XLOC_009930


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_009930
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 25219435 ~ 25242310 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00021937
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>TCONS_00021938
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>TCONS_00021939
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Function

GO:

id name namespace
GO:0044444 obsolete cytoplasmic part cellular_component
GO:0005737 cytoplasm cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00021937 False 4283 lncRNA 0.35 2 25219435 25242310
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TCONS_00021939 True 4657 lncRNA 0.37 2 25226854 25242310

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_009929 NA coding upstream 5457 25207618 ~ 25213978 (+)
XLOC_009928 tyrobp coding upstream 18678 25196572 ~ 25200757 (+)
XLOC_009927 hcst coding upstream 31626 25184207 ~ 25187809 (+)
XLOC_009926 wu:fe05a04 coding upstream 37893 25171832 ~ 25181542 (+)
XLOC_009925 znf576.2 coding upstream 49590 25163443 ~ 25169845 (+)
XLOC_009932 klhl38b coding downstream 3547 25245857 ~ 25250414 (+)
XLOC_009933 fbxo32 coding downstream 17003 25259313 ~ 25272633 (+)
XLOC_009934 si:dkey-29h14.10 coding downstream 43688 25285998 ~ 25295185 (+)
XLOC_009935 tbc1d31 coding downstream 54079 25296389 ~ 25315136 (+)
XLOC_009936 dync1i1 coding downstream 74663 25316973 ~ 25337834 (+)
XLOC_009913 BX539313.2 non-coding upstream 300478 24905556 ~ 24918957 (+)
XLOC_009912 dre-mir-125a-1 non-coding upstream 321182 24898171 ~ 24898253 (+)
XLOC_009910 NA non-coding upstream 322324 24834775 ~ 24897111 (+)
XLOC_009911 dre-let-7d-1 non-coding upstream 338217 24881122 ~ 24881218 (+)
XLOC_009937 dre-mir-30d non-coding downstream 99106 25341416 ~ 25341543 (+)
XLOC_009938 dre-mir-30b non-coding downstream 99414 25341724 ~ 25341811 (+)
XLOC_009942 NA non-coding downstream 302116 25544426 ~ 25550654 (+)
XLOC_009943 NA non-coding downstream 310012 25552322 ~ 25579827 (+)
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Expression


Co-expression Network