G134694


Basic Information

Item Value
gene id G134694
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000026
NCBI id null
chromosome length 17172400
location 12881258 ~ 12883309 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU153182
GATTTCACCTGCTCATTTAGAAATGGCACATTTGAGAACCAAATGTTTTGACCATGAACTTTAGCAATGAAATATAATATTACACTCCTCAGAATGGGAATGATGGGTTGCTGCAAATGTTTCAGAGTAAGCCACATTTCCACTTTTAAAAAGCTTTGTCCAAAGACTTCCATTCAACATGGTATAATACAACAAACTCATATCAGGTTTGTAATGATGCATATTAACACACACTGATACACATACACCTTTAGATTGTGAAAAGAAAAGATTTACATATATCTGAATCCTTTTATGCTAATAGTCACAACCGTCAAACGTATTTCTTCTTCCATGTGAAGACTCCAGGTGAAATTTTACTATTGTGGTATGAAAGTTAAACAGCACATCCACAACAGTCAGATAATGACCTCAAAGAGCCACCACATAAAAGTCCTGCGAAACAGAGACACACAGATCCATGGGATTGATTTGCCTAGATCAGCAGCCAATAATAATTATGCAAAAAAAATTCATTGCTGGTAGGGAAATGTCAGTGAGAGCACCAATTTGTAGTCACTGCATCAAAGTCTTGCAAGAGTTTCCCTTAATCAGACAAAGAGGATGGAAAAATGTGAAAACAGAACAGTTTCAGCTTGAACCAAAAAGCATACTGGCAAAATCAACATGCAAAAAATAAGCACTAGTGCTCATGCGCACACGTACCATACAACCTGAAAATAGCGAAGATGACCCCCTGACCCCCCCCCCAAAAATAAAATAAAATAAAATAATAAAATGTCTGGAGCTGAACAAATCTGAATAAAACAGCAATCACTTACATAGCAACAGACACAAATATTATAGCTAGTTGACCTATGAAGATCATCTGCAGTTAAATAATATTTGCACCAACGGGATGAAAAAAGAAATTAAAACAAACCATAATAAAAATTTTTTTTATACTTTTAAACATTATGTCCTTATGAAAACTGAATGACCTTTATGCTATAACCACACTCGAGCAAGGAGTATGGTTACTTAAACACACACAAAGACAAAAACATGTTAGTTCACCTGCAGTGATGTTGGTTGGACATTCTCACATTCAAAGCACACACACACACACACACACACCTGTAACAAGCAATTTAAAACACCAAATATGCATGAAAAACAAGCCACTCCACCTTTCTTACATACCTGGCGACCTTTAAATTGCATCTCTTTTCAAGTCTGTAATGGCCACGTTTGAAATAGTAACAGCACCCTCTACTGTAACTAATGATTGAGGTAATGTGTACTAAGTGATATGATATGCTCAGGTGCTTTCATGATATGTAGTGGTGATGTTGGGTACCAATGTCACTTTAAACATTTGATACCCAAAAAGTTTACACAAAAACATACAGTTGACCAATGACGACAATTGACCCAAAGATTCCCCATCTGAAAAGTAACATTTTGACCATTCAAATCATTTCATCCCAGCAGATTTAAAGAAAAACATAAATGATTAGCTCAATGAACCTATCCAAAGAACTTCTTCCCTACTGCCAGTGTGCTAAAAACATCCAAAGTCCCTCTTCACAAACACATACCAGCACTATAGTGCCTCTATTTAAGTTGAAATACTTCAGACTTTGAACATCATCTGATATACACCCAGTAAAAAAACTCCAGTCTCTCCTGATACATTATTGATGGACAAGTCTGTCAAACCAGATTCACGTAACAGTTAAATCCCAGCTGAGGTAGGTGTCCAGAGAGTTCAGCTGCAATGTGTCAATTCTGATGAAGAGATTTAAAATAAAATATAAGCAGCCAATAGGATGAGTCTGCGATGCCACCGAAGGAGGTGGGAATCACTGTCAATAAGTCCAACATGGAGAATCAGAGGCTATCTGAGCCCAGCTCTTGAGGTCATCCACT
>TU153184
GATTTCACCTGCTCATTTAGAAATGGCACATTTGAGAACCAAATGTTTTGACCATGAACTTTAGCAATGAAATATAATATTACACTCCTCAGAATGGGAATGATGGGTTGCTGCAAATGTTTCAGAGTAAGCCACATTTCCACTTTTAAAAAGCTTTGTCCAAAGACTTCCATTCAACATGGTATAATACAACAAACTCATATCAGGTTTGTAATGATGCATATTAACACACACTGATACACATACACCTTTAGATTGTGAAAAGAAAAGATTTACATATATCTGAATCCTTTTATGCTAATAGTCACAACCGTCAAACGTATTTCTTCTTCCATGTGAAGACTCCAGGTGAAATTTTACTATTGTGGTATGAAAGTTAAACAGCACATCCACAACAGTCAGATAATGACCTCAAAGAGCCACCACATAAAAGTCCTGCGAAACAGAGACACACAGATCCATGGGATTGATTTGCCTAGATCAGCAGCCAATAATAATTATGCAAAAAAAATTCATTGCTGGTAGGGAAATGTCAGTGAGAGCACCAATTTGTAGTCACTGCATCAAAGTCTTGCAAGAGTTTCCCTTAATCAGACAAAGAGGATGGAAAAATGTGAAAACAGAACAGTTTCAGCTTGAACCAAAAAGCATACTGGCAAAATCAACATGCAAAAAATAAGCACTAGTGCTCATGCGCACACGTACCATACAACCTGAAAATAGCGAAGATGACCCCCTGACCCCCCCCCCAAAAATAAAATAAAATAAAATAATAAAATGTCTGGAGCTGAACAAATCTGAATAAAACAGCAATCACTTACATAGCAACAGACACAAATATTATAGCTAGTTGACCTATGAAGATCATCTGCAGTTAAATAATATTTGCACCAACGGGATGAAAAAAGAAATTAAAACAAACCATAATAAAAATTTTTTTTATACTTTTAAACATTATGTCCTTATGAAAACTGAATGACCTTTATGCTATAACCACACTCGAGCAAGGAGTATGGTTACTTAAACACACACAAAGACAAAAACATGTTAGTTCACCTGCAGTGATGTTGGTTGGACATTCTCACATTCAAAGCACACACACACACACACCTGTAACAAGCAATTTAAAACACCAAATATGCATGAAAAACAAGCCACTCCACCTTTCTTACATACCTGGCGACCTTTAAATTGCATCTCTTTTCAAGTCTGTAATGGCCACGTTTGAAATAGTAACAGCACCCTCTACTGTAACTAATGATTGAGGTAATGTGTACTAAGTGATATGATATGCTCAGGTGCTTTCATGATATGTAGTGGTGATGTTGGGTACCAATGTCACTTTAAACATTTGATACCCAAAAAGTTTACACAAAAACATACAGTTGACCAATGACGACAATTGACCCAAAGATTCCCCATCTGAAAAGTAACATTTTGACCATTCAAATCATTTCATCCCAGCAGATTTAAAGAAAAACATAAATGATTAGCTCAATGAACCTATCCAAAGAACTTCTTCCCTACTGCCAGTGTGCTAAAAACATCCAAAGTCCCTCTTCACAAACACATACCAGCACTATAGTGCCTCTATTTAAGTTGAAATACTTCAGACTTTGAACATCATCTGATATACACCCAGTAAAAAAACTCCAGTCTCTCCTGATACATTATTGATGGACAAGTCTGTCAAACCAGATTCACGTAACAGTTAAATCCCAGCTGAGGTAGGTGTCCAGAGAGTTCAGCTGCAATGTGTCAATTCTGATGAAGAGATTTAAAATAAAATATAAGCAGCCAATAGGATGAGTCTGCGATGCCACCGAAGGAGGTGGGAATCACTGTCAATAAGTCCAACATGGAGAATCAGAGGCTATCTGAGCCCAGCTCTTGAGGTCATCCACTCTAAACCCTGACACAGCCTGAAAAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGA
>TU153186
GATTTCACCTGCTCATTTAGAAATGGCACATTTGAGAACCAAATGTTTTGACCATGAACTTTAGCAATGAAATATAATATTACACTCCTCAGAATGGGAATGATGGGTTGCTGCAAATGTTTCAGAGTAAGCCACATTTCCACTTTTAAAAAGCTTTGTCCAAAGACTTCCATTCAACATGGTATAATACAACAAACTCATATCAGGTTTGTAATGATGCATATTAACACACACTGATACACATACACCTTTAGATTGTGAAAAGAAAAGATTTACATATATCTGAATCCTTTTATGCTAATAGTCACAACCGTCAAACGTATTTCTTCTTCCATGTGAAGACTCCAGGTGAAATTTTACTATTGTGGTATGAAAGTTAAACAGCACATCCACAACAGTCAGATAATGACCTCAAAGAGCCACCACATAAAAGTCCTGCGAAACAGAGACACACAGATCCATGGGATTGATTTGCCTAGATCAGCAGCCAATAATAATTATGCAAAAAAAATTCATTGCTGGTAGGGAAATGTCAGTGAGAGCACCAATTTGTAGTCACTGCATCAAAGTCTTGCAAGAGTTTCCCTTAATCAGACAAAGAGGATGGAAAAATGTGAAAACAGAACAGTTTCAGCTTGAACCAAAAAGCATACTGGCAAAATCAACATGCAAAAAATAAGCACTAGTGCTCATGCGCACACGTACCATACAACCTGAAAATAGCGAAGATGACCCCCTGACCCCCCCCCCAAAAATAAAATAAAATAAAATAATAAAATGTCTGGAGCTGAACAAATCTGAATAAAACAGCAATCACTTACATAGCAACAGACACAAATATTATAGCTAGTTGACCTATGAAGATCATCTGCAGTTAAATAATATTTGCACCAACGGGATGAAAAAAGAAATTAAAACAAACCATAATAAAAATTTTTTTTATACTTTTAAACATTATGTCCTTATGAAAACTGAATGACCTTTATGCTATAACCACACTCGAGCAAGGAGTATGGTTACTTAAACACACACAAAGACAAAAACATGTTAGTTCACCTGCAGTGATGTTGGTTGGACATTCTCACATTCAAAGCACACACACACACACACACACCTGTAACAAGCAATTTAAAACACCAAATATGCATGAAAAACAAGCCACTCCACCTTTCTTACATACCTGGCGACCTTTAAATTGCATCTCTTTTCAAGTCTGTAATGGCCACGTTTGAAATAGTAACAGCACCCTCTACTGTAACTAATGATTGAGGTAATGTGTACTAAGTGATATGATATGCTCAGGTGCTTTCATGATATGTAGTGGTGATGTTGGGTACCAATGTCACTTTAAACATTTGATACCCAAAAAGTTTACACAAAAACATACAGTTGACCAATGACGACAATTGACCCAAAGATTCCCCATCTGAAAAGTAACATTTTGACCATTCAAATCATTTCATCCCAGCAGATTTAAAGAAAAACATAAATGATTAGCTCAATGAACCTATCCAAAGAACTTCTTCCCTACTGCCAGTGTGCTAAAAACATCCAAAGTCCCTCTTCACAAACACATACCAGCACTATAGTGCCTCTATTTAAGTTGAAATACTTCAGACTTTGAACATCATCTGATATACACCCAGTAAAAAAACTCCAGTCTCTCCTGATACATTATTGATGGACAAGTCTGTCAAACCAGATTCACGTAACAGTTAAATCCCAGCTGAGGTAGGTGTCCAGAGAGTTCAGCTGCAATGTGTCAATTCTGATGAAGAGATTTAAAATAAAATATAAGCAGCCAATAGGATGAGTCTGCGATGCCACCGAAGGAGGTGGGAATCACTGTCAATAAGTCCAACATGGAGAATCAGAGGCTATCTGAGCCCAGCTCTTGAGGTCATCCACTCTAAACCCTGACACAGCCTGAAAAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU153182 False 1911 lncRNA 0.37 2 12881258 12883226
TU153184 False 1988 lncRNA 0.37 2 12881258 12883309
TU153186 True 1992 lncRNA 0.37 2 12881258 12883309

