RNA id: XM_043259931.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_043259931.1
length 5434
RNA type mRNA
GC content 0.34
exon number 15
gene id LOC122359578
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056713.1
NCBI id CM032082.1
chromosome length 23709629
location 20074652 ~ 20086581 (+)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome
species tiger barb
(Puntius tetrazona)

Sequence

ttattctttatttatctaGGAAAGTCCCATTGAGATTAAAAGGcctgcaaaatgtaaaagtaaccAAGAGGCATAGTAAGAAAAAGCAGACGTTTCATATTCAGAATGCACCCCATGCACTTGAAGCCCAATTGAAGATCTGGCCGAGAGGTAGTTACTTCTACACAAGCATAAAAGATTAGTAAGCATATGCTTttacaataaacaacaacatatgTGATTTCCTTCTTCGATGTAAGGGGGGCCAACCTACATTGTTGTGCAGCAGACAGTGGTAAGTACGTGAAAAAATTATGAAACACAATGCAGCATGAAACACTGTCCAGCCTTTTTAGTAGCTAAATATATGGAagcatgcatgtaaatactaACGGCATAGTCTAAAATGGGTAAAAACATAGTATGATTCATCTTTTAGCTCCATAAAAAAACTAAGCCCATAACTACCTTtaatataaagcagcaaaataattattcttGGATATTATAGCACCAACCCTTTCAtccatctttcatttatcttGATCACGATTTTTGTTCTGTgagcttttattatttactactactactactacttctactACGCAAGTAAAGAATGTGACAATGTTTACATGGGCCATATACAGAATCATATGTCATAAACATATAAGTAAAAAACATAGGTAAAGGATCTGACATTATTTACCAATTAAAGAGCAAGATACCAAAATACCATTAGCAAGACTGAGGATGAACcacctgaaaaaaagaaaacattctttTATGTTCTAACAGTTCGGTCATGATCTCAGTTTGAGGACAGTTTAGgttattgtattttcattataacAATTACAACAAAgtagatttaataaaataaattgttaacaGAACTGGGATGAAGCTTAAAAAGTTTAGTTAACCGTGAGTTGGATTTAATCAGAACGTGGTCGTGACTGTGTTTGgcaaatgtacaaattaatattcaataaaaaagtgAGTGAAAGTGAGATAGATGATTGTGGCAGGTTTTgttcgtgttttttttgtgttaccTTTGCAGagtgatatttttatatctgGGGTGGGTGACACAATAGTCTTAATCATGACAGGAAGCACAGGCTTGTCTCAGctaaaaaatgaactaaaaaattaacactctttctctctcagacaaacagattattattattattattattattattataagtgcATTAGTAAATTGTTATTGCTATACCGTGGCCGTTTTGTATCAAAAACAAAGATATATAAGTGATAACCTCACAGTATGTATACTGTGATTAAAACAcccaaccacaaaaaaaaatatgaagtgGGCTAAAACAGGCATTAATGCTCATATATTTGCACGTTTTATCACTGTAAGATCGTGATCTTAATTCGCACACCACTAATCTAATTCCTAAATGACTGTGATTCTGCTATTAACCAGCACCAACCATCCACCTCGTCCCTCCCTCCTCTCGCTTCCGCGacccatgaagaaacaaacatatGGGTTTTGCAAACTGCAGTTGTACTAACAAACTGCTGACAACAACCCCTGCAAGTCATTTAGCTTTTGTGTGTCTCTTAACCACAGTATGCAAAGCTCACTGTTGAgagctgagaaagaaaagaaaagaaaaagacaatcTGATGACTGTGCACATCGTCAGAAACTGATTATactgtagcttttttttaaaagcaggtttggataaaaaaaaaagttgttaacTCTAATCAGTCTACAAAGCATTTACTTTTGAATGCTTTGTAGGTCacaattaaaatgtcacaattattcaacaaaatattttttgacctCAAGTTGAAGTTCACCGTTCCAACATGGCGGCCGAAACTATATGCATGGAGCACTCTAATAGGGTATCTATATAAGCAATAAGGTACAAAAAAAAGGCTGTGctgtattgtaaataaaatcatggctGAAAGCCATATTAATGATTAAGCATGGCCTCTCGTAGCTTATTGGGTTTATAAAACAGTTACCAAACAATACAAGATATTAAAACTTAaagtttattaaatgcagtcctAAAAAAGGGTCCTTAAAAAATAGTTCCTGACAGCAACAGTAagcgagagagaaaacaagaggATGTTCcgatttaaattattaaatagatgccatggttgacaaccttattgggacaataaagcccacCCTACACCCACCTACCCTAACTCTATCCAATACTTTATCTTCAACTttgattatttcattcatttttattgaaaagaaattctttttattttaaaatttaaaaatgagatTGCAATGTTACCAGTGTTGGGGGGTTTcgtaataatattacttttttcaagcattaagtaatgcattactttttaatgtacaAGAATATATCAGTTactttttttcctatttatttgCTGACAAGTCTCCTGCCCCCATGCTGGGAGAAATCGAAAGTACAGAAAACTATTAATAGATACTGCAATACCTTCTCACCTGGGGAAACTGTTTTTTCAAAGGCGCGCGCATCAACATATCTCGGGGAAGGGAAGGGCGTGGCCTCCAGTGCTGTGCACGTCACTACAAAAAGCAATTagttatagttactagttactagttacttctTACAAATAGTAAGCGAGTTACATAATTTtgaagtaactaattaccagTGAAAGTAACTTTtgcactactactactactattattactactactactactacttcaaATGGCAAACTTGGATGccccaaatattaaaatgttaaattaatgaaatagaCAGTTTGTTGACTGCTCATCGCGAACACGGCTTAGCTGCCCAGAAACCCAAAATATAGATAGATGCACATATAATGAAAGAACGTTCCCTCCCaccgaaaaaaaaagaaaagaaaatggttGCTTTCGTTTTTCTTTACTTTCGATTCTCAAGGGCACCATGACTtgCCCAAAGAGATTTTTGAGTATCAGCTTATTAATCTTTCTTTGCAGAATATCTTTTGTTCTCTCTGattttcaacGTCTGAATTTTACGTGCACTACTGAAAATAACGAACATATGAAAAACTGTACAGGAGATTTATGTAAATTGGAAATCAGCCTAACAGCTTGTGACACTTTACAAATGCAGTGTACAGACATTCATAACAACAAAATTGTATGTAACTCCTTAGAAGAATGTGGAATGACTGATGAAAAAGAATTTGTAAACAATTTGCTTGGTTATATACAATGTGACTTATACAAAgacaAAATAGAATGCGTGTTAAGTGCATCATGTAAAGATATGGTCCACATTAAACATGTGTGCAAACAAGACTACTGTGGAATGAGGCAAATCAACAACAGCCTTGTATGCAAGTTCAGTCACAACATTGAAAAATGCATCCATGGAAATGAGAAATTTCCAATCAATGGAAACATAAACTGCACATCAGAAAGCACTGAAGgACAGGCAAAAACCATTCAAGCATGCACTCCAGAGATACAGTGTATACCAGTGATAAGTTCCCTAGCAGTTGTTGCGGCTGTTGCAATTCTGGTGGTCATAATTCTGGTTTATTACATGAAATGTAAAAGACAAGatgGTCCAGTAAATAACCCTCCACCaggTGCTCCAGTAAATAATACTCCACCTGATGGTCCAATGAATAACCCGCCACCAGaTGCTCAAGTAGATGACTCTGAACCAGCCGCTGTGTTCAGACCTCCAGAACAAGTTTCACTTCTACTTGGAGACCGCCCTGAAAGTGAAGATACGAACAACAGGGAAAGTTAAAGTGTATTCTGTGGCCATtctggattattttttttttttgcacagcaaATCAAATCGCAAATTTCCGAATAATTGaagttaatttataaatgtttggGAGGTTCTGTTTTACGTGCAAATTACTCAGTGCTTCTTTACGCCATATTTTATTCACCCTGAAGCCTTCCTATgtttatatgactttcttctttcagatgaactgatgagttttttgtttgttttttttatttatcctggctctttcaagcttggtaatgtgggtggatagtggccattattttgaagcttcaTAAATCTGCAAGTACTGTCACTTAAAACTTATATGCCTTCGGGGTTGTAACATGTCCTCTGAAACGGATTGGTGagtttttgcaacaaaaaatatttctagctttaaaaatatttcacataacCTCCAtaaccaagcttggaagagccaggacaaATGGGGTGAGTAGCATATGAGGTcattttttgggtaaactattcctttaaatgttaaaataagatGCTCTTAATACTTTTAAATCAAGTTGGTTTGGAATTGGTGACTACAATGTTCACTGTAAGGTATCTGTACTTTTACTCAAGTATGGTTTGGGGGTGGGCCTACTCTTTACACTACTGCTTATGGGGCTGTTACATGAGACACTAtatctttgcatatattttgtttagtaaAGGTGCTTTCATCAAGTCATtaagtgtgtatttaaatgttcaagTCACTTCTCTGCTGCAGGTTATTGCCTATTTTtacttatacttttatatttatactgtgtAAGTTATTTATGCACAAATTAAATTGGTTTTGTAACTGGATCCTttaaaaaggaccaaaaatcattgtaaaataaaactatattcttTACTGAATCtctcttttagatttttttttgtagttattatagtaattacttaataaataaaacatattaattgTGAAGGTTTTTATTCACCTCCTTAGATGTCCTCATGTACCCATTGctatatgtgcattttatttttgagttatATAGAACTGTTTGGCTGCAAATAACCGAAACTCATTTTATCCCGTAAGTGACACACACCCCTCAAAAAACACTTACTTTGAGGGGGAGGATAAATAAATGCTTGGGTTTTTAATACTTCAGAGTAATCATtagaataaataagtaatatatatatattacattacattaatagtaCATGTCGGttaattttctattattttattaaaaccaa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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU159839 lncRNA upstream 18759 19998614 ~ 20055894 (+) True G108211
TU159846 lncRNA upstream 58024 20014813 ~ 20016629 (+) True G108217
TU159835 lncRNA upstream 160210 19914149 ~ 19914443 (+) True G108207
TU159771 lncRNA upstream 338758 19731418 ~ 19735895 (+) True G108155
TU159770 lncRNA upstream 339419 19730739 ~ 19735234 (+) True G108154
TU159874 lncRNA downstream 55224 20141805 ~ 20142372 (+) True G108231
TU159884 lncRNA downstream 84188 20170769 ~ 20233185 (+) True G108240
XR_006252691.1 lncRNA downstream 121589 20208170 ~ 20208659 (+) False LOC122359185
TU159916 lncRNA downstream 121589 20208170 ~ 20215479 (+) False LOC122359185
TU159930 lncRNA downstream 152786 20239367 ~ 20294956 (+) False G108257
XM_043259928.1 mRNA upstream 394 20027371 ~ 20074259 (+) True aplp1
XM_043259929.1 mRNA upstream 394 20027371 ~ 20074259 (+) False aplp1
XM_043258789.1 mRNA upstream 77490 19955988 ~ 19997163 (+) True kirrel3l
XM_043258128.1 mRNA upstream 300277 19756571 ~ 19774376 (+) False si:dkey-262k9.2
XM_043258228.1 mRNA downstream 6733 20093314 ~ 20095157 (+) True LOC122358428
XM_043258231.1 mRNA downstream 14139 20100720 ~ 20102104 (+) True LOC122358430
XM_043258230.1 mRNA downstream 14139 20100720 ~ 20102104 (+) False LOC122358430
XM_043258229.1 mRNA downstream 17949 20104530 ~ 20106568 (+) True LOC122358429
XM_043258933.1 mRNA downstream 40152 20126733 ~ 20141126 (+) False zbtb32
TU159761 other upstream 300268 19721284 ~ 19774385 (+) True si:dkey-262k9.2
TU159763 other upstream 300268 19743371 ~ 19774385 (+) False si:dkey-262k9.2
unassigned_transcript_2152 other upstream 649464 19425117 ~ 19425189 (+) True trnav-aac_27
XR_006252666.1 other upstream 1078693 18993345 ~ 18995960 (+) True LOC122358990
TU159893 other downstream 97539 20184120 ~ 20186861 (+) False G108245
TU159895 other downstream 97539 20184120 ~ 20249972 (+) False G108245
TU159862 other downstream 102452 20189033 ~ 20191454 (+) False G108230
TU159863 other downstream 102452 20189033 ~ 20253742 (+) False G108230
TU159872 other downstream 102452 20189033 ~ 20254271 (+) True G108230

Expression Profile