RNA id: TU189710


Basic Information

Item Value
RNA id TU189710
length 4757
lncRNA type intronic
GC content 0.39
exon number 2
gene id G140140
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035912.1
NCBI id CM008315.1
chromosome length 41032606
location 9665648 ~ 9670587 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

cataaaaaagaaaaactatggGTTTAATAATATCAACAAGCTTGTTAAAGGCTCAAAGCATAATAAAATCACATAATCTCTCtccagaaacaaaacaaaaatacatttattacaggCTGTGCCCTGTCTGGATTAGTGCTGTTCAGTGCTCAGAGTCTTCACTCGATAAACACAAATATGTACAAATATCAAATACAGATAGCTGTGAAATATTCACTAGCAACGATCATATCTCTACAGACCTATAAAGATATTCAAAGTAGTCACATGGCCAGGACAACAACTCCTTAATAATCCTTTATCCTGTAGACTAGTTACCAttgatttaaatgtaatgtCACTTTATAgctataataaatgtttattactaAAACTTAAGTTACATATTCATACAGATATATACTTTACTACTAATAGAAATTGTATCACCACTGTAAATCTGAGTATTAAGCATAGTTGGTCTGGCATGACATTTACAGTACTTATATCaactgtacaatatatggacgtaactgtaataaattttgttgactctaaaaaaaaaaaagagagagagagagcacattaATGTGAGTTTGTGTATTAAATTTGTTGATGCAGAGGCATTGCTTTAATGTACTTTAGatatttcaacattttatatttaagtacTGGTATTTGTAATCATTAATCATACATAACTGCTTAAATTctgtttaattgcattttttagCTACTGTTTTCGTTGTGTCCGTAGcataaaatggttttaaaatgagaacactatcgtttattgcaattatttctgtGGCAGTGCGTGGTCCAAACAGTGGTTATAGTGGCAGATTTAGTACAAAGTGCAGATCTGTATATCCCTGAATGAATTCTTTCTAGCACTCTGGTCATGCGACTAGTCTGAATGGTTTTTATTGAGCTGCAGATTTGACATAAATAGTAAGAAAATCACAGCTAATCTGAGTTGAGAGCACGGCTAGTAAAATCtagcattatttgagtttttgCCGGTAAACATAGAGTTAGGTTTTAGGCTAAAATGGCCGGCTGTAACAGTAAGGAGTAAACAGTGAGTTTGTGAGTGAGATAAGGTGGGTGTGGGGGGTTGTGTCTGTAGGAGTTAACCTGGTGAGAGGGCTGTGGAGCACTGCCCAACTCCAACAGCACTTGTGGCCTTCACTCTGAGATAAGTGGGAGAAAACTACAGACTGTATCAAACTAGCACATGCTTACATTCTGAACACACCCTACCTACTCACACCTTTTCCATTACCAGTCAGAACCATGTTATTACTACAGTGCTGAGTCAGCATTTACAGTTCTGAGATAATACTTAAGATAATAGTTTAAATCACTCCTACAGAAGTAGCTCCCAACCCGGCAGCTGGAGAACCCTGTGCAGCAGATGTTTGGTATTTCATTGAATTAACTTACATGGTAGGGTTGTGATTGATGAGGAAACAGTGGGGAATGCGTAGGACAGAAGGCATCATGTGCTACAGTACAGCAGTAATGCATGTGGGTTCCTCACTTAAAGGGTTTATGTAGATCAAGGCGACACTTATGCTGcaccaataataaatgtaaatattaataaaaaggtaataaaaaaaggtaatattgactgaaaagtaatttaatttggGCACATTTTAGTGTAAAATGTGTCACTCCGTATGAGGGTGCAAAATGGTACTGAAGCAGGCATAAAAGGAGAGAAACTCATGTTCCCCTGACCTCAACCCTATAGAGAAGCTTTAGAGTATCATCAAGCAAAAACCTATAAGGGGGAGGCAGTTCACATCAAAACAGCAGCTCTGGGAGGCTATTCTGACATCCTGCAAAGAAATTCAAATAGAAACTGTAAATGACCACTTAatgctgcaaataaaaaaaaataccatttgCAGTTCTTCACAACCTGTAAGATGTTTTGAATCTCTACTGTGCATAATAATGTGGAACAgtacattttaagtttattatttacaaaaaagaaattactgttatcattgggagatttgttaaataaaaatagatttatacTTAGCAGGTCATGACTTGAAATTATACTGACTGTAAATTGTATTGACCATTAGGGAAAATCTATGAAAAATATCACTtgaataataatttggaacacggtgtaatgaagagctgcgtgttgTTGTGGGCATTTGCAGGTGGATttatttgtgttgatttgtgcaCACTGAAGCTAACATTAGTGCTACTTCTGGTTTCTTGTGAAGAaattattaaactaaattacagATTACAGTTTACACAATTCTGTAGGATATTCTTGTATATATAAACTGCTTTTACAGGGCCCACAGTAATTATAGTGTACATAATTATGTATTATAGTACAGTAatttgagtgtttgtgtgtttttattatgcTAGGACCTCCTTGTGGCGGATGGCCTCCCCTGAGCTGCAGTGAGATTCTATAAttagtgcaggagtgtgtggagcagtttaagggttaactctGTATAATCTGGGTGTGAGCGTGTGAGGAGTAGCTGTGCAGTGTAACTGGTGTTACGCGCTCCGCTGTGGTGAAGGCTGTGTTTGTCCGGAGTGCTTAGCTCTCTCTGGGCTGTAAgctgattgtttttttgtgagcaGACGGGATCAGTCCCACTACTCTGCATGTTGCTCCTGTCGTGTCCCAGTAGGTCAGGGTTTGCTGGCAGCCGATTATTCACTTGCTGTAGATCCCAGAAGACCTTGTAGTTCACTAATGATGcagtaatatcacaatatgtgaTGTTGATTTGTCTCAGTGTGCTATTCCGAGCATACCGTGACTGTCCTCAgtcattttaaaacactgaagAACTTATTATTAAGTTTTAAACCTGAACCTTTAAGAGCCTGTTAccacaacaacaataacaagaAGTGAGTGGGCCATGTGACCTATATGGTAACAAATCACTGATTGGATGCCCacccaCAACGCCGttcttatttcagtaatttatttgtttactagGAATAGGACTGGGTATCTGGAtatctgtgtgagtgagagagagagagtggttgGGAGGGTGAGTGagctagagagaaagagggacagTAAGAGTGCCTGAGAGATTTTAgcacagcagcagtgtgtggacagtTTGAATGATCTGCATTTCTGTGCTCTCTCTTTGCTTGTGTGCACCAGGGCGCTGTTGCGGTTGTTTTCACCACACTGCACGTGCTTTCCGCATTTGGCACGTTTGATGCAAAGTATTGAAAATaggcacagattttttttagacctttcgGTACTCGGTAACACAGAGACATTCAGTCTGCGCCTTTTTGGTACCAATTTTCAGTATCCAGCCGCAACTAGGACTGGCCTGAATTGGGTGTGCACTCAAGAGTTTGTGTTGCtatgcatttatttacttatttatttatttatttaattgtttaatatatatacacagtatataccCTCATCAAAAAGGTTATCAGGAggaatgattaatgattaaatttagactgatattaAGAATATTTAATAAGGGTCTCTTGATGCAGCTGGACATGGCACAGTAACTGtatcttcaaggcaagctcgtAAGACGGCAGCAGTACGTGGGGGAGCATTGCCCTGTAGGAATAGTGCATCGGAGTGTCATACAGAAAAGTTtagccactggttgcaggaaaTCATTAACGAAACATTGAGCTGTCAGAAAAAATCTTTTAAGGTGACTTTACATCTTTACATTatgtattctttttttcccccctctatAGCTTGCTGGCAAGAAGACGTAAGAAGTATTACACAACAAGTATTACACTATTAAAAGAACACAACCAGCTTTCAGATTTAGTTTCTGCCACATTTTCTAGTAACTTTATTTGTGTTGCTCTTTaaactgtgtatttttttttgtatttagtgtCAAATCTCTTTAAATATATGAGATGACACTCAATGCACCAGCACTCCAGCCTTATAATGTTTGGGATGCAAGGCCTCTGGGACAGGATTTGCTGCGTATTGATAATCTGAGTGTAATCCGTGGATTGCCTGGTGATAAAGCAGCAGAGAGTCAGCATTTCTGTAAAGGAAcattaaacacactgttttaCCTGTAGCTTTTGAGTGCTTTGCGGGTCTGTGTCTTGATACAGAATTACCTGAGTGACGCTGTTCTCCTAGTTTTCTGTGTCTGAGCTGCACTGAGCTTTCTAGACCGCTTTACTCGTTTGGTTCAGATAAAGCACCTAAGTGTGATTTGAGTCTCAGTGTTGTGAAAATTGCATTAGCACGCCCACGGGAAGACTGGCCCGTCTTTAGAGTCCAGGTTCTGTTTGAGTTGCATCATGTCTGCAGAGAGCTGCAGGCAGCTATATACAGTGGGACTGAACCTGTCAAGCCTCAGGAGGGATCGGCTCTGTCGTGTCACGCTGTGATATGTAGAGACCCTGGGAAGTAGGTCACCTTTCGGGGTCATGCTGTAATTAAGGATTCACAAGAGGCTGCGGAAGTCCAGACTGCTCTTACTGTGCTGTTAGAGATGAATGggtaaatttttttttcagcctctATGAACACGGCCAACTTGGCAGTGCTGTTAATAATTGgccttctctttttttgcaaCGGATCTGTCCGCTCAGTGTTGAAGGTTCTGTAACAGTATCTGGACGTGATATTTACACACTTGAGCATTTTATCTTTAGAGCACTTAAAGCCACAGTTTGTAAAAAGATCAGTTTTGTTTAAGCCAAAatgt

