RNA id: TU53907


Basic Information

Item Value
RNA id TU53907
length 6082
RNA type TUCP
GC content 0.36
exon number 10
gene id LOC122345141
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056703.1
NCBI id CM032072.1
chromosome length 32833783
location 14292063 ~ 14302381 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome
species tiger barb
(Puntius tetrazona)

Sequence

CGAAAACGTCTTATTCTTAAGTAGCATGTTTGAATTTTGCAGCATACTTCAGAAATTTTGAGACCCGTTTGCAATCAAGATTCGCTTTATTTATACAGAGATCAGTAACATTAAGTCCCCACAAAACttggttatttatatatttgtgccATAGTTTAATGCCTGAGTACAATAGAAGTAATACAACTGTCGGTCACTCATGCCACTGAACTTTTCAATCTAAAGTCTTAATATTAGTGCACATGCAGGCTATGAAACACAATTATTACTTTGCAtacatcaaatgaaaaaaatacatttaatatatatgataaGAAGCAATTTATCTTCTATCACTTTCGCATTATCAGACCATACGTTgcacttttgtgtgtgtgttccacaTCATCTGAACTGTGGGGAAAATGCATAACTTGAATTAGATTATTGTTGCAGATGAAAAAACCATCACTTCATCCAGATAATCCTAAATCCAGTGTctaaaatcaaacattaataTGTACCAAACAATCAATATTACACTGTAATTTCTCACCTGCAATTTGTAAATTGCATAGAAAAGTAAAGCAGCGATAACTGCTTGAATGATATATTTACGAAGTTTCGGTTGATCCTAAAATGGAGAAAAgcatatattattactatatcaATTGTTTCAATAATGCAGAACATACAACaataacagaatataaaaaaatgatgactTATAAATTAACAATACTGTAGACCAAAAACATCTATATCTAcgttcagaatttatttttaattaaataaattaacctacccccaaaacaaaaataaataaacaaataaaaacaaaagctataTATGCATCTTAAAATTATAGCTTCCATAGCTTGTTTTGTCCCTTATTAATGCATggtcaactaaaaaaaaataataattatattgtggTTAAGTGATAATTACTTGAGGCTGAGGCTTGAGATGGAGAACAACTTTGGTCAGTGCCTCATCATTAGTTTTGCATTTCAACAACCCCATGTCTTCATGGAACAGACAGTCCACTGCGAGTACACCTCTCCTGTTTAAATACGTGCCGCTGTCCGGTACAGCCTTTTCACGATCAAATGTGTGATGGAACACCATGAATATAGCTGGTTTGGAAGCTGTTTTAAGATAAGATTGAAATAAgattgaaaatgtgaaaatagtATTCATACATCAATATCTAAGTACTTTTTCTGGTGCCTAGTCTTGAAGTTACCTGGATACGTATTAAGCTCATTCAAAGCAGCATCAATGTCGGTTCCGGCCCGTGAAACAATGGGGCAGAAAACCAGAATCACATCACAGTCTTCTACACTGCGCGTCTCTATCCATCCAGGCCTATGTTTTTGGAGATAACCTAAAACTTCCCTTCGAAAAATGTCCGATTTGCCCATCTCAACTATGAAGAAGTGCTTTCCTTTAAGATCAAGAACATTGTGCGCtgttattttgttgtgtttttgaaacaCGGACTTAAGACAAGGTTATGATTTTTGTGAATGAGTAGCCTAATTAAGACAGAAAAAGATCTTAAGATGCAATTTAAGCCTTATGCAAAGTGTTTCAGAAACATGTCTTGTAATGAATAATGGTTTTCCTTTAATGCTTACTTTATCAGTTCAGTAATCCAGAATCTTACCTTTAATAATTTCACTTTGGTGCTGGATcatatttcttgttttaaattaaCTGTTGTTTTGTCCTGGTTACTTGATTGTTGTTTAATCTTGTCCTGAAACAAATTTGAATGgacttttattaatgtttattaatgtgatcAGTCAGAACTCGATGAAACCAATATTTTCTATCTGCCTTTATCCATGATGCTGATTTTAGCTTAGTCACTGAGGCTGCCCCCTGTATGTGAGAGTCAGTATAACTAGTCTTTATtgctttcactttcattttctttataaaacgTTAAACGCCGACCATTACTGTACCTGTAACATATtcgttttgtttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaacagttttcaaaatCGCGCATCATCACatggttttaataattttgacttcacattttaatgactgAAAGCGGAAATCTTTGCTCTCTGCGGTAACGAGGTAGTTATTAGGTAGTCAAACCTAGCGCTACACAAACTAaactacacaaaacacaccGAGAAACGCacaacacactctcacacgaaCAAAAATACACGAATATCACACATGCGTCTCTGTAGGCTGCAGACTGCGTCGGATCTAGCCCACTTACCGCTGCCTGCTGCCTGCTGCGCTCGGAATAAAATCAACaatacagaataaaagtccTTTCGCTTTCTGGGGGCCAAAGATCAGGCTGAAAATGGCAGAGTTTAAGCATATTCAGGACTCCAGCAGCAGCTCACAGAGCGATCTCTACTGTGTACTAAACGAAGATATAAACAGACCGTCTGAAAGGCCGTCACACACAAAGAAAGGTGGCTTGTGGAGTAAACAACATTGCTTTCTTCTGATGTGTGGCACTGTCATACTTTTCTCGGCTCTGTTAATCACAGTGTCTGTAAAATtgactGAAGTGGCCAATCAACAAGACCTGACAAAACACCAATACAGTAAACTGATTGAGATAGAGAATGAAGTGGCAAATCTGACATTGTCTTTAGCTTTGCTTTCTTCAAACCAACAAGATATATATGACAGATTTATCGAGATGTTTGGTGAACTGAAAGCTGATCTGAAGAGCAGGATAACAAATTTGACTCAGCGTAAGCAGtatcattataaattattaatacttttagcctaaatatagtatattgtgtttctctctgttcCTGTTCTTCTACCCTTTTTGCCCAGGTTTCTTGTTAAGGAAATAGTtaacctgaaaataaaaattaccatATGATAACTGTTCCTAGCGTCAAGGTCTCAACCATTTACTGCCTCTATTAAGCTtggcaaagcattttttttatatatatataactcccTCTGTTTTCATCTAAAACGAATATTTGTATAGACCTGGCTTGAGAGGAAGTAAGTcattatataattttcattttaaggtgaaccatccctttagtTTACCTATTTTATATGCTCCcagtttttttcagttctttgCCAGTTATTGCAGTTGCTGTTGGTCAAGTTAATAGACTGTATAATACCTCTTCTACAGTGATTAGCCAATCCTTGTGGATTtatggtaaaataatatttgaatctTCTTCCGTGTGACAGAACAAGTGGCCCAAATAATGAGTAAActgctgtgattttttttgtttgtttattgctcATTGTCAATCTCCTCTGCCTGGAGCAAAGGATTGCTCCCTTGAGGACCACGAAAGGGAATTTTTAGACCTGGCACCTTGACCTCCGGGGATCTTCGTCGTGTTTGTCGAGTGGTTGCTGGTGTTCTGTGGATCGCATTTTACCATTGACGCCAAAGAACATCACGAGCCCCACTTCCAAGACTGGTCCTGCCATCATCAGCTTGGAGTAATTGCCTGTGCCCATCACAGACAGAGAGCCAGAGCCTGCCGTGATAGAAGAGCCATGGAATGACACATCTGACCAGATAAACCTGTTCTAAACTGCAAAGCTGGGTGGCAACTTTTTCTTTCCAACTGCTATCAATTTTCCAGTAATAAAGTGAGCTGGCAAACAGCGCGTTCATACTGCGATGGACAAGGGACCCTGCTGCTCATTCTGGGGGAGGACTCCAGGGAGTGGGATTTTATTGTGAAACACGCTGTCCATTCCTCTCAATCCTACTGGATTGGTCTGACAGATGCTATAACTGGCCACTGGAGATGGGTTGATGGAACACCGTACACCATGAACAGCAGGCACtGGGAACCTGGTGAACCAAATAATTGGTTGGGTGAAGAGGACTGTGGAGAACTAACCACATCTGGAAAACTGAATGATGGCCACTGCTCCaaaaatttcagttttatctGTAAAGCACCAGCTAATGAAAACTAACTAGTAATTATATAACTGTACTGTAATGCAGGTAAAACAgtactaatattctaataaatatacagaatgGTATGGTGagtattaaaaaatactatatataatatgacGCATCCCCTGCACTTTAAAAACAGGTGAATCTGTCCCCCGGCCTTTTTTAAATGCCCCATTACCAGTATTTCCTCCCGTGTTCCCTGATTTGTTGCTTATTTGAGGGAATTAACATTAAGCCAATCACAAGGCGAATCATCTCTTGGGTGCATCTTCTGTTGCTTTTGcaatttctttcattcatttaattcttTGCTCTGTGCTGGTCCAGGGTGAAATGCACCCAAGAAAAAGCAGAAGGCAATTACGTCTTTCATTCAAAGTGCATTATGTGTGTTAAATATGACCACAAAACTCTTATAGGACATGTGTATTTGtagccaaaaacacattgtatgggtcaaaattcttaaagatcatgttccatgaagatattttgtaaatgtttgattagtaatatgcattgacttttatttggaccattttaaaagtgaatttcaaaaattattattttatttttttagattatattcCAGATTTGCTAAAACTCAACTAAATATTGTCCTCTCCCAACAAACCAGTAGAcaacttatttattcagctttctaatgatatataaatttcaattaaaaatgtgtgacttgttttgtgctccagggtcacaaatgctCTCCAACCTGTGTCTTGGcaattttaaaaacgactcTCACCATGTTAGAGACAAACTCAATAAATGatctttaaagattttattcttTTGCAAAGAAGGTCAGACAGTCATACAGAAACACAGTTTGCTGCAGAGTGCCACAAAGATGACAGGGCGGTCCTTACTTTTATATCTTGTGTCATCATTCAAGTTTACCATTCTTAATAGCTTTTCCACACATTGATTTTTAAAGGGGATAGAAAAAGTACCATGGATCCTCATGATCTCTTAGGTCAAGGGCAGACACCTATGGTTCCCATCTATTCCTCTCTCAtcagtataaataaattttcCACCACGCCTGCACTGCTTATGTGCGGAGTAGAGTTATTCTTTCTCAATATAGCAAATTTGTCAAAAGCTTATCCTATCATActttatcatatttttgtaaagctCCAATTAGTTttctatttagaatttattatatgaatatgaacTTACTTTCTACATTAAGCACGTCATTTATTAGAGGGTcacatcacctgaaagctgTCAACACCGCTTTGAAAATGGCTGCTACACCCCTGGTCATGGGCATctttcttttagtgttttttttagagTCGTCTCTGTTAACTGTTTTGTGGACACTTTCTACATGCTTTTGGTTCCTTTCTTCCTTTATTCAGTTCAGTTATCAGTTACCTGGTCATTCATTAAGATGACACCTGCCCTTAAACCGTTTCATTAGGtgctctgtgtttttaaattcttCTTGTTTTGCTATTTAGTTCCCCgtattgttttgtcattttcattttcacatctCCGGAACATGCAGTTTGCTATAtactataaaatgcattataatattgtttatggTTTATGTTTTGAGCAGTTGGGGTTgtacaaaaagacaaaataaaagaactGATGCATATATCTGTTTTAATTAGTCTTTATTAGTTCTTTTAAACTCACATGCAATTATTTGAGTGTTTATGGTTCAGTAATTGTTTAACTGTTTATCACAAAACACGTTATTAAAAAGTGAACTTCATGTAGAGGGACATTTTTTTCATAGAATCATGCTTACATAGACACTTATCACAGAATCAAACCTGTTATTAATATTCATCGTTTAATCCTCTATTCATGTGAAGCATTATTATGACATTTACTACAATTACTATTCTTTGCAGCAAGGCAGACAactacaacaacagcaacaaagaTTGTATGTCCATGCACGCAAACGGGACCAGAAAGTCGGCGCAGTCCCACGGTGCTTCTCTAaaacctttttcttcttcttttctcttttgttcgCCTCACTCACTGCAAGCAAGGGATGATCTTCTGCATTCTGGTTTGTGGATGGACAAGGAATTCCTTG

