XLOC_008269


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_008269
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 4313091 ~ 4321015 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00018878
ggataaaaatgttcattttctaaATGAGGAGCGCTCATTTATGTTGTTCACTGTATACCTGTTACAGTACAAACTATCCTCGCGCGACCCCCCGGCGCTCCAGTTGCCATGGGTAACGTACGCCAGTCTATAAAGCGTTGTGCAACTCAAGACGCTCTCTCGTAGCCACTCCCTGTAAACAAACCAGCAAGCCTCGAACAAAGAGAAACGAATAATAAAAAACCAGTTCGTCACGGGTTGTAAATTTAACAGAAAGGAATCTGCGCTATTCCAGAAAAACCAACGAGTTCGGTTTGTCGTGTTCGTGTCAACTGCTTGATGGTTTCTGGGAACCCACGCGCGGAATGAAGGCAACATATTTCTGCATCTTGGATAACACCCAAACCCTGCATCGTTTAAATGAGAAGAGAACTGCAGTAAATTGCTGGCCCGATATCAGAAGatgtgaattgcattatgaaacCTAAATTTATCtaaatt
>TCONS_00018879
ggataaaaatgttcattttctaaATGAGGAGCGCTCATTTATGTTGTTCACTGTATACCTGTTACAGTACAAACTATCCTCGCGCGACCCCCCGGCGCTCCAGTTGCCATGGGTAACGTACGCCAGTCTATAAAGCGTTGTGCAACTCAAGACGCTCTCTCGTAGCCACTCCCTGTAAACAAACCAGCAAGCCTCGAACAAAGAGAAACGAATAATAAAAAACCAGTTCGTCACGGGTTGTAAATTTAACAGAAAGGAATCTGCGCTATTCCAGAAAAACCAACGAGTTCGGTTTGTCGTGTTCGTGTCAACTGCTTGATGGTTTCTGGGAACCCACGCGCGGAATGAAGGCAACATATTTCTGCATCTTGGATAACACCCAAACCCTGCATCGTTTAAATGAGAAGAGAACTGCAGTAAATTGCTGGCCCGATATCAGAAGgaaatggacgtttttaccAGGACAACACTGCTACAgacgagggtgtgctacagaggactgcatcattttatcgctcaccgggttacatagactGAAGCAGGCAAGCGTCATCatggtgtttacctggtgccatgagctaaagcctaggaggacacttaagcatGTCACTCCtaaagagattgtgattttg
>TCONS_00018880
GCTCTCTCGTAGCCACTCCCTGTAAACAAACCAGCAAGCCTCGAACAAAGAGAAACGAATAATAAAAAACCAGTTCGTCACGGGTTGTAAATTTAACAGAAAGGAATCTGCGCTATTCCAGAAAAACCAACGAGTTCGGTTTGTCGTGTTCGTGTCAACTGCTTGATGGTTTCTGGGAACCCACGCGCGGAATGAAGGCAACATATTTCTGCATCTTGGATAACACCCAAACCCTGCATCGTTTAAATGAGAAGAGAACTGCAGTAAATTGCTGGCCCGATATCAGAAGGTAGATTACACTGATTGGCTTATAGACAAGACAAAGATAAAGTGTATCCAGATTTCTCAAGTGTATCCACAAGCCGACATTCAGCATTGTCTGGATCCTACCTTTACATCTTACCTCTTTTTGAAAACGTCAGGTATAAATGAATACGCTATGAGTTAGATTTGAACACTTCAAACATTAGCATTCTGCAGTGTTGTGTTGTTAGCACACCACAGTGCATAGTAGTCTAGATGAAATATAATAATTCTGGGTTGTTTAAAGCCAAATTTGAGTAAAATTTGgacaaactattttttattataaaatttttagCCGAAGGGTTGTTTTTCTCCACATTTTAACAtccaaattttgtaaaaaaaaataaaaattaaaaataaacagcattttttaggtatatttgttaacaaaaaaaaaaaaaattaaaatgctgtACGTCTTTACTCACCTTTacttaaagtcaactaatcgttttaaaagcaacaggtttactcacttattttaagaaaggtcaactaatcaatttaaaaaacaggtttactcacttattttaagtaaagtcaactaatcgtttgaaagcaacaggtttactcactaattttaagtaaagtcaactaatcgctttaaaagcaacaggtttactcactattttaagtaaagtcaattaatcgctttaaaaacaacaggtttactcactattttaagtaaagtcaactaatcgatttaaaagcaACATGCTAACCTATTTTAAGAAaggtcaactaatcactttaaaaaacaGGTTAACTCActaattttaagtaaagtcaactaatcgctttaaaaacaacaggtttactcactattttaagtaaagtcaactaatctatTTAAAAGCAACAGGCTAACCTACTTATTTTAAGAAaggtcaactaatcactttaaaaacagGTTTACTCCctaattttaagtaaagtcaactaatcgctttaaaaacaggttaactcacttattttaagtaaagtcaactaatcgctttaaaaacaacaggtttactcactattttaagTAACGTCAACTAAtcaatttaaaagcaacaggCTAACCTACTTATTTTAAGAAAGGTctactaatcactttaaaaaacaggtttactcacttattttaagtaaagtcaactaatcgctttaaaagcaacaggtttttGTGGGATTTAACAAAAACAGTGTGGAAGCATTTAAAATCATAGTTACAGCACAGTTAAGGTCAAACATTTTATGACAAAAGTGTGTGAATTCAAAGCTGACAAAATTTCAAGAAAGAGAACACGATAAAATGTTCAGCAGTACATCAAGGTTACATTCATAGTACACTgatataaaatgtacttttagGATGATTGcgaagtatttgtttatttaaaataaggatACCAAG
>TCONS_00018881
tcatcaagtgaagGAATGAAGGCAACATATTTCTGCATCTTGGATAACACCCAAACCCTGCATCGTTTAAATGAGAAGAGAACTGCAGTAAATTGCTGGCCCGATATCAGAAGGTAGATTACACTGATTGGCTTATAGACAAGACAAAGATAAAGTGTATCCAGATTTCTCAAGTGTATCCACAAGCCGACATTCAGCATTGTCTGGATCCTACCTTTACATCTTACCTCTTTTTGAAAACGTCAGGTATAAATGAATACGCTATGAGTTAGATTTGAACACTTCAAACATTAGCATTCTGCAGTGTTGTGTTGTTAGCACACCACAGTGCATAGTAGTCTAGATGAAATATAATAATTCTGGGTTGTTTAAAGCCAAATTTGAGTAAAATTTGgacaaactattttttattataaaatttttagCCGAAGGGTTGTTTTTCTCCACATTTTAACAtccaaattttgtaaaaaaaaataaaaattaaaaataaacagcattttttaggtatatttgttaacaaaaaaaaaaaaaattaaaatgctgtACGTCTTTACTCACCTTTacttaaagtcaactaatcgttttaaaagcaacaggtttactcacttattttaagaaaggtcaactaatcaatttaaaaaacaggtttactcacttattttaagtaaagtcaactaatcgtttgaaagcaacaggtttactcactaattttaagtaaagtcaactaatcgctttaaaagcaacaggtttactcactattttaagtaaagtcaattaatcgctttaaaaacaacaggtttactcactattttaagtaaagtcaactaatcgatttaaaagcaACATGCTAACCTATTTTAAGAAaggtcaactaatcactttaaaaaacaGGTTAACTCActaattttaagtaaagtcaactaatcgctttaaaaacaacaggtttactcactattttaagtaaagtcaactaatctatTTAAAAGCAACAGGCTAACCTACTTATTTTAAGAAaggtcaactaatcactttaaaaacagGTTTACTCCctaattttaagtaaagtcaactaatcgctttaaaaacaggttaactcacttattttaagtaaagtcaactaatcgctttaaaaacaacaggtttactcactattttaagTAACGTCAACTAAtcaatttaaaagcaacaggCTAACCTACTTATTTTAAGAAAGGTctactaatcactttaaaaaacaggtttactcacttattttaagtaaagtcaactaatcgctttaaaagcaacaggtttttGTGGGATTTAACAAAAACAGTGTGGAAGCATTTAAAATCATAGTTACAGCACAGTTAAGGTCAAACATTTTATGACAAAAGTGTGTGAATTCAAAGCTGACAAAATTTCAAGAAAGAGAACACGATAAAATGTTCAGCAGTACATCAAGGTTACATTCATAGTACACTgatataaaatgtacttttagGATGATTGcgaagtatttgtttatttaaaataaggatACCAAG

Function

GO:

id name namespace
GO:0008281 sulfonylurea receptor activity molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00018878 False 480 lncRNA 0.43 3 4313091 4320629
TCONS_00018879 False 632 lncRNA 0.46 3 4313091 4321015
TCONS_00018880 False 1705 lncRNA 0.32 2 4313244 4319929
TCONS_00018881 True 1529 lncRNA 0.30 2 4317326 4319929

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_008268 NA coding upstream 358400 3949880 ~ 3954691 (+)
XLOC_008267 CABZ01061591.1 coding upstream 387102 3825117 ~ 3925989 (+)
XLOC_008266 CABZ01061592.1 coding upstream 496334 3808996 ~ 3816757 (+)
XLOC_008265 RNF14 coding upstream 508671 3766101 ~ 3804420 (+)
XLOC_008264 NA coding upstream 594708 3682312 ~ 3718383 (+)
XLOC_008270 NA coding downstream 207534 4528549 ~ 4531965 (+)
XLOC_008271 NA coding downstream 232881 4553896 ~ 4554428 (+)
XLOC_008272 si:dkey-35i13.1 coding downstream 311767 4632782 ~ 4635819 (+)
XLOC_008273 rnf169 coding downstream 648113 4969128 ~ 4985077 (+)
XLOC_008274 spcs2 coding downstream 667174 4988189 ~ 4999810 (+)
XLOC_008463 BX663520.1 misc downstream 16931176 21252191 ~ 21252282 (+)
XLOC_008262 NA non-coding upstream 717832 3593339 ~ 3595259 (+)
XLOC_008260 NA non-coding upstream 783310 3527405 ~ 3529781 (+)
XLOC_008259 FO704837.1 non-coding upstream 806668 3506309 ~ 3506423 (+)
XLOC_008278 NA non-coding downstream 935486 5256501 ~ 5256782 (+)
XLOC_008289 NA non-coding downstream 1147083 5468098 ~ 5471508 (+)
XLOC_008291 NA non-coding downstream 1520542 5841557 ~ 5853342 (+)

Expression


Co-expression Network