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU189676 lncRNA downstream 17333 9646410 ~ 9648315 (-) True G140122
TU189708 lncRNA downstream 21254 9640722 ~ 9644394 (-) True G140139
TU189702 lncRNA downstream 27011 9621607 ~ 9638637 (-) True G140137
TU189698 lncRNA downstream 44436 9620309 ~ 9621212 (-) True G140136
TU189697 lncRNA downstream 73831 9590307 ~ 9591817 (-) False G140135
TU189717 lncRNA upstream 21909 9692496 ~ 9692814 (-) True G140146
TU189706 lncRNA upstream 35222 9705809 ~ 9706535 (-) True G140138
TU189762 lncRNA upstream 107690 9778277 ~ 9779566 (-) True G140181
TU189764 lncRNA upstream 111476 9782063 ~ 9782425 (-) True G140182
TU189768 lncRNA upstream 119421 9790008 ~ 9794211 (-) True G140186
XM_022677961.1 mRNA downstream 102061 9532823 ~ 9563587 (-) False LOC103042138
XM_022677962.1 mRNA downstream 103594 9532823 ~ 9562054 (-) False LOC103042138
XM_022677960.1 mRNA downstream 103594 9532823 ~ 9562054 (-) True LOC103042138
XM_007241080.3 mRNA downstream 524558 9138794 ~ 9141090 (-) True LOC103031272
XM_007228673.3 mRNA downstream 598072 8986473 ~ 9067576 (-) True LOC103022255
XM_022677968.1 mRNA upstream 26568 9697155 ~ 9713580 (-) False LOC103044908
XM_007242797.3 mRNA upstream 26568 9697155 ~ 9700312 (-) True LOC103044908
XM_022677965.1 mRNA upstream 38696 9709283 ~ 9713591 (-) False LOC103044908
XM_022677966.1 mRNA upstream 38696 9709283 ~ 9713584 (-) False LOC103044908
XM_022677969.1 mRNA upstream 82077 9752664 ~ 9761502 (-) True bfsp2
TU189125 other downstream 2482865 7168965 ~ 7182783 (-) True G139706
TU188973 other downstream 3235329 6417385 ~ 6430319 (-) True G139587
TU188974 other downstream 3236303 6417385 ~ 6429345 (-) False G139587
TU188831 other downstream 3290939 6304969 ~ 6374709 (-) True G139487
XR_002651013.1 other downstream 3541523 6120119 ~ 6124125 (-) True LOC103026010
TU189726 other upstream 38702 9709289 ~ 9714037 (-) False LOC103044908
TU189989 other upstream 397913 10068500 ~ 10099769 (-) True G140342
TU189985 other upstream 427581 10098168 ~ 10099769 (-) False G140342
TU190197 other upstream 840502 10511089 ~ 10514807 (-) True G140472
TU190615 other upstream 1935648 11606235 ~ 11610529 (-) True G140772

Expression Profile