XLOC_009086


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_009086
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 15381488 ~ 15387422 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00019135
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>TCONS_00019136
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>TCONS_00017895
GACGAGAAGAGGCGGGAAGGTCAGAGGTACAGTGCAGTCACTCATAAAGTAGACAGCACTACTAAACTTCTCTACACAGTGTAGTGTTTCCTACTTTATGGATGAGTGTACTGTTGGC
>TCONS_00017896
ACAGTGCAGTCACTCATAAAGTAGACAGCACTACTAAACTTCTCTACACAGTGTAGTGTTTCCTACTTTATGGATGAGTGTACTGT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000082467 ENSDARG00000098008

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00019135 False 4144 lncRNA 0.34 2 15381488 15386169
TCONS_00019136 False 5935 lncRNA 0.34 1 15381488 15387422
TCONS_00017895 False 118 lncRNA 0.46 1 15383894 15384011
TCONS_00017896 True 86 miRNA 0.40 1 15383898 15383983

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_009085 NA coding downstream 5970 15374059 ~ 15375518 (-)
XLOC_009084 ywhag2 coding downstream 24310 15348490 ~ 15357178 (-)
XLOC_009083 NA coding downstream 73737 15303727 ~ 15307751 (-)
XLOC_009082 rrp8 coding downstream 151224 15221123 ~ 15230264 (-)
XLOC_009081 NA coding downstream 351097 15028212 ~ 15030391 (-)
XLOC_009087 proca1 coding upstream 57691 15445113 ~ 15449929 (-)
XLOC_009088 rab34a coding upstream 72552 15459974 ~ 15469096 (-)
XLOC_009089 NA coding upstream 76520 15463942 ~ 15464189 (-)
XLOC_009090 NA coding upstream 77554 15464976 ~ 15465590 (-)
XLOC_009091 NA coding upstream 108679 15496101 ~ 15508393 (-)
XLOC_009080 CR936977.1 non-coding downstream 497427 14883291 ~ 14884061 (-)
XLOC_009076 CR388387.1 non-coding downstream 745703 14635669 ~ 14635785 (-)
XLOC_009092 NA non-coding upstream 281822 15669244 ~ 15675152 (-)
XLOC_009093 NA non-coding upstream 320643 15708065 ~ 15711173 (-)

Expression


Co-expression Network