RNA id: XM_043259428.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_043259428.1
length 6667
RNA type mRNA
GC content 0.39
exon number 11
gene id LOC122359172
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056713.1
NCBI id CM032082.1
chromosome length 23709629
location 12667231 ~ 12675522 (+)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome
species tiger barb
(Puntius tetrazona)

Sequence

cagTCTATAACTTTGGAAAGCAGTGGGcgattttcatttaaagtaataattcaCCCGGAATTAGAAATTTGCTGATAGTTTACTCACCCGtcaggccatccaaaatgtagatgagttggTTTCTTTATTGTGGGTTTATGGagcctctgcagtgaatgggtgccgtcagaatcagagttcaaacagctgatgaaaacctcacaagtaatccacatggcCAATTAATgccttgtgaagtgaaaagctgcatgtacattaaaaaaaaaaaaacatttaaaaaataatttattttaagttcttAATCTATAATAACGCTTAGAGAAAGCTCTTTCATCCTACCACCTTTACATGTACCTACCACTGCTTTTTCTGTGCATATTTGTCTCCTGATTTGGACAAGGAGAAAGCAATGATGAGAACTTGTTGTATAGCTAGAAGCACGgggttttgctttgaaaaaggCTTAGCGATGGATGTTCATTACAAACaagcagcttttcacttcacaagatattAATGCATGGACTTCAGTTGCGTGtattacttgtgaattattgtaatgttttgtttggactctcgttttgacggcacccattcactgtagaggtAATGTCATGCAAAACTTCTCCAATCTGTTTAGATGacgaaacaaactcatcttagACAGCTTGAGAGttgtctctgtttttttaactactcttttaattgtgaaactgttgttttatttgtgttttgcagaacTCTGacttttatatgttaaatatataccGCAGGATATAAGTGAAAAGTAATAATGTGCATCATCTTTTAGGGATATTTTGAGCTTTTCCTCTATCACTAACACATTACTATACACATCAATCACTGCGTAATCACTGTGGTTTACAGTTCATATAAAATCTGTTCAGAGACATGTAGTGCGGAGGGACCCATTTTGTTTGGCTCACTAGCGAACTGGCAGAGGAAATAAGATGACTTTTTATGTGGTTGACTGGTCTGTGGAAGTCAAAAGGAGCTCAGTCACTCCTGTTGACCCTGCCAGCTCACAGCCAGACACACACCATCCTCAGGAATAGGAAGCCAGTCAGGAAAGGAAGCACACAGTTTTTCAACAGCCTGTTTCCTCTTCATctttgtggtttgtttttttgtccttttttatttcCAGACACTTTCCCCCATGAccctaaaaagaaaataaattcattaaaaggaCCGGGAAATACGAGGCTTGAAAACTTTTCTGGTGTTCGTGGCAGCTACAAGAGGCCTCGGTTACAACATGGGTTACGTTCTTGGAAGAGGCGACCCCCTACTGTGTAACAGTGTAATCATATATGCAGTGAAATCTTTCTAGGGTATTATGAACAGATCCTGCAGATGTCATGAGGTTTTGGAGAAATAAGGGTGAGGCCATCAGGCCAGTGGCACTGCATGTGTAGTTTGTTTGTGCTGATCTCTGGCAGGCTGCCCGGACTCATTGCCCCTCCTCGCTGAATGCAGTCTGTCATGTCCCTTTTATTAGACGCGAGTCACTTCTTTTGAGAATCACTTCTGAACGCACGCTTGACGTTTGTATTGAAACTTTTGGGATAACGGCACAATTGCAAGGATTTTTTCATTGTTCTATTTACATCCTTGCAtgtatgcatttacatttagctaCACTGTTCTATTAACAGCTTTTACATTGAGTATGACTTACATTTCGTGCcatttaaaggcacagttcaccccaaaatgtgtATTCTGTCATTCAGTAAAAAAGATTAAACGTTATGTGATAAATTTGgttgaaatccgagagctttctgactgCATAACACAACTGCCATGTTTAAGGCCTAGagaggtagtaaggacattgataaaataatcaataatcagTGATTCAACCATAATTTGacaaagctacgagaatactcttttgtatgcaaagaaagtaatgtaaaaaaccccaaaacaaaacgacaaaatcaaaaatataggATGCatcaagagaaaaacaaaaaaacggcTTGAACATACGCATggttttttatctatttattaattttttaaatttattaatcttttttttattaattgttttagtgAATGATTAAAAGACTCACGCATGTTATACAAAGATATTAGAGAAATAGAAAGTATACTAGTTTTAATGGACAAATTGAATCAGGGATTCGTGCAACagtaaaaagttgtttgaccatTCAAGTTCAGGGACTGGAACTAGTTGTTGCGTATACCTGAATACAAAAATGACTATCCTGAGAGAATGCCTTCTTGCCATTTTCTAGGTTGCGCTTACTTGACGTAATCTACAGTAACAACAATTTGTTTAGGCATGTTCAGTTTGTGTCACCTTGTGTGGTTGCTgctgcatgcatatttattgcaccatgcatatagaatggataTTAAAGTTTATCTCACCAAATGCAATGAATTTTCTATAACCTGGATGCAGGAAAGTAGTTATTGCAGCGGCGAGATATGAGTACTGCTTAACAGGCCTACAGACGCAGTCTTGTAATTACCGAGAGAGGAGTTTGAAAAGAAAGCAGATCCACTGCCACTGCTTTCAGTGACATCCCCTGTGAGGGAAACAGTGCGTTTATAGTACATTGATTTGTTCTTTGCTGCCTTACCTGAATAAGGTCAATCAATATTAGGCTGtatttgaatgtgtttggtATTAATGtagacaaaataaatgacaatcatcattattattatgaggTATTTACGTGGCTAACAATGTCACTGCTAATTTGCTGGTAAGCAAatgtttctatgttttttttgagCCAGCAGATGGTAGTGTTGTACTAGTACTATTATTGCATTACCACTTTTTGTTGTGAAGATGCTCAGCCGTTCCTGATCTTTATTCAGATGTCAGATACTCTAAAGTCGTAAAAGTTGTCATCCTTTCAAAAGCTTTtctctggcttttttttttccccagtagTAAAATTTGCAAGCATTGTATTATATAGATTTCTTACATAGCTTTACACCACCATCCATCATAAAGGAGTCATAAATCATGAATTGACAACAGACAACACTCTGTTCTTCTTTGCAATGTGTGAATTCCCAGTATATCTTTTTACAGAAATGAAGAGGAatcttaaattaatttgatatccACTATTTTTCATCCACGAAATGTGATTAAATTACGATGTAGTGCTATTGTGCTGGCACACGAGATACGGGACGAAACGACAAATTTGTCTGCTCCATTctctttatgtttttctttctgttatcTTGTTACTGTGTTTTCGGTCTGGCTAAAATATTGATCCTGCAGTTACAGGATGAGTCTGAAGGTGAAGTTGTCTTAAATTGTTCATAGGGATGTTGCCCTATAAATTGATGATTTATGGCTTATAAATGACAAACCACAGTGAGGATCCTGTCAATTGTGTCCTTTTCTGACAGCAGGTTGTTTGACTTTGATTCTCACACGTCACGCTATGTATTTTACAACCTCTCCACATCAGATTTAGTGATCTCTGCGGTCAGATGAATTAGACTAATCTGAGAATAAGTTTGAAGAACACAGAGATCTACGGTTAGTTGCTTTCGCTGCTTTCCAGTCGACAAGAACAGAAAACCATCGAGGTGTGACGCATCCAAGCATAATATGTGAAATATGTTCTCACACACCGAGGGGCTTTTTGGCACAGACAAGTGTATGCGCTTCATTCAAAGTTCTTCGTCAGATATCACTAGCACTCAGTCAAAACTAACCTTTTAGCCTTTAGCAGGGGTGTCTTGATCTAGCAGCTCTCAGAACACAATAGATGATGCTTGCATGCGAGCCAGACGGACAAAGGCTATTTTTGGTGCTGTGTCTTTCATACCTTGTGGCACATTATCACATTTCGTGTATTCATAACGTTCTATTCCCAGGAGATGATGCaacattttgtgtttcaaatgatttaaacaCAATAGACCCTTAATTTGCGTTCTAAGGCTTTGACATTTAATACTATTACAGAAAGAAAATACGTTCTGAATCGGACAGTAATAGACTGAAGAAGATTCTGGACTGGTTTTACTGCTGGTTAACACAGACAACAAAGTTTTAAGTTTCAGTCAAACCTGCATTAACTCATACAAGTAAACattactcaaaataaaaaaaataaccaacagGATAGTTTATTTCAGTGAGCAgatttaatcattaatttatAGGTGTCTATAGTTTCCAGCTTCAACATAATGAATCCTAAAACAGattcatgcacaaaaaaatttttaataaataaaagcagtggtaaaaatacttttgtttgttaaatgataTTGATATAAGCCTATTAACATATGTCTTTTACATGTTTGTAATAATCACAGCTTtgtcagttttcatttatttgtctgaAAATCAGAACTGCTGTCTTTTTGATGTGCATCAAATTTAAGGACTTTCATTGTTAACCAGAATGATTTTTATAATGTGGGATGGAACTAAATGGTAATTTAGGAGGAGGGATGAAACACTCCCTGCACCTGAATTATGCCTGGGGACCAAAGCTATATAAGAAACATCTCATCACCTTTCTCAAATAGTGTCCTTTCCCTTGCCTGAGAGCTAAACAGCAGGAATGATGCTGTGGCTCATCTTCTGTGCACTGGCTCTCGTCCCGAAGCCGGTTCACTCAACCTATAACTGCTCTGCGGTGTTTAACAGGGTTCCAGACAACAGTGACCTGACGGTAGACTGCGGCACCAACATGATCACTCTGGAGGTAAACCTGTGCACCGCTGACTGGGCAGGCTTTGACCCCTACGGCCTGGCCCTGAATGGGGAGCGCAATAACGCCCAGTGCATGGGCACCATTGATACCACCGTCAACCCACCTGTCATCCGCTATCATCTGCCGGTCAACCACAGCCAGGACAACCCATGTAGACAGTCTCTGCAGATTGTGGACGAGGTGCCCAGCTCCTCTGGTCCATTCAACATGTTCTCC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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
