RNA id: TU114846


Basic Information

Item Value
RNA id TU114846
length 9662
lncRNA type inter_gene
GC content 0.42
exon number 4
gene id LOC111193246
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035905.1
NCBI id CM008308.1
chromosome length 42966623
location 32001854 ~ 32014439 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

tatatatataaatagtatcATTATTTAAGGGTTTAATTTTAGTATATGAGGTAGTTTAGCTCCTATATATTATTTGGTAAGTTGTATTAAACCTTATATATAGTTTAGTTGTAGGTTTAGAATTTTACCTTAGTGACCATTTGAAATACTAAATACCAGAGTAGTATCCTTTTAACACAGAATCCTCACAATATTAACAAAATTCCAACCCAAAACAATTAAACAGGTAGTGCAAACTCTTAACCTTGGAAATGAACAGAAGAATTCCAGTTACAATAACCGTTACTTGGTGTGCTTCAAATAATTTCCCCTTatgagtgttgttttttttcagataaaaaaaaatggaaaaattgagaaaagctgtcctttttttctttagagaaatgttCAACCGTCTATCAGAACTCTGTCCTTCAGTACTTTAAAGAGTTACCctctcaaaaaagaaaaaaatatagtcctgggggaaaaaaaaaaataaaaaaatactcaagcTCAGTTAAGTTGTCCTCATGGGCTGTGGCTCGCCATCTTGTTTTCCCAGGCAACAGGTATACATGTGACTGGGCAGAATGTCCTTAGCAGTCAGTCTCATCCCATAGAAACCTGGCCAAATCCAATCGTGAATGTTTAAGTTTCaccaatctggcaacccggCATGAAACGCGATCTTGTGCACATGAAATCCAACTGACTCAGCAGTTCACCTTAATCCTCTACTCTGACGGTTTTAATTAGCTTTACAAACTCTTATTaagctaaccaagctttaataCTGGCTGCAAGCAGCTTCTAGTGAAGAGTACTCACACTTAAAGTGCTTAATTTTTAGCGTTTTTGCTCAATTTTAGCGCGATTGCCGCACCGCGATCCTTCCTATCTTCACCCCGACGTCCGACTGAGCTTCTGGCCGTGCGGGAACCCGTGGCCACTCCCACTTGGCTGCTGATTGGCTACCATAGCTAGCTAGACTTACACTTATCATTGGCTAGATTTTTGCGCAGTGGGCGTTCCTGGAATCGCCACTGActtttaataatagttttaattattttttttaattattattgttaaggatcattaataataattcctgTTATGTTTATTTTCCCAAATTAAATAATCTTTTACGTATTAGATGCTTCAAATTAATTAGATTTATGTTCTAAcctatttatttagtttttattttcccaaattaAATAATCTTTTACGTATTAGATGCTTCAAATTAATTAGATTTATGTTCTAAcctatttatttagttttatttagtctCATTATTATGtctataatgtaatttatttatttattttaaacaaattataatTAATGAATTGCATTGACTCTACGTGTTCTAAACCTGGGTTACACCCTCCCGCCGTAAACTGTATGCACGTCCCTGTGCATGGGATGATGGGGCATTTCTAGCAGGTTGGCTTGGGTCTACATAGGGGGTTTCCATGAGAGATTGAGTAAGGGCAGTGCTTAAACCTTGGAATAGAGATTGCACTATGGAGACAAGGGGATTACCTAGTTCAGGATATGTTAGCCTCTTAGCCTTTTCTCTACGCCTTGTGGAATGCCTTACAGGgatttcagtttcactgtcttCGGATGCATTCAtgaactgttgctgaacctCGTCATTCTCTTCTACTCTTTCCACAGACTCAATAAGTTCCAGTGTATCCTGGGTTGCAGTTTGATCAGATACAGGTAAGTAAGCATCAACTTCAGTTCTTTCAGGTAAGTTTTCAGGAATTTTCTCAGGTGAGTATCCAGAGTTTATCTCAGGTGAATGTTCAGGGTTTTTCTCATGTGAGTCTTCAGCACAAAAGTCAGGAATTGGCTGACTGGCTATCAGTTTAGGCTGTACTTCAGGAACAGGTATGGATACCAGATCTTTGCTCTCGTGGATCCGAATGACTTCCACTGGCTCAGGCCTTAAAGAACCTGTGTAGTAGTAAACAGGATTGTCGTCTGAATCTGAACCGGGCTCTGATTCTTCTGAGTCGCTCTTGTGTAAGACTGTGCGTGTTCGAGGCCTCCTTACTTTAGCTTTAGGGGAATCTTCTTCGGCCACTGACAGGAAATTGCAAGGTCGGAGTAAGTCCCTGTGCAGTGTACGCAATGGTCCCTCTTTGTTTTCTGGCCTGACTGTGTACACAGGAAGTTCTCCAGCACGTTGCACCACAACATGGACAGTCGATTCCCACTTATCAGCTAATTTGTGCTTGCCTCTCAATTTCACATTTCTGACCAGTACCCGGTCATCTTTGTCTAGGATAGACTCAGTTACCTTTTTATCAAACCTGGTCTTGTTTTTCTCCGCCATCTTTGCAGCATTCCCCATAGCCAACTTATAACTCTCTTCCAGTTGTGTTTTCAGATGTTTTACATACTGAGAGTGGGATGTTCCTTTCTGTTGACTCAATGACACATCAAAGGCAAGGTCAATTGGTAATCGGGGCTTTCTTCCGAACATGAGCTCGTAGGGAGTATATCCAGTGCTTTCGTGTTTTGTGCAGTTATAAGCATGCACTAAAGGCTTCACAAAATCACGCCAATGTGACTTCTGCTCTCCTTTCAGGGTTCCGAGCATGCTCAACAGAGTTCGGTTAAAGCGTTCAACTGGATTTCCCCTTGGGTGATACGGTGAGGTACGCACCTTCCGGGTACCAATGACTTCGCACAGCTCTTTGATGGTCTTTGATTCGAAGTCAGGGCCTTGATCACTGTGTAGTCTTTCTGGGATGCCGTAGTGAACTATAAAGTTCTCCCATAAGCATTTAGCAACTGTTCTTGCCTTCTGGTTGGGAGTAGGTACTGCTACTGCATATTTAGTAAAGAAATCAGTGATTACCAAGACATCTTTAGTGTTACTGCGGTCAGGTTCAATAGAAAGGAAATCCATGCATACCAGCTCTAAAGGTCTGCTGGCTCGAATATTCACTAAGGGGGCTGCTTTCTCCAATGGTGCTTTACGGAGAACACATTGACGGCAGGTTTTGATCTTTTGGTCAACTTCAACTGCCATTCTAGGCCAATAGAATCGTGACCTCACTAGATCAAGGGTGCGTTCTATGCCTAAGTGACCCATGTCATCGTGTAGGCTGGTCATAACTGTTTCTCTCCATTCTTCAGGCAGAACCAACTGATACTGCACCTCTGGACCTTCTTGTCTTTTCCTGTACAGTATTCCATTTATTAAAAGTAATCTGTTCCACTCTCTGCACATAAGAGAAAGTTGTGGAATCTCCCTCTTCACAGAAGGAGATGGCACCCCTCCCCCTTCTAGAGAGGAGATCACTTCCCGAATAACAGAGTCAGATCTCTGTTTTTCACGGACTTCTTCCTTGGACACCTTAGAAATGACCGGGAATCCATCAAAATGCTCTCCTTGCACAAAACCATCAGGCATGGAATCTGGATGGGCTGCAAGGGACTCCACCAATGGAACACTGGAGCTTTCTGATGCAGAGTCAGAAGGTTGACGTACAAGACGGGCTTCACAAATGGCTTGAACTACTTCAGGACCAACTCGGGTGTCATTATCAAACTCAGGCAGATGCTGCAGTGTAAATTGGCGGATTCTGTCTTGCTCTTTTTGGGAGGTAGGGTCGTCCAGCTCAGTGTCATGAGGACGTCTTGAAAGAGCATCTGCGTCCAAATTGTGTTTACCTGGGCGATACTGGAGTTTGAAAGAGAAGGTGGATAGGGCAGATAACCACCTGTAGCTTGTCGCGTCCAGTTTTGCTGAGGTGAGGATGTAAGTTAGGGGGTTGCTGTCAGTGATTACTGTAAAAGAGTTCCCATAAAGATAATCGCTGAATTTTTCAGTCACAGCCCATTTAAGGGCTAAGAATTCCAGTTTATGGGCTGGATAACGGGATTCACTACGTGACAGTCCACGGCTGGCAAAAGCAATAGCTCTTATCTGGCCATCTTGCTCCTGATAAAGTGCAGCTCCAAGACCGGTGGTGCTTGCATCAGTGTGCAAAATGTACGGCAGCTGAGAATTGGCATAGGCCAAGACAGGCGCTGAAGTGAGCTTGCTGATGATGGTGTTAAATGCTTCTTGGCAACTGTCTGTCCAGCGGTTTCCAAACGGCTCTTTAGGTTTGTAGTAATGGGTATTGTCATTGTTCACTTTGCACTTCTTCCTAATGGGACCATATCCGGCAGTTAGGTCATTTAAGGGCTTCACAATCTTTGAATAATCTTGTATAAATCTTCTATAATACCCTGCAAATCCTAGAAAGGAGCGTAGTTCTTTCAGATTCTTTGGATTTGGCCAGTTTTTGAGAGATTGGATCTTTTCTGGGTCAGTTTCAACACCGTTTCTTGACACAATATGTCCCAGGTACCTGACTGATGTCTGGAAGAACTTGCACTTCTCAGGGGATAACTTTAATCCGTACTCCTTCAATCGTTGGAGGACTCTGAGCAGGCGGTGTTCATGCTCTTCCAGTGTCGCAGAGAAAATTATGAGATCATCCAGGAATACAATTACTTCTTTGAGGTGAAGGTCAGACATGCACTTCTCCATGAGCCTTTGGAAGGTGCTTGGAGCGTTCGTAATCCCTTGCGGAAGCCGATTGAATTCCCAGAATCCCATTGGGCACACAAAGGCTGTCTTATGTTTGTCTGCTTCTTCTAGTTCAATTTGGTAATAGCCGGATTTCAGATCAAGTACTGAAAACCACTGGGAACCAGTCAGTACAGAAAAGGTTTCTTCTAAATTTGGTAGGGCATAAGCATCCTTCACAGTTTGTAAATTCAGCTTGCGGTAGTCAACACAAAGCCTCACGTCGCCGTTCTTCTTACGGACCACCACAATGGGAGATGAGAATGAGGACTCAGACTCCCTAATTACCCCAGCTTCAAGCAATTCTTCTAAATGAAGACGAACAGCATTGATATCTTGTGGATGGATAGGACGGGCCCTTTGTTTAAAAGGAGTCTCATCACTCAGCTTAATGTGATGCTTCACT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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU114833 lncRNA upstream 3201 31998333 ~ 31998653 (+) True G85282
TU114824 lncRNA upstream 26552 31974915 ~ 31975302 (+) True G85277
TU114703 lncRNA upstream 196451 31749703 ~ 31805403 (+) False LOC103034273
TU114552 lncRNA upstream 457652 31543469 ~ 31544202 (+) True G85054
TU114550 lncRNA upstream 493799 31507081 ~ 31508055 (+) True G85052
TU114827 lncRNA downstream 27428 32041867 ~ 32046810 (+) True G85279
TU114893 lncRNA downstream 70764 32085203 ~ 32085744 (+) True G85304
TU114899 lncRNA downstream 114660 32129099 ~ 32129413 (+) True G85310
TU114905 lncRNA downstream 157178 32171617 ~ 32171851 (+) True G85316
TU114906 lncRNA downstream 162100 32176539 ~ 32176761 (+) True G85317
XM_007230950.3 mRNA upstream 152390 31835348 ~ 31849464 (+) True kpna5
XM_007230949.3 mRNA upstream 182002 31812267 ~ 31819852 (+) True rwdd1
XM_007230948.3 mRNA upstream 197155 31801564 ~ 31804699 (+) True LOC103034273
XM_007230946.3 mRNA upstream 242314 31712784 ~ 31759540 (+) True mms22l
XM_022673183.1 mRNA downstream 184749 32199188 ~ 32218762 (+) False LOC103035447
XM_022673184.1 mRNA downstream 184750 32199189 ~ 32218762 (+) False LOC103035447
XM_007230962.2 mRNA downstream 405693 32420132 ~ 32425312 (+) True LOC103038892
XM_007230960.3 mRNA downstream 412587 32427026 ~ 32430265 (+) True LOC103038371
XM_007230958.2 mRNA downstream 421778 32436217 ~ 32441318 (+) True LOC103037843
TU114720 other upstream 177466 31823586 ~ 31824388 (+) True G85189
XR_002650381.1 other upstream 539594 31454984 ~ 31462260 (+) False pnisr
LOC107197844 other upstream 2922956 29071891 ~ 29078898 (+) True LOC107197844
LOC111193135 other upstream 2958115 29043217 ~ 29043739 (+) True LOC111193135
LOC111193240 other upstream 2960247 29040979 ~ 29041607 (+) True LOC111193240
XR_002650383.1 other downstream 184744 32199183 ~ 32218762 (+) True LOC103035447
XR_002650384.1 other downstream 184744 32199183 ~ 32215147 (+) False LOC103035447
XR_002650385.1 other downstream 185452 32199891 ~ 32218762 (+) False LOC103035447
TU114974 other downstream 421793 32436232 ~ 32441316 (+) False LOC103037843
TU114975 other downstream 421793 32436232 ~ 32441316 (+) False LOC103037843

Expression Profile