G93449


Basic Information

Item Value
gene id G93449
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000016
NCBI id null
chromosome length 12175457
location 1228198 ~ 1235846 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU106332
ATGGAAGATACATATATCAGAATAAACCAAAAATCACTCCTTTCCAACATGTTAACAAGAATACCCACTGGTTTTCTTAACCTCATCCCATAAAAGGGAAAGTTAAAAAGTCAAAAACACCACATCATGCTATTTAACAAGCAAAACAACACACCCTGACTGTGCACACATGAAATATTAATGCCTCCCTCACCCTCTCTACAAAAATTTGGCACTGAAAAACACTTTACTCCTATCAGCCAGTCAACGGATTTGCTGTCTGCGTGGGCAAAATGAGAGCAGACAGTTTTGTCAAAATCCCCTCAAAGCCTCGCAGAGCCAAACTGTGACCAATCTAATCCTTTATTCTGCGAAGAGTTTGAGGACATGATAACACTCTCTATCTGTATGGTGCTTGAGCTCTGCATAGAACATATTGGCGATTACTATGTTCTCAACTTCATGTCCGTGTCCTCAGCCTCCTGTCTGTCTGTCTGTTTGTTTGTTTCTGCCCCTGGTCCATACCTTCTGGTAGAGCTTGAGTTGCTACTGCTGTTGGTGATGGAAGGGGCTTTGGGGGGCGTCCTGTATGGGGCATAAAGCTCTGCGTCACGAGGGGCGGTGGGGCTTCCTGCAGGCTTGAATACAGGCAGGCTCCTGATGTGAGAAGATGAAATCTTCCCTGCGGAGTTGCTGGGCAGAGTTTCACGAGTCTTGTAGCTTCCGGTGCTGCTAGATGAGCTGAAATCTGTCTCGCTGCCTACAACACATAAAAATGGAGATCAAAAGCTTAAAGTTTCTTCTAAAAAGTCTTCAACATCAGCAAAACTTATCCAAGGGTATCCAAAAAAGACAGTGTGGAAGTAGAGACTTCAAACCTGGCAAATGCACAACCCGAGCACGTTTCCAATTAGCATATTTTCAGTAGCCAGATCAAAAAGGCTTGTCAGAGGATATAGGGTTACACACTTCTGTGATGAACACTGCCTGCTTCCATTATGGAAGAACTAAAGCTGGGAAAGTCAAAGACTGAATCTTTCAGAGACAGAGGAATCCTTCACATTGGATTTCTCTCAGACTTTTGTGTAAGCTTGAATATCACCTTACCTGCAGCAACCATTATCTTTTCCAGTTAGCTTTTGCACTTAGACCACTGTTTTTGCTTTGACAGCCATTCAAAAGTAATGTATTCTATCTTGCAAGCAACATATTAATTGCAAAAAAAAAAAAAAAAATCTCAGTGATCTCAAAGTTTTTTCCAAGAATATACACACCTGAGAAGCATCTCTTTCCTTTTGACAAAACCATGATAAAGTGTACTTTTTTAAATGTGCTAACTATCTACCTAACTAACCAACCAAATAACCAAACAAATGTGACTAACTCACTAACAATTACAAAATTGTGCAGTTGCTCAATACAAATCAAGCTCAAATGCTGTGAATTCTTACAAACAGTGGGAGGAGCCAACTACATTTAATTGCACTGATTGGCCATCTACAAGCCAACCAATCAGTGGCCTCTATGAGACAGGGTAATCAAGCACATGGCACCTGCTGCTTCCTGGATTGTTTTGCCTCCACTTATTTGTTTTCAAGAAAAGACTTCAGAGAAACCCAGTCTCAAGAACACCTAAATGGATTAAACAGGCAGGTGTGACCAACACATTAAATAAATTAATTACTCATCATACTTTTAAAATAGGAAACGGAGAGATGGGAAATAAGAGAGAGAGAAATAAGAGAGTTTTCATGTTTGTACTTGCACCCCAGTGGACGTGCACGCTTGCACACAAGTTGATAAGGATTTCATGCACAAACTGTCCTTGTACTATTCATGGTTGTTTATGTGACTAACCAAACATTAAAATTCTAAACCCAGTGATTCTAATTTGACATACTTTATTGAATGCATAAAACATGCAGTTCTATAAACAAAGTGATTGTAAAGTGTCCTTTAGCACTATATAAAATATCATAATAATAATAATAATATATTATTATCATCAAGGCTTGACATTAACACCCACCAAATGCGGGTGGATTTCAGCAGTAGTGTGTAACGCATTCACTCCTATTAGCCACTTTCGTGGGTTGAATATTAAATATAATATAAACATTTTTTAACTGTAGTCGTCTAAAAAGGCATCTGAAATAATAAACTAAGTGTAATGTAATGTTGTCAAAAATATAGATTTTTCGATACATATTGATACTGTAATATCTGAAACGCTTCCAATACTCGCTGTCTCGCTCTCTCATCCCTCCGACAGCGAGTTGACACACAAACCTGCCTCCCCTCACTCACTCATTTAATTTGCTATGGACGAATATTGTTAGTGTCACAGGGCATGAATTCCCACAGATTTTGCCGCATAAATCTGCCTCTCAGTACTAAATTGAGGTTTTTTTTCGCTGCTTATTGCACTTAAACAGTCAAATACACACAAAATGATGCCGGTCTTGGCGAGTATTTATGTAAACATAGTCAGTTATGTTTTAAGTTAATGCAAACAGTTGAGAAACAAAACGCATGTGTAACAATATAATGGATCTGCGTGTCAGGTCCTAAAGTAACAGCAGCCTAATATATCTGCTGCCAAATTATGAGATAATATTAAAAATATCTATATATCCGTTTTTCCTCATAGTATCAATGTCAAAATTGTGGCACAGTGGCTGGTTAGCAAAATAGTTAATGTCAAGCCCTGATTATTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATAACTTTTAGAATAAAAAAGTAGCTAATATTGCAGAAGTAAAATTACCTTTATGCATGATGGAGGCACGCTGTTGCTTCTCTCTCTTGTGCTTCTGTGTGGGTGTGCTCCACTCAGCAACTACGTTCATCCGAACTCTCTTCACCTTGACCTTGCGCTCTCCCAGAGAGGGTGAACCCAGTGGGCTGTTGTCAGAGCCTGAGGGGGTTTTGGTTGGCGATGCACATTGACTGCTTGGGCATCCAGTATCATCTGAGAAGACAGAAACAAGTGTAAATACTGCTCTACAATGATGTAACACCCATTTAAAGGTCATGCTAGTGTGCTTTTCCTTATCAGAGAGGTCAAATGTATTAGGAAATCAACACACAAACTCCAGAGCAAATAATGACATTTCAGGGCTCTTTTGTGATCTAATGCTACATTATACTTGGAAAAAAATTCCCAAGTATCCTATCAGGATGGTGTGGGGTCATGGCAACCTCATGTGGCCTACCTGAGGACAGGCTGTTTGGACTGATGGTTCTTTTCGAGTGCTGGGAGCTAATGTCAAAATCCTTGCTCTCCTCTTCTGACAGTGGCATGTTGGATACAGATGACTCCTTCGCTTTAGTACGCAAGGGGTGGAGGACAAATCGAGGGATACGGCTGCGCATGCTTCCCTTTTCCTTCACCTGCAGGAAATGGTGGGGCTACGATTACATAGAGACAAGCAACCTACAGCCAGCATCTGAGGTGAGTTATTTAAAGCTGATATTGAGCTGAATTATGCTTTGGTCCTTAAAGTTATTTGAGTATCCAATGTAAGTCTTGCATGCATGCCACTTGTCTCGCTGTAAGGAAAATGTGTTATTTAAAGTTAAGATAGTAAAGCACCTCATACGTCTGCAAAGGTCCCATTCTTCTTAAATAGGGAATACTTCAAATAAAACTGTAAAAAATAAGGAAACATGTTGCTTGAGCGTGATGGTATGACAAACAAAACAGAACAAAGAAAGATAATAGTGTACAAAAGTAGGTCATAACACAAGATGCCAGGCTGCTTTAACCCAATTTATGAATGGCTCTATAAATAGATTATAGCTTATGGCTGAAGCTAAAGTATGATAAAGTATAATTCTATATTGTCCATAAAATACAATAAAAATTGTCAAGTCTTGTTTTCTATCCCAACATTTTTTTCGCGGTGTCATCTGTTTCAGCCACCCACTAAATCTAAATTAATTTCACTAGTACTTGGAATTTAAACTGCATGAACTCTTATTATAAATTAAACTGATCCAGTGCTCTAATTTAACATGATTCATTTGATGGTCAGTGAATTTACTGAGTGTTATGTAAAAGGCTTTGCACTTTGAGAAGGAAGTAATATTGTCAATTTAATCCTTGTCCGTTTTGAGAGATGATAAAACCCCACCCTTCTGGTTAACTTATTTAACTGCTTTGGGTGTTCCAGATCTGCTTATAACTAACAGACCAAAGCCCAGCGGCTGAATAATTTAATATAATGTATCACGCTTGATTGACTATGACGTCATTGGTCCATTTCCTGTTGTTAGTGGTGTCTGTTGTGGTTGTGTGCGACTTGTTTTTCAGCATCTTTTTGATGTTGGTTATATAAGGGTTAGAGTTGCTTTCAGTGCGGATGACGTAATTGACCACTTAAGGTTCACGCTTGTTGCATAGCTGCGTTCTTGCCTCTTTCCATTTTGTATCCGGATGTCATGTTTCATTACAAAAGATGTCAAAGCACAACCTTTATGTAAGTTTCCCATTCCTTTCGGCTATGGAAAACATGCTACTTGATTTTGAGTATCTTATGTCACTGCATTCTTTTAAATTATGCAAGTATTTTGCTACTTTTTAAAAATGTTTATACTTCATTTAAAGAAAAAATATGTTTACTAAAGTTTTTTTTTTTTTAATGTTCTGAAAATGTACACTAGTACCATTCAAATGTTTGGGGTCGGTAATATTTTTTTATTATGCAAGAAATTAATACTTTTACACAACTGTTTTCAACATTAGGCAGCAAATCAGCATATTAGAATGATTTCTGAAGGATCATGTGACTGAAGACTGAAGTAATGATGCTGAAAATTCAGCTTTGCCATCACAGAAATAAATTACACTTTTAAATATATTAAAATAGAAAACAGTTCTTTTAAACTGTGATAATATTTCACAATATTACTGTTTTAGATCAAATAAATGCATGCAGCTTTGCCGAGCATAAGAAACTTCTTTCACATTTATAAATCTTGCTGACCCCAAACTTTTGAA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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU106332 True 7235 lncRNA 0.37 2 1228198 1235846

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000016_01217119_01220858 EBAG9 coding upstream 6261 1217119 ~ 1221937 (+)
CI01000016_01183747_01191853 GPD1L coding upstream 35340 1183747 ~ 1192858 (+)
CI01000016_01122656_01129008 STT3B coding upstream 99190 1122656 ~ 1129008 (+)
CI01000016_01052539_01073915 NA coding upstream 152665 1052539 ~ 1075533 (+)
CI01000016_01033465_01037665 NA coding upstream 189752 1033465 ~ 1038446 (+)
CI01000016_01238151_01242924 GDF6, GDF6A coding downstream 2145 1237991 ~ 1242960 (+)
CI01000016_01253760_01273553 NA coding downstream 17560 1253406 ~ 1273953 (+)
CI01000016_01277792_01304615 NA coding downstream 41082 1276928 ~ 1304762 (+)
CI01000016_01408124_01408966 TMEM74 coding downstream 170790 1406636 ~ 1409165 (+)
CI01000016_01476236_01476607 NA coding downstream 240390 1476236 ~ 1476762 (+)
G93476 NA non-coding upstream 15577 1212344 ~ 1212621 (+)
G93442 NA non-coding upstream 29825 1195710 ~ 1198373 (+)
G93434 NA non-coding upstream 143431 1084467 ~ 1084767 (+)
G93413 NA non-coding upstream 148263 1078828 ~ 1079935 (+)
G93414 NA non-coding upstream 187773 962579 ~ 1040425 (+)
G93497 NA non-coding downstream 26074 1261920 ~ 1262207 (+)
G93483 NA non-coding downstream 104606 1340452 ~ 1342798 (+)
G93547 NA non-coding downstream 158852 1394698 ~ 1449594 (+)
G93598 NA non-coding downstream 185774 1421620 ~ 1449437 (+)
G93567 NA non-coding downstream 225754 1461600 ~ 1461978 (+)
G93406 NA other upstream 300666 905400 ~ 927532 (+)
G95439 NA other downstream 2626329 3862175 ~ 3862305 (+)
G95648 NA other downstream 3036790 4272636 ~ 4273905 (+)
CI01000016_04829592_04837305 NA other downstream 3598712 4829592 ~ 4837457 (+)
G95792 NA other downstream 3984034 5219880 ~ 5225941 (+)
CI01000016_05405791_05407797 AICDA other downstream 4170023 5405791 ~ 5407963 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
tiger barb (Puntius tetrazona) G115200 NA non-coding NC_056714.1 CM032083.1 21997010 ~ 22001617 (+)