RNA id: XR_002650256.1


Basic Information

Item Value
RNA id XR_002650256.1
length 6945
lncRNA type inter_gene
GC content 0.38
exon number 5
gene id LOC107197502
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035904.1
NCBI id CM008307.1
chromosome length 27092187
location 20101712 ~ 20129570 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

CACTTTACAAAAccaccaccaaacaccaaaccGGCGAAATGACCCCACCCCTTTTGCAACAACCTATTGGGCACACTTTAATTTAGACATTGTTtgtgtacacacaaacacacactcacacacacctcagtaGATTTTGAATTATCAGCATATAGATGACAGGGTGCCAACGTGTGGCAGCGGAAGCGTCACCGTAAGTCTGTACGTCATGATAGGGGCCCTGAGAATACACCAATCCCTCCAATATTTcaccctctctccctctttcttccttttcttcctACCGTCTCgtttcattctctctccctctctctctctctctctctctctctctctctctctctcacacacacagcagttgTAACACCGCTTTGAAAATATCTGACTGCCCCATCATTCAGTAACACCACTCACTGTCCATAATAAAGGTTGTAATAACTACAGGCAAATGACAAATAACTGTACAGAGCCCAGCAAGGGAGTTTCTCTCcatcccttttctctctcttctttttcttatcctccatctctttctctttctgtgtgtgtacgtgtgtgtgtgtgtgtgttaatatatAATAGCCACAGTAGCCTATACGAGACGTGGCCTCAACGTGTCTAAAGACCGTCCACGACTTACATAACTCGTGGCTACGAGTGTTTTGTTTCTAGTGGGATCAACTTCAAAAAAACGTGGCTATCATTTAACCCTGCTTTGCCACCaagtttaaaaaggaaaaaaaaaagtgaccccGACATATCAGGTAACGTGTTTGTTTTGAACAGGGGTCTCCCTCTGCTTTTGGTGCCCAATTGTCTTTTTTCTGACATAAGACTTCAACAACGTCACTCCCTAAGCTCAGCCTAAATAATACGTAGCCCCCAATTTCATTACAACTGGAGAGCCACCTGTCGCCTATATTGTAACACGCGCGCTCAGGTCTGACTTCACTTTTGCAAAGAGCCAGTACTAACCCTCCAGATCCGGAGAATTCTGCCCAGTGTATGACGTAGGCTTTTGTATCAGCCGTTGGGTTGAGTTCAGTCAGATGGGTGATGCGTGATAAAGGCCTCCAATAAACCGAGTTCGACTTTGATTCATTAATGGTTTGCATATAAGCTACGTACTTACGTCATCCGCACCAGTTGGTCATTGAAAGGAATAGAGGGAGGGAGTCCTGAGCAAGCCAAGGCAAGTGATTCCCTTAATAGGCCTATACGTTTGAGTAAACCCGGCCAACTGGTAACAGCTTATAGACTTTTGAACAAACCATTTAATTTATAAAGCctacatatttaaatacaaattatgTCAGTTAACGTCATCAAAATGGGAAACACCAGAAATGGCCTGAACGACCGAAGAGTCTCCCGCAAAAAAACGGATCACCACTGCTTCAGTCGAATTAGTTCACTCGCTGTCTGGACTCACAATAAACATGAGCTGATCACGACTGTAACTAATTGAATAAGAACACAGAGAAATAAAGACAAAGAAATCAGGCTTATATGGTTTGACTGGGTTTAACAATCGAAATAATTGTTCGATTCAAATCGATTTCCATAAAAATGGTCTGATAATAATTCACAAAAACCCAAGATTGATCTTTGGATCTGAACTATTTGGCCTAAAGCAATGCAATAAggataataaatacatatagcTTACTTTGATTCATTCTTCATTGTTAATAATAGTATTAGTAATAAGTaaacactaattattttaataatggtaTAGGTCGAGCCTTTCTTGCCGAAATACAGCattagttctcttcagatctcTTTTCATATCCAAACCTGCTATTGCAAGTGAAACATCTCTAAATGAATTATTATCAAATTGAATCTGAAATCAAATTGAATTGGAACCTGGTGAATGATTTGAAATCAGATCGATTCTGGAAGTCTGTGGTGATACCCTGCCCTAGCTTACATGTCGAGGACCAACCCCTCTCTTTTGTGAATAGGGAGTCTCCATCAGAGAGAAAATCAATGACGTCAAAACTTCTCCGACTCCAGACAACGCATCTGCGTGTGTACTGTGTGCTGTAAAATACCAGACACGCTGCGTCACCAGCATCCTTAACTggtttaaatatgtaataaacaaaatcaaataaatcgTTTTAATTTAATATGGTTTAAACAGAATATAGCCTAAACCGTTTTAATACGGTTTAACTGGGCCTACATTCTTCACAGATGTGCAGACCGCAGTGGTGCTGCTGTGGTTGACTTACGAGGCCGCGTATAGGCTCGCTTATACCTTTCTCGCATTACGTCATAAGGCTTCGTGTAGGGTAAAGTGCTGTTGTCATTAGTACAGGGGTACTTTTGCGTGGTCTTATGTGACGGAGCAGAAAAGTTCTTCAGCTCTTCATTCCGTCctcaatgtctctctctctctgggtccTTGACACTGAACACGATTATGTCATCtgaaaaaatggaataaaaagaaaataaagtacaTAATAAAAcgtctgttttaataataaaactgcaACAAATCTGTATAATTTCATATAAGCGCCGTTAGGCTTGGTTGCGCAGGGTCCGGCTGACCCTCCAGAGCTAAAAATAGAACAGACCATTCGTCGAACGAGGCAGACGATAATATGTgctgcacaaaaaaacaataacacatTTCAGAGCTGATAACAAACAGAAGAagaatgttttatttctttttttggtaGTCGAACTACCAAAGATCTGagtcacccaaaagcagccCTGAGTTAATGGCCCCGCGCGTGCTGAGCTGTGTGTGACAAAGCGAGAGTATGTgaagaaccacacacacacacacacacacatacacacggaCTGTAAAGCACTGTGTAATGTTagcacacacacgaacacacaggATCCTGCATGTATGTGCATGTCGAGATGTGGAAaattgtttgtgtgagtgtaatgCGTGCTTGTATGTGTGATACTTGTGATTCGTGACTTTGTGAAGTAGGCTCCTAAAGTTGGTGGTCTCACTCCCCTCTTTCCTTCTGCATTAAAACATCCACTAGTGCCATCATTGTGTGTTTCCAAATATTCATTCATGGACATGATTTATAAGGGTCTCTCATTCATGCAGTTGGTGATACTGCAGAACAACCCCCTCATTCCCAGcattcacactctctctcacacacaaacacacctttCACTCATTCACTAAGGGATATATAAAGCTGTGATCTGTCTATTTTGGCTTCTTTTGCAGTGTAAATTGGACAGGAACCTTGGAGAAGTGAGAAAGAAGTTTCTTCACTGCCATTGAAAGATGCTGTTAGATCTCAGGCCTCACTCATTCAGCGCTTTGCTCATGATGCCCCATCCACTTCATTCACATCTGCCACTatGGACAGATCGTGGGGCCTGAGGAAAAGCACCTGTTTTTCTACTCCAGTCAATGGTATGGTGGCCTTCAACATTTTAACGGTTCTTTACAAAGCTTGTGtgactttattttacttctggTCTTGATTTGTAAGATGTATTTACAGTACTCtgaacatcaaatgcagaaatttattatttatttttcatatttcttCACTTAACTTTGGTGCAGTGACAGCAATTCATATATTGATCGGGTTACTTGGTGATTCATTattaactaaaagaaaggacaCTTGTTAATTTGTCCTTGTTACATTTCCTTTTATTACTGAACTgatagttttttgtttattgtgttttatagcattttatttgttttacatcaATTTATAGCATCAAACATTTACAGAAACATTAGGCATTTCATTATCTCTTCATTATCTCTTTAAGACAGGCGATTