RNA id: TU110811



Basic Information


Item Value
RNA id TU110811
length 6157
lncRNA type sense_over
GC content 0.41
exon number 2
gene id ralgapa2
representative False

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_035905.1
NCBI id CM008308.1
chromosome length 42966623
location 21520907 ~ 21673438 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence


CCCGCTCTGTCCCCTCTCCATCCTATAATCACCTCACACCTCCTCATGTTTTTTTCCGCTGGGACGAGCTTCGCGCCTCAGTCCGATGGCGTGACAACAGGTACCCTTGCAGCACTGGCCCAGAAATTCACCAATCAACACCTGCTGTCCCATGGGCTCCCATAGCTGACAGAAACTGGCATATAGTCCAATGTAGAGACAGACAATGCtacactgcctctctctctctcaggttctCTGTTTTTCatactctttctttttcatccCACCGCATTCTTCTTTGCACCTccactcatccctccatcctcctCAAACATTCTTTCCTGCATGGTCTCTTAGTTTATACGCTGATCTTCAAGAAATAAATTGTTGCAACCATATGTAATCAACATataggaatgaaacttggtgggtagtcttGCTAACATTTTTGGCTAGGCTCAGAATTGGAAGTGGATCATCTTCAGTGACGGAagtcctgcttttgtcttgATGGAGATGTCCAACGaatctgtgtgtggaggcactGTGGTCAGAACTAAGATCAGAGATTTGTTCTCACACCTCACACctccagaaggcctggtgtcatggtgtatGTGGTGTATGATTATTTTTGATGCCAAATCACCTTTGGCCTTTAGTAAAGACAATGCTTCTTTTAGAGCCTAGTGTTGAATTAATAGGGTGCTACAACCATTGGCCCTAACTCTTCTGAACGCACGCTctggtgcactattccaacagggcCATGCTTGCCCACATATTGACGACACGAgtttgatcccgcgtgaggagcggtgtgtttatttatttatttattttattctaagcCTACACTAAACCATGAGatgcaaattaattaagtaattattctCTTAACATAGAAATCCCATCTATTATCTCACAAAGAAAtaatattaactttttattaAGGAGTGATCCAACACGTTCCACAATAGAGATTTGTACACAAACCTGCATCCACACTGCTGGCATCCTGTGAGCCGGGCAACTTTAAAGAAGATTGAAGAGTGTGGATGAAGCCTGGAAGGAACTCCTCCCCACACTCATGCACTCTTCCCTCCCTTTATCCTTTCAGAAGCAGAGGGACCGTTGTTCTGGtctcctccctcctccctctctcagaGAAGCCCTGGAGTAGAGGGCAGGGAGGCTGTGGACTCTCCACTGAGTGCATGCTCCCCACACCATCTGCTCCCTGTAACTTGAGATGCTCATggaaaaaaagggagaaaacagcagaaaagaaagacagaaaggaaATAGCCAAGCAGATGCCATCTTTACAGAGCAAAGAGCTTTTAAGTCATCAAGGAGATGGGCAGCAAGAAAATCGTTATTAGTTCCACAGCCTTATTTTGGTTCTTCAGTTTGTACAGTGGAGTTGATATGTGTGAGCAACAGTTCTGATGCAACACATTTATTATAGAGAAACTAATGGAAATCTGATTGATCGGAAACATTTTAAGTGGCTTACAGTTTATTCTCAAACCAAGCACCACCACCTCCTCAGTGTACTGAATATAGAGGTCATTCCACACCAACTCACCTAGAGGTCTGACGGGTTACATCATGGATTTCCGTAAAAGAAGGCTTAAAGGCTTTCCAGCCGAGACGTCAGTAAATGCTGAGTTCCATTTACCTATGAGGTTGGATATCGGAGCCGGGAATGACATCACAAATGAGGTGACTTCATTCCAGTTAACCGTTTAGATAATTCTACCCTGTTTCTAAACTAAGGTAAAGCCTGAGCCAAAGACTCTTTAAAAACTTAAgctgttttgaaaaaaaatttcCAGTGTTTTATGGTAAATCCAGCCGAATTATGTCCCACATATCCACAGTTAAAGTTGAGCAGTACTGTATTTACAAATGATTTAATGTGACACAAATACAATATAAGTGCTTATAAACTCTAGAATACAGCTGCTTTCACTACTGTTGATATGTGGTGCAGCCCTCTTTGATTTTGATCTGTGTGTTGGTGAGGCTCTTATTTTCTAAGTATGACAATAAATGGAACACAGCATTTACATAGCGTTTACAAAGCTGTACTCTGTACAGTTGTTACATAGCTCTAAATAAATtgagtttataataaagtattaaGTACAGATTGAATAACCTGAGCTGAAATATTGACTGTAACTGTGgttgtaaaataaatttaaatgtatatataaatacaacagaGTAATAATTATTTGGTACCACcataaaataagactacctttacaaatggtttacaattagtttattaatgcttcctaattaggttgtaaatcgttaaaaatcagttataacacatataacacgtagaaagggcaacaatgacctgttgcttgccaaatagtgaacccacagccatctatagtGTTGccttttctatttatgtgttataactgattattaatgatttttaaggcatttacaacctaattactaaccattaataaactaattgtaaaccatttataaaccctttatataggtagtcttattttaaagtggtaccaattatttaaatgaattaaataaaagtggAAATCCATGAAGTTACCTTTTTTTTGTATGGTTTCaatttgtgttcatttttgtatgtttttatttatttttgttaatcttTTAGCAGATTTGGCCTGAGGCCAGAACACCTCAACCTTAATCACCATAATATaagtttttgcattgttttggtTGATATCTGACTTGTAGAGACTTTTAAAAAGCAGTATTGGCATGCAGTCATCTATCAGTGGCATTGCCACTGTAGCATGTGAGCTTTGTAAATCTGGGTTGCTGCACTCGTGGCTAATGCTTGTCCTGTCGCTTGCCATTTCTCAGGCTCCCTCAGTGGCAGCACAAGCGCTGAGCTCAGTGTTACTGTGACAACCAGCGAGTCCTCGGAGCAGGTTTCGCCCACTCTGCCCCGCGCCACCAAGAGCCGCGTTTCTGGAAAACTCCGCCGCTCAGCCAGCGCCATCAGCAAGTCCTCCAACTGAGCTCCACCTTCTGCCAATAACCACTTCACCGAGCCCCTTCAGACTGCAGTGTGCTTCAGCTGTGCtgcgtgggtgtgtgtgtatatgaatgaatgaatgtgtgtatgtctgttgttgtcattttctttttgtctcttaaaactggaattaataatattattttgatGTGTACATCCAATGATTTCTGATTGATTTCTGCTGCCATTTTTTGGGGGAGATTTTGGGAGATGATTCTGCTGTCACACTAATGTGGTGCTTCACCAAGGCTAAGGAATTTAAATGATTGCACTCGGAGTTAATCAACTCTGTTTTTTCCAGTAGAATCTGTCTGTGTTTTACTggtgcaaaatgtaaaaaaacaaaaactcaaaaCTGACATCTATGAATGTTTATCATGACACAAAGAATTTGTAACAGCAGTTGGTAACATCATTGGCCTGAAGCACTTGGAACTGCTGGActttctgtttaaaatgaaatgaaattttcCCACTTCTGGGTGTATAGATGATAGATGTTTAACCCCAGTGGCAGGCATCCTCCTcacctttccttttctttaagGACTGTTTGTTCTCCAACCTGATGCAGCTATCCAAAATGTCTTCTTGATGTAGGCAACCACCTTTTCACAATACGTCTGCAAATTTCTGATGTGTTCCTTGACAAAATATGATGTGAATGCCCTTTAAACTGAAGCTCCTCATGtcttgttgactgttgtcaacTATAATTGTCTGTTTTGGTCCTGCACTGACCCCTTCTCTCCAAACCGGTCCTGTCCATGTGATGGTCCTCATGTGATGCGCTCTTTTTCAGAGGTTGTTCCTCAGAGCTGcatttgagcttttttttttttttaatagaggaAACACACTTACTTGCAGCTGTCCTgagcaaaaaagagaagagTAGCAGCACCAAGAGGATCCATGTCCTCATGTTCATATTCGAGTCACCGTCGCAGTAGCGAGCGTTGTAGCATGGCTCACGTTTCTATGCCCAGAAAGTTCAAGTTAAAAGAGATGTGCCTGTGAAACGTATGGCCTGTTGGAAAGAGCCTACTTTAATGGACATGCATGTGTGAGTGGACAATCTGTGGTGTCTCTCTAACTGTGATGGGATGAATTTAGTTGAATTGAATTGGAATGGATTGAATTAAATGGCCTGTTtgggtgtttatttttttcctgtgttttcatttacttttaaatgactggaataattattttacgcGTTTGATTTATGCAACTATGCTGGATTGATACGGCTCCACGTGTAATcgtgttgtgttgttgtgtttttgtctgtgtgtcgGAACATTCTCTGTTCATAATCTGTAAATTATAAGAataagtcttgttttttttttgtcttgtaatGCTACTATGACATTCCAATGTTTTCTATAGTGTTGTAGTTGCACtcactgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatgatttagAGCTGTTCATTGCATTTCTTCTTTAATGCTTGGATGTATAttgctttaaaattttatttgttaagGTTTGTTTCTTGTTGTACATACAGAATAATATCTGCCATTGATCGTAATAATGTGTATGCCTGATTACGTACTAAATGAAATTGCCACCGGAGCCTCAGGTGAACCTTAACTCCATGCActggtgtgtgtgcgtttgtgtgtgtgtgtgtgcgtgtgtgcgcttgtatgtatgtatgtgtgaggGGGCTTCTAGCAGCTAACACAGTGCCTGTGCAATACCTGTCCATTTCCCCCTCGTTCTGCTTGCTGTGGTTAgccacttttttattattataatattataataacttTCCCCTGTTTGCCCGCTGTTCTTCTATTTTATATCCTGGGTGTGTTGGAGAAGAGCGAATGCTTGGCTGTGTTGCTGAAGGGCAGAGGTCTTTGGGGATGCTCCCATACATttcagcagtgtgtgagagcgcTTGTCTCTGATTGGATCTCTGGATGGCGGTGCTCCTCCACCTGCTCCTCTTCATTCTCCATCCACTCTGAGTGCCCTCTACCATACCAGCAGGGAAATGGGGCACATGCCAGAGCTTCTtgttttctctcacacacacccacacatctcccctttttttttttgcccttttcTATCATGTGTTTCTCccttttccttctttcctttctgtatttattttcgtttttgttttcttcccttctcttttctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctagctagctagctagctatcgtGCACTCCCCTCCTACAGACTGGCAGCCTGGCGCTGCCAATCCCGCCCCCTCCCCTCCATCGTTCCCTTAGTGACCCAGCCTAGTTGCCATGGAGGCCAGGTGTTACCCGCTCTGCGAGCTCCGCCCAAGCTGCAACAACACATGTTGCGCTACTCTGCCTTACCTGTACCTGTTTCTTTCTCTGATCTCTCGACTGACGTtccttttcgttttttttttttttttaaatcctctCCTCCGAGCACTGATAAGGAACATAGGAGTTGTGATCTTTAAGTAAGCTTTGAATGAAGAATCGTGAGGAATGTATGCAAACAGCAGCCCAAACCCAAGCCACGGCCGCACCTGCCCATTTGTAGCTTCCCTGAACTGTGAGGGCTGAGTCATGTTTCCAGCCtctccttcttttttctctctatctctgactCTTGTTCATGTCCAGTAGGTTTGGTTCTCTCTTGGTTCTCTGTAGGTTTCATAgatgtttgggttttttttttttaaggtgctGATGTGGTCCTGGCCAGGGATGTGTCTTACTGCAACTGGTCTAACTCAAGTCAAGTGAAGTGACAGCTGTGTTTATTCCACATTTAGTTGTTCTCCCTGTACATAGTGTCCTTTTTTGCGAGGGCTCCAAAATCCTGAaggatataaatatattaatgccTGTAATGTAACATCTTTGTAAAATATgttgagaggaaaaaaaaagcttgaagATTTCATCATGACTTGTTAACATATCAGACTGTTTTTAATGGAAAAGTAATCATTCTATCTTTACTAGAAATGTGAAAAtcaaaacatttcattaaatcAATTTGAGATTCACTTTTGCt

