RNA id: TU194671


Basic Information

Item Value
RNA id TU194671
length 6215
RNA type TUCP
GC content 0.38
exon number 4
gene id G143836
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035912.1
NCBI id CM008315.1
chromosome length 41032606
location 23827948 ~ 23916082 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

ACAATGATTTGGTCCAAAACAAATAGCGTGACAGGCTACCCCCATTCAAAATATCTATAACTGTGATTATGTAATGCATGCGCTGCTCTTATGAGGTCTGACCATTCGGAATGCCCAATCAGctgtggatttctgcagctcctccagactgaccatgtttttataacctaaacctgctttaaacttctccttAACTTTATCTCTTAACTGTCTGGTGCGCTCCTttgtcttcatgatgctgtttgttcactagtgttctctaacaaaccactgaggtcttcacagaacaggtgtatagatttatactgagactaaattacacacagctgaactctattaactaattaagtgacttctgaaagCAGTTGATTGCACCAGATTTTATTTAGGAGTTTTATAGTAAAAGCgggataaatacttttttacgtcacacttttcagatttttatttgattaaaattttgaaaactatctatctttttttttttattattccacctcacaattatgtgctacgttgtgttggtctatcacttaaaatcttaaaaaaaatcatttaaatttgtggttgtaagttgacaaaatgtgaaaaggttcAAGCCTTCATGGAAAAATCATTCCACAGTTATACAGTGTGGAAAAGTTAATACTTTGTGGTTTCCTGAGTGTCCATTGGTCAGTCttgcacaaaacaaaaaaaggatggGTGCTCAAACCTACCAGTTACAAATAGTACACAGATGATCGACATGCAGATCCATCAGAGGGAGGTCCAGTTTCTTAACTGTGCTGCGATATCGCAAAGATATTAATAgaaacatgaagaaaaaaacagaaatattgaACTTGACATGGCTGTATGTTTGTTGACCCCAGAGGGTTAAAAACGAGGATCAGTGGTGCTCTGCAGCTGTTTGCAATAGAAACACTTAGATTTGTCAAATGTCACTTAATTACTGTCCTGCTGCTTGTATTAGTTCCAATATTAACTAATTGTTTTTGTTAGACTCATTATCTGTAGCTTGTTTTACTTGACCACTCTAGTTTTTTAACCTCTGGTCACATTGGCACTCAAAGAAAGCCTCAGCTAATCACATGGGGAGGTTGGAACTAACTAACTGTGTATAATGACGTGTATATTTTCATGCCTATTATGAGATTCAATTCTTAGGTCAAGGTTTAATTTGATTTTCCAGATTTGGTGGattaaaactgttaaataattttacagAGCTCTTAGTTCTGTATTGCTCACAGCAATAGGCAAATAGGCTGCAccaaaatgtacatttacagAGCGGTCAAAAGAATGcaccatattattattattactggaaCAATAATGAATCTGGTTACTCTTTGGGAGAGTAACCATATTaactagggatgcacaatgatatcaGAAATTCTCAGTATCTGCCAATTATTCAAACTGAATAAACTGAAATGCTTTCTGGCATTTATTGTGTGCCAGAACAGGACCAACATGGGTTAAACAACAACTGTAGGACACTGACTgtgctactttaaaatgaactgattTAAGctagatttttattattttattttagttacttttaatgttaTAAAGATATAACTATGCTATCTAGTCTCCAAATCTCtagtctgtaaaataaaaatgtgtatattgaCATTGACAGATATATACACGTGTAATATCGGATATTGGCACATATGCATATCAGTGCATTCCTAATATTACCAGATATGTTAATGATggctgatggaaaagacaaatttaatatcagaataaagaaaatgctgaGGTTTGAGAGTATGCACTACCTACATGTGTCGAAAGTTTTAAAACACACCCAATTTTTCCCTTTAAATATTCCCCCATAAATGGTAAAAAGAACAAATCCAGTGCACATAACTTTGAagtaaactaaaatattaaatattaaaatattagtaaatTGTGAAAGTAAATGGTAACTTGTGCcacctgattttagctgactccaccttcagctcaaatgtgaaaaatgctaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaatgagaggggGAGTataggaggggcactgggtgatgtatgggtttagaggcagggcaggagggagagctgattggctgagctgcggCAGTGTTCCTCTGATAGTGGGGAGACACAGATGGACACagagcaggactggtatgtttcattacctttaatgaaaaaaaaaaagttttagggtttagtgcctctttaaagtggtactgataAAGTTAACCAAAGAAAGTCAAAAATGCATGTCCTAAAAAAATCAGTTCCAGCCACATTAGATTAAAGTGAAAAATCACATTTTGAAATAGTCAGACTGTGTGATCAGAACTAACTGTTctgatatatattttgttaatgcataaaaaatgttCATGTTCTTATCATGGTATCACTGCAACAGCTTTCAAAACTGCCCAAGTTATCGCACTGATTGCCCTGCCGGACGCTTGTATGGCTTCAACAGGGTTTCAGGACATATTTCAAGGTTTTCCTCCAGGACTCTTGATGTCCTAATGTTTGTACTTGTATGTTTACAATTCTTAACTGCCCAAATGATTTGATGGTATGTCTGGGGTCATTTTTTTAGGTCCCCCTTTGGCCAAGTCTCAGCCTGCTGGCAGAGACCACCAAGTTTTTTTGGCTACTTGGTGGAATTCATTAAACTGCTCAAACGTTAAAACGAGACCCTGGATCTCTGGCAGCGGATCAGCCCCCAAAACGtcaataaatcatttaattgaTGGTGTGTCCGGTTCCTGTTTAGACTCCACAAACACCAGCGGTCAGTGGAACACAAGAACAAGTTCCGTCTCTTCTGACCACCGTAACGTCCACTtccattcactcacacacactttaacacagCGGTTTAACACAGGGTATTTCTGGATCTGGCAGTATATTACagtcacattcacacacatatacagacacatacacacatacatatacacacatacacaccatgTGCTGCTATCCATCCTCTCTCCTGGATTCTTGGCTGTCAGTTCCTATGCCTCCTTTGTAAAGACtggtgtttttaatgataactagattatgtatgtaaataacacacacacacaaacaaaatacacacaatacacacacacacacacaggtatcCATACATACTTGTTCTATCTATGTGTGGACAcatgaatattaaacaataaaactgaatCATTCCTCATTTGCTTTTGGATGACACGAATGATCCAAGTTCGTCTTCTGTCCATCAGgaattctgttgtttttaattcTTCCTTCAGTTTCCGGTAGTTTCTATTAGTTAGGTATATTCCCATTGCATTTTGACTACTGTTCGGGGTTCGGTTAGAGAGATATGCTAATTTAAGTGTAACGTTGTGATGTGTGTGATCTTTTTTCCTGCATTTTAACAGTGACTGAATGAAATGATTCTACGTAATGTTTGATACAATTGCACAACTGTGGTTTTTGCCTTatgcaccagaaaaaaaaaatccagattgTTTTAAACACCATTTTTTGACTGCTTGCAATATTTCTTTTCATCTTCTTTGCGCTGTTGTTCTGTCAAATAGAAGAACGAGATGGAAATGTTCCGACTTACTGGAAAGTTCTGTGATGCTTTGTGTGATTGACACTGTGCAGCATCTTCTTCATGTCCTACAGGCGGCTGTTCTGTGCCATGTGTGAGCTGTCTCTCTGCTTCTTTCAGAAAATGAAGGCTTGAGAGGAAACCAGACGTAGTTCTGCAGTGTTCACATGCACTCTGTTCTTtctgaaaaaagtatatatatggtaatgggGAGTGTAAGGGTCTGTCATAGGGGGGCCTAAAccattatctgggtaataaatcagattaaactgcacctgaacagccaatTAGCTCAAACATAAGGCCAGATTGCGATCGTGTGGACCATGCCAAGACCCCCTCCTCTCGCatccgagtgcgattactgatTGCACACCTGGCCAAACATACTGCTACTGCtattgtagaatgtgtaaaactaacgtGTCTTGTTGACAAAACTTTTTGTAAACACCACTGATTGGATACCCCCTAAGAGAGTCCATCACTCAAATAAGTGGAGTGAGTATCAGAGTATCACAGCAGAGCTTGCAAATACTTCTAAATCTGTGCTCCACAGTGCAGTTCTGTCTGGAAATGCAGTTGTTtccacaatgtaaagaacatttCAACTTGTAAGACAATGCACAGAACATTACAGAAGCCCTGCATGATGATGCATCGTCATGTTTGTCTAAAAAAGACTAATGTGCCTCCAGCCCCGCCCTTGTTCAGGGAATAGAGAATGGAAAGGGTCTGACAGAGTGGTGTAAACCGTATCTGCAGAGGAATTAACCTGGACTTATTCATTGCACATACTGcattcagtgtgaaaacaccttaGCTTGGAATTTTGGAGGTCTGTAGCAATTGACTGCATAAAGTTGGCGACCTCTGAGCACTATGAGCCTCAGCATCTGATGACCCGCTTTTATTTCTACCACTAGGCGGCTGAGTTGCTGTCGTTCGGGCCTGGTTGAAATTATTTAGATAGGTGATTGAATACTTTTGCCAATATagtatatcaaataaaaaatgtgatctTTACCTCAGTATGAATCTtaagcacagtgcagaaacaaaTAGTGTTCGAAAACTGTTCATGTTAAATGGCACCATGGATCCACCATCGTGGATATCACCACTGATTTTGCAGTTCGATTTGATTTTCAAATTGATTCGATTCAATATTGGTTAATTTAGGAAATTTTCAGTTACAATAAAAgttgtacaggggttggacaatgaacctgaaacacctgtcatttagtgtgggaggttttatggctaaattgaatcaaactggtggtcaatcttcattaattgcacattacaccagtagagaagagtgtgaaggttcaattagcagggtaagttttgcaatgcacacaacattataggtgacataccagagt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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU194676 