RNA id: TU301236


Basic Information

Item Value
RNA id TU301236
length 6032
lncRNA type read_through
GC content 0.37
exon number 2
gene id G221993
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035921.1
NCBI id CM008324.1
chromosome length 46505145
location 36875240 ~ 36923898 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttgtgtgtgtgtgaatgcctACAGCTTTGGCTCTGGCtgcttgttttatttcatgactCTTGCAGAAATGTGGATTGtaaaggacttttattttggctaGTAATGTAGATATGAGTCAGTGGATGCAAATGTGCAGATCATGAATGTTGTGCAAATTAGCAAATAGTTGAAACCTCAGTTACTGCTGCCCTCTCCTCCTGCCAGTTCACCACCCTCTCTCCTCTtactttcactctctcatttTTACGCAAGTGTTTTTTAGGAACTATTTTTGTATAGTTTTGATCAGGCTTTTGACTAAGAACAAACAGCAGTGCGAGGCAGAGAGCTTGTTTGGTGTTTGGAGTGTGTCTTGTTTCTCGGCTCTGGGAAGTTTTTGTGTCTTACAAAAATTAGGGAACACGTCAGAACACTGTTTGCTGCTAGAGTgtgtgattgattgattgattaatcgATTGATTAAGAAACTGATTGATTGGTCGAGTTATTGTGTGACCTTTGGTATGGTTTTGGGTAAGGTTTTGCTGACAGTTGATGTTCTTATTTGACCCCTTCTCCCAGCCTGCCCATTTAGGCTCTGCCcacaaatgtgtttttcataACTACAGTTAAAGAGGATTTAAAGaatgctgagaaaaaaaaaacattcaaatctAGCTCCACCTCAGTGTTTATCACAGTACCTACATTTAGGGTGtgttatttgtttagttttttggaTGTGAGTAAAGGTTTGCACGAttgagctgggcaatatgattatgattattgtGATACATTTCCTTATTGTTTTGAGGATATGCTTTAATAAGCATATTGAGGGTACTATTGTTTAAAGAACAGTGACTTAACTGTGCATTTTATTACAGTACAAAATCTtggatgatgtgcagcaaaaaaattatttctctGTGTGTCAAAATTAGGGGACAAATACTGTTTTGTGAAAATgtctaaatattgtaatataatatttttaccatatcgcTCAGCTATGTCAGCACATGTATGTGCAGGGTTATGTGGCTGTTATACCAAtgtttattttgacattttgaaaaaattatATCCTATTGACTGAATTGACTGTCCAACTACAGTTTGCACTATTATGTTTGCGTAATGGCTAGAAATGGTACACTGAAATGAAAAGTCATGGGCCAgtaactagtattgtgtcccatgacctAAAGAACACTctactgacctgtgggatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtctgtgtggtgtcTCTTATGTGGAATGTGGATTTGATGATTTCTGCCGGAGTTGCTTGTCTGCTCATaaggacagttctagccagatgctgccagtcacgatcattaccacccactgcattatccactgtgggtggtaatgccttttattCCCAGTGACACATGACACTGTAGATCAAGGAATATTAAATACTCACACAACAAACCGAATGTCCCATCAATCTGCACCCCCACTCACTCCAGTAATTTATGTTGCCTTTATATAAACACTCTGGCAAGTGATCAGCCTCACTCACACCTGACAGTCTATACAGGTATAGAGTCGTCCCCTAAGATAAAACTCCATGAGCAATTTATATACTGATATCCTATGACTGACTGACTTTTGGAATCTATATTGTATTAGTAAAAGTCAGTATAAGATTAATTTTAGCAGAAGAATGCCGGATTCAcgatcaggaaaaaaaatcagaatgtaGCCTGAATTAGCATACACTGGCACTGTGTGTTGAAATGTCTTGTAAGGATGTACCAGGAGACACTGAGGAAGTGGAgatacagtctctcattagggtaaatatatattaataacactctaaatgtaggtattgtgattatttacactgaggaggtggagctacagtctctcattagggttGCTCTACCTGGCAAAAGTAGTTGCTTGTGTTCTTGTGGGCAGAGCTTGAAGAGGTCAGTTTTTTCTTATGCTGTACGACCCCTGTAGATTTGAAAAGGTATATTCTTTTCTGCAGAGAGAAAGCGAGACAGATGGTTACTGtaattatatagatattttcagtttattgtttttttttttttttttatcccatattTGCCTGGAATTTTTTGTGGCTAAATGGTTTCCGTAATTTTACAGAAGTATAAGTGTCCATGCCACTAAGAAATGGTTGGTCGGGGGTTAGATTTCAATCTGGCTAGTTTGTTTTGGACCTAGTAAAACCGGTCTAGTGTGTTATGAATACTTGTGTGGGAAGAGTTTACCAGTCTTGGACTTGTTAAACTGGAGATTAGGCATTGAGTTGTGTTTCTTAAACCTCACAGGGTAATTTATTAAACTTTCCCAATTTGAATTGTAACAAAACTGACAATCTAACAACATATAGCTAATCTGAACACAAAGTGCCCGTCCCCCTTTCCCTGGACTGTAGACTTGTGGCATTTTGGTGTCCGTATGTAACCGAGTTTGGCCAAATAGAGAGCAGACAGCCCATTCGAGGGCTTGGATAGTGGACTATTTttgtaataacaaaaatacataaatgttCATCCTCTAAACTAATCAGGAATCACAGTAGTAGTCTGAGAAAACAGGAAATGTACTGTTTATGTCTTTTATTGCGCATTGAAACTGTGTAAAATCTGCTTTACCAATGTGGACCTGTCATATGATGACATATGATGATATGAAACTGTTCATGCTTTTCACTTGGTCtgaataaagcatttataacaCAGCACCTACTATTCATCTTATTAAGACTGATTACACTGAATTGACCTCAAGACTCCTCAATAAGTGGTCATAGGATATTTCAGTTATTAAACAGGTTAAAGGGGAACTTTACCAATGTTTCAAAATTCTCTGCATTTTTCTGAACCTATTCAGAAaggggtttggtgtgaaattgcAGAGGTACTTACTGTACTGATATCTCAGAATTATATAAAGTTGTGGTGGAACCAGGCACCGAATGCCATGATTATGGCATTAATATTGCCAgtttacagtatctcacaaaactGAGCACAGCCcttacagtttttattatatatcttttcatgggacaacactgaagatatgacactttgatacaatgtaaagaagTCACTGAACAGctaatataacagtgtaaattggctgtgccctcaaaataacagTCATTGATGTCTAAACCGTTTGACCCAAAATTGGATTAAAACTATGGTAATACAGTGTCTCGTGTTAAACTGTGTATTCATACAGTACATATTTGATGTAAAAGGGAGAAGctttctggttctggttctcgTTCACCCCCCAAGTTTAGGTTATTTCTTTAGAACAGAGAgtttcacaccaaacccacTTTGACTTGTTCACATTTTAACTTTAGTCTAACTATGCAGAAATTTTAGACAAATCTGTGGAATTATCTATGAATTATTGCTCACATGTGTTCTGAATGCTTTGAGCCAAAATGCCGAAGTGCAGATTCCATaacagtgtgtttctgtgcactatatgtccaaaagtttgtggagGCCAACGTTTCTTCTGGAATCAAGGGGAATTTGATGTCTCTGCTCTTCTGGGAATGATTTACACTGGATgttgaaacattgctgtgaggaggatTTGATTGTGTTCGACCCTGTAAGATTAAGAGCATCAGTGAGGCCAGGTACAGATGTTGGATGATTGGTTCTGCCACTTCAACTCATCTTAAAGGTTTTTGATGGAACTCCAACATTTCAGAGAAACCCACAGCCCAATGTTATTGGGTATGGTGATCTTTGGCTCATGTGCTCACATCAGCACCAGAGCATCCTGTACACTTGGTCAATAGAGGTTTAACAAACTGAACAAACATATAGACAGTTTCAGTATGGATGCACTTGATGTTATGAACCACAAGGGTTAAATTTCACGAGGGTATTTTACCACACACAACCCTTGGTTTGTGTGATGTCAGTGGTAAAAGTCCTGTATGGTTGACACTGCTCTAAGGGCAGCTCACAAGAAAAAACCTTCTGAATGTGTTAGTTTGAGATTTAGGAATTAATTGGACATgccttttttatgtaaataccATGTAGTTACTTTAGCCTTAAGCCCATCAATTCCCCTTCCAATCCATTCAtattaaaaagaacaaaatataaCATGATTGATCTCTTGACCCCAGAATCGGCtgatcagccaagacatgttttGTATCTgatttgtgcttattttgtttACAACTGCAAGAAATACTAGGTTAATTTTGCTAACAGGCACTTAGGGGTGGAAATTGTAGGGCATCTCGCGATATGTTATAATCACAATACGTTGCCCACGATATTGATGATATcataatactgtgattctgctaTCCTCAATATATCCAAACAATTCTCCATTAAACTtaacagcatctgtgttactgaagaggataaaatactcctaaatatgTAAATACCAGGAGTTTCAACCAATTTGACAGCAGCAATTTACTAAGACAAACTTGGGTGACAAGTCTTAAAGAGTTTTGAGTGCCTATGTTTCATtgaaaatatccatatttgatgcCACACATGTATCGATGATGTATCGCAAACAAAAAAacgataaaatatatattgcaatatcaatgttttgtcccacccctacaGGCTAATTATTTGACTGTCACTCGTCATTCTtctctgtaaaaacaaaattgtAGTGGTTTAGAACACTGCGTGACTTactttagtctataaacacagaaaaacttaaataaatagagctgaatGTTGAAATAACTGGAACCACTTTTACCTCAGCACAGTGTTTATCACTCCACACACTGCGCTTCTGTTTGGAAGTGGAACAGCACTACAAATCATGTAGGAGGACATGATGATAATATAGTTCCAgtttgtgtgtaaaagagagaaaaatgagatttatgagatttaatctgtatttaagataaataaaaagtaatatctGAACTAATAAAATGTCAGCAG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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU301207 lncRNA upstream 147151 36726518 ~ 36728089 (+) True G221973
TU301210 lncRNA upstream 147151 36726518 ~ 36728089 (+) False G221973
TU301100 lncRNA upstream 251445 36620288 ~ 36623795 (+) True G221891
TU301086 lncRNA upstream 429868 36443306 ~ 36445372 (+) True G221879
TU301069 lncRNA upstream 485046 36387252 ~ 36390194 (+) True G221872
TU301261 lncRNA downstream 57177 36981075 ~ 36991478 (+) False mnat1
TU301262 lncRNA downstream 57177 36981075 ~ 36991478 (+) False mnat1
TU301263 lncRNA downstream 57177 36981075 ~ 36991478 (+) False mnat1
TU301380 lncRNA downstream 127322 37051220 ~ 37052681 (+) True G222103
TU301383 lncRNA downstream 142619 37066517 ~ 37151937 (+) True G222105
XM_015605419.2 mRNA upstream 19077 36827033 ~ 36856163 (+) True LOC103026999
XM_007247559.3 mRNA upstream 108007 36735850 ~ 36767233 (+) True tdrd9
XM_022685052.1 mRNA upstream 143809 36704685 ~ 36731431 (+) False kif15
XM_007247546.3 mRNA downstream 12163 36936061 ~ 36942741 (+) True LOC103023682
XM_022684773.1 mRNA downstream 52508 36976406 ~ 36991484 (+) True mnat1
XM_022685062.1 mRNA downstream 77409 37001307 ~ 37019302 (+) True slc38a6
XM_022685063.1 mRNA downstream 99439 37023337 ~ 37081624 (+) True prkch
XM_007247542.3 mRNA downstream 175500 37099398 ~ 37143669 (+) True hif1a
TU301085 other upstream 466199 36403148 ~ 36409041 (+) True G221878
TU300883 other upstream 818550 36054146 ~ 36056690 (+) False G221737
TU300881 other upstream 818550 36054637 ~ 36056690 (+) False G221737
TU300884 other upstream 819422 36054875 ~ 36055818 (+) True G221737
TU300860 other upstream 902886 35969989 ~ 35972354 (+) True G221728
TU301259 other downstream 52545 36976443 ~ 36987654 (+) False mnat1
TU301271 other downstream 77187 37001085 ~ 37007865 (+) False slc38a6
TU301269 other downstream 77330 37001228 ~ 37007865 (+) False slc38a6
TU301771 other downstream 1812061 38735959 ~ 38744182 (+) False LOC103040744
TU301804 other downstream 1971204 38895102 ~ 38898819 (+) False oip5

Expression Profile