XLOC_009316 (CR388369.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_009316
gene name CR388369.1
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 29649515 ~ 29665812 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00018314
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>TCONS_00018315
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>TCONS_00018317
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>TCONS_00018318
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>TCONS_00018319
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Function

GO:

id name namespace
GO:0000387 spliceosomal snRNP assembly biological_process
GO:0005685 U1 snRNP cellular_component

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000097060

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00018314 False 1205 lncRNA 0.31 2 29649515 29651327
TCONS_00018315 False 696 lncRNA 0.20 2 29649515 29664699
TCONS_00018317 False 1198 lncRNA 0.31 2 29664007 29665812
TCONS_00018318 False 337 lncRNA 0.43 2 29664862 29665812
TCONS_00018319 True 240 lncRNA 0.44 2 29664955 29665812

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_009315 si:ch211-207n23.2 coding downstream 50836 29593547 ~ 29598679 (-)
XLOC_009314 samsn1a coding downstream 62768 29564364 ~ 29586747 (-)
XLOC_009313 hspa13 coding downstream 92758 29549115 ~ 29556757 (-)
XLOC_009312 NA coding downstream 110349 29536484 ~ 29539166 (-)
XLOC_009311 BX324227.2 coding downstream 115493 29527420 ~ 29534022 (-)
XLOC_009318 CR388369.2 coding upstream 4380 29670192 ~ 29670306 (-)
XLOC_009319 NA coding upstream 43487 29709299 ~ 29714528 (-)
XLOC_009320 CR848812.1 coding upstream 104799 29770611 ~ 29820800 (-)
XLOC_009321 CR936972.1 coding upstream 211462 29877274 ~ 29877388 (-)
XLOC_009322 BX322555.5 coding upstream 220611 29886423 ~ 30129765 (-)
XLOC_009303 NA non-coding downstream 640456 29005044 ~ 29009059 (-)
XLOC_009300 NA non-coding downstream 876941 28758455 ~ 28772574 (-)
XLOC_009299 BX950186.1 non-coding downstream 914474 28734927 ~ 28735041 (-)
XLOC_009296 NA non-coding downstream 1053006 28594543 ~ 28596509 (-)

Expression


Co-expression Network