RNA id: TU69354


Basic Information

Item Value
RNA id TU69354
length 6174
lncRNA type read_through
GC content 0.36
exon number 5
gene id G46816
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056704.1
NCBI id CM032073.1
chromosome length 27473687
location 20054866 ~ 20115259 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome
species tiger barb
(Puntius tetrazona)

Sequence

AAACAACTGCAAAAACACAggacagttttcttttaatatttattgacagGCCTGCTGTAATGCAACAAActgtaaacagaaaaaagttaaactctttattattaataatattattaaaaccgTCTGAAACGTGGGCGAACATACTGAAAAACATGCAAACCACACTAGTTAGTATTTGATCAAATGAACAAGTGGGTTTTAAGAGAACAGTTCTTTGAAATATTCCTATCATGTCAAAAGATTTGTCAAAAAGCATTTGAGCTTTAAACAGTAATGGAAACTCAGCTCAAAAAAATATAGCTATTAAACTTCAGTCGTCAAGTACTGTATATCTACCGGGTTCTGTGTTCCAAACTAACCTGCAGATATTTTAAAGTACAGTCCCAAAATCAAGGACGCTCCTAGGATGCACAAGAAGCATGCACAAGACTCTCAAAAGTATCAAAAATGTGTCTGCGAATGTAGGCCTGCCGCGACTTTTCAAATACAGCTGGCAGAGTCGCAAAATAGGTTTTTCCCAAAGGGAAGATTGCACTTTTAGGTCCAGCTACCCACTATGGTCACTTGAATCTAGATATCAGACACACTTATACAAATATAGTACAAAAAGCATCAAGCCCAGTACACACCTCTCCACTGCAAACTTACAACTTCTAATCTGATAATGCACAAAGTCAATGCAGTTACACTGAATCCTGTACAGTACACGGTAAGGTACTAGGTTGTATTCAAGTCTATAATGCAGTGGATGAATGCCTTTCTGATAGCCGAGGCGTACACCGTACGGGTTTACAGGTGGTCATAGAATTGTGCGCTttggtttttgttgttgctgttgattgtttttgtcattgtaGGAATGTCATTAAGGTCTGCAGCTCCTCGACATCTATAGACCATCTTTCCCAGCATTTGCTTTCAGTCCGAGCCATAATGAGGTCTGAGTTCAAGGTGTACAGAGAGCTCATCCGCGCCTCTACCCACTGCCTCTTTCATCCCCACAGCCGGACCTCCTCGCTTGAGCCTCCTGAATAGTGTCTGGAGTTTTAGGAGCCGTCCTGACTGAGACAAGGTCTCTTTAGTCCCTGCTTATTCTGATCTGAAATTCCActctcttcttttttcctttttaatcgGCCCatctaaaaacagaaacaacattATTAAACGCTGAAACCGGCAATGTTTTCAGAGCGGTTAAAACAAGCAAGACATCAgcaattaaaagaataatttgtccataaattaaaacataaaaattattaaaacctaGATTTAGGctctaaattaaaatgctttcttcTAGTTTTCCAtcagtatttgttttaattgaataCAGTGCTGGAATCACAAAAATCAATTGTagctaatttaatatattcaacatttttcttagTACAtattgggtgttttttttttttattattatttaccctAATGTCTGGTTTCGTGGTCCAGAGTTTGTATAGAAATTGTATTGtacatattatatgtaaatttaatttCCATATATGAAACATGGTATCATACGAAGTTGCTaagtatattacatataaaaatatttacatattttttttatgttataaacTAAGGTAACATAAATATGTGTCACCTTATAGGTAACAAATGGCAATATGCAtcacatattacattttcatatggGAACAGATTCGGCAAGAAGGAAAGATGCTTAGTAACAAAAAATGCCTTAAGAAGactataattttctttaatgatgttttttgtcattttttgacaaaatggaaacaattacttttattgtatGCAAAAAGAGCAGTGACATAACATGAGGCTTAATTTGGAAAACTTAATATGacttaaaaaattacatattttcaaCCTGACTAATATGTCAATAAGCTTTAGATTATGCCTGAGCCTCGGCTGTATTAGTGTTTTTGAATGTGGTTTGATGCGTTGAGCACAACCAAGggcattgtttatttaaatgcggAATTAACCACTTCCTAATGCTGCATTCCTGAGTGAATTTGTCAAGAACAAACTTTTCCATCTGGCCAGCGTGATAGTTGGCATACCTTAGCATCGTGTTCAGCAAACCTCTGGAACATGTTTGCATAGATCTTCTTGTCGCGCTCGTGGTGCTCACGAATCTTGCGCTGACAGACGGCTATCTGGCTGCGGGCAGCACGGTTGAAGGTGTTAACTTGCAAAACTTGCTTGAAGTCTATTAGAGCCATGCTGAATTCGTTGCGCAATAGACGTGCTTCGCCTCGCCGATATAAAGCTTTCTCATTTTCTGGGTCCAGCTCCATTACCTAGTAATGACAACCGGTATGacacagtgagaaaaaaaaaagttttgaaacacatagatgataattttttttgctgctctACCTTGTTGCAGTTCTCCACTGTTTGAGAGTACTCGCGCAATCGCAGAAAGCACAGGGCAAGATTAAGATGTGCCACTAATAGCAGGGCCTGGATGGCTTCTTGTTGCTCTTTTCCTGCACCGCACTCCATCTCTAACCAGTTTATAATCCGCTGATACTGAATTACAGCATAGTTGTACCCCTAACCTTGAAATACTGTGTCCCTTTTTGTTTGACTAAAACAGCACGTTGCAGTTTCTCTTTAAGGTCCATTTCCCAGGATTCTTTGGCCTGGGGAACAATTTGATCAATTGTTAgactttttagattttctgcATATGCTCCCTGTGACCATTAGAGGGCGCACTTTAACTGTATTCTGAGATTTTCAGCTCCCTTTGCAAAGACTTGAGTTTGATATTTTACCCATATGTACTAAATTCcatattaatataacaaaaaattatgtgtatatatatatatacacacacacacacacacagatacagtgAGTTCCACAGTTCTATAGTGAGTTCACACTGAAACACTGagaatacaattttaaaatgcacattaacaATATTTTGGGATTCCCAGAACACCCTTTTCAAAGTCAAAACATAATATTTCACCAGGctattttaacctttttttttttttttttttttttaatttccatattaataacaataattaaatacttatatacggatataaatacacacatacagtcggTTCCAAAGTTTTAAGCTCATAGTGAAACCCTGAAaactagatttaaaaataagaacgTGTGTAAGTGtctgtttataataaaataagttattttgatATGGATTTTGTGGTGTTCAGAAGTTCAATATACTTGTAATGCAATataacttttaatgaaaaaataatggaTGCTATATTTAATGGTAATGGATTGTATTGTGGTATTATTAGTGGATTTTGACTTCTCAACCCCAGTGTATTCTGAACAACATAGGActaaatattttgagataaaagATTTTATATCTCACCTTTTCAAAGTCTTTCAGTGTTACTTCATATAGTAGTTCTGCATTTGATCCAATGTCATATTCTTTTTTACCCTCTTTGCCATAACCATATCTGAAAGCttACTTGGGTTTTAGGTATAATAAACAGCATTCCCCCTTTTGGATTTTCTCCATGGCCCTATCCACTCCTAAAGGAACGCCCACGTCCTCTGATTCACCCACTACAAAGGTGACATCTCGAGAATCAAATGAATGACCACCACACGACCCCTCCAAGTGTACTGCGGAACAGAAACCAGACAGCATTAACAGTGTATCTAAAAGAGGCGGTGAACCCATTATCTATGAATAACAACCACATTCTGAACATTCAAAATTCTCAAGACGTACCATGCACTGTGGCCCCTTCATTAGGATTGTAATAGCCTTCGCCTTTGACCTTTATTCTCCTCACGATCCCACCATCTTCTGTAAGCTCCTCCCCTCTGAAGCTCAGCAGCTCAATCTAATTGTGGGAAGCAGAACcatttgtacttttaaagaTAACAAGCTTATACAAAAAGAGGCTTTTTGTGTTCAGGgtctaacatttttatttcaccgagagacaaaaataacaatgttttatCAACACTTGTATGTAACcgtggatgttttttttatttactttatttctttttgtcacATTAAAGTCACGTTACACCTaaacgtaaaaataaaacactttccaCTGTAAGCATCCATGGTTGGAGACACTAATAATTCATTCTCCACCTATCATCtacaaaaagatattttcacAATTCATCCGTGAACGTGTAGGTTATTTAAGGGCTTGATGTTCCTTCCTACCTCGAACACAAGTGTGGCGTTGGGAGGAACCTTTGGGGGGCTGCCAGCTGAACCGTACGCGTATTCAGGCTTACAGAGCATCAAGCACACCTCTCCTTTCTGCATGGAACACACACTAATGTCCCACGCCTTGATGACCTGACCTGAGTGAATCTTTTCCCACATTGAATACAAAAGGCTCTTTGCGGTCTAGACTGGAGTCAAACTTCTTGCCATTTAGGAGTCTGCCAGTGTAGTGGACATAAACCCTGTCCCCAATCATCGGCTTTTCTCCCTCCACACCATGCCGTTTCACAATCTTTAGAGACACATAAGAGAAAAGGTTAACAATTTTACAagatctaattattattttaaataaataccagATCATTCTGAATATGAAAAAATCCATTGACTTAAGTCAAGTTTTCACTAACTCTCTCAAGTCTACTTCAATAAAGCACTATTCCTTGAATCAACAGCACAAACATACGGATGTAAAATGTGTCAGCAAATAAGGAaaacttttcactttttttaaataaacttttttttttaagtaaaactgtATCACTTTAGCAGACTCAAATTACAGTAGAAGTCCAAAGGCCTTTTCGAATTTCAACCTGCGaataaacaaagttttaaagTGACATGTTGTTCTTTGGGACATTCCATCttcaagtttttaattaaacattttttttttttagaaaaaagtataaaaccTTCCACAAGTGGTTGCAGACCTTTGGACCCACTGTATCGTTTTTGACTACAGGGAAAATACATAATTTGTAAA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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU69356 