RNA id: TU53349


Basic Information

Item Value
RNA id TU53349
length 5352
lncRNA type inter_gene
GC content 0.35
exon number 2
gene id LOC111192491
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035901.1
NCBI id CM008304.1
chromosome length 40584741
location 1153544 ~ 1159078 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

CCACAGTTATAAcaaaacaggagagagagaggtatctGAAAATTTCCAAAACCTTCCAATGAGAAAATCCAACAAGTCTGACTAAGCATTCCTTTCACAAAAATTGTGCTCTAGAAATTTAGAGCTGTCCCTTTAAAATGAAAGATGTTCAAGCAATTTAGAGAGCTTCAATTAGGTACCAGGATTATAGTGTTGTTGGTTGTTGGAACCTTCTTTTATGCTTGATTTCAAAGGAACAGCTCAGACAGTAGTAGCTAAATAAGAGAATATCCAGAGTGTCCTGAGACTGCTTTTGAGCtctgtcacagtattataattaGGAGTGTAACGGTACATTAAAGTCACAGTTCTGTTTGCACCACAATTTGGACCGTACAGTTCATGATTCAAAAGACTGGTCCCGGTTTCTTTTGACTTTATTTGATCTGACTGTTGTTCAAGTTCGAGATTGTTCCAGCTAATGTATTATAGCGCCCCCGTGAGGTAGAGAACACAGCCTGACGTTTGGTAATTATATACTAAAGTGTGTTTCCACACATACCCAGCAGTCCTAACACAACATATTTGTATAATCCACCATGATTTTATGTCAGAATAGCCATGAAATTGAtgacttatttattttcaattattttaaattcaatccaattaaaaaaaaaaactatatttgtaTTGATCACAACactattctgtgattaattaagagtaattacttcttttctttttcttaaaagAAGCAACATTAGATTGACAAAGTgaagtatatgtttatattagtgGCCCTTTACAGAATAAATAgcattaatcacaacaaaattcagtaattaatcgtgattaaatataaaaataatttgttaatGAATTTGTTAATGAATGAAATTAAAAGTTAGCTTAAAACCTTCATATTCCATTTTCAACAACTGGGAGATGAAATATGCCAGCATCTccatgcatatgtgtgtgtgtgtatgtgcacatGCACTTGCACACCTGTgcctgaaaagagagagatttaaaatgtatagtaGCATACATAAAAAATAGATGCTGCATTAACctccctggaaaaaaaaaaaacgctaatACGTCACTGAGCTCTGTAAAATTAGTTCATTACAGGAGGTTGTGGCCAAACTTGGTAACGCAATTAATCTGTGGTTAAAAAATTAACGCATTAAAATGTTCACATGCGTTAATGCTCTATCTTTGACAGCACTAGTTTAAATCCAAATGGCAACAGATAAAGAATAAAGCTACATGAACGAGGATGGGCtatgtttataattataattgatAACACAGCTAAGCTACAGCTCCCACACTACTGTGACCCCTGTGATACAGTGTGtgtactgttacacccctaatTTAAATCTAGTTTAAAACTCTATATCCTGttaattccctttaagagacttTCCTAAAGCATAATTCCGGTTGTGGTGATGTCTGTGATGCAGACAACACAGAATCCACTTTGGTTTCATGTTTATGGGATGCCCTGGGacttattgttttattagtttgATCAGAGATTGAGAGGCTGTAGAGGAATCGCTGTATACGCAGGACTGTGTCCTGAACGTTGTGTTCTTTATGTATTTTGCCCTTGTGGTAATTGTTAAGGTCTATATTATTGCAGTTTTTTGTGGTAGTGCACAGTTTACCAAATCCAAATCTAGAACAGTACTGTAAATTTAAGGCAGGTTATTTTACTTTGAAAAGGATGAAAGTAAAGactttaaggggaaaaaaaagtcaGACACTCTTATAACTGTAGCTTCAGTTTTAggtgttttaaaagttttgaaGTGGTGTGAGCTGTCTAGTAAAAGACTGTACACAACAGATAAGCGATAAGTTGGTCTGGATTAAGTTTTTGATTAAACTGCTATAAAGTTTCTGTCAGCCTTCTACTTCTACTTAGACTGAATAAGTTAATCCACTGAGGTCTGTAAATTAACTGGCTGTCTTCATGCATCTATTAATATCTGTGCAAAAACACAATTCAGATATATGAAATCAACTGCATCTTATCCCAAGGTTGTATGTGAATCACATATTAAGTTTTAAGGCAGTAAAAACAGCTAAGATTTAGCTGAAGAGAAAAATTTAACTGAAAATCTGCATTTAAAATCAACAATTATTCAATCAAGTCTTCAGTGATTTTAATTTGGTGAGTATTCATAATCAGCTTTACAGCAAACATAGACTGTACTATTGCAGATATATTCATAAGAACTAGAACTGCACCATATTGGGGAGAAATTTATATTGGATAATACATTAAATTTTGCCAAAGCTCAAACAGCCAGCATGTTATGATACATATTAATAAGGCAGTTTATGTATCAAGTAAAACAAATGGGGTAGAAACAGTGCACATGTGTACATTGTGATATTATTCAATACTGGataagaacaataaaaatatatatatatgttttgaaGCACCAGTGAGTTTGTGGACTCCAGAGGGTAAACCGTACTGTATCATTCTGAAAGAGGATGAAGTGTTAGTGTAGAGGAGATCGTTCCTCAGACATTAgatctttacaaactaacagaCAAAAGAAGAATATGATGGTGAACATAAACCTGACTGTGTTGGTTTTTACTGCCACACTCACCAAATGTTTCTGGGCCCACTTGAACTTGACCATTCTGAATCTGGTATTGATTTGTTGAAATTGGGAATGCACTGAAATGAAATTGTTtgtctgaaaccaaaactaaacaatatgaaaatgttgttaatttcattcattttgcattAATTTAATAGCACAGGGTGGGATGACGTGCTGTTCAGGTGAATTGGACTGTGTGTTTATCcaccctgcgatggattggtgGCCTGTCcggggtgtatcctgccttctgccCAGTGGCTGCCAGGGTGTGATTAAGTGAAAACTGTTAACATCCCAGCAGAAAttccaacaaagcacaatatgactaaaaataaattagtcactgttcacattgtttttttgtaaattattgggttcttttaagtattttatttttttattttcagaccaATAATTTCAGTTTCTAACTATTTGGTGCATTCCTAATTTAACAACAACATTTTATCGATGAAAAAGATCATTCTGGAGATATCCTATAGAGAAGGCCATAATGTTCCCCATAAAAAGGGTCTTTGTACAATATTTCATGCTTTTATGCTACATTAAAAAAGGGACATTTGGGTATTTTCCCTTCTGAATAATTTGAGTTTGTTTCAGAGTTTGTTGAGATTTCAGTTTCTGTTCAGGCTCTTTTTGCTGGTTGTTGGAACTTGTTAGATGGAGACTGTAcaattaggcctgtcatgataattgtGATATTTCTGTTTTCTGACCTCAGTATCGTCCATTGTTTTTTCTATATGTGTTGTGTTACACAATGACCAATGGCGTCCCATAATCACAGAGTAGGATGTGGTaggtttaaaagaaaaaaaaaaggtataccACCTCCACACTATCATTATTAGAGATAGTATAAATGGATTTAATTACATTAGTTGCATTATTGGGTCTGGTACAATACTAAAATATGGTTTATTTCTCACTTATTTCTGTGTCAATATGTCATCCAGTAAAATGTGGTTATTTTGACAGGCCTATGTACAGTTGATGAAGAGGAGCTAACAGTGTAaaacatcaaatcaaatcaaaagtcaattttaagcCGTTGCCGTTAACTCTGCCACAGCCAgctgctgtgattggtcagcTAAGCATCGTATTCCCACCTTCATGGTATAAATGCAGAGCAGTGTAGACACAtcaatgcacaaatataaatgttCACAATGGCATAGACCATTTATACAGACTTATGCACTGACTCAACACAGAAGTAGAAATTAAAACAGCCTTAAGCCTGACCTGTTGATGGACCCACTGAGACTTGACCTGTCTtgacttttactattattaatttttttttatctcttaaaACCAGACCAAATTCACAAACCAGACTGAGCACATTTTAGAGAAATTATGTGGATCTTGTTCAGCTGTGCTGATGATTTTTATCGATCAAACAGATTGAAGACCACTCTTATTCCATGTTTTATACTCTTTCAAAGACCTCAAACAGGGAAAAACATAGTTTGTAGGTGCGCATGTCAGGGGATCGGAGCAGTGTTCCAGTCTCTGCAGTAACTCGATTCAGAACCTCTGCCTTTCTGAATGTTTTCACTTacctatttgtttgttttgcacaaAAATGCAGGCTTTTTTTGCATCTCAAATAattttttgaatttttgaacTTAATTCTGCTACTGTTgttcttgtattttatatatattttttttgtgtattattaCTGTTGTCGATCTTACTGTTATTTACTCAGTTGTGTTGGATTACGATGATTGTCAGCGAATgactgtgggtgtgtgttgagTATCGACACCTTGTGGTTCTGacaaccaattaaaaaaaaaaaaaaaaaaacagtgtaaagaaATGTGTAAGGCTTACATACAGAGCTTGGGTTAATGTGGACCACAGGATTTTTTTGGATAATAATATCAGCAATAAGGTGTTATTTTTCCTCCTTTCTCTTTGCCAAACTGAACAGCCTTgtcctaaaaaaattaaaaatataaatacagtgtCAAATTGGGAGTATGGAGAAATATAGCACTCAAACTGCTGTCTAGAAGCGATCACAGACACTATCACAAACAGCATTGGTGACATATCTGTTTTGGAAATGCCTGACCCAGCAAAGTattgagtaaaataaagataaaacaattttaaattcTATTTTAGGTTAACATTAATATTCATGGAACCATTGGCTTTCACATTCACACCAAATCACAGAAAAACGTCACTCATGACTCTACTCGTCCAGAAACTTCTGCTTCCTGGAGTTTTGGAGTCGAACACAGTGATACACCTCACAGTCTTCACATTGCTGCGTGTTTAATGAGTGGTTTGTGTCCATTAATTGATCATATTTCACTC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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU53274 lncRNA upstream 108274 1044108 ~ 1045342 (+) False pdcd7
TU53256 lncRNA upstream 186288 964928 ~ 967328 (+) True G39539
TU53243 lncRNA upstream 273720 879685 ~ 879896 (+) True G39529
TU53225 lncRNA upstream 386002 767338 ~ 767614 (+) True G39512
TU53223 lncRNA upstream 399779 750822 ~ 753837 (+) True G39511
TU53366 lncRNA downstream 26506 1185572 ~ 1186479 (+) True G39616
TU53377 lncRNA downstream 50216 1209282 ~ 1209733 (+) True G39621
TU53378 lncRNA downstream 50898 1209964 ~ 1214713 (+) True G39622
TU53382 lncRNA downstream 57236 1216302 ~ 1218795 (+) True G39625
TU53388 lncRNA downstream 66457 1225523 ~ 1227051 (+) True G39629
XM_007260228.3 mRNA upstream 328 1123343 ~ 1153288 (+) True LOC103024602
XM_007260226.2 mRNA upstream 61449 1082551 ~ 1092167 (+) True rasl12
XM_007260225.3 mRNA upstream 82000 1048244 ~ 1071616 (+) True ubap1l
XM_022670130.1 mRNA upstream 108269 1038573 ~ 1045347 (+) True pdcd7
XM_007260223.3 mRNA upstream 116682 1011639 ~ 1036934 (+) False clpx
XM_022669478.1 mRNA downstream 706 1159772 ~ 1194746 (+) True ap2a2
XM_022669479.1 mRNA downstream 707 1159773 ~ 1194746 (+) False ap2a2
XM_022669483.1 mRNA downstream 106791 1265857 ~ 1268376 (+) True LOC111192492
XM_022669482.1 mRNA downstream 107558 1266624 ~ 1268376 (+) False LOC111192492
XM_022669481.1 mRNA downstream 108799 1267865 ~ 1268376 (+) False LOC111192492
XR_455709.3 other upstream 190332 922757 ~ 963284 (+) False plekho2
XR_002649913.1 other upstream 862594 281585 ~ 291022 (+) False commd2
TU53369 other downstream 47721 1206787 ~ 1209096 (+) True G39619
TU53383 other downstream 60740 1219806 ~ 1220486 (+) True G39626
TU53498 other downstream 251380 1410446 ~ 1413799 (+) False LOC111192494
TU53707 other downstream 620625 1779691 ~ 1782660 (+) False muc2
TU53710 other downstream 622416 1781482 ~ 1785093 (+) False muc2

Expression Profile