RNA id: XM_043242913.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_043242913.1
length 6994
RNA type mRNA
GC content 0.39
exon number 4
gene id si:dkey-43k4.5
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_056704.1
NCBI id CM032073.1
chromosome length 27473687
location 8254037 ~ 8282084 (-)
genome version ASM1883169v1_2021_tiger_barb_Genome
species tiger barb
(Puntius tetrazona)

Sequence

ATTACACACCGAAGCAGAAGGAGCGGAGGGAAAATGAGCTAGTGGGGTCTGAGGAGGAATTTACTGCGAAGCGAAAAGACAAACTGATAGAAATATTGTACTTACAAAACCAGTCAACATAGATTACTGTTGATCAGCGGACTGATACTTTATGACATCTGACACAGGCGTCATAAACAAAcgtgaaaagaaaacaagtggAGAACAAACACTGGCATCTGTGTGCGTGTAGTTAGATCATGGTTAAGGAAACCACTTGGTGGTTTTTGGATCCGAAGGACAACCTTTTACACATCAATGTGGGTGGGTTGAGGCACACTCTATGTTCAAGCATTGTGAAGAAGTTTCCGGATACACGTCTGGGCCAGCTCTTGTCCTGTGACACAGAAGATGACATTCTACAGCTCTGTGATGATTTTGATGTTCAACGGAAAGAGTTTTACTTTGACCGTAACCCTGGCCTTTTCCCTTATGTTCTGCACTTCTACCAGACTGGCAAGCTGCACATTATGGAAGAGCTGTGTATTTTCTCCTTCTCTCAGGAAATAGAGTACTGGGGCATCAGTGATTTTTTTCTGGACAGCTGCTGTAGTTACCGCTACCTTGATCGTAAACTGGAGAGACACCATAAATCCTGGGATGAAGAGAGTGATGTTAGCAGTGTGGATACGTCGGTTGATGAAATTTCTGATCTGAACAAAGATATTGAGCACTTCCACGAAATGCGTTTTGGAAACATTCGAAAATGTCTGTGGCTAACATTGGAAAACCCAGGTTATTCAATACCTAGCAAACTTTTCAGCTTGCTTTCCATTTGTGTGGTGTTAATTTCAATTGCCACTATGTGTATCAATAGCATTCCAGAGTACCaaatttttgatgaaaatggTAATCCAACTGAAGACCCAACTATGCATGTTTTAGAAGTGTTCTGCATCTGCTGGTTTACCTTTGAGGTAGTAACACGTATGCTTCTTGCACCAAACCATCAGCTGGACAACTTGGGAAAACTGGTCCAGGTGTTGCGGCTGATGAGAATCTTCAGGGTGCTGAAGCTGGCTAGGCATTCAACAGGGTTAAGGTCACTAGGTGCTACACTACGGcACAGCTACAGAGAGGTTGGAATCTTATTACTGTACCTGGCTGTCGGTGTATCGGTGTTCTCCGGAATGGCTTACACTGCAGAATACGAAGAAGATGTTGGTTTGGACACAATCCCAGCATGCTGGTGGTGGGGCACTGTTAGTATGACAACAGTAGGATATGGGGATGTAGTGCCGGTAACAGTGGCAGGAAAACTAGCAGCATCTGGCTGCATCTTAAGTGGTACATTAGTTGTAGCACTACCCATCACAATAATTTTCAACaagttttcacatttttatcgCAAACAAAAAGCTCTTGAGGCTTCAGTgcgaaacaacaacaacaacaagaggCTTATAATAAGACAACAGAGTACCAGTGAAGACAGCGAAATACATGGTCATAACCACTGTTTGGAGGATGAAGAGAAGGATGAAGATGTGAATTATGAGAGAGGAGTTGTCAACTTTTGCTTTGAAGAACATCCACTGACTATtagattctgattggtccaCTATGCAAGTGAAAGTCAAACATTAAATCCTGCCTGAAAATAGCGTAGGGggacaagtaaaaaaaatccagtgGTTCTGCTATGCTGTGGGGGGTATTTTGCTGCCATGATTATGGGCCACTTGCTCCCTTTGAGGGAGGAGTGTTATTTAACCAGAAGGCTTTTTAAATTAGTTCTTCTGAATCTTTAAGACAAGAGCTATTCTCAGCATGAAACAATATTATCtgatttaatttgaattcaatACAGTAAACAACaactgtcagtgtttttttatgtacgCAATAATTCTGAAGTCAAgtcacatttaaattatatttatataatgttttattcaatacatatattttcaaagCAGCTCTACAGATGTTAGATAGCAATAGTGCCATTATACAGCTCAAATTAGTGtaatgttgattcagttcagttcagtgtcagttattaaacaattaaaaaaagctatacaaataaaaatattttcattattcagCACAAATTTTTTCAGGTTTTGCTCTCGTTGAATAGCCTTAGTGAAAACAAATCAATTTCCGAAACAATatacaataacattaataatagtaaGTGTCTTTAAATCCCAACTGAGCAACCAAAACTACATCACAGTAGTGAAGAAAAAACCTGGGAGAAAACAAGCTCAGTCATGGGGTCGGTTTTCTTCTGACCTTAAATGAACATAACTTTGGTTCCCTGAGAATGGAAAGAGAAGTTGTGTACAGCTTTTCATTGGGTGCCATTTTCCTTAGAATCTTTTGATTGAATACAATAAGTCCTGAGCAAAGTTCACATGGCACAAACGCAAAGTCTCGTTTTCTTCTCAGGGAACCAAGGTTCAGGGACCCGGGGACATTCCTTTCAGAGTGTCTCTCGACGCTGCGTACAGCTTTGCTGATGAATTAGAGAACATGTACAGTCATGCCATCTACTGGGAAGATATCGATGAATATAGAGAATATACTGAGAATATAGAGATGAAAATATGGGTGGCGCCGTCATACCTTGACATAAGTGGACCAAGAGCGAGGGGGCGGAGCTCCTCTTTGCTGTTGTACAATAGGTAATAATAGTGGTAATAATAGCTCTTACCTCGCTTAACTGAAAGGACCCGAGAAGTCAGTGAGGAAACATCAAATTATAAAATCTGCTGCCGAACAGATTTCCTCTATAGAAATACCTCTTGCCCATGCCCAGGAGAAAGCAATGCTTCTTGTGGCGTGGGCATGCACCCTGATGCATGATAAGCCAGGGCTATTGCATCCACAACCCAATGGGATAGACTTTGTATCGATACCTAGTCAGCCCTTAGTATGActgctgaaacacacaaaaagctGTTATGAGAGTCTGAAATTCTTTGTGCATTCAAAAGAGACGCGCACAGTGCATACAGGACAAAGTGGCCTTTGTGAAAGCTTGTTATCACTTGGTTTTTTTAAGCCCTTAAGGCACGTAGCCTTTTCTTGGCTTAAGATTGACTTTACTGTTATTAACACCAAAAACTCAAACAAGATTCATTGACTGAGAGAGCGTGTAAATCCCTGATTCGCTTGACAGAGGCAAATGCCAGAAGAAGCGTTGTCTTGAGACAGAAAACCTTGAGCAAGGATGACTGCAGCTCTTCGAAAGGGGGCATGTCAGGGAATCAAGGACCAAAGACAAGTCCAAGGGGGGATTGTGTTTGCTCGGGGAGGGTTGAGCCGTTTCACACCATGTTAGAAATGTAACCACTAAATTGCTCTTGTCAACTGGCTTCTTGTCAACACCATTATTAAAGGCTGAGATGACAGCTACTTTGAGCATAAAGGGTGTGCGACCTGTGTCCAGTGCTCTTGTAAGAATGACGGAATGAATTAGATCGAGCAGGTTACGCTTCAGAAAGGGTTCTCACTTTTTGCTGTGTTAATGATACTGAAGTGGGCGGGCTCTGTTGAAGTTATGCAGGTACCACAGCTCTGGATTGCGGTGACAGATTGCGGTACCATGCTGTTCGCTTGAGATAGGAGGTCCTTCTTCAGTGCAATAGGCCAGGGACATATCTTTCCAGCATGATTGAGGCAGATCGACTGCGCCATTATCTTAATGGCTCACAGGGCAAAATCAGTGGCACCGAGCGGCCCCTTAAAGCTTTCTTGTCCAAGCTTATAAGCATATTTGCCTGAGTGGAGGGCAGAAGCAGCCTGGTCCACTGCTTCAGGGATCTCTAGAGGTCCTGAAGCACACTGGAGCAGGAGCATGATGAACACATTTCGCAACTTCGCCGAAATGCTAAAGAGGACTCAATATATCCACTTTTTTTCAACGGCGAAGGAGAGGCTTTTACATAATTGAGGTGAAGGAGTAATATTTTGAGGAAAATGGCAGTAAGCACTGTGTTATAAGGGGAGCCACGCCCCTCCAATTTTCACATGATTGAGCACCATTGGCCATTGCAATAATGTTAAGCTAATCAGGCTTCAGTATTTTAAGGAAAAAGGTGTTTCCCAAATGTGCCAACAAAGCTGTATGCAACGTCTAGAGACACTTTGAAAGGGGCAGACTTTGTGGacacataaatttaaaaataaatttaaaaaggtatCGCCCCAGTGACAGGTTTTGTACCTTTACTTCTGAGAGTGTATTATGGGTATTATAATCACCAACAAATAAGGCTTTATCTGCAACTGGTACTAACTCAGGTAGAAAATCAGCAAAGCAGTTACAAGCAGTACATGTAACAAAAGAAGAGGCCATCACAGTATTTGTATGCTTATTCACATTTAAAGCAGTTGTTTGAAAGACttctaaaacattaaatgaaagagagaaaagagactGTAAAGACAACTCACAAGCTATGTAACGCTATCAATATGTGCAAGCAATagatattcatattaaaaaagcaatatcagataatatatgataatatttaaatatttagtgatTTAAACAGAAAGGATTGATAATAAGATGTTCAAGAAGTAGCTTGGCAGAGCAATTAAAAAATGCTCAGCAGCAAGGCAGAACTTGGAAACAGTTTGTTGTGGGAAGACAATAATTACACTTGGCACAGCCGTCAAAATACAGTAAGcaaaatagtacaaaatgaAGGTTGCCTTCCAAAGAATTCTTCAAACTGACATcacttttaattgaaatttaTGCCTTGGTTATGTATGCAACATTACTAGCATGAAACCTTTCGATTAAGAAACACCCAAAGTTGTTCTTTTGTAAACACCTGTTTCCTATGACGAAACATTTCTATGCATAGAGCATGATGGATCACTGGATGGGTTGATGGGTAAAATGATATCATTGACATGACGTTTGTAGTCACCAGATCTCTTCCTtaggttttgtcattttagacAGTGCAAACCCATGACCTCTGCAATAC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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU64714 lncRNA downstream 71155 8182679 ~ 8182882 (-) True G43660
TU64509 lncRNA downstream 203359 8049397 ~ 8050678 (-) True G43513
TU64529 lncRNA downstream 396441 7856465 ~ 7857596 (-) True G43528
TU64512 lncRNA downstream 454340 7798124 ~ 7799697 (-) True G43516
TU64489 lncRNA downstream 483613 7768025 ~ 7770424 (-) False LOC122346476
TU64750 lncRNA upstream 11970 8294054 ~ 8294286 (-) True G43691
TU64760 lncRNA upstream 32339 8314423 ~ 8314623 (-) True G43697
TU64763 lncRNA upstream 52278 8334362 ~ 8343514 (-) True G43700
TU64777 lncRNA upstream 167054 8449138 ~ 8450686 (-) True G43709
TU64781 lncRNA upstream 168703 8450787 ~ 8452319 (-) True G43712
XM_043242133.1 mRNA downstream 7804 8233735 ~ 8246233 (-) False ppp1r12c
XM_043242134.1 mRNA downstream 7851 8233735 ~ 8246186 (-) True ppp1r12c
XM_043241722.1 mRNA downstream 21083 8227424 ~ 8232954 (-) False c6h22orf23
XM_043241720.1 mRNA downstream 21083 8227424 ~ 8232954 (-) True c6h22orf23
XM_043241719.1 mRNA downstream 21084 8227424 ~ 8232953 (-) False c6h22orf23
XM_043241638.1 mRNA upstream 13216 8295300 ~ 8305587 (-) False mtmr14
XM_043241637.1 mRNA upstream 13216 8295300 ~ 8305587 (-) True mtmr14
XM_043242385.1 mRNA upstream 64677 8346761 ~ 8374675 (-) False setd5
XM_043242388.1 mRNA upstream 64677 8346761 ~ 8374675 (-) False setd5
XM_043242387.1 mRNA upstream 64677 8346761 ~ 8374675 (-) False setd5
TU64510 other downstream 206029 8047102 ~ 8048008 (-) True G43514
TU64423 other downstream 667670 7579895 ~ 7586367 (-) True G43463
TU64425 other downstream 667670 7579895 ~ 7586367 (-) False G43463
TU64424 other downstream 670917 7579895 ~ 7583120 (-) False G43463
TU64411 other downstream 966110 7287290 ~ 7287927 (-) False LOC122346787
TU64907 other upstream 426622 8708706 ~ 8711960 (-) True G43801
TU64905 other upstream 429937 8712021 ~ 8713858 (-) False G43801
TU65020 other upstream 978532 9260616 ~ 9261245 (-) True G43890
TU65026 other upstream 983918 9266002 ~ 9267324 (-) True G43896
TU65029 other upstream 987104 9269188 ~ 9270922 (-) True G43899

Expression Profile