XLOC_008252 (rcbtb2)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_008252
gene name rcbtb2
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 3125136 ~ 3162586 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00016626
acagtataacgTTACCGATATTAGCAGTTAATATGTGGTTTTGCTGTAGTCACCATGTCTTGTAAGGGAAGTTTGAAATCCTGTGTCGCTCAAATCCACCCATATGAGACACTGCCAGCTGAGAGAGGACTGAACATCCACCTCAACTCGCAGACATGCAGAATTGACGCTTTACTCCACCATCTCCATCCTAATCTGCCACAGGAATGAAGACCTTGACGATTCATTTAACACGAGAGTAGTATGCTGGACGTGGGGAAGTGGCCGGTGTTCGCCCTCCTGCCCCCTGAGGAACTACGGCTCATCCGTCAGGCCTGTGTGTTTGGCAGTGCTGCCAATGAGGCCATCTATGTTACTGTCAATGATGAGgtGTTTGCTCTGGGCACAAACTGCAGTGGTTGTCTAGGTCTGGGGGACACTCAGAGCACCATAGAGCCCAGGCGGATCGACATCTTGTGTGGGAAGAAGATCATCTCTTTGAGCTACGGCACTGGTCCACACGTGGTCATCGCCACTGCAGATGGAGAGGTTTATGCCTGGGGTCACAACGGCTACAGTCAACTGGGAAACGGCACCACCAATCACGGCCTGACGCCCGCACTGGTTTCCACCAACCTCATTGGGAAGCGGGTGACGGAGGTTTCCTGCGGTTCTCACCACACCATAGCCCTTACCACAGATGGAGAGGTATACGCCTGGGGCTACAACAACTCGGGTCAGGTGGGCTCTGGATCCACAGCCAATCAGCCCACTCCTCGGCGGGTCAGCAGCTGCCTGCAGAACAAGGTGGTGGTGAACATCGCCTGCGGACAGCTCTGCTCTATGGCCGTCCTGGACAATGGAGAGACATACGGCTGGGGTTATAACTGCAATGGGCAGCTCGGTTTGGGCAACAACGGCAATCAGCAAACCCCTTGCCGGATCGCCGCCTTACAGGGAATCAACATCATACAGgTGGCGTGTGGATACGCTCACACACTGGCTCTCACAGACGAGGGATTTGTTTACTCTTGGGGAGCGAACTCTTATGGGCAGCTGGGCACAGGCAATAAGAGCAACCAGGCGGTGCCCACCCTCATCAACATGGACAAGGAGAGGATGGTGGAGGTTGCTGCATGTCACACCAGTCACACATCAGCAGCCAAAACTCAGAGCGGTCAGGTGCTGATGTGGGGTCAGTGTCGCGGTCAGGCTGTGGCGTACCCTCACCTCACCCACTTCACCAGCACCGACGATGTCTTCGCCTGCTTCGCCACACCAGCCGTCACCTGGCACCTGCTGTCTGTGGATGGAGACGACTATCTGACTGTTGCCCAGTCGCTAAAGCGAGAGTTCGACAGCCCTGACATCTCTGACCTCAAGTTCCTGGTTGACGGGAAGTGTATCCACGTGCATAAAGCCCTTCTTAAAATCAGGTGTGAGCATTTCCGAGCACTGCTGAATGAAACCGACGAAGAGACCATTGAGATTCATCAGTTCTCTTATCTGGTGTATCGTGCGTTCCTGGAGTACCTGTATACTGATACGATCAACCTCCCCCCTGAAGATGCAATCGGTCTGCTGGATTTGGCCACATATTATCGTGAGAGTCGTCTGAAAAGACTGTGTCAGGAGACCATCAAGAGAGGAATCACAGAGGAGAATGCTATAACACTGCTGTCAGCGGCGGTCAAGTATGAAGCACGGGATCTGGAGGAGTTCTGCTTCAAGTTCTGCGTCAACCACCTGACGGCTGTCACTCAGACGCAGGCCTTCGCTGACATGGACCACGACCTGCTGAAGAACTTCATCAGCAAAGCCAGCCGCTACGGGGCCTTCAAAAACTGACAGATCCAGcgtagaaagagagagagagagagagagagagagaggtattCTGTTCTGGATTGTTAATTTCAAATACCTCGGATTTGGAGAGACAAAAGCCAAATTCTTGAGGTTTTGAGGGTGGAGAAGTGGGAAACCACTGCACTGGTTGTCTTCAGGGTCCCAGTGCCTTTACATTTGATCCCCATCTGAAGCACCATGAAAGACTGGGTTGAAAGGGACCAGGAAGGTGTAAAAGATTCATTGTAAAAAACATTAACTCAGCTTCAAGTAAACAACTTTGACTTAACATTGACTCAACaacaaaattgtaaggcaacttgctgtaCAGTGTTTTTTTAGTTGAGTCCACTGAAATCCTGTCATCTGAAGTacttgggttaaaagttgagtcaattCCTAAAGAAGCTGTGTAGCCTTACAATTTGAAGTTGACTCGACTTAAAATAGTAAAGCTGcacagttttttttaagttgactccACTTATATCGTGTCATCAGCAGTACTTGGCTTAAAAGTTGAGTAAAGTCAAAAAAAGCTGCGCAGCTACACAGTTTTAAGTTGATTTGACCTAAAATTGTAAGGCTGCAGAGTTTTTTGAGTTGACTCTACTTGAATCGTGTAATCCGCTGTACTTAAAAagggttaaaagttgagtcaactcaaaaaaaaagttgtattacaaaaaaaaattgagttgacTCAACTGAAGTCGTATAATCTGCAGTACTTGGGTTAAAAGTCGAgggaactcaaaaaaaaaaaaaaaactgcgcaGCCGTACAATTTAAAGTTAACttgacttaaaattgtaaggctaCACAGTTTTTTTTGAGTAAACTCCACCTAAATCGTGTCATCTGCAGTacttgggttaaaagttgagtcaactgaaAAAGCTGCGCatccttacaattttaagttgactggacttaaaattgtaaggctgCACAGTTTTTTCAGTTGACAGCACTTAAATGGTGTCATCTGCTGTACTTGGGTTAAAAGTGGAGTCaactcaaaaaacaaacaaactgtgcagccttacaattttaagttaacttgacttaaaattgtaaggctgcacagttttttttttgagtaaacgCCACCTAAATCGTGTCACCTGCAGTACTTGGGTTAAAAGTGGAGTCAACTTAAAAAACTGTGCAGCTTTACTGtcttaagttaagtcaacttaaaattgtaaggccgCAGTTTTTTGAGTTGACTCCACTTAAATCATGTAATCCGCTGTACTTGGGTTAAAAGTGGAGtcaactaaaaaaacaaacaaactgtgcaGCCTTACAACTTTAAGTTGACTTGACTTAATATTGTAAGGCTGCACagtttttttgagttgactcaacttaagtCATGTCATCTGCTGTACTTGGGTTAAaatttgagtcaactcaaaaactGTGcggttttacaattttaagtcgagttaacttaaaattgtaaggccgCACAGTTTTTTGAGTTGACTCCACTTAAATCGTATCATCTGCAGTAAAAGGATTAAAAGTCGAGTTAACTCAAAAAATCTGCAcagccttacaattttaagttgactgGACCTAAAATTATAaggctgcagtttttttttagctGACTCCTCTTAAATTATGTCATATGGTTTACTTGGCTTAAAaattgagtcaactcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagctgcgcagccttaaaattttaagttgcgTTAACTTCAAATTGTAAGgctgcacagttttttttttggagtagACTACACTTAAATTGTGTCATCTGCAGTTAACTCAAAGCTGTGCAGCCATAGAATTtcaagttgactcaactttttatttgtttgtaatgATTGAAATcactgaacaaacaaaaaaaggaaggGATTGAAATATGAAAAAGCAAAAGGGAAGAACCGTTTTGTGTATATGAGATGGTTGATCGAGAAAGACTTCTTCATTTGTTTTCCTAATAGATTTACAGCCTGAAGTTTAAATTTAAAGGGACCGtacacccaaaactgaaaattccgtCATCTTCTTCAGAACCATTCAGTtaacattgacttttatagtatttgttttcccaaCTATGGATGATATTTCTAAAAATTTGAACCACTTGAGAGAGAATAAATAATGAGTTAATTTTGTTTTGGgggaactgttcctttaagagaTTATTCGACAGGTTATCCATCCTAAATTGGTCTCCTATTGTCACAATGGCCTTTATAAATCTGGCCAACAACCAAACAAAGATGATCCTGTGTCATTGGAGAtcatgattcatttttttttcttcagaccTTAGCAGGAGCTTTGATGTAGCAATACGTCACATTTAGAGTGTTCTAGCATTGTTTTGAAATGTACTATAGTGACTTTGGCACTAGATTAATTTACAGATCAGAGTAATGTCATTTTTTATTGactattatgtgttttttttgtcatgtttgcTGTCTTTTTGTGTATCAGTGTTATTTTGAGCATGTCAGAAAGGTCACTGCTTTCGTCCAGTCGTATTTTTACAAGCACTAATAAGCGAATCGTGCAAAAGCTGTGGAGAAAATAATGGCAGAACCGTATTTCACCTCAAAATCTACAAATAAATttgtacatatatttaaatataaatgtaaatattaagagacctcttaaaacagtttttttctggATTTACTGTGGATTTAGTAGATTTGTTAGGTATGAgtttgaatgaaaaaataaataaataaattaataaaattatatataaatttacttaAATCCCATGAGCCCACTGAAGAGGTGTTGGCATAATCGAAAAATGGCAGAGAGGGCCAATACATTGCAACAATAATGTGACAGATGTAATACATTTGAATTCTATTCAATACTATATGTATATAAATCATTCATACTAtttgtaaaatactttttaaataactgaaaactgtttaaattcaaacaaatttttcattttttttgtgaaaaaaatggggaaaaaatggctaaaaaagttaaaacattggttatgtgttgtttaaaataaataaataaatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataaacagagaaaaaaacgctc

Function

symbol description
rcbtb2 Orthologous to human RCBTB2 (RCC1 and BTB domain containing protein 2).

GO: NA

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-071016-3 Orthologous to human RCBTB2 (RCC1 and BTB domain containing protein 2).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000090687

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00016626 True 4967 mRNA 0.40 12 3125136 3162586

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_008251 NA coding upstream 135185 2988791 ~ 2989951 (+)
XLOC_008249 mre11a coding upstream 235035 2856696 ~ 2890101 (+)
XLOC_008250 NA coding upstream 259207 2865624 ~ 2865929 (+)
XLOC_008248 NA coding upstream 269507 2844812 ~ 2855629 (+)
XLOC_008247 NA coding upstream 309422 2814070 ~ 2815714 (+)
XLOC_008253 CABZ01053592.1 coding downstream 7388 3169974 ~ 3201297 (+)
XLOC_008254 NA coding downstream 56548 3219134 ~ 3223448 (+)
XLOC_008255 NA coding downstream 75009 3237595 ~ 3239957 (+)
XLOC_008256 LO017656.2 coding downstream 83889 3246475 ~ 3251221 (+)
XLOC_008257 foxo1a coding downstream 121830 3284416 ~ 3379041 (+)
XLOC_008463 BX663520.1 misc downstream 18089605 21252191 ~ 21252282 (+)
XLOC_008246 CR382327.3 non-coding upstream 439430 2685055 ~ 2685706 (+)
XLOC_008258 NA non-coding downstream 220228 3382814 ~ 3383114 (+)
XLOC_008259 FO704837.1 non-coding downstream 343723 3506309 ~ 3506423 (+)
XLOC_008260 NA non-coding downstream 364819 3527405 ~ 3529781 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000092_00290289_00332484 RCBTB2 coding CI01000092 null 290289 ~ 332484 (+)
bowfin (Amia calva) AMCG00016044 rcbtb2,LOC107699818,LOC107593467,LOC107561474 coding CM030122.1 CM030122.1 3799589 ~ 3817285 (+)