RNA id: XR_006250554.1


Basic Information

Item Value
RNA id XR_006250554.1
length 4353
lncRNA type inter_gene
GC content 0.38
exon number 4
gene id LOC122342397
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056702.1
NCBI id CM032071.1
chromosome length 29200999
location 15017785 ~ 15023863 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome
species tiger barb
(Puntius tetrazona)

Sequence

aaaaaaaaacatgtttgtgaaTGTTGGTAATTTGCCAGTTTGAATTCAAAGTAGGCTATGTGTGTGATTCAAGTAGATCTGATGAGTTGAAAACTTGCAACTTTATACAGTAGCAAAACAATGCTGagttttgacaaaaaatatatatttttaaatgctacagtTGTGGTTTTCATGTCTATATATAAATCCATTTGCAAAATTATGacctttcaacctctaatgcagaaatattaattcatccGTTTATGActtcaaggttagattattgtaatgctttactgggtggttgttctgcacgcttgataaaattacaaattacaaaagtaaattacaatatatatgtattaacaAACAGTCAACATTATTATGTATGGGTTAAAATAACAAGATTCAATTCAGTGCAGTCCTGTATCATTATACATATCGTATCGTGGCCTCTTTAATGTGAGATGACTTAGCTGGTGATACACAGCCTGCACACACTGCAAACATACTGTCAAGCTGGTACCTGCCTAAATATTGCGAGACCTTTTCTGAACTCTGGTTCTCCATGAACATCAGGAATGCTCTTCAAATTTTCTTGAcctgaaaattaattttgaccTTTGGCCTGTTTCAGcaaatcttcattttaatgGAATTTAGTAACATATATGAAAAATGGAAATGGCTATAAGAATATAGGATGGTGTACTGTACTGTCAGTGCCACCAATCCTATGGTGGTGAGGATTTTCTTcagcttttgctttttcttgCTTTAAAAACTACAGAAGATTCATGATGAGCACAGCCAGAATGTGAAGTGATGTGCCAACAATTTGAGCACTTTTCTGTTGCTAAGTTTTCCCTTGACTCAAGttgtcatctttatttatatagcatttttaacaatacacagtgtcaaagcagctttacagtattaaaatagaaaaatagtgtcagtaatgcaaaaacattcaggttttttttttcaagtttcaaGAGCTAACCACATCCTGGCCTTTTTTCACTTTGATTGATccataatagaatagaatggagAATGTCCTTGTTGTGACATGTGTTTTCTAGCTACATTTAGCAGTGCCTACCCAGGACCACAGTGTCACacccttttgttttgttttgtgttttttcccccatgtgctctgtgtgtgtgtgtgtgtgttgctatCCTTCTGTTTTGAATTGCCTTGTTGTGGATTATTAAAAGACTGTTAATGGTTATCGGTCATCTTCATGCTCTCCTTCCCACACCACAATGTGACAGAAGTCTGGACCATAAAAGACAAGTAAGCGAAATGTTTTcctgcacatttttttcatttttgtccgtttttatttattttttcttgttatgATCGATCCTACCATCCTTGTCCTCCTGCTAGAggagggggattgctctctccaGGTGTTCTTTACCAAACTTCCTCTGCTCATTTTATCTGACTAGACTGGACCTCGGGAGAGCCTCGCCGCCTTCATTGAGTGGGTACTGGTGTCATGAAAGTCTTCACTGACTGTGGACATGAAGGACAACCACACCAGTCCCACTCTGGACccagagcccagcccaccaTTTCAGTGCTGAACCTCCCTGCCTCACTTCCTATCCGTTATTCCCATATTCCCCCTCTGTCTCACCCTTCCTATAGATGGGAGCAAACTCTTCACACCCTTgtactcttttgtttttgttttcattccccatgtgctctgtaTTTGTCTCACTTGATTGTATCATTATGTTCACATGTGTGTTGTTAATTATCTTCATTAACCCCATTTTATGATTTCTTcctgttcagtgtttttcatcTGGTCTACTTCATTgtactgtgtttgtttgtttgtttttgggcaTAGAAGGACAGATTTCAAGACATTTCTGAAAGCAAAGAGGATCCTCTGGTATGGGAGAACAGTTGGCTgtcctcataaaaaaaaaaaaaaaaaaaaataattaaaaaaacgtataaaaCCTTTACTCAGTATGTTTTAATACCCAGAAAGTGGTTTTCTCAAAAGTCTTTGTGTAACAAAAACCTGACAtatgttgtatatttgtgtgtctgCCACTGTCCCCTATCTGTTGTCGTGATCCCTGCATGCAGCGTCACTCAGGCCATGAAATATAGGCCGcttaaaaagacaagaaaatgtATTGTGCTATCTCAGGCtatgtatttatgtacttaTCTACttcatgttttgatgtttttgtcatgCCTGTTACAGACATGCGTTATTATACAGTAGTTTTAATTAGAACTATGTTATAATTTTCATATGAGCAGTATTTTAGTCCCTTTTCACTGTGATTGTTTCAAATTTTAGTATTAGTGAAGCACATTACTTTTCTATGAGATGTAAAGCTTGGTTTCACAGACAGTGTTTAGGCTAAGTCAGGGTTAGGCcttagttcaattaggacatttaagtagcTTTTATAAACGTGCCTTACTGGCAcgcatcttgagacaaaacaatgacactgacatattttaagatcTGTTAGTGCAAGTTGCTTTCAGTTAAAACAGCTCAGACatgcattttagtctgggactaacttaagccttgtctgttaTATCGAGAGCTAATGTTTTAGGGTATTGAAATTAGACccttgtgtctgtgtttgtccccacacagaatttaaaatatattgatatactAACAGCAGGGAAAAGTTATGTGAATATCCATGCTATTAGTGAGCAGTGAAGTTGTGGTGTTGTTTACATTTTCGTTCCTAATTTCCTTAGCAAATTCTGTCACGGAGAACTACTCCTCTTTAGGATGCCATTAATTACATCCTTGCAGGAAGAGACAAGAATTCAATGTtagaaatcaaatatattaatcCAGTTAAATCTGAGTGACTCTGACACACTGCAGGCTAGACTGAGGGGTTACATGTCACTGGTTCTTGAATGGATATTATGACTAGTGGTTTGCAGTCTGACTATAAATTGTACAAACATCAATATAAATTAAAGTTGTTAATagtatttgaataatattttagttaatagtGGGCCTGTCTGTTACCGTATTCTACACTTGGACATGTATTCATTATTCTACATGTagaattattagaataatttgtgCTGAGTTGTACCAGTGGATAATCAGCTACCCGTGTCTCTAATAAGGTTGTATGTGCAGGTCGTGGTATCTTCACTTTAGCTGTTTTCAATCAAGGAGTACAGAGAGGAGCTCATTGATGCAGCTGAAGCTTAACATAGAAGTAAACTGTACCAAAATGCATGGTTAATCCCAATCTTTGTCTTCATATTGAAGCGGAAATTAAAGTACAGTTTAAAAGCATGTCACTATAAATGTCTGTTCAGTGCATAATGTTTGTAAACAGTATTGATGGAGTACTTGAAGATGGGCGACTGGTAAACGATGAGCACAAGGCACCAAATTGCAGAATGAAGTTGATTGAAGCAGAAGGGCCACATCTCTGCCTTTTGCACTGAAGGAAATTATGGCAGGAACTGAAATCACTTATGACTATGGTAGGAAAGAATGGCCCTGGTGTAAAAAGGTGggtaattttttttcctatgaATTGGTGTCGAGGTTTAAAGCCTATACATCTAGACAATTAAACCATCTGTTTTAAAAGCTACTgggtttgtgtgagtgtgtaaaaGATGATGTGTGTTTTATGATGCCTCAGAGATTACACAATACCTATCGCTTGTTAGTGCCAACAGTTATAGCCAAAAAATAGAAGTCTTAAGGTTAATCTTGAGCTTGCATGACTCTCCCAGGTGATGCCAGCAGAATTTTGTAGATTCCCCCTACTGTTACAAGCACTGCTGCTCAAGAGTCTATTAAAGACCATTTCCAAGACCAAAGCATGTCATCCAAAGTCTATTGAAGGTCATTGACTGTTTGACTTAATGTTTTACATCAGTTATTGTGGGTATATAAACGCACTGTGCCTTCATGTCCTGCCTCTTCCACAGAATTAAAAGCAGTGTCAGTCATCTAGTCCCACACCGTGGCCCTGAGCATGAGgtgtgTTGGAGGTCAATGTGGCCCTTCTTCTGTGAAAGAGGGGTTTGGAGAAGTTGGTGTCCAGCAACAGGAGGTGTCACCCGCTATGTTCTCAACAGACCTTACCAGTGAGTGCTGTGGTGTGTGGCATAAAATCTGCCTCCAGATATCCTCAGAAGAATGGGATATATCAGATGATGATGTCTTATCTAATGGATTTTGGATTAAGAAAACTCAGGGACAGAGTTGACTGAGTTGCCTGAACCATCAAAAAAGTCCCATGCTACTGTAAGGCGTGAGGTTTCTGCTGGTGTAAATAAAGACGAAG

