XLOC_009869


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_009869
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 22323766 ~ 22327502 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00021924
AGAAACTAGTGCGACCTGCATTAAGTGTCTGGCCTTCGCTGACATTAGCGGTATGTAAAGATCtttataaaagtataattttaGATTATTGTATTTGGTTGTATTTTATGTAGATTTTACTATTTCGTTCAGATTATTTGATTAGAGTTTTCTACGTACTTTATCGCTTAGGCTGTAAAATTGACTTAATGTTGGTTGGAATTGCAGATTGCTATATTGTCGACTTGTTTTCAATGGGTATATACGGTGGCGTAGTGCAAAATGCGGCTGTATTGTATGTATGCTGTCAgctttaacacaatatatttcaaattactgttgtattatttatttatcatttgtgCTGTCGGCCTGTTCAATTTGCAgctttttattataaattgttcTACTTACAGTTTCAGTAATTACTATAACACATTTATCTGTTCTAAATTTATAGATTGTCATCTTGTATAGCggcaaaatattatttgttagtgTTAGAACAGAACCAGACTGAAGACAATGGTAGATAAAACTTCCAAAGAATGGTAATAAGATTCATTAATAACTTGAAatctttctattgtattttacagATTGGAATGGACCACATGGAGAGAAAAAggggaatcacacacctcagcaaagACTGgaaatttaatttctttaaaaaaactggTGGACGGGTGCATCGATGGACATCCTGCCAAGATGAAAAGGGTGGTTGgtatagatcagtggttctcaaatttttttacCTCAGCAAGACTTTGtgtctccaagtaccaccttaatATAGTGGCGTAGTAAGCCTAATTAatcagctacagctctgcacagttcaaaaacaaggcagATTTATTCATGACAATAATGTCAAtcactttaaatattataaataatatgaacattaacactgtatttTGCTCACTTTTAAATAGAATGGCGTTTAAAACTTAATTAATGTAATCTATCATTTtcgtaaaaagaaaaaaaaataatcatatgcTGTACTTAAAAGTCATGTATTCGCCTATATAGTAGCctatattcatcaaaacctggaaatatacagtagcttagatcttttataaatttatatgtcatcatattcatattatatataaactatttttgatacattttgagatgtagcatgtacatatatGACATACTTTTATGGTGGAGACTAGAGAGGGATAGTTGTACCTCGAATACATTTCTCTATAAATCTTTGAGATCTTGAGTTACAACTGTGTGCAATTAAATAGCATGTAAGTTATTTTTGCAGAACAAACAGAAATCTGAGCACTCtttagtttcaaacaggaggAGTGCAGTGTTACAATTCACTCCACAGTCGGGAATAGTTGTAACACACCCTGTGGTGAGATGTTAATTATGATTTCCACCGGGGTGAGatgtaacattataaaataagaattatGGCCAAAAAATGCATTTGAAAGCTTATTAATCATCATTGAGCTTTcagcattatgtgtgtgtgtctgtgttaacaaagctgaataaaatatgcaaatgtgcATCCGCTTCAACAATTAAACTctaattgtgtgtgtgcgcacagaaGTCAAACACTGAGCTCAAACTACTTTGACTTTTTCTTTCAAGAGTTGTAGaaatactgaaattaaattatataaatacagttttaaatctgCTTGGGTTTGGTGGAAACATTTCACAGATATTTCTAGCAAAGGTTTTGTTGTTACAACTGACCCAGCGTTATGTGGTCATCAATCTGTTCTCCTTACAGCTaacagctaaaacattatcaccaacaatgtggattaaatatgtccacacacagacacacaaattaCTTGGGTTTATTACAAATCAGGCattgcttttataaaaaaaactattgtagtaaaaaaaatatcactTTCTTAGCTCAAATGTAGTTTTTCCTGTCTAATATCTGCTGTCTTTCACAGGACTGTACTGTTTCATATGTGGTATGAGGACTAATGTGAACATGTGTGAAGTGAATCAACTGATTTGTAACTAGTTCCTGGTTTTAGAGATTTGGAAGTGTTACAACTATCCCCGGCCTCCccttgaaatctaaacattaacttgtattttaaatatatgattgacaattgcatatttaaattagagTTTAGATGTGCttacagagaaaaacagaaaTTATAAATACACTGTTTGACCAATTTTATACGTGATTTATCTGGTCATATGGGCAGCATTTCCATGATTTGGTGGAATCAAAATAATATCTTAAGTAAACTGCATAGTTTGCGTAAACTGTGCACCCGACCACAGTTTTCAGGCCGACTTGGGTAAGGTTCGCGGGTATGCCGCCTATACACACAAAGCCTAACATTAACTTTTGTGTTTCTCCAAGCTTCAAAAATGGCTAATTTGCTTGAGTCTATGTTCTGCACCATTTAAATCACATCCAGATTCATTTAAATCTGAggtaataaactaaattgaaagTCACATAGCTACAAAACAAATGACTTTAGGTTATAAAGTATATCGGAAACACGCATTATGTTACACAACTACGAACACACGTTAACACgtttgttataattatttatcaATGATGCAGTATAGGGAAATTCCTGAGTTTGCAGTAACTGTAATGCCAACAGGACTGGTCTGCAAAAGCACTCTAGTGCGTATCTTCCTGAGAGTTCCACAATTTTTTAGATTGTTAGCATGTGATGATAGAGTACAGGGAATGGCTAATGCTTATCAGATCAGTGTTATCGTACTCGTCAAAGAGTTAAAGTgtgttcatatattttttaaaggattATTCAGTGATTCcttcgcgtaccactagaaggaaccCGATGTACCACATTTTGAGAATCACTGGTATAAATAGTTAGATTGGCCTGTGTTTTTCAGCAAATGAAGAGCATGCAGAAGATGGAGACTCACTAGAGCATTGCAGCAGGTATTGCTTTGTTGgtgttgtttttgtcttttgcaggttggagtggagcagaagaagAAGACTCACAAGGGGAATGGTGGAGATATACTTGAGGACCCGAAGCTCAGGAAGCAGATTGGTGTGGACCATGTGGAGAAACAGGGAAACACCTCAGTAATGatgGTGTCTCCTAAGAGACTGGATTTAGGTGGACATTTAAACAATGTTATTATACTGGATGGCAGGTGAGTATAAGCAGGTGAGTTTTGATGCCGATGATAACATCGTAATGAACATAAACTGGATATTTGACTGTGCAGGCTTGGAGACTGGTGACGAATACCACAGATGGCGAACAGGATGAAGACCGGATGAGGAACTAGGAGACACCACCCTAGGAGAGACACGGTAGATACTGGAGATCACaggattattatttataatattatttgtaGTTTATGTTGTCAGCCTGTTCAGCATTTGCAgctttttgttgttatttgttttatttacagtttcaCTAATTATTGAAACACATTTTCTACTCTAAGTTTAGGGTTTGTCATCTTGTAGTAGAGTATTTACGTAGAGCAGcaaattattatttgtgtgtgtgttttaacaaaG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00021924 True 3556 lncRNA 0.35 3 22323766 22327502

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_009868 NA coding upstream 209830 22022291 ~ 22113936 (+)
XLOC_009867 znf687a coding upstream 385722 21917673 ~ 21938044 (+)
XLOC_009866 NA coding upstream 446345 21874395 ~ 21877421 (+)
XLOC_009865 zmp:0000000608 coding upstream 455894 21867161 ~ 21867872 (+)
XLOC_009864 trim108 coding upstream 517792 21789703 ~ 21805974 (+)
XLOC_009870 NA coding downstream 468 22327970 ~ 22329028 (+)
XLOC_009871 C16H1orf43 coding downstream 18011 22345513 ~ 22361219 (+)
XLOC_009872 NA coding downstream 247641 22575143 ~ 22579326 (+)
XLOC_009873 she coding downstream 260159 22587661 ~ 22603354 (+)
XLOC_009874 chrnb2 coding downstream 291118 22618620 ~ 22678294 (+)
XLOC_009862 NA non-coding upstream 688930 21634387 ~ 21634836 (+)
XLOC_009859 NA non-coding upstream 1181250 21141048 ~ 21142516 (+)
XLOC_009854 mir196d non-coding upstream 1410282 20913413 ~ 20913484 (+)
XLOC_009875 NA non-coding downstream 367724 22695226 ~ 22696496 (+)
XLOC_009889 CR533578.1 non-coding downstream 1279729 23607231 ~ 23607352 (+)
XLOC_009902 NA non-coding downstream 1691606 24019108 ~ 24028618 (+)

Expression


Co-expression Network