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000026_12867260_12871481 NA coding upstream 9538 12867211 ~ 12871720 (+)
CI01000026_12706512_12707086 NA coding upstream 174106 12705293 ~ 12707152 (+)
CI01000026_12653232_12657339 CHPF2 coding upstream 223422 12653072 ~ 12657836 (+)
CI01000026_12582462_12589223 GAREM, GAREM1 coding upstream 291701 12582304 ~ 12589557 (+)
CI01000026_12562467_12570436 DPH2 coding upstream 310484 12562467 ~ 12570774 (+)
CI01000026_12929788_12932668 HRH3 coding downstream 46330 12929639 ~ 12933391 (+)
CI01000026_12966022_12977066 ORC6 coding downstream 82287 12965596 ~ 12977588 (+)
CI01000026_13019100_13028307 GPT2 coding downstream 134811 13018120 ~ 13029368 (+)
CI01000026_13218786_13290069 PHKB coding downstream 335477 13218786 ~ 13290154 (+)
CI01000026_13318769_13335447 NA coding downstream 434774 13318083 ~ 13336525 (+)
G134699 NA non-coding upstream 31478 12849287 ~ 12849780 (+)
G134691 NA non-coding upstream 70545 12803819 ~ 12810713 (+)
G134689 NA non-coding upstream 79651 12789703 ~ 12801607 (+)
G134688 NA non-coding upstream 91634 12789210 ~ 12789624 (+)
G134686 NA non-coding upstream 92857 12788193 ~ 12788401 (+)
G134753 NA non-coding downstream 101538 12984847 ~ 12997454 (+)
G134759 NA non-coding downstream 121456 13004765 ~ 13004965 (+)
G134761 NA non-coding downstream 122133 13005442 ~ 13005669 (+)
G134762 NA non-coding downstream 122663 13005972 ~ 13006174 (+)
G134701 NA non-coding downstream 149486 13032795 ~ 13033881 (+)
G133542 NA other upstream 1404351 11476117 ~ 11477544 (+)
CI01000026_11241496_11246081 NA other upstream 1626185 11241496 ~ 11246204 (+)
CI01000026_11075931_11078249 MDK, MDKA other upstream 1802178 11075784 ~ 11079080 (+)
G133192 NA other upstream 2719297 10159819 ~ 10161961 (+)
G132667 NA other upstream 3312098 9568739 ~ 9569160 (+)

Expression


Co-expression Network