RNA id: XR_006252732.1


Basic Information

Item Value
RNA id XR_006252732.1
length 8493
lncRNA type inter_gene
GC content 0.39
exon number 2
gene id LOC122359853
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056714.1
NCBI id CM032083.1
chromosome length 28146790
location 5198791 ~ 5207419 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome
species tiger barb
(Puntius tetrazona)

Sequence

TCGATCTCTTGAGGGCACTAAAGAGAGTCAGGTACCGTGTTTACCATTCTTCCACAAAGGGGCCTGCCCTCCAAACTTCTGAGCCATAAGCACAAGGACTACTGATGTCTCCTACTGAAATGATGGTCCTCAGACCTGTATCTTCTCCTAGGAAGTAAAACCAGAGCCTGTTAGTGGGACCCAACAAGACATGCTTGGCAGGGGCTCCCACACCGCCAGTTGACCCACTAAGAGAACCAGTCTCTTGAGACCGGCCTCTGGTCTTCCCAGAGTTGCACTGGCAGGAGACCCTCAGGGGTGGCGAGCCTCTCTGCTCTGCTACATTCCCAGGCAGAAGAAACTGAGAGATGTGCTGTCTGGAGACCACTGCGCACTGGAACTCTGGCAGGGTTGGCAGACCGATCTCTGAGGGCACTGAGGAGAGACAGGCACCGTGCACTGCTTTGTATACTGCTCCTCCCCAGAGAAGTCGGCCCTCAATAGTCCTAGTCCTAGGAGCTCGAAGACAATCAGGGCTGCTCTGTCCAGCAGCCCCTGCCTCCACCTCAACCTCCTCTGAAGAATAGAGAGCACAGTGTTCCTTACTCAAGCTCCATACCACGCTGCACATAATGACAACCTGCTTGTGCACAAAATCAAAAAAGCAagcagaaaaaagcaaaaagcaagaGGATAGGAAATCGCCATCCTCATTCCCTCCACAAAATCCTACTGCGATTTCCAGAGCACAGCTGCCGGATCTACCTCCGTGAAAGTGGGGCTGGCATCATGAGGAACACCAGTATAGGCTCTCTCCTCAAAGAGAAACCTAGCGAGAGTAAAGCATATGCAGAAACAGACGCTCGTCATGCAAGCAATCAGCTCCCTCAAGAGGTAACTGTGCGTGTTTTGCTCTTGAGCAGACAAATCTATCAGACTGTGTGTGTCACCACCCGTAAAGTAGTTTGGGAGAGGAATAACACAGTCGGAAATGTTGCCTGCTCTCATCCTTGTCTTCACTTGCAAATGGTAAAGGAAGACAACTTACCAAAAGACTGACACACAGAGCGCATTGCTGAATGACAAAAAAGCTGAAGCCGGCAGCACTCCACGTGTTTATATGCTTCCTGGCCAGTGGCCATCATCTGCCCACAATGTCTTTCCCATCCTTCCCATCCATGGTGAATGTTAAGCACCAATTTATTTTCAACCCCAAATCATGCAGTGCatagcttttttcttttacttttttttacttttttacccACGTACAtattctacctggtctcatggcataaacataccttaGTGCTCTTTTTATAGACACTAAATATGTAACAATATGTTACAGTACATATGACTGCAGTTTccgaaagaaatgaacactagaggcagtacaACTCTGACaacattcatttcttttcacgTAAATTTACCCAGTTTCCATTAATTTTCTATTTGTCACACAATTATTGGAAAAATatcattgtattatattaatatgctgggatatttgaaaacatgcttttgaaaattagcatcacacatatccagcttaatatctgtgtgttttcttagACAGTAGGTTTGTTCAGTAGGTCATTTAAGTACAGAGATCTtcttgagaggcgaggagctctggTTTAATCCTGTAAAACtatggttcaacaaaacagttcaaatctgtatAAAAGGAAGAGGAAATGGCATGTTTGCATCAGCAAATgcatcagttttgcattttttacattatcaGGTTGGTTTAAGGTTGGATGAGCATACATTTTTAGCAACAGCACCCAgagatatttgaattctgaaccatCAACTTAATAAAACTGTgtcagggttcacatattgaacttCTGTTTTAGCTCCACTGAGTGtatatttctctttgaaactgtgatgaaacatgcagtaaggtacataaacacagcgttgcacaaaaagtgtacagaggtacatatttttatgagaccagatCGTACATATTCCAGGATGCCAATGCCAAGATTCAAAGTTGCTTGCGATTGGCCCCCACACAATCCTGACCTTAATCCCATTTGAAGTGTTTGGAATGTGCTGGAGTCAACTTACTTTACTGGATGGCTTTGATAACATTGTACTTTCATTATGGCATTGTTTTGACAGCATTATAAAATGTCCCAACATTTAATTAGTTGCATAATTGTTTTGGCTGAGATCTTTAAATGACAATGGAAGAATCTCATACTCTGTTAAGTCAACTAAGCACATCCTAAAGGTTTTCAATGAGATGTATCTCAGGAGTCTGTGGTAGATAACTCATGTGTGAAAGTGTTTCAAAAAATTGGGCTTGATGAATCTTTGCCATTGTCCTCCTGGAATATAGATATGGGTATATCTTCCAACATGGctgtttcagaaataaaaagctaCACACTGCAAAGGGTAACAAAATTGTTGGCCAAACATACAACATTTCATAAACATTAATCACTGcgataattttttaaatactaaaatgcatttacttattaaaaaccaaataaacTGCAATATCTGGGTAACACTTAATAAAGGGTTTCCTTTATAAAGGGTTTATAAAGGTGTTCATAAATGACTAATAACTCctttacaaatgcatttcattgatAAGTTGTTATGAATGCAATACCTGCCAAATAGTGAGCCATTTTAActcacattttataaatgcttaacataaatatttattaacacttatttcactcaaaaccagatctcttatttatttcacaaatgcagcaaaatgtaCTAGTATAGCAAGACTGAAGGGCGTCTTATTTATGATTTCCTCATTTATATCTCACTTCACCTGCAATACTCTCACATACTCTGTACCATACCCATGATTCTCagtatattaatgaattaaacattttaataacctgTGAAATTGAACCTTAAAAGTGTATACCTGTGAACAATTTATTAATGAGctataaacattattaaccTGTGAAAGCTAaattgaatgtaatgtaaatgcatgtgagctttttattaataagtaGCCTATTAAACATTAGCAACCAGTCAAAGTGAATTTTAATATGGACACACTAATAActgatttattgattattatcacacacacaggaaaagTATTTTCTGCTTTGACTTTCTTTCTATAAGCCAGTTTATTTGTGCAGTTTAGACTCAGTAAGGTTGTTTAAGcagttttgtttatatagtgcatcaataataaaaaactgtgaaaaaaatctTCTGCGTGTGagttaataattagtaaatataGCTCTTTCATATATGGTTCACGGGTGATCGATTTACATTAAACAACTTTCACAAgttgttaatatttataaaccatTAACAAAtagttaattacattacatttatcagCCAATATTGTATTAgaactgtcatttttatattaaaatcaagtcatttttgtgcttttatgatttttacctaaaatgaaaatcatgaaGATAATATCATCTtgattaacaaataaattaaattaaattaaataataataaaaataataatacatttctaatcATTGTTGTGGATAGGCATCATGAACCTCTGCAGAAAATCATGGGTAAGGTACagagtataaatatttttgttaagcATTTATTACAATTGTTACAGTTAAAATTTCTCACTATTTGGCGGGGAATCAATTAAAATCAcacttttacatgcatttataacagcttatcaatgatttgtaatgcatttgtaagtgatttattagtcatttatgaCCACATTTCCACAACCCTTTATAAAGGAACACTTaatgtgaacaaaaaataaataaataaataaaaaatgctattattatatGATGTGAATGTCAATGTGACCTATTAAGTGTCACGGCTGAGGATGaaataatgacatttctttaataatctCACAGGTATTGACGTATCAAGACATCTGTTAGATAGTTTCAATGCTGTGAAGCTTTCCAAGTCTTAATGCTTGCCTGACGTGCTTACTTGTCAAAACCCTCTCAAATCTCAAAAGgaaagattaaatatttagacTAGCAGAAGTTTAGAGGATGAACGTTTGAGTCTTTAAGAAGAACAaaagataaatacataaaaccaTTGCGTTTCGCATTTTTGTGtgacatctttaaaaatgaccttttactTCAGATTAAGCACAGCTGGAATAGTATGTAGGTCTTTTCAAATCTTTTGTACAAGAAGCATTGAAGAtgatctctttctttctctttctctcacacacacacacacacacacacactaacgcTCCACTTCGCCTCACGGATGAAATGTGAGAGGGTCCAGGAGGAGGACTGTGCACTCGTTGACACTCTATCACTGTTCTCCTCTATTTCATCTAAATTAAGACTAGCACGGTGGAAAAACGTCTTCTTATAAATATAGTACGCCTTCACCTGGCAACATTTAAAGAGCACTGGTCATAAGACCTGGTCTGTTAACTAGTCCTGTCAGGAGTTTCTCTAGGCTGTTATGtctttatgtattatataatctaatatCATACCAAGTATAACCTGAAAAAAGCAGAATTTCATGTGCAGCAAAGCCAATATCTGTATTTGTATTGGGGTCAAATCGTACGTGGACGGGATCTTCACTGTCCTGAATCTCTTGGTGAGCTGAAGAACATGCAGAAAGACGTGCAAACAACACACAGAGGCTCATCATTCTGCCCTAATTAGTTCCAGTCATCTAATTTAATTGGATGAGCAGTAGCCATTTTAGTTTAACAGGACTGGGACGTTTGTATCACTTGCTGAATTCCAGGCCAGAGCAATTTGACATAAAGCTGGGAGCATGTTCTTTAAAAGTTCAGCTTAGAGAGCTGAGAAAAGCAAGCATACACTGAAAAAAGCGaataagtcatttatttaaagtgcattatgtTGGTCTAATTAAAACCATGGTTTCCATTTTGATTTtgacttcagaaaaaaaaatggaaccAGAAAATACATAtagttaaataaagaaaactaa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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU162406 lncRNA downstream 7441 5190781 ~ 5191350 (-) True G109907
TU162405 lncRNA downstream 8086 5190350 ~ 5190705 (-) True G109906
TU162384 lncRNA downstream 21256 5177331 ~ 5177535 (-) True G109891
TU162380 lncRNA downstream 109487 5088901 ~ 5089304 (-) True G109887
TU162295 lncRNA downstream 334112 4864417 ~ 4864679 (-) True G109836
TU162416 lncRNA upstream 39819 5247238 ~ 5321296 (-) True G109914
TU162462 lncRNA upstream 138986 5346405 ~ 5347559 (-) True G109942
TU162481 lncRNA upstream 188711 5396130 ~ 5396354 (-) True G109953
TU162484 lncRNA upstream 189878 5397297 ~ 5397517 (-) True G109956
TU162464 lncRNA upstream 228413 5435832 ~ 5437067 (-) True G109944
XM_043260019.1 mRNA downstream 21979 5173650 ~ 5176812 (-) False rrp15
XM_043260018.1 mRNA downstream 21979 5173650 ~ 5176812 (-) True rrp15
XM_043261461.1 mRNA downstream 28161 5138694 ~ 5170630 (-) True tgfb2
XM_043260153.1 mRNA downstream 103196 5090511 ~ 5095595 (-) True lyplal1
XM_043261415.1 mRNA downstream 151910 5027170 ~ 5046881 (-) True adcy3a
XM_043260762.1 mRNA upstream 24792 5232211 ~ 5245558 (-) False vegfaa
XM_043260760.1 mRNA upstream 24792 5232211 ~ 5245434 (-) False vegfaa
XM_043260763.1 mRNA upstream 24792 5232211 ~ 5245397 (-) False vegfaa
XM_043260761.1 mRNA upstream 28484 5235903 ~ 5245461 (-) False vegfaa
XM_043261275.1 mRNA upstream 148568 5355987 ~ 5360418 (-) True ppp1r8b
TU162095 other downstream 1103287 4094757 ~ 4095504 (-) True G109724
TU161934 other downstream 2068812 3128061 ~ 3129979 (-) True G109600
TU161510 other downstream 4316039 882459 ~ 882752 (-) True G109287
TU161498 other downstream 4565894 632465 ~ 632897 (-) True G109275
XR_006252910.1 other downstream 4903806 294867 ~ 294985 (-) True LOC122361256
XR_006252797.1 other upstream 24792 5232211 ~ 5245461 (-) True vegfaa
XR_006252796.1 other upstream 28227 5235646 ~ 5245460 (-) False vegfaa
XR_006252935.1 other upstream 152091 5359510 ~ 5359679 (-) True LOC122361376
TU162692 other upstream 609645 5817064 ~ 5818362 (-) False ndufa3
TU162864 other upstream 736802 5944221 ~ 5948789 (-) False LOC122359839

Expression Profile