lncRNA upstream 34770 23792939 ~ 23793178 (+) True G143841
TU194621 lncRNA upstream 156077 23670856 ~ 23671871 (+) True G143793
TU194596 lncRNA upstream 170828 23476570 ~ 23657120 (+) True G143776
TU194618 lncRNA upstream 202293 23623814 ~ 23625655 (+) True G143790
XR_002651000.1 lncRNA upstream 277395 23549322 ~ 23550553 (+) True LOC111194249
TU194707 lncRNA downstream 46099 23962181 ~ 24020510 (+) True G143867
TU194766 lncRNA downstream 129183 24045265 ~ 24046442 (+) True G143919
TU194778 lncRNA downstream 150864 24066946 ~ 24071896 (+) True G143928
TU194821 lncRNA downstream 273552 24189634 ~ 24189882 (+) True G143964
TU194830 lncRNA downstream 365952 24282034 ~ 24283150 (+) True G143973
XM_022678214.1 mRNA upstream 93020 23710508 ~ 23734928 (+) True LOC103024717
XM_022678211.1 mRNA upstream 163901 23572803 ~ 23664047 (+) False LOC103024399
XM_022678212.1 mRNA upstream 163901 23595123 ~ 23664047 (+) False LOC103024399
XM_022678209.1 mRNA upstream 163901 23605259 ~ 23664047 (+) True LOC103024399
XM_022678210.1 mRNA upstream 163901 23605259 ~ 23664047 (+) False LOC103024399
XM_007238716.3 mRNA downstream 30021 23946103 ~ 23971572 (+) True arl5b
XM_022678217.1 mRNA downstream 189253 24105335 ~ 24140202 (+) True LOC103039837
XM_022678218.1 mRNA downstream 189260 24105342 ~ 24140202 (+) False LOC103039837
XM_022678222.1 mRNA downstream 520297 24436379 ~ 24602384 (+) True ppp3ca
XM_022678224.1 mRNA downstream 520297 24436379 ~ 24602384 (+) False ppp3ca
LOC111194174 other upstream 421054 23403688 ~ 23406894 (+) True LOC111194174
TU194568 other upstream 432708 23385168 ~ 23395240 (+) False LOC111194251
TU194571 other upstream 432708 23385168 ~ 23395240 (+) False LOC111194251
TU194570 other upstream 432708 23394286 ~ 23395240 (+) False LOC111194251
XR_002650977.1 other upstream 433781 23384782 ~ 23394167 (+) True LOC111194185
TU194884 other downstream 791001 24707083 ~ 24711533 (+) True G144017
TU194997 other downstream 940924 24857006 ~ 24871749 (+) False LOC111188189
XR_002651001.1 other downstream 976910 24892992 ~ 24894553 (+) True LOC111194253
TU195051 other downstream 1082691 24998773 ~ 25004171 (+) True G144146
TU195235 other downstream 1459916 25375998 ~ 25378765 (+) True G144270

Expression Profile