RNA id: XR_006247225.1


Basic Information

Item Value
RNA id XR_006247225.1
length 6053
RNA type transcript
GC content 0.40
exon number 7
gene id bloc1s2
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056718.1
NCBI id CM032087.1
chromosome length 27616869
location 9255548 ~ 9283383 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome
species tiger barb
(Puntius tetrazona)

Sequence

TTTTTAAATTGGCAGAGTTGTCACGCGGCCCCACCCATATCTGTATATGAAACATGTGTTTTTTGACCTatactttattaattataacCCTTGATGAGATTTCACAGCTCGTAGTTAAGAACTGTGTCTGCAAGACATGCCAAAACGAATATTACATACAAAAGCACGAGTATTAAATCTGACTGAGTACTTTCATTTTCAACATATTCTCGTAACGCTTCAAAAAAAGTCTTATATCAGTTTCGCTTACataaccagatttttttttaaaacgattCGGTTATATATCAGTACATATAAAAGACCGAAACGAGGAGTCACGTGAATCTGGTTCTAGTCATGTGATCATGTGAGCTGAAAATGGCAGCTACGGGGGACGAGGCCGCGGCGATGGAGAGCATCAGTAAAGCACCGGTTCCTCCGAGCGACCTCAACCTCTCCGCCGAGACCGAGCGCAGGAGAGACGCGGCCGCGAACGACGCAGCGGAGAACCAAAAGGCCAAAAGACCCAGTAATAACAATGACGGAGGAGTGGAGACGGCAGAGGAGGCCACTGAACCTGCAGAACCTGATATCAATGAGCTCTGCAGAGACATGTTTGACAAAATGGCAGTTTTCTTACAGGGAGAGCTCACAGCAACCTGTGAGGATTACAAACTCCTGGAGAACATGAACAAGCTCACCAGTCTGAAGTACATGGAGATGAAGGACATATCCATCAACATCAGCCGAAATCTACAGGATCTCAATCAGAAATACGCCAGCTTGCAGCCTTATCTGGATCAGATTAACCAGATCGAGGAGCAGGTTACGGCTCTGGAACAGGCTGCTTATAAACTAGACACGTATTCAAAGAAACTGGAGGCCAAGTTTAAGAAACTGGAGAAGCGGTGAAAATGACTAGGAACTCTTTCAAAGCGGTCATCCTCAAAATtacTATCTGTGATTGAAACCCGTCTCTTCACGTCCAGCAGAGGGCATAGGAAGCCCACGCATGGTCCAACTCAACCTTTAACCTGAATTTGACTATAAGCCACAGTGATGGATCCAGAGCCATGTATGTAATTAGATCCTGGAATGCTGCTTATAACACTCActtaaaaggaaaggaaaagtaACTGAGCACAATGACTCAATCAACACTTCCCCCTCGGTCCACGGGGCTGAAAAGGCCGGATTTATGCTGTTAGTGGGCTTCGGCGATGAGAGATGCTCATTGGTTAGTCACCCCCACCCACCCCACCCTCGGAGACTCTGTTTCTCTGGTGCTTATATGTAAAACAAGCTTAGTTTCAAACACAGAGCGTGTCTTTAACAAACATCTGGCATATATCTATGATTACAGTCATATTTTGTTCATCACGAGTTGCTGTGTTTGCTGGCTGAACTGGGTGCTACACCCTCCGAAATAGTTTTAACATTGCGGGGCAAATCCCGGGCAGAGCAGCAGAGGTCACGGATACAGCCATTCGTATGCATGTGGATGTAGTGCTTAATCACATTTTTTGACAAGACTAATTATGAGCCCCTGTTCGAGTGGGTAATTAGTGTTGAGTGGCGCTAATGTTCTAGTTGCCTCCGGGGCTTTTAAGTCCGCTAACCTGTGCTAACCTACGCACTTTGAATTACTGCCAACATTGGGTTTCTGGCATTATTTAGGACCGGCACATTGACTAATGGGCcaacattttttctaaaaggcaTGTTTTATATGTACGGGTTaacatacaatatattatgACAGGCAGTACCATTTAGTGATGCAGCTTTAAAAACTGTGCACTTGTACCCTTAATGATATACATCACATAAGCAGTACTGACAGATTAGACCAACAGCACAATGTGATATTTCTTTAACAAAACGGTACATTTAAACAAAGTTAATATTCAGTGACTTAGACTTCAGGCAAACAACCGCTGTCGGTGAAAATAGTTAGCAGCAGTAACACAAACTGGTtgtatttctgaatgaatcagttaaGCGAATGAATCAATGACACTCACTTGTTTCGTTCCTCAATAAAGCAGTGTCgttgaatgaatcagttgagttcatgattcagtgattcacatATCAAAATATGATACTATAGACAAAACAtagtattttaaagaataaattgCTGCTGCTTCCAGTGAGCTTAAAGTATTGGACACTACACTTTAAGGCCGCAGGAGAGGATTCGTGATAACCGACACTTGTAGGTTATGAGGAGGAGAGAATGTAGGATTGTAGGAGAcaatgaaaacataatgaaGTATGTTCGGATTAAGTACATACTACACACATCCATACTATATAGAACATGCATTATAATGGTCACAAAGTAATTACTCTTTCAAAATAAGTACAAAGTTAGAGAGTATGTGAGCCAATCCAACTAAATGGATcagttttgaatgaatctgtaAAGTTGTCAAAAGAATAGTTTGAGTTTAAGATTCGATGATTCGCTGAATTTGGAAAAGGTAGAGACAAGAAATACAGAAACAGTAGTAGAGGATTTAGTTCCAGATTCAGACATTTAATCGTTTCTGAAAGAAATCAGTGAGTTGAATGAGTTATTCAATGAATCGCTCTCAAGGACAGTcacttgctgccacctactggcacaGCAATGTACTGAACCAGTTATTGATTGAATCGAGGCAGATCTCAAGAATGAAAACTTGTAGTTAATTGTAAAGAGATCAAGatcaagtcattttaataaaaaagtatgatgtcaacaacaaaaaaaaaattacctaatGAAATGTATGCATGGATGATCTATTCACAATAAAATTGATGACATCCACCCATCGATTCGGGAGatcaaaaaatatgaatttagagAAGAGTTTGGgggattttaacaaaaatataatccactattaaaatgaaacaaacaccGGCAAGCGCAGTGATGCAAAGAGAGAAACCTGGTTGCTGTTACATCAGCCCTCTTGGAACAAAATCCACCAATCAAGTTTGAGGACCGGAACGAACCGTTGTATAAATGAAGTTCAATGCCAAATCTCAGTGTGCTTTATACTCTCTGTGTGAAATACGCACTAATACTGACACCTTCAAtgtcataacacacacacaaaaaaagatgaaaagaggaTTATTTCATTCCAAACATGTGCTAAGGCCAACACAAATCGGGTCTAAATTATTGAAGTGCATTTCAGTGAAAGAAAATGGCAATATGTCTAAAAGCAGATGATCTCTGTGTTGTAAATGGCCGATTGCCCGATTCGGCCgcagaaaaacacattagcGCACCACAAATGTGACATGCATGAACTCCTTCAACCTCAACAGATTCTTCACCGATGGGTTCAGAAGAAACACGGAGCTCGTAAAGCCGTGTGCGCTCACGAATCATTCAGAATCTGTATTTCTATTATGAGACACTTTATTGCGAAAGATGAATTCGaagatgtcattttttttatttgatctctttgaaaaaattacattttgatgcaaaaataacatgttttgtcacatttaatgacacataaaataatgttttgtgaaaACAGGGGAAATTATATGACAAACAACCGAACTGTGACCGCTTAATGGCTTTTGCCTACCTAATACAAGCAACAACATATTTGGGTTGTTGTGTACTTATAAACACATTTGGTTTCCTGTGCTGGCGTATGACTCACCATCCGACAGTTGTGTTTAATTTAAGACGTGAGTGCGTGATGCTAACAATATGCTAGCCTTCCTTTCATCAAACAATTCTTTAGTCATAAGCCATAGCCTTGAACTCCCACGTGACAATGAACTGTGCTTAATTGCATTGTATGATTTTACAGATAACAGacatatttatgaaattacatgcaaaatgtgcTTAAGGCCTACCTAAGTGGgtcaaaaagtataaaaaatgtaattattttacactTCAAGCTTCAAAATCGTTCTTGGGGTGCACTTAGCTATAATAAGGCGAAtgttttgtagttgtttttatGAAGTTCTGTAAAAAGAGACAATCTCTTTATGGCAGAAACAAATGCATGTGCAAGAGCTATTCactgtaattatgtaattaattaaatttcttAGTATGTTCTTTTAAAGTGTAGCCTATTATTTCCATAAACAGTACTCTATGCTAAAGTGTACTTGAGCTTCCAAAGCAAGTTGAACAATCTCTGattttaaaaacaggaaaaaccaCAAAGAACACCCCTTCAAAACTCTCGGGAAAATGATATTTTCTGAGTAAAAGACAGCTACACTAGAAACTAGAGCACATAGCCTTTAACAAAGTACAGAAATTAAGATCCAAGATAGACTTTCTTTGATGAGAAGAAGCGATAAAGAGCTCCTTGGAATTGTGTGATTGGCGTTTGAATTTGCGGTGAAAGAAATTCCTGGTTTTCCTCTGGGAACACTGAACCACAGGACACCGCTTGTGCTgaagtaaataaacatacataaatctAAGTCCTTCCCCTGGGAGCCCGTGAGAGGTTGTGTTTGCGAGTGCGCGATCGGGGAAACGCAcgaaatgtgttaaatgtgtaaGAGCTGAGAGATTGGACAGATCTATTTATCTGAATGAATTTGATAGAATTTGCAGGtacttttttgtaacaaaaatatatctagttttaaaaatgagaaataactGATGTTATTTTCTGCGAGAACGGCGAGCTCTGGCTTCCTGGCTGACCTTTGACTCGACGTTTGAAGCAACTTATGCGATACGTCGAATGTTGAGTCaaaagtcagccaagaagccggaactcGGTgctcagtcagttatttacgttataattttaaaactagaaatattttttgttactaaAACCCTGCTGGACATGTGATAACACCTAGAGTGCTTcgggtgagtaaaatattgggcagttttcatttgtgggtgaaccATGCCTTTAATGCACTATCATGTTGTAAaaatgccctacaccaaatccaaccctaaacctacccgatggtgttaacaaatgcaaaactgg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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU202579 lncRNA downstream 12402 9252712 ~ 9252970 (-) True G137132
XR_006247228.1 lncRNA downstream 24675 9222281 ~ 9240697 (-) True LOC122324791
TU202568 lncRNA downstream 29318 9222279 ~ 9236054 (-) False LOC122324791
TU202535 lncRNA downstream 140629 9118935 ~ 9124743 (-) True G137102
TU202482 lncRNA downstream 443191 8821791 ~ 8822181 (-) True G137057
TU202599 lncRNA upstream 46688 9325653 ~ 9328721 (-) False pcsk9
TU202720 lncRNA upstream 113985 9392950 ~ 9393229 (-) True G137250
TU202723 lncRNA upstream 121417 9400382 ~ 9401209 (-) True G137253
TU202725 lncRNA upstream 125165 9404130 ~ 9404541 (-) True G137255
TU202738 lncRNA upstream 161272 9440237 ~ 9447911 (-) True G137264
XM_043219441.1 mRNA downstream 170008 9078745 ~ 9095364 (-) True prkaa2
XM_043219562.1 mRNA downstream 664417 8591692 ~ 8600955 (-) True LOC122324857
XM_043219920.1 mRNA downstream 674187 8572552 ~ 8591185 (-) True LOC122325066
XM_043219561.1 mRNA downstream 857115 8402799 ~ 8408257 (-) True LOC122324856
XM_043220260.1 mRNA downstream 924422 8336607 ~ 8340950 (-) True tmed5
XM_043219466.1 mRNA upstream 49676 9328641 ~ 9335059 (-) True pcsk9
XM_043220049.1 mRNA upstream 56966 9335931 ~ 9339220 (-) True bsnd
XM_043220048.1 mRNA upstream 60398 9339363 ~ 9355284 (-) True si:dkeyp-51f12.3
XM_043220047.1 mRNA upstream 60398 9339363 ~ 9351638 (-) False si:dkeyp-51f12.3
XM_043220382.1 mRNA upstream 78443 9357408 ~ 9359541 (-) True si:dkeyp-51f12.2
TU202481 other downstream 443653 8821154 ~ 8821719 (-) True G137056
TU202479 other downstream 446045 8818854 ~ 8819327 (-) True G137054
TU202297 other downstream 620613 8323113 ~ 8644759 (-) False pigc
XR_006247224.1 other upstream 51172 9330137 ~ 9335061 (-) False pcsk9
TU202840 other upstream 659000 9937965 ~ 9938877 (-) True G137330
TU203003 other upstream 1288332 10567297 ~ 10570737 (-) True G137451
TU203048 other upstream 1442956 10721921 ~ 10724069 (-) True G137469
unassigned_transcript_2506 other upstream 1653597 10932562 ~ 10932644 (-) True trnal-cag_34

Expression Profile