RNA id: TCONS_00011065


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00011065
length 12330
lncRNA type read_through
GC content 0.37
exon number 1
gene id XLOC_005072
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007123.7
NCBI id CM002896.2
chromosome length 49182954
location 2625669 ~ 2669500 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GCCCTTCCAGGTCTGTTGTCACAGCATAAGGAAAATAAGGTCAAGCTTCCAAAGGTAAGGTCTGGGTCAAGCTAGTGACACAATAACACCGGTAAACAAGACTATTTAATGAACATGGAGATAGAAATGGAGCCTATAGGAGTTTCTTAATCTCATTACATGAAACACATTCCTTAAATACCTTCGCACTACATGGATTCGATCATATAATCTTCAGTTAATTCCTGATTTCCCTACAAAATGTGCATTATTCACAGAGCAAATAGCTGCTGTTGTTTTATAAAATCTGCTTTCACATTCTTTTCCAGCATTTGCCTGAATATCAGGGTATTAGTGTGAATTTAGAGGCCCTTGCCGCTTTAACAGGATGAAATTATGTAACTCCACACTCACTCAACGCTAATTGGTAGTGCACTGTTAATCTTGCTTTATCTCTTAATGCTCAGGATCTTATGCAACGCTATCTGCTGATTCCCTCCGGCCAATCAGAGGCGATGACTGGAGTTTTGTGAAATGCGTCTGATAAGAGGAATCATTTTTGGTGAAAGAAGCAGGTAAGCATCAATACGTGTGAAAATAAATGGTGTAAGCATGTATTAGAATCATGCAAATGCTATGATTTTCATGAAGTGATTTTAAGATTaggctttgtttattgttttaaaatcatgcaaattAAGATCGTATGAATGTTACACAAACTGTAGATGTTACAAATGCAAATTTCGAAGGCTTTGAATTGCTTTAGCCAATGGGAAATCTCAGTTGAGAGCGCTCAAAACtctgggttgccacagcggaatgaaccaccaacttatccagcaagtttttacgcagcggatgcccttccagccgcaacccatctctgggaaacatccatacacacattcacacacacactcatacacgacgaacaatttagcctacccaattcacctgcaccgcatgactgtgggggaaaccggagcacccggaggaaacccacgcgaacgcagggagaacatgcaaactccacacagaaacgccaactgagccaaggttcaaacctgcgaccaagcaaccttcttgctgtgaggcgaacgtgctacccactgcttcGCCGCTCAAAACTCAAAggaatttaaataaagaaaattagaGACAACCTGAGGAATTTTCAGGGATTGCTCCGTTTCTTCTTCTTCCCCTTCTTTTCTGGAATTAATCGCGATTTTGAGGTGCTAATTATGCCCGAAAACTCaagcaactttgcacacgccccagaagtggcgaaaatttacgtttgttatgagTTTCAGAAGTGGGCAttgcaaaatgactcgacagtgCCATCTATGCACTTTTGACCGACTGGCTCCCAAGCTATGATGCATGCACGCATACGAAAATTGGCACAGACGTTAAACATACCAAAACCTACGAAAATGTCTCCTGGTGCGAAATCTCAatcccaacaggaagtcggatatgaGGTTTTTGCCATTTCCGacattgtattttaacaaactcctactagggattttatccgatcaacaccaaaattgggttttgtcatctaacggccttggcgatgttaatttgcaaagatctagagttttcgccgaagggcgtgtccgtggtgacctcgcaaactttgacaattcgccacgaaacaacaggaagttgttataactcaggcatgcatcatccgatctgcctgaaaatgtACACTTTTGATAAGAGTcttgacctgaacacgtttacatgccaatatccacaTACAGtaatagcgccacctactggcaacaggaaatgacatgttttacagtgtaacaaacccctcccacaaattttatcgtatcaacaccaaatttgggtggtgtcctctgaaagctctagcgatgatatattgtgaagatcaaGAGTTTTCGTGGCGTGGCGGCCTGACAAACCTCAGTGCTTCTCCATGAAAcaggaagtacttataactcaatcacacaatgtccgatctgcctgaaacttccaATGATTGATAAGATTCCTCCTCTGAAGACATCTATATGCCATTAtcgagtcagtcatagcgccacctgctgacagaaggtaGTTTAGCTTATTACTCAGCCGcacaatgtctgacctgcctgaaatTTTGCATGTTCCATAAGATTCCTGCTTGCAtctttaatctgttttattttggtgTTTATTAAGTGTGTTTGacagttaatatttatttttactatataaAGTTGTGATTTACTTccaatttttaaatgaaaatattgtaaCTAGGAGTGTTTTTCCATGGTAATTTGTAGTCATTTAAAAATCTTGTCcccctttatattaagtgtccttaactactatttacttacattagaaaaataaatacaatgtacttaccttgttcataatgtatttgagcaaacttgtggtgcttttgagttgggataggggttgggttatggacaggtttggtggtatgggtaggtttaagggtgtaagggatggtcaacagtgtatttacaaatgtaattacaaaagtcaattacagatgtaattacataaatgtttttaatcaagcataagtacacagtaaatacatgtatatacattgtaacaaactattaattcctatgtaagtacatgttagttaaggccacttaatataatgTGGGACCAAAAATCTTAATTACTCCGCCAAATATTGatgttttgatcatttttattatcTAATGTTaaatttcttcaaaatttctACTAAAAATATTGTCATTAGTGGTGTTTTTCACACAGAAAATAACTGTTGATtggttgtgataaaaaaaaaatatatattccacCAGATATTGATTTTCTGATTATTTTATCATATAAAGTTGTTAACATTTCTTTCGAATTTATAAAAAAAGTAATCTTGTCATAAGTATTTTTTTCCACTGCattaattttttgtgattaaaagaatctgaattattaaaccacaatatatatttttgcttatttacattctaaaactatttaaaaataataaatgttgtcATGAGTATTTTTTCCCACAGAAAATAACTGTGTTAGGGTGGCACGgcggctcaatggttagcactgtcacctcacagcaagaaggtcactggttcgagtccaagctgtgccagtttgcatgttctccccatgttggtgcgggtttcctctgggtgcaccaAACACATGTGCTTTGTGTAAATTgaagagaggggtctggctgcagacttggtgcagatgcaatctgggcggcatccaatgctttttaatggtttcatctaaccccacccctaaccctacccctcacagtgactcatcgtgcatcataaaggctgcatccagatactattggaatttAATCGGCTAAATTGGtcatatgcaaactccacacagatatgccaactacCCCAGCCGTGACTGCcgtgaaccagcgaccttcttgctgtgaggggagagtgctaaccactgagccaccgtatctCCTAAGCCACCTAGTAAATCTAAAGAAACTGAGAATTACCAAATGGAAACAAAATATTCAACTTCCTTgcaataaaattacttttttattgatAAAACATAAATCAATTTACAGTTAATAAAATTACTATTGTAAAAACACACGTGTTgtatgtaaatgcacagtacatgATAGAACCATAAGCAAAAACAAGTGattatatacagatatatacagAACAAAAAggtaatgaaatatatatatataaatagaaaatcaGATGAAAAGTAGTACTGGAAGTAAGTGTGCAATGTCAAATATCTTAAAAGTCATGGGGTCATGGTTTAGAGTTCAAGCCCTGGAAGTTTTTGTCTTGAACTTTATAGTGAGAGTATTGcctaaacacagacacacacacacgcctccCAAAATATGTGCATTTCcctgaaaatatttgtttatttgtcctGGAAATACCCAGAGTGGGATCGCCACTGGCTAAATTCTTATGCCTCATTAGTGTTATTTGTTTACACATTTAATTAAGCGACTTCACTTAGGTTCAGTAGTAGCTTTGGTTGTTAGGAATACTTATTAGGATATTATTGAACACGGTCTGCCTGCTAAAAATCCTGTAGCCCATTTATATAGAAAACTGATGCAGGATAAATCTGACTACTCTCATTATAGCAAAAGAATTAGGGAATTAGTGTTAAACACTATAATAGAGGATGAAATGTGGGAACAAATATGCACAAATTGTTATAAGGGTATAAGCAGGGAATATGGAGGGAGTTGGACTGGAAGATGAGGTTTTTCAGAGTTCCGTTAGTGGCCGCCAAATTCAATAGTTCTTTACAATTATCACAATGCTGGAGAGATTGTGGAGAAGTGGGGGACTGTGTTCACATATTTTGGGAATGTCCTAATATACAAGTGTACTGGCAGGAGGTTAACAGGGAGATTAGAAAAGTTTTAGGATATGACATACCAATGCACCCAGTATTTTGTCAATTCACATCATCAATAACATATTTGATCAATTCAGTAAGTCTCACCTATTTACACTAAATATATTCATAATAACAGGTAGGAAAAGAATTACAGTGAACTGGATGAAGACCTGCCAACCTACTTTGACAGAATAGACACAGAGGTTGaaacgtgtgtgtatatatatgtatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgagaaaatGACTGCAGATTTGCAGTTAGACTTTTAGACTTCTTCCAACAGACCTGGGCATTAATCGAAACATACATGCTTGATCTTTGAAAGGGTTTCAGGGGCTTTGTCTTTGTCACAGTTATTGCCTTTATAttggagtttatttatttatttatttatttatttatttatttatttattctcccccccctcttttaattaattaattaaattattattttttttgttttaaagctgtcactattattt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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
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TCONS_00011068 lncRNA upstream 624202 3282146 ~ 3284844 (-) True XLOC_005083
TCONS_00010793 lncRNA upstream 673086 3331030 ~ 3382684 (-) False XLOC_005085
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Expression Profile

//