RNA id: TU169087


Basic Information

Item Value
RNA id TU169087
length 9692
lncRNA type inter_gene
GC content 0.35
exon number 4
gene id G114550
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056714.1
NCBI id CM032083.1
chromosome length 28146790
location 19609105 ~ 19619077 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome
species tiger barb
(Puntius tetrazona)

Sequence

CTGTCTGGCTGAGCTGCGAGGCGCTGCGGCTCTTTCGGCTCAAGCCCACGACCGCCGCCATCTTGGCGCCGATGCTGGAGCGCCGCTTCTTGTCAACGGTTCCCACCAGGCTCACGGCCGTGTCCGACTGGCTGCCGTCGGTCTTCTCCAGACTGCACATGTCCCCGCCGATGCTGGTGCTCTTGGTCATGTTGCCCCCGGCCGCCGTTCCCATTtgcctgtttttcattttggacGTAAATTCACTGTCAGTGGCGGCCCATGGAGGAGAGACGTGAAGAGAGGAAGAGGATCGGTGGAGGGGAAGAGtagaggatggatggatggatagatggatgaatagatagatgaatagatggatgaatagaaggatgaatagatggatggatggatggatggatggatggatgatggaggAGAGAAAGGAGAGAGTTAGGTAAGTGGAGGGTGAAGGGGAGCGGAGATTCAGGTCAGAATAAGGTCAAAGGTTAAAGGGTTTAGGCCTCCAATCAGTTTAAGGTGCTTCACATGGGCTTGATGTTCTGTGTTAAGTTTTAGTCTAACAACAAGCCCACTTAGTAAAATATAGAATAAGTTATGTTCAACTAACTACAGAGCGTGTATCTACAATCTCTATATAGCCCTCTCGATAGTGCTTATGATTACAAACTTAAGTGTCCATCGAAATCgaacataaactaaaaaaaggcTTGCAAGGCCTTGGACTTTAAAAGCCAAACAGAAcaccaagaaaaaaacaaaacaactactACAAAAACTACTAGTTAAAACTAAAGAGAGCACATCTGACACAGTCTACATCTTTCATCAAAGGCTATTGGATATCCGAATGGTTTTGACTGGGGAAAAATGCAAAGCTCAATATGTCCACTGTATCGAATGAAGCCTGAATGAAGGGTTAAATCGATTACTTGCGAATACCTACAtctaaagtttttgtttacataatatatgtgtgtgtattgtgtatatttaggCTATTATGCATATAGAAATGCAAACTCctacattatatatttagaaaatttacatatttataaaacagaaaaatagatttaatatataaacataacataattctttaatatatacatgtatgtgtgtgtatctatataaatataatggatGCGACTGATCATATTATTTTCAAACCTTATGCTCATATTATTTAACAATGAATTGTATATTATTCGCCAATATGAAATATTTCGTTTTGGATGACAACtgctgaattaaacatgcagCATAATGAAATCGTCACATTGCAGCGtactactgtttaaaatgttttcacgTGATACGTTTCATaaatatatgacaaaatatgcaaattataatCGTCGTTaatattacaacaacaaaatattaaaaagtaataaactgtttttaacattaagcGTTAGACCACTGACATTAACTGCCGCTCCATTTGAAAAAAGGTGACGGGGCCAATCGAAGAACAAGATGTaaatttgaatgctaaaaatacatttatagctGCTTCACTCATCATCGTGACCGAACCTGAGCCGTCTAGCAGCTCACTGTGACTCATTTAAGAGAAACAGCTCACACGCTTCCCACAGACGgtttttaaaacagcataaaaactTTCATCATAACCGACGGGAGCAACTCACGCACGACACATTCAATGAATCTGATTGCACACTGCTCTATATTCCACACAGGCTGGTCtatgttatttttcagcagGACGAAAAAAATGAGGACACGTgtaaaaagattaaattagCATCTCGCACGGCTGTGAGCGAGCCGTGAAGTGAGAAGACGAATGACTTCCTGGACAAAGGATCCTAATGAAATCGTAatgattataaatgtgtttaaatgataCACGTGCAGCCTTGGGTctgctcttcttcttcatcatcatcatcatcaatgcAATTACAGCCACAGAAACATGCCACAAATCAATGAGCTCTGACAACATGCTCTTCAATTACTACAATTAGCCTTTTCAAAACACAGCCCTGTCCGACAAGCCATTCTGCTCAAATGCAGCCGAAACCACATCAAGCTGTCTATCTTGGATCCTGAAATATTTGGGACCGATATATTTCATCGGTATCAGTATTCATCACTAAGCTCTCTATTGCAATGAGCTCCCATTTAACCCCAGTCGGTCCTTTgagaaataataaagaattgAGAAATAAATCAATTCTTTCTCGAAGAAAGCAATGAGAAGGGGTCTTCTGTTAAGTGTCCTTCTTCTCGTAGACGTTTTACTTCTTTTAACTTGATTCAGTGTATTAAAAGTGTGATTCTTACAGATATTACTTATGATATGAATTGCAACAGTTAAAGATTTAGTGTCTAGCATGTTTtgggaaagttactttttaaaagtaatacattacaATACTGTGTTAGtccataaaaaagtaacaaatttTCCTGCTTTGTTACTTTTTCTGGAAAGTAATGAATTAcgttatttttgtgttatttatagtaaaataatttagtaatagATACAAactattataatttattcatatttttaatgagcttttagtttaataatgtaagtttttatattttattctttatttacattttactttaactTACTTCAGTTTTTACTccaatttgtaatttttactgtcattttagtacttaaatgcattttatttgtatcagttgccaaggcaacaatTCAAATTTTCAAGTTCCtcatcatatatttatatgattttctattgaatatttctatttatttaaattcgcTTCATTTGAATACTTTCACATTTctcttttatgtttatgttttttttacaatacatttttcagttaatggaaaaaaagacttgttttaatggcaacattattatatttaataacgtATACACACTTAGTAATGTATACAttctataatttattcatatttttacttaggttttagttttatattttcagttattttattttatgtataaaacatctatactgacattttattttaacttacttcacattttacttcagtttgtcttcattttagtatttaaatgcattttattttagttacttgCCAAggtaacatttctaattttaaagtTCATCGTCAAATAGTTATAAcgtcagctttatttcaataaaaacacacaaaaaaagttttagttacaAGTaatgacacagaaaaaaattaaaaaatgacttgATTCGTTACAAAATGCATGCGCTTCGACTAAGCTGCTAGAAGCGGTGCAATAGCAGACTAAAACCCCAAAAACGGCATTCGGTTTGAGGTCAGCTGTTGTCATTGTGGAGCAATAAGAATCGAGTGGAATCAAACGTGTATGTTTCTGGCTGATACGAGTCTCTGGGGAACATCGCAACAGTCTGAGAGTTAATCACAGCTCTAAAGAGATACTGTTGCATCGACTGATTGATTGGACGGGATGCTGCCAGACGCTATATTTATCATGCAGACAGCGTCCTCCAGCAGCGCCGCACGTGAGAGCTGACAGACTCTCACATTCTCACAGAGAGAAGTGTCGCACCGCCACGGGGCTTCAGACGGCCATTACCTTCATCTCATCACTGTAATGAGAACGGCTCGTAGAGCTCTGTGACCGACACAAAGCCCAGGTGGAGATTAATGCTGGACGCCAATTTACAAAATGCTTCATGCTGCTGTGATGACAAGACACATCTGTCTCTCTGGATTATGTCTCACCGCATGATTGACGGATTGGCAGGGAATTATCCGCGCAAAAGTTTGCAAACAAATTCACAAAGACTATAAGAACGTTATGTGGCTATACTTCAAGTCGAGAAAGGGGATGCGTCTCCTAACATCAGCTTCTTAAAGGTGCACATCCATCCGGTCAAGTCTTCTTGAATGACTATACTTCATAATAATTGCCTAGATATTGCTCCAGACCTGTTTAGAAGTTTCATTTATGGTTTAGGGAGTTTCTagaagaaattaaaaactataatataaaaaaagtaattgttttatagatattttactttttcatatattttatatttttatgtgtacagatatataaaataatttcgaatatgtaaaaacataatgcacaatattcaataaaacaaatgaaatattattttgggtCTTCAATAGCGTTATTCAactttattatagtatttataaattcaattttattcattgtaacttttgttgtgttgttgttgttgttgttgttgtttatttagttaattttagaATATAGTTTTAggtaattaaatgaatttgttttatgttcatGTCTGCTacactttttgcattttattacatatattgttttactttatatatatatatatatatatatatatagttttagctttagttaatcttgaaaatattaataaggtTAATAATAACCCTTGTCTTGCACAACTCAGAACAtgtaaaatgataattattacTTCTggcattaattgttttatattttaaaaacaatgacaaaagaCACAAAGTGAAGCCAGTTGAACTGGGCTGCAGGTGAAGAGTGAATAAGACgtagatatttttttctcttaaatacTGCACACAAAATTGGCATGACTGTTTTGAAGACTTTAATCTTCAGATGAATAACTTTCTTGAGGTGTGTAAAGACCGTGCAGTAGTGCTGCCACTGCGAATGAGAGTCAGCCTGcagagatctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgagagagagagcagtgtAAACAGTACACAGTTCACTACAAACccgaaaaagaaaaataagcacTTCTTCATCTTGTGATAACTGTATATCATAGATTTTTACTGGAATTTCGTCTTTTTTTCTGCAACTCAAAACCACGGTGACCAGAGGAACAAACGGGTCACATGGTCTCTGTGGAAGTGTAAAGAGAAGTCACACACTATCTGTTATGGATCATTGAGCATTCTGACAAACTGCACAGGTTGTTTACTGGAGGATTA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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU168991 lncRNA downstream 134007 19392432 ~ 19475098 (-) True G114486
TU168981 lncRNA downstream 156223 19379415 ~ 19452882 (-) True G114479
TU168980 lncRNA downstream 226742 19379415 ~ 19382363 (-) False G114479
TU168963 lncRNA downstream 242810 19360728 ~ 19366295 (-) True G114464
TU168962 lncRNA downstream 254483 19352120 ~ 19354622 (-) True G114463
TU169067 lncRNA upstream 21837 19640914 ~ 19643490 (-) True G114539
TU169193 lncRNA upstream 64545 19683622 ~ 19683930 (-) True G114607
TU169194 lncRNA upstream 74061 19693138 ~ 19693393 (-) True G114608
TU169197 lncRNA upstream 100109 19719186 ~ 19719936 (-) True G114611
TU169218 lncRNA upstream 340790 19959867 ~ 19971957 (-) True G114626
XM_043261248.1 mRNA downstream 118372 19487757 ~ 19490733 (-) False zgc:101716
XM_043261247.1 mRNA downstream 118377 19487757 ~ 19490728 (-) True zgc:101716
XM_043260250.1 mRNA downstream 129631 19475818 ~ 19479474 (-) True upk1a
XM_043261313.1 mRNA downstream 188011 19416962 ~ 19421094 (-) True cd22
XM_043260230.1 mRNA downstream 347311 19259324 ~ 19261794 (-) True LOC122359968
XM_043261243.1 mRNA upstream 28495 19647572 ~ 19657724 (-) False dpys
XM_043261242.1 mRNA upstream 28495 19647572 ~ 19657723 (-) True dpys
XM_043260110.1 mRNA upstream 246649 19865726 ~ 19886663 (-) True si:dkey-122a22.2
XM_043261812.1 mRNA upstream 392218 20011295 ~ 20020232 (-) True sqlea
XM_043261878.1 mRNA upstream 403167 20022244 ~ 20027005 (-) True rnf144b
XR_006252818.1 other downstream 188011 19416962 ~ 19421094 (-) False cd22
TU168710 other downstream 788017 18815216 ~ 18821088 (-) True rpz
TU168714 other downstream 788017 18815216 ~ 18821088 (-) False rpz
TU168715 other downstream 788017 18815216 ~ 18821088 (-) False rpz
TU168666 other downstream 910789 18693912 ~ 18698316 (-) False LOC122360940
TU169372 other upstream 547718 20166795 ~ 20167614 (-) False G114715
TU169487 other upstream 822888 20441965 ~ 20452450 (-) False G114793
TU169489 other upstream 822888 20441965 ~ 20452450 (-) True G114793
TU169673 other upstream 1032900 20651977 ~ 20653574 (-) True G114901
TU169801 other upstream 1393530 21012607 ~ 21017105 (-) True G115003

Expression Profile