XLOC_000995 (grapb)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_000995
gene name grapb
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 8165340 ~ 8192418 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00001578
AGTGCACAGCTGTACAACGGCAGACACACATTTTTCACTCAGATTCTCCATCACATTTCTGCTTCCTCAGTTTTTCGCCGAATGTTGTAGTCGCTCCACCATCCCTCCATAGATTACTCTCCTCATTCACCCTCTCCATTACACATATCCATTTAATCTCTCTCCATTTGTGCTCGCCCCATCCTTTTCTCTCCTCACTCTTTCTTGCTTTCATCCACATCTCCACTTCAGTGGCCGTCTGTTCTCTTCTTTCTGCTCCTTCTTCAATGGAGGCTGAGGCGCTGTACAGCTTCAGAGCCACTGAATGTGATGAGCTCAGTTTCCAGAAGGGTGAAATCCTCAAGgtgACCAACATGGATGATGATCCAAACTGGTACACGGCAGAGCTGTTGGGTAGACGAGGCTATGTCCCGAAGAACTATATCAATGTAAGACCTCACACGTGGTTTGTGGGTGGAATTTCCCGTCAGGCTGCAGAAAACCGTCTGAGGCCGCTGGAGTGTGGAGCGTTTCTCATTCGGGAGAGCGAGAGCACACCAGGAGAGTTTTCTGTGTCTGTCAGTTATGGGGACCACGTGCAGCACTTTAAAGTCCTGAAAGATGGATTGGGCCAGTACTTCATATGGGATGAAGTGTTCAGCTCCCTCAACCAGCTGGTGGATTTTTACAGAATCAACAGCATTGCCAAGGAGCGGACGGTGTTCCTGCGCGAGCCAGAGGGGTCATTAGCTaggccGCGTCATGCTCATGCCATCTTTGACTTCACATCTAATCACGTGACTCATCTGCGTTTCTTGCGCGGGGATGTGATTGACCTGCTGGACTGTTCGGATGCTCAGTGCTGGAGGGGTAGATGCCGTGGAAGAGTGGGCATCTTCCCACCTGAATATGTGCAGCCAATTTACCACTGAACATCATCTTCACCGTCCTCTACAGCACAGGCATATTcagacacatttacacacactcctTAAAGATCTAAAGGTGAGCTAAGCCTTTCGCATCAATGTTTGGTAATTGAGGTTTGAATTAAACCTTAGGTGTCAAAGTCTGCACTTGCATCATCCTCATTTTCAGTAAATCAGAAAGCCGTTTTAACTTGTCGACAAGCCAGTTTTGTAACACCCTTGCAGATCGTAACAATTGAGTATTCAGCACTCATCGATCATCCGTCATCCGAGCTTCCCGTCTTTTCTTCTTTCAAATActttcataaatatatttcatttaaatatgttctgcaaaaaaatgctttgttttcaAACCAGAACTgctatatacactacctgacaaaagtcttgtcgcctatccaagttttaggaacaacgaataatttgacttctagttgatccatTTGTatctgaagtggcttatataaagggcaaaggcctttagattatgcttattttaccacaatgaaatattttggggatttttaattatttaattaggatctTACatctgggatcgatgacaagccTTTGCCAGGTAGTGTAATTGATATGTACATAGTAAATCTCTTTTTTTCTGTACTTATCCttatatttactatttactttttattactaatgacattttttttgtgttttttaatattaatttctttgaaaatgttttgttcAATCCTAGGTTAATATGCAGAGACAGCTTAAATCATTTGCATGTTGATGCCGTCTCTGTAAACACTGTGGGTTTGTGGTGCTATAAAACATTTGCTCAACCAATGGTGTGAGTTTAGGGCGGGGCTAATATTTAGTTCAGCTAATGGTAGACTGGGGGAGTGTTTGCAGTTCAGTTTAAAcacttcaaaataataataataataataataataataacgacaataataataataatactaataataacaacaacagtaataacaataataataataacaacaataataataacgacaataatgataataacaataataataataataataataataataataataataataataacaacgacaatactactaataataaaaatactaataataacaacaacagtaataacaataataataataacaacaacaataataataacgacaataataataacgacaataatgataataacaataatgataataataataataataataacgacaatactaataataatactaataataacaacaacagtaataacaataataataataacgacaataataataacgacaataatgataataatgataataataataataataataataataataataataataataataataacgacaacaacaacaacaacaacaacaataataataataataataataataataataataataataatagttgtaataataataacaacaacaacaacaacaacaataatagtaataataataataataataataataatacagataatACAATATAACTTAAATGTCCCTTTGACTACtagaattattataaaaatgctaCTTTCCAAACACAAGTTAACAAATCATTTGTAATATTAACAGGAAATgtaattatgtaataaaataataatttattttataaaaatgtattgtacAGAATATGTGGAAATTATATGTACTTTTTTCATGACATTATATCTATTTCTGTGCTTCACATTAGAGTAAGCAGATTGTTATCATTCATATGTATGTTCAGGAAGACCTCTGACTGAAAAATGTTGGATCCACCCACACCATATGAAAACATTTGGGACTCCATGACGTCAACATGATGATCataaaaataagcaataataagaaaatattatttttggaGTGGCAAACGTATTTCTATAATGATCGGTTTATTTATAACAGgtaatgtaatataaattatattgacATGTGCTTTGTGAAAGTTAAACTGTTATTTTGATATACAAAAAATCCAGTATATCAGCAGGCAAGGCTTTGCAGCAACTGTTCTGAGCTGTGATGAAATCTGATTCAGTGAAACGCTGACTCATCTTCACACCGATTAACATTTAAATTGCCTGCACACTGTGAATTTGATCGCAAGAAGTGATACTGTATTCATTATCCATTCAACAGGACTGACAATTTCTATGTGCAATTTTGTAAATTATACCAATTTTAGGTGTAACATTGCTTAATAAGGAAAAGATGTGTTGTAAAAGCACACATGGTCTCTATGAATTCCAAACTCCAgtgataaaataaagttttatttactaaa

Function

symbol description
grapb Human ortholog(s) of this gene implicated in autosomal recessive nonsyndromic deafness 114. Orthologous to several human genes including GRAP (GRB2 related adaptor protein).

GO: NA

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-050913-4 Human ortholog(s) of this gene implicated in autosomal recessive nonsyndromic deafness 114. Orthologous to several human genes including GRAP (GRB2 related adaptor protein).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000022668

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00001578 True 3206 mRNA 0.34 5 8165340 8192418

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_000994 FAM83G coding downstream 24205 8127675 ~ 8141135 (-)
XLOC_000993 si:dkeyp-9d4.3 coding downstream 63845 8022320 ~ 8101495 (-)
XLOC_000992 si:dkeyp-9d4.2 coding downstream 144751 8017069 ~ 8020589 (-)
XLOC_000991 CR855320.3 coding downstream 152864 8001435 ~ 8012476 (-)
XLOC_000990 si:dkey-79f11.5 coding downstream 164912 7993632 ~ 8000428 (-)
XLOC_000996 NA coding upstream 9972 8202390 ~ 8205228 (-)
XLOC_000997 syngr3b coding upstream 223565 8415983 ~ 8428761 (-)
XLOC_000998 NA coding upstream 312559 8504977 ~ 8510066 (-)
XLOC_000999 zgc:112980 coding upstream 347253 8539671 ~ 8553298 (-)
XLOC_001000 ptcd1 coding upstream 362905 8555323 ~ 8566567 (-)
XLOC_000985 CR855320.6 non-coding downstream 245134 7920119 ~ 7920206 (-)
XLOC_000981 BX908756.3 non-coding downstream 320978 7771557 ~ 7844362 (-)
XLOC_000982 BX908756.2 non-coding downstream 363694 7801531 ~ 7801646 (-)
XLOC_000980 NA non-coding downstream 463484 7700023 ~ 7701856 (-)
XLOC_000975 NA non-coding downstream 611001 7545049 ~ 7554339 (-)
XLOC_001001 NA non-coding upstream 386737 8579155 ~ 8587359 (-)
XLOC_001002 NA non-coding upstream 420157 8612575 ~ 8625266 (-)
XLOC_001008 NA non-coding upstream 782082 8974500 ~ 8977963 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000300_00132573_00146315 GRAPB coding CI01000300 null 132053 ~ 146315 (-)