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU42586 lncRNA downstream 14356 15003149 ~ 15003429 (-) True G28738
TU42554 lncRNA downstream 191947 14811440 ~ 14825838 (-) True LOC122342647
XR_006250623.1 lncRNA downstream 191948 14823773 ~ 14825837 (-) False LOC122342647
TU42390 lncRNA downstream 943259 13994018 ~ 14074526 (-) True G28597
TU42391 lncRNA downstream 943259 14050599 ~ 14074526 (-) False G28597
TU42674 lncRNA upstream 185821 15209684 ~ 15213451 (-) True G28789
TU42788 lncRNA upstream 392993 15416856 ~ 15418238 (-) True G28850
XR_006250641.1 lncRNA upstream 419901 15443764 ~ 15445229 (-) True LOC122342747
TU42824 lncRNA upstream 541556 15565419 ~ 15655181 (-) True G28870
TU42849 lncRNA upstream 709500 15733363 ~ 15733883 (-) True G28887
XM_043236616.1 mRNA downstream 170608 14826267 ~ 14847177 (-) True LOC122342646
XM_043236615.1 mRNA downstream 195124 14811008 ~ 14822661 (-) True LOC122342645
XM_043236614.1 mRNA downstream 195124 14811008 ~ 14822661 (-) False LOC122342645
XM_043236612.1 mRNA downstream 207074 14808543 ~ 14810711 (-) True LOC122342642
XM_043236610.1 mRNA downstream 292578 14706280 ~ 14725207 (-) False LOC122342640
XM_043237012.1 mRNA upstream 1521 15025384 ~ 15027663 (-) False LOC122342864
XM_043237810.1 mRNA upstream 100182 15124045 ~ 15136539 (-) False brd1a
XM_043237809.1 mRNA upstream 100182 15124045 ~ 15136539 (-) False brd1a
XM_043237808.1 mRNA upstream 100182 15124045 ~ 15136537 (-) False brd1a
XM_043237807.1 mRNA upstream 100182 15124045 ~ 15136536 (-) True brd1a
TU42549 other downstream 207648 14808597 ~ 14810137 (-) False LOC122342642
TU42539 other downstream 320599 14695860 ~ 14697186 (-) False LOC122342862
TU42429 other downstream 841060 14169422 ~ 14176725 (-) False cerk
TU42363 other downstream 1037226 13975357 ~ 13980559 (-) True G28575
XR_006250741.1 other downstream 1185934 13815574 ~ 13831851 (-) True LOC122343280
TU42583 other upstream 724 15024587 ~ 15027618 (-) True LOC122342864
TU42581 other upstream 2247 15026110 ~ 15027618 (-) False LOC122342864
XR_006250613.1 other upstream 577577 15601440 ~ 15611575 (-) False kiaa0930
XR_006250809.1 other upstream 823106 15846969 ~ 15847087 (-) True LOC122343609
XR_006250818.1 other upstream 833521 15857384 ~ 15857502 (-) True LOC122343689

Expression Profile