGGTATccgttttttgtttgttagggttttgtgccatatcagcaacatgTTGGCTATTTAATGGCTACCCCTCTAGTCCATGTGCGGTccgtggtatctgtggtggttaatatggtgttgctaagaagttgctaggtggttgctaaggtgttgttcgGTGGTTGCTACTATGTTGTTATGGtgtttgtggtggttgctatgacgttgctaaggtgttgctaggtggttgctatgcaaaCACAATGTGCAAACACAGAAGGGAAAATGGCACAGCCCCATTGAACCATGTAAGCACGTTTAAACCATAGAAAATTAATGGTCACTAtttttctcttaaaaaaaaaaaaagaaaggtaaaaagcaatagacaaatataataaacaaaaaaaaaatactttgaaaacCCTTCACTTGTAATCTGCCACTACGTTTTGGGGGTGTGTTTTCGGAGTGTTCTGTACTTTAATAAACGCCTCTGATAAATGAGTGTTAATGTTATTTGTTCTGCTCCGTCTGTAGGTTAGATTTTTCAAGTGTTCAGTGCAATACAAAGCTGGAACAGTCCCCCCAACCCC
>TU172065
AATTTGGGTTTTACTGTGTTCATAACTGATTTAATGTCACACAAATAGATAGACGTGATAATGATCtgtataatactactgcttttaaaactTCCTTCTTTTAGGGACACTTTTCTAAAGTAAGAAATAGGATAATTAGACTTGTTGGCGTGATCCAGATGAAAATCCCTTTTTGGTACCTGGAAACTCAAATGCAGCAATAGTGTTGGCGTCCTGTTGTTTAGGCTTGTTGGCTGTGTAGGTTAGCATAACTAACTGTCTCCACTCCCTGTTTGACACAAAAGagcactttgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgttttgttgtaaGATGTGTGGTTTATCTGGTAGCTGAGAGGGACTCAGAACCATTTAAGCACGtttaaaccctaaaaaaaaaattgtcactatgatttatttcataaaaaaaaaaaaaaaaaaaactgtaacaagAAATGATAGACAGGTTGCGCAGCAAAAATGGCTCCCAATGTTCCctatgttggttgctatggtgttgttaagtggttgctaggcccttgctatggtgtctgtggtggttgctaagtggttgctaggcatttgctatggtgtctgtggtggttgccaAACgattgctagatggttgctaaagtgttgctgtggtatctgtggtggttgatatggtgttgctagctgcttgctaggtggttgctaaggcgttgctatggtatccacagtgtttactatggtgttgctaagtggttgcaaggtgcttgctatggtggttgcttagtgattgctaaggtgttgctatggtgtctgtggtggttgatTTGGTGTTGTTACGTGGTTGCTACGTGgttggtatccatggtggttactatggtgttgttaagtggttgctaggtgcgTGCTAcagtgtctgtggtggttgctaagcggttcctaggtggttgctaaggcattgctaaggtgtctgtggtggttgctaaggtgttgctttagtgtctgtggtggttggtAAGGCGTTGCTGTGGTATccgttttttgtttgttagggttttgtgccatatcagcaacatgTTGGCTATTTAATGGCTACCCCTCTAGTCCATGTGCGGTccgtggtatctgtggtggttaatatggtgttgctaagaagttgctaggtggttgctaaggtgttgttcgGTGGTTGCTACTATGTTGTTATGGtgtttgtggtggttgctatgacgttgctaaggtgttgctaggtggttgctatgcaaaCACAATGTGCAAACACAGAAGGGA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU172057 True 2344 lncRNA 0.38 2 36181058 36183606
TU172058 False 795 lncRNA 0.47 2 36182294 36183293
TU172060 False 1108 lncRNA 0.44 2 36182294 36183606
TU172061 False 1593 lncRNA 0.41 2 36181809 36183606
TU172065 False 1280 lncRNA 0.43 2 36181809 36183293

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
jak2 jak2 coding upstream 140092 35981868 ~ 36040966 (+)
LOC103043535 NA coding upstream 200972 35976784 ~ 35980086 (+)
LOC103043841 LOC103043841 coding upstream 205513 35970109 ~ 35975545 (+)
LOC103026124 LOC108436592,LOC106955578,LOC104953222 coding upstream 315631 35851414 ~ 35865427 (+)
nudt2 nudt2,LOC107661859,LOC107739745,LOC107579639 coding upstream 369351 35809505 ~ 35811707 (+)
zer1 zer1,LOC107717741,LOC106570444 coding downstream 22688 36206294 ~ 36223911 (+)
LOC103041373 NA coding downstream 134526 36318132 ~ 36322205 (+)
LOC103041064 stk10,LOC100703168,LOC101487196,LOC102210605 coding downstream 140128 36323734 ~ 36392902 (+)
gfi1b gfi1b,LOC108444114,LOC106563235,LOC108271917 coding downstream 279567 36463173 ~ 36472246 (+)
gpn3 gpn3,LOC102778879 coding downstream 446419 36630025 ~ 36634321 (+)
G127386 NA non-coding upstream 86578 36067927 ~ 36094480 (+)
G127378 NA non-coding upstream 108522 36069419 ~ 36072536 (+)
G127379 NA non-coding upstream 112045 36068335 ~ 36069013 (+)
G127375 NA non-coding upstream 197182 35982698 ~ 35983876 (+)
G127362 NA non-coding upstream 233013 35947390 ~ 35948045 (+)
G127413 NA non-coding downstream 175625 36359231 ~ 36396563 (+)
G127412 NA non-coding downstream 195245 36378851 ~ 36394024 (+)
G127439 NA non-coding downstream 332346 36515952 ~ 36552438 (+)
G127442 NA non-coding downstream 438547 36622153 ~ 36634817 (+)
G127447 NA non-coding downstream 457538 36641144 ~ 36642244 (+)
G127393 NA other upstream 3945 36175793 ~ 36177113 (+)
dtwd2 dtwd2 other upstream 211605 35966334 ~ 35969453 (+)
G127365 NA other upstream 222757 35954858 ~ 35958301 (+)
G127359 NA other upstream 237936 35934919 ~ 35943122 (+)
ubap1 ubap1 other upstream 343004 35828635 ~ 35838054 (+)
G127414 sh3pxd2b,LOC108413712 other downstream 213287 36396893 ~ 36401487 (+)
LOC103040450 atp2a2b,LOC108444117,LOC108278817,LOC103365013 other downstream 469691 36653297 ~ 36709049 (+)
G127456 NA other downstream 685032 36868638 ~ 36880665 (+)
sema4d sema4d,LOC107568542 other downstream 981094 37164700 ~ 37214615 (+)
homer1 homer1 other downstream 1043759 37227365 ~ 37277757 (+)

Expression


Co-expression Network