XLOC_008928


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_008928
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 2323666 ~ 2328284 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00017640
CTGACTCCCTATTGTTTGTTGTGTGCAATTAGGATCAATTCCCTCTTCGTTTCTTAGCTAAAGTGCATGTTTTCTTTGGCTTGGCTGAGGATGTGTTAAACGGATGAGAGGAGAGTCtgccgacgcacacgatgagctgactggacaaacttATTGCgatgggaaagccctccacacagagAACACAAGGCACCCAGAAGCAGCCAGGGAAAAGCTGCCAGCAAGCTTGTGTTGGTCGTACCCTAAGGCTTGTGCACCCCAGAGCCCCAAATCTCTGAAGATCCACTAGCCCCCATCGATCCCTTTTACAGCTCCTGAATAATAAATTCCAGCCCCCCTCGGTCCCGCACAAAAGCCCGACAGGGCCTGGGGTTGGGCTTAAACCCCACTAATTACATCAGCACTGAAAGGAAATCATTGATCAACGGCATTGTGAGACACTCAACTGCCAACCAGAACTGAATCAATGAAATCAATGAGCAGCTTCTCAAGACGTCTGACCATCTGGGTTTCAAATCATGTTTTTACACTAACAATATGAAGCAGAATAAATAAGACATTTGGGGAAcgctttagtttaagtaacaatccCCACCATTACCTACTTATAAAGAATGAatgacttattttacatccctaatacaACCTGATACCTAACCTACTACTGTACTAACCCCAACTACTACCACACTGACTAATAATAAGCAGCTATTTTTTAGTTAATTGAGCTAGAAGTCTTAGTGAATGGTTTGTTGATAAGAAGAATTGCACATTAAAATAGTCCGACATAAGCGAAGTAAGTGTGACCAACATTTGGATGCTTTTGAAGAAAACCAGCTGTATCTAATATAGCATTTTATTAACCAGAAATACAGTATTCAATATTCTTTAAACACTTTGAATATATCTGCATTTCTTGACattgtaaaattaattttaaaatggtcacactttattttaatgttaaatgaaATTAAGTAAAATTATGTGATTTTACTGTGTATGTAATGTTacatataataaacataacataatgtaatatatattatatacaagtacatccaggaggttgttatcacagaataaagcctgaaTGGCATATCGGTAGACTGAAgggcattgtaaaaaaaataaacgttattttacaggtaattgtattattattattttttacagaattttcca
>TCONS_00019112
TGTGCCAACTCGCTGGCCTTTTGTTCAGTTGGTTTGTGCCGCCCACTAAAGCCCGTCTCCGCTGAGCTTTCCTCTTCACACCTACACAGGGCGTTACACAATTCAACCCTAAAGAGAGCTCGCTTTAAACCCCCCATTCCTGACTCCCTATTGTTTGTTGTGTGCAATTAGGATCAATTCCCTCTTCGTTTCTTAGCTAAAGTGCATGTTTTCTTTGGCTTGGCTGAGGATGTGTTAAACGGATGAGAGGAGAGGTAAGCAGGTGGCTAATTCACCAGGCTTTTTGTTTTCTTATACTCTTACTTTTGGTTCTATTAGGAGTAGTAAACAGGAAACCGCGTCTGACTTAGTAAAGCCGATGAGCAGCTTTAGTAGACGGAAGGTAAACTGTGCTATTGTAACTGGGCTAATGGATCCAAAGCCAAGACACTTACTGTATACTACGATAGATTTGTAGCATTAATACAGTACAGCACTTGATAACTACGGTATaaacagttcaagtcagaattattcacgcttctgtgtttctttcttttctttttcttttatatttcccCAAATAAtacttaacagagcaaggaaaatttcacagtattttttataatatatatatatatatatatatatatatatatatatatattatttatttatttattttttctggagaaagtaattttttaaaaaccatttcaaggtcaatattattagcccccttaaggaaTACTTGtgttggatagtctacagaataaaccatcgttatacgatgacttgcctaattacctttactttaacctaattaacttagttaagcctttaaatgtcactttaagctgaatactagtgtcttgaaaaatatccagtataatattatgtgctgtcatcctggcaaagataaaataaactaaaactatttttaattattattattttttaaatataattatatttagaaatttgttgaaagatcttctctccgttaaacagaaattggtggaaaaacatacaggagggcttataattccgacatcaactgtatattgtaCATACACAAGAGGCTAAAAACTCGTAAGTTGGAGATGGTAGATTTGATGGCACTCATAACTTGGTAAGGAGCTTTTACTAGTACTAGTGATGATGGTAACAGTAAAAGCTCAAATGGAAATGCGTCTCTCAGCCTTcgtttttttatacataaacataaaatatttagctCCGGATGAGTTTTGCTGCAcatttcagataacaaatccactagagggcgctgtctacattttggtGAACTTAAAACAGTTCTTGTAGCGTACGTTTTGTTATACAGATCAGCTTGTGAACCACTGACCCTAACCCCTTTTcgaaacccaaccgatagtgttttcaaacagATGTAGAAGTGACCTATGATCTTTCATTGCTTTTAGCTACACTTCACAGAGCTCAAACTTGAGCGCAACACTGTACAAAATACTGAAgaacatatttccaatgagcctgtgttggatggAAGTGTCGTGATCCATGGGGAGAGCATAAGTGgtgagaaatgttgaaaaaactgTATAAAACGATGGAAAGTGCTGGTCCTTTTCtctaatcatatttttaaaattcttattTTTGGGGGCATTCTAGATGTGTAGTTACTAAGTTTTGTGTGTAAATAGGCCTAATGTAACTGGGATGTACAgaattttttcaattaaatgcaTACATTTTCTATATTATTCGGATATTTGGCTAAAAGTGCATTTTTGGACCTTAGCTGAGAGAGAATGACAGCCaaaaatttgtaaaaagaaaaaaataaatatataaaataaaaattattatttcttttaatcaagttaataaataaataaaatgcacagcCTAGCAGCGTTCAGAGTGCTGTTTTCACTCTCCAGCTATGGTCACTGTGGTGTGCAGTGCCTTTCACACTGGATGTAGAAAGCGATGTGCTATGAAACCCATTTTTTTCAATGGCTTGTGCTGTGCAACAGTGGTTTGTTGCTCCAAAGACCAAGAGCATCAGAGCTTGCACAACTAGCTTAACAGTAGATAGCTTGATTTTCTGTAGAGTGAATAGTGCACTCATGAACACTCATCTATTCATCACCAACACATGTTTGCCTGAAAAGCAAAGTCCACTCAAATAGCACACCGACAAGACATTTCGATGTAGAATTCTTGTTtgtgttgtcatagcaacagtggTAGGACGAAACCTTGTTCGACTTGTTCAAAGTCTTTATAAGTTTTTATTAGTTCAATTTAAATTGTTTAGTTACATTTAAACGTTCCTACTTatagtatttaataaaaaaaatacataattatcCCAAAGCATTTTCCAACCCAGGCccgttctgaaaacgtagtccagtggacgtttctggagaattcgaaatacgtcccaggaggtacgtatttgtgcagtttttgttttcgctaatcTGTGATAGGcagctgtgtgtgctttttcgtatctcgaatgtctctcgcgagtgccgttcgcaccCGCGGTGTtttcgcgtgaacccaccagaggccgctgtctgactgactgaatgattgagtgcgcgaccggccaatcggctgatcctccctcctccttccctaaacccaaccagttttaccgattgacccgcccacccgctcacttccctaaacccgagcaacaatttagaaaagccgtctagaaaaagaaaagccctcgcctgatttttttcaccatgttttcggatttcaccacgttctcaccctgttatgaacttgttcactttattttttggattctgtttttgtcttacctgatttctggaaccgctcttccccgaacTCGAACCCATTCGCCATGGTTAACTCCTCCTTTCTGCATTTGAAGTCtgccgacgcacacgatgagctgactggacaaacttATTGCgatgggaaagccctccacacagaggtaagcggtcagccggtaagcgcgaaagggaacggcgtcacaccgtcctgtagtgttcgcttaaaaaagatgaaatgcagccatacttacctcccgggacatatttcgcggcctccagaaacgtccacgggactatgtttttagaatgagcctgggttgccatttacatttagtttttttttttttttttttggatgatgCCAAGTGCATCCATCATTTTCAGATTCATTCTAGAGCTTTGATTGTGGTGCATGCTTAATTTGTACATAAAACGGCACAAATGAACCACTTTGATGGTTATGAGACTTAAACGATATCTGCATTTCTGTCATGTATATATAAAAACCAATGTAAAATGTAacctttatttctaaaataagATCCAAAACAATTCAGTATGACAATATGATCATGCTGGTTAGTAAAGAGGAAAAGCcgtttattaaaataagtaacaaTTCAAACCACTCATTGCCGGCTTGTTACCTGCtgattattaagatattaaatgtttattaggcgctaataaagtatgatcttattttgtaTCCTTAACCCTACCCAATTACATTGATTTGTATTGTCTGTTTGTCTTATAATGAGTGTTAAAAACACATTTCCAACctctaataattaataatctgtGCTCCCTTGATCCGCAGAACACAAGGCACCCAGAAGCAGCCAGGGAAAAGCTGCCAGCAAGCTTGTGTTGGTCGTACCCTAAGGCTTGTGCACCCCAGAGCCCCAAATCTCTGAAGATCCACTAGCCCCCATCGATCCCTTTTACAGCTCCTGAATAATAAATTCCAGCCCCCCTCGGTCCCGCACAAAAGCCCGACAGGGCCTGGGGTTGGGCTTAAACCCCACTAATTACATCAGCACTGAAAGGAAATCATTGATCAACGGCATTGTGAGACACTCAACTGCCAACCAGAACTGAATCAATGAAATCAATGAGCAGCTTCTCAAGACGTCTGACCATCTGGGTTTCAAATCATGTTTTTACACTAACAATATGAAGCAGAATAAATAAGACATTTGGGGAAcgctttagtttaagtaacaatccCCACCATTACCTACTTATAAAGAATGAatgacttattttacatccctaatacaACCTGATACCTAACCTACTACTGTACTAACCCCAACTACTACCACACTGACTAATAATAAGCAGCTATTTTTTAGTTAATTGAGCTAGAAGTCTTAGTGAATGGTTTGTTGATAAGAAGAATTGCACATTAAAATAGTCCGACATAAGCGAAGTAAGTGTGACCAACATTTGGATGCTTTTGAAGAAAACCAGCTGTATCTAATATAGCATTTTATTAACCAGAAATACAGTATTCAATATTCTTTAAACACTTTGAATATATCTGCATTTCTTGACattgtaaaattaattttaaaatggtcacactttattttaatgttaaatgaaATTAAGTAAAATTATGTGATTTTACTGTGTATGTAATGTTacatataataaacataacataatgtaatatatattatatacaagtacatccaggaggttgttatcacagaataaagcctgaaTGGCATATCGGTAGACTGAAgggcattgtaaaaaaaataaacgttattttacaggtaattgtattattattattttttacagaattttcca

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00017640 False 1185 lncRNA 0.37 3 2323666 2328145
TCONS_00019112 True 4619 lncRNA 0.37 1 2323666 2328284

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_008927 AL954387.2 coding downstream 57583 2265969 ~ 2266083 (-)
XLOC_008926 shox2 coding downstream 135244 2182103 ~ 2188422 (-)
XLOC_008925 taar12m coding downstream 271407 2051128 ~ 2052259 (-)
XLOC_008924 dock10 coding downstream 312740 1897375 ~ 2010926 (-)
XLOC_008923 porb coding downstream 438419 1847135 ~ 1885247 (-)
XLOC_008929 neu4 coding upstream 161920 2490204 ~ 2497568 (-)
XLOC_008930 srprb coding upstream 182477 2510761 ~ 2519640 (-)
XLOC_008931 dnajc30b coding upstream 261665 2589949 ~ 2596125 (-)
XLOC_008932 NA coding upstream 270520 2598804 ~ 2611170 (-)
XLOC_008933 NA coding upstream 289995 2618279 ~ 2625928 (-)
XLOC_008910 LO017713.1 non-coding downstream 1001760 1321790 ~ 1321906 (-)
XLOC_008908 NA non-coding downstream 1180597 1140445 ~ 1143069 (-)
XLOC_008903 NA non-coding downstream 1315307 1007600 ~ 1008359 (-)
XLOC_008902 NA non-coding downstream 1330079 986144 ~ 993587 (-)
XLOC_008940 CABZ01086049.1 non-coding upstream 408099 2736383 ~ 2736498 (-)
XLOC_008942 NA non-coding upstream 485232 2813516 ~ 2816142 (-)
XLOC_008946 CABZ01086029.1 non-coding upstream 589973 2918257 ~ 2931021 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000091_00835232_00837630 NA coding CI01000091 null 835189 ~ 837725 (-)