lncRNA downstream 54241 19998632 ~ 20000625 (-) True mustn1a
TU69340 lncRNA downstream 86406 19968246 ~ 19968460 (-) True G46803
TU69329 lncRNA downstream 98136 19899705 ~ 19956730 (-) False LOC122347177
TU69310 lncRNA downstream 174278 19880238 ~ 19880588 (-) False LOC122347207
XR_006251200.1 lncRNA downstream 174284 19877312 ~ 19880582 (-) False LOC122347207
TU69397 lncRNA upstream 12689 20127948 ~ 20129839 (-) True G46836
TU69403 lncRNA upstream 34288 20149547 ~ 20152787 (-) True G46838
TU69407 lncRNA upstream 58279 20173538 ~ 20174291 (-) True G46842
XR_006251237.1 lncRNA upstream 124543 20239802 ~ 20240436 (-) True LOC122347561
XR_006251169.1 lncRNA upstream 130449 20245708 ~ 20247348 (-) True LOC122346791
XM_043241472.1 mRNA downstream 28995 20016546 ~ 20025871 (-) False sfi1
XM_043241471.1 mRNA downstream 28995 20016546 ~ 20025871 (-) True sfi1
XM_043241473.1 mRNA downstream 38631 20009514 ~ 20016235 (-) True zgc:172271
XM_043241477.1 mRNA downstream 45512 20006054 ~ 20009354 (-) True sirt4
XM_043241475.1 mRNA downstream 50181 20001100 ~ 20004685 (-) True rft1
XM_043241466.1 mRNA upstream 1616 20116875 ~ 20125261 (-) True slc6a22.1
XM_043242486.1 mRNA upstream 122015 20237274 ~ 20238660 (-) True LOC122347299
XM_043242618.1 mRNA upstream 308452 20423711 ~ 20431177 (-) True hemk1
XM_043242842.1 mRNA upstream 667185 20782444 ~ 20786555 (-) True cav3
XM_043241340.1 mRNA upstream 679987 20795246 ~ 20799151 (-) True gpr61l
TU69304 other downstream 207468 19843044 ~ 19847398 (-) True tspo
unassigned_transcript_1266 other downstream 388360 19666434 ~ 19666506 (-) True trnaf-gaa
TU68985 other downstream 498935 19553319 ~ 19555931 (-) False tsfm
TU68987 other downstream 498935 19553319 ~ 19555931 (-) False tsfm
XR_006251201.1 other downstream 905136 19115061 ~ 19149730 (-) False vdrb
TU69405 other upstream 46181 20161440 ~ 20166279 (-) True G46840
TU69571 other upstream 413920 20529179 ~ 20531834 (-) True G46926
XR_006251209.1 other upstream 2624713 22739972 ~ 22750947 (-) False tardbpb
XR_006251207.1 other upstream 2624713 22739972 ~ 22750947 (-) False tardbpb
XR_006251208.1 other upstream 2624713 22739972 ~ 22750947 (-) False tardbpb

Expression Profile