Function


GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU110866 lncRNA upstream 90269 21557417 ~ 21557995 (+) True G82258
XR_002650347.1 lncRNA upstream 141473 21491701 ~ 21506791 (+) True LOC111193214
TU110801 lncRNA upstream 160050 21488012 ~ 21488214 (+) True G82234
TU110744 lncRNA upstream 227844 21391162 ~ 21420420 (+) False G82193
TU110745 lncRNA upstream 248380 21398686 ~ 21399884 (+) True G82194
TU110881 lncRNA downstream 24893 21698331 ~ 21700510 (+) False G82266
TU110887 lncRNA downstream 24893 21698331 ~ 21700510 (+) False G82266
TU110875 lncRNA downstream 25281 21698719 ~ 21700510 (+) False G82266
TU110880 lncRNA downstream 25281 21698719 ~ 21700510 (+) False G82266
TU110884 lncRNA downstream 25281 21698719 ~ 21700510 (+) True G82266
XM_007252546.2 mRNA upstream 352008 21282603 ~ 21296256 (+) True gpr68
XM_022672922.1 mRNA upstream 369126 21194708 ~ 21279138 (+) True LOC103041063
XM_007252545.3 mRNA upstream 369126 21194709 ~ 21279138 (+) False LOC103041063
XM_022672919.1 mRNA upstream 458996 21141773 ~ 21189268 (+) True LOC103047712
XM_022672936.1 mRNA downstream 240788 21914226 ~ 21926373 (+) True tmem87a
XM_007253814.3 mRNA downstream 254128 21927566 ~ 21948191 (+) True vps39
XM_007253813.3 mRNA downstream 282570 21956008 ~ 21994947 (+) True galnt16
XM_007253808.3 mRNA downstream 327175 22000613 ~ 22046430 (+) False numb
XM_022672937.1 mRNA downstream 327176 22000614 ~ 22046430 (+) True numb
TU110179 other upstream 1974626 19673127 ~ 19673638 (+) True G81763
TU110177 other upstream 1982217 19665736 ~ 19666047 (+) True G81761
TU110107 other upstream 2717510 18930238 ~ 18930754 (+) True G81704
XR_002650340.1 other upstream 3127317 18511622 ~ 18520947 (+) False LOC103033848
TU109877 other upstream 3184168 18460130 ~ 18464096 (+) False LOC103035760
TU111179 other downstream 684206 22357644 ~ 22358135 (+) True G82488
TU111323 other downstream 1556992 23230430 ~ 23231318 (+) True G82609
TU111569 other downstream 2202001 23875439 ~ 23877767 (+) False timm9
TU111570 other downstream 2202001 23875439 ~ 23877767 (+) True timm9
TU111581 other downstream 2236244 23909682 ~ 23920698 (+) True G82811

Expression Profile