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU53857 lncRNA downstream 9547 14279674 ~ 14282516 (-) True znhit1
TU53602 lncRNA downstream 314993 13975352 ~ 13977070 (-) False G36385
TU53605 lncRNA downstream 314993 13975352 ~ 13977070 (-) True G36385
TU53610 lncRNA downstream 314993 13975352 ~ 13977070 (-) False G36385
TU53531 lncRNA downstream 472729 13818248 ~ 13819334 (-) True G36337
TU53914 lncRNA upstream 8243 14310624 ~ 14310860 (-) True G36561
TU53915 lncRNA upstream 8581 14310962 ~ 14311328 (-) True G36562
TU53864 lncRNA upstream 9387 14311768 ~ 14320994 (-) True G36537
TU53923 lncRNA upstream 46727 14349108 ~ 14349936 (-) True G36567
XR_006250925.1 lncRNA upstream 161923 14464304 ~ 14467777 (-) True LOC122344807
XM_043238380.1 mRNA downstream 9443 14280281 ~ 14282620 (-) False znhit1
XM_043238379.1 mRNA downstream 9443 14280281 ~ 14282620 (-) False znhit1
XM_043238372.1 mRNA downstream 17926 14240339 ~ 14274137 (-) True LOC122344799
XM_043238378.1 mRNA downstream 53717 14225990 ~ 14238346 (-) True atp1b2b
XM_043238279.1 mRNA downstream 71983 14212659 ~ 14220080 (-) True chrne
XM_043239122.1 mRNA upstream 31837 14334218 ~ 14346680 (-) False cnot6l
XM_043239121.1 mRNA upstream 31837 14334218 ~ 14346678 (-) True cnot6l
XM_043238385.1 mRNA upstream 191208 14493589 ~ 14500572 (-) True paqr3a
XM_043239516.1 mRNA upstream 271174 14573555 ~ 14616878 (-) True antxr2a
XM_043238705.1 mRNA upstream 403996 14706377 ~ 14717330 (-) True prkg2
XR_006250968.1 other downstream 235358 14045477 ~ 14056705 (-) False rnf214
XR_006250967.1 other downstream 235358 14045477 ~ 14056705 (-) True rnf214
XR_006251003.1 other downstream 282527 14001934 ~ 14009536 (-) False tmprss13b
XR_006251004.1 other downstream 282527 14003214 ~ 14009536 (-) False tmprss13b
TU53547 other downstream 444004 13846378 ~ 13848059 (-) False LOC122345901
XR_006251010.1 other upstream 903570 15205951 ~ 15264945 (-) False pdzd2
XR_006250970.1 other upstream 993637 15296018 ~ 15308440 (-) False zfr
XR_006251075.1 other upstream 1047635 15350016 ~ 15367413 (-) False npr3
TU54482 other upstream 1270730 15573111 ~ 15574817 (-) False alkbh2
TU54484 other upstream 1270877 15573258 ~ 15574817 (-) False alkbh2

Expression Profile