XR_006252655.1 lncRNA upstream 85429 12580364 ~ 12581802 (+) True LOC122358874
TU156557 lncRNA upstream 127789 12538531 ~ 12539442 (+) True G105987
TU156455 lncRNA upstream 285518 12366246 ~ 12381713 (+) False G105910
TU156456 lncRNA upstream 285518 12376679 ~ 12381713 (+) True G105910
TU156457 lncRNA upstream 301072 12363615 ~ 12366159 (+) True G105911
TU156842 lncRNA downstream 62529 12738051 ~ 12741077 (+) True G106161
TU156845 lncRNA downstream 62529 12738051 ~ 12741077 (+) False G106161
TU156859 lncRNA downstream 96273 12771795 ~ 12772070 (+) True G106171
TU156833 lncRNA downstream 97935 12773457 ~ 12780375 (+) True G106157
TU156914 lncRNA downstream 166655 12842177 ~ 12848414 (+) False spa17
XM_043259225.1 mRNA upstream 42574 12613981 ~ 12624657 (+) True ppp2r1bb
XM_043258308.1 mRNA upstream 63471 12601165 ~ 12603760 (+) False nkapd1
XM_043258309.1 mRNA upstream 63471 12601204 ~ 12603760 (+) True nkapd1
XM_043259393.1 mRNA upstream 248920 12405639 ~ 12418311 (+) False ubash3bb
XM_043259392.1 mRNA upstream 250334 12404837 ~ 12416897 (+) False ubash3bb
XM_043258225.1 mRNA downstream 4748 12680270 ~ 12699601 (+) False si:dkey-103g5.4
XM_043258226.1 mRNA downstream 4748 12680270 ~ 12699599 (+) False si:dkey-103g5.4
XM_043258222.1 mRNA downstream 4751 12680273 ~ 12701805 (+) False si:dkey-103g5.4
XM_043258223.1 mRNA downstream 4751 12680273 ~ 12701805 (+) False si:dkey-103g5.4
XM_043258221.1 mRNA downstream 4752 12680274 ~ 12701805 (+) True si:dkey-103g5.4
unassigned_transcript_2151 other upstream 846599 11820561 ~ 11820632 (+) True trnap-cgg_29
TU156035 other upstream 1295304 11370636 ~ 11371927 (+) False LOC122358628
TU155825 other upstream 1938836 10721972 ~ 10728395 (+) True G105513
XR_006252665.1 other upstream 2276631 10353161 ~ 10390600 (+) False snx19b
TU155413 other upstream 2459779 10204839 ~ 10207452 (+) True G105248
TU156910 other downstream 166655 12842177 ~ 12847378 (+) False spa17
TU156912 other downstream 166655 12842177 ~ 12847378 (+) False spa17
TU156913 other downstream 166655 12842177 ~ 12847378 (+) False spa17
TU157171 other downstream 1241051 13916573 ~ 13917262 (+) True G106376
TU157784 other downstream 2240983 14916505 ~ 14916883 (+) False tbx4

Expression Profile