RNA id: XM_043225555.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_043225555.1
length 8987
RNA type mRNA
GC content 0.45
exon number 16
gene id fam120c
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056721.1
NCBI id CM032090.1
chromosome length 19062720
location 11245528 ~ 11260187 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome
species tiger barb
(Puntius tetrazona)

Sequence

ACTTTCTGTCGGTCCGCGGGGAAGTCGCAAGATGGCCGACGTCGCATGAAAGTATGTTCCTCTCCTCAACATGAAGTCGTGAGTGAGCCAGAGAGCGAGGGAGCTTACGTCgggcttttgtttttgttttattttagttgttttactttatttttcccttaaTTATTCATCTCATTCCGAATCGCGGCAGCCCCCGATTTGTCTCGACTAGTTGACGCGTCAATCACGCCGGGATCTTGGCTAACTGGCTAACTGCGCGAGCTAGTTTGTTAGCCACAAACTGTAGCTCTTATAACTGTTAACCATCACAGGACATACTGTATTCACTAGCAGCTAGAGTTAGTTTGAATCATCTAACGGTCATGTTGGATAGCAATGGTGTAGTTGTTGTTTAGTTTGCCGCTAGAAAGGTTACAAATAGGATTATATTTTGATGTTACCAACATTGTCGACATCATAACTGTAGCGTGCGCGCCGTTATCCTCCATCGTTACATTGTAGACCGTGCAACATTGTAATTGATCAAAACAGAAAGACTAGCGGGATTATACTATTGACACATTAAGGAATGGACACAGATTGCATTTACACGACCAAACGTAAAAAATAGCCACGCGTATTTGGAAATTTTACAGGGGGTCGGTTGACACTTGCATTTGTGGGATAATTTGCCAgacatttcagctttttagtTATCCAACTACAACCGGACAGATCTAGTTCTGAGCACACAACCTAGAAATCAACTTCTTAACAAGATTCATCCATCTCAAGCGCTTAGACACAACATGGGAGTGCAAGGGTTTCAGGAGTATTTGGAGAAACGCTGCCCTGGGGCGGCGGTTCCGGTAGATCTTCTCAAGCTCGCGCGAACCGCAGGCCGTCAGCCcccacaccaccaccaccaccatcatcatcaccaccaccaccaccaccatcccCATCATCCCAGCTCGCTGCCTCCGCCTCCCCCGCCAGCGCGCATTCTGGTTGACGCAGACTCTGGCCTTCAGCGGCTCTACGGGGGCTATCAGACCGACTGGGTTTGTGGAGGCGAGTGGAACGCAATGCTCGGCTATCTGGCGGCGCTCTCCCAGGCCTGTCTGTACCAAGGCGGACTGGAGTTGGTGGTGGTTTTTAACGGCACGCTTGGGAAGGATCGCTGGCCAGAGTGGGCGCGGCGGGCGCAGGGGCAGCGTCAGACCGCGCAGCTCATCGTCAACCACGTCGGAAGCAAGGCGACGCCCCCTCCTCGGGCATGGTTCCTGCCCCCGGCCTGCCTGAGCCACTGTGTCCGCCTCGCCATGTTCCGATTCCGCGTGCGGGTGGTGCAGACCCTGGAGGACCACCATCAGGAGGTGCTATCCCTGTACAGAGACTATGGTTTTCAGGGTCTGATTGCACAGGACTCAGAGTTTGCGCTATGCAACGTTCCGGCCTATTTCAGCTCCCACGCTCTCAAGCTCTCCTGGAATGGCAAGAATCTGACCACTCACCAGTACCTGCTGTCAGAGGCAGCTCGCCAGCTCGGCCTCAAAACCCAGCACCTTCCCATCTTTGCTGCTCTTCTTGGTAACCACATTCTGCCAGATGAAGACTTGGCTGCCTTTCATTGGAGTCTGCTAGGCCCAGAACACCCTCTTGCCTCCCTAAAGGTAAGGGCTCATCAGTTAGTGCTCCCTCCATGTGAGGTTGTTATTAAGGCTGTATCTGAGTATGTGGCATCCATCAAAGATCTTGGGAATTTAGATTCGGTGGCCAAGGATGTTTTCAAGCAGTCACAGTCACGAACTGAAGATAAAATTGAGAGGTTTAAGAAGGCAGTGGAATATTTTTCAGCGGCCAGTAAACCAAGACCTCTCTCCATGGGACCTTCTCCTTACCTCTTTCCAGGCTTTGGGCCTAGTCAGTTTAGCGGACCTCCAGGCCACATGGGGGCAATGCAGCCTGTAAAAGCTCAGTTTGGTCCACCCCAGGTGTCAGGTGTTAAGGTGCCTTATCCAGGTGGGCTCTACGGACCCAGCCCTGCCACTGGTCCAGCCCTTTTATGCCAGAACCCAACTCAGCCTCTGCAGGACTGTAATGACTCACTTGTTGGGAAAATGGGCTTTGCTGATTGGTCTGCTCCATATGATTCCTCTCAAGGTGGCAACCGACAGCCCAATCATCACACTGCTGCTCCTACAGGCCCCTCCCCCTCGTCATCGTCGTCTTCAGATGGGGAGGAGCAAAATGACACCAGCACTAATCATTTGGCTGACAAGTCTACAAGATGGGAAGATCCCAGTGGACGGGGTGGCAGTGGCTCTGGGGATGGGCACCATGGTAACGGAAGTGGGCCGTCCATTCCATCTTTGCTGTCCATGCCAACACGGAGTCACATGGACATCACAACTCCACCCCTTCCACAGGTCAGTGCCGAGGTGCTGAGAGTGGCagaacacagacacagaagAGGACTCATGTATCCACAGATCTACCACATCCTGACCAAGgggGAGATGAAGATGCCAGTGTGTATAGAGGACGAGTGCAACCCCGACCTGCCTCCTGCTTCTCTACTTTTCCGTTCTGCCCGCCAGTATGCCTACGGGGTGCTGTTCAGCTTGGCTGAGACCCAGCGGAGGCTGGAGAGACTGGCCATGCGCAAGCGTAGTCCAGTTGATGTGCCTCCGGTGATTGTAAAGGAGTGGTGTGCCAGTAAAGCTAAATCTGCCCTGACCCCAGAGCTCGTTCCAGCCCTGTGTTTCCGCGAGTGGACGTGTCCCAACCTGAGGCGGTTGTGGCTGGGTAGAGCGTCTGAGGACCGTAGCCGTCGTACACGAGCCTTCCTAGCCTGCATGCGCTCCGACTGCCCTGCCCTGCTCAACCCGACCTGTGTGCCATCTCACCTGCTGCTCATGTGCTGCGTGCTCAGGTATATGATGCAGTGGCCGGGGGGTCGCATTCTTCAGCGCCATGAGCTTGATGCCTTTTTGGCTCAAGCTGTGTCCAACCAGCTCTATGAGCCTGACCAACTTCAGGAACTCAAGGTGGAGAAGGTGGATAACCGTGGGGTGCAGCTGGCCTCTCTGTTCATGAGTGGAGTGGACACTGCCCTGTTTGTGAATGATGTATGTGGACAGCCCTTGCCATGGGACCACTGCTGCCCTTGGGGCTTTTTTGATGGGAAGTTGTTCCAGAGCAAGCTAGCTAAAGCCACCAGAGACAGAGCCTCCTTACTTGATATGTGTGAAGGCCAGGAGGAGCTTGTTTCGAGAGTGGAGAAGATGCGCCAGGCCATTCTAGAAGGCATCAACCTGTCCCGGCCGCCTCCCCCACCTCCACCACTGCCACCCCCTGCATTCCTTCCCCCTGCCATGGTGCCCCCTTTCTATCCCATGCATCCTCTCTACCCTCCTCGCCCACTGGGCTCCatgcctcctcctcctcatcatcaccACCAGCACCGGCCCAGGGCCTTCCCAGgaatccAGTCTATACCTCCCCAGGGTGGCAAACTGGAAATAGCTGGCATGGTTGTTGGTCAGTGGGCTGGGAACAAACCAGTCCGTGGCAGAGTCAATATGCAGGTGGTGTCAGTAGGAGGGAAAGGGGGTAAAGAATTGACAGTGAAAGGGAGGGGAGGAAAGAAAGTGACCACCAACAGAACACAGactCTGTCCTCTTCACCACCCTCCACCAGCCCCCCGAAGCTCACAGAGGATGGTAAAGCAGTGGGGCGGCCCACGGAGGGAACGGGGACCGCGTCGCAGCAGCTGAACGGCAGCTCTTCAGGAAGCGCCACTGGTCAAGCTCTTGACCTGCCACCACTGGCCCAGCCAATCCAGTGTGCCTTAGCCAGCAGAGACAACCAGTCAGGAGATGGGGTGGAGGTAGAGGCCCCTTGTTGCCTTGACGACTGCCCATCAGATGGTGCACTACAGAAAGAGGAGTAATTACATCCCATAATGTAATAAGAATGAGAAAGTGAGAGGGAATGATCTAAGGTCGACTGCCTTTTCCTTGCAAAATTGAATATTTAGGGCACAGTAGCCACTTTGTGTTGTCATGGTATAATTTATGATGCTGCACATGCTGGAAACGACAGATGGACAGTGTCAGGAATGCGGTCTATGTGTCACCTTAAGAGCCGGGTCTGGTTTAAAACCGAGTGAGTTTAAATCACAACCCCCGATTGCACATCGCCCTGAATCTTTGGGTTCTGGACCTCATCCTTTCCACTGGCCCATCAGTGTTGTAGCATCGTGAAAAGCTCTCGAGTCTTTTTATTTCGACACCGTTTTCTTTTCAGAGCTTAGTACATTGACGTGACCTTATATGTATGATTGCCTAAAATGGCTACGAAAAGCCCCCTATTATTGCccaaagtgtatttaaaaaattgaccTACTCAAAATACTTGCACGTGTCAAGTAGCACAGCAGCACCTGCTTTAAAGTTTCCACCACACAGCAAAGAATCACACTATTTGTACTTGCACATGGCTGTATATGCAGCAGTGTAACACATAGAGGGGGGGATTTAAATCAACACTGCCCTGAATACAGTAGACGAGTGGAAACTGACGGAGAACGCGGGTTGTATTTGTATGTCACAGtgtgcattcacacacacatggttgcccttttgtttttgtttttgaacattGTCTTATCAAAGAGTGAATTGCATGTGGAGAAGTTGCTATTGTCTTCAGCACAGGGGCCACGGGCGGCCCGAGAAGTCCAGGCACAGAGAGGCGggcttaaataataaaagtaaaagattCGTAGAGGTTACAATCTGCATCGCGTAGCTAGCTCTCCTCTGTTGCTTTCTCTCACGTAGACAATCTTTTTTTAGGCCCACGTCCCCTTGAGGATTCACAGCAGTACTCAAGAAATTCtaaagtacaaatattttaagcacCTTAAGCCCGAAATTATACATATGCAAGCCCTCCTCCTCAAATGAGGAAGAAATACCCTTAAAAATGAATTGTATTGTAACGTAAAGca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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU232149 lncRNA downstream 708 11242600 ~ 11244820 (-) True G156762
TU232146 lncRNA downstream 82509 11162664 ~ 11163019 (-) True G156759
TU232098 lncRNA downstream 169567 11071410 ~ 11075961 (-) False G156726
TU232181 lncRNA upstream 92972 11353159 ~ 11353828 (-) True G156785
XR_006247856.1 lncRNA upstream 115990 11376177 ~ 11376688 (-) True LOC122328925
TU232213 lncRNA upstream 279436 11539623 ~ 11540045 (-) True G156812
TU232436 lncRNA upstream 502253 11762440 ~ 11763023 (-) True G156962
TU232440 lncRNA upstream 503522 11763709 ~ 11850582 (-) False atp2b3b
XM_043225473.1 mRNA downstream 3940 11238450 ~ 11241588 (-) True hsd17b10
XM_043224147.1 mRNA downstream 32252 11175947 ~ 11213276 (-) True tafa1a
XM_043224148.1 mRNA downstream 34716 11175947 ~ 11210812 (-) False tafa1a
XM_043224149.1 mRNA downstream 34720 11175947 ~ 11210808 (-) False tafa1a
XM_043224146.1 mRNA downstream 34722 11175947 ~ 11210806 (-) False tafa1a
XM_043224072.1 mRNA upstream 45092 11305279 ~ 11310902 (-) True sephs3
XM_043225073.1 mRNA upstream 51374 11311561 ~ 11313590 (-) True ssr4
XM_043225072.1 mRNA upstream 54518 11314705 ~ 11321862 (-) False ikbkg
XM_043225071.1 mRNA upstream 54518 11314705 ~ 11321862 (-) True ikbkg
XM_043224640.1 mRNA upstream 62468 11322655 ~ 11324876 (-) True zgc:158296
TU232124 other downstream 140305 11100744 ~ 11105223 (-) True G156746
TU231697 other downstream 567479 10675684 ~ 10678049 (-) False LOC122328798
TU231532 other downstream 878159 10365543 ~ 10367369 (-) False LOC122328779
TU231517 other downstream 1006255 10237096 ~ 10239273 (-) False ankrd52a
TU231501 other downstream 1013609 10230546 ~ 10231919 (-) False ankrd52a
unassigned_transcript_2621 other upstream 257823 11518010 ~ 11518081 (-) True trnah-gug_32
TU232410 other upstream 481213 11741400 ~ 11746620 (-) False LOC122328546
TU232414 other upstream 481213 11741400 ~ 11746620 (-) True LOC122328546
XR_006247903.1 other upstream 482483 11742670 ~ 11742803 (-) True LOC122329333
TU232418 other upstream 483932 11744119 ~ 11746620 (-) False LOC122328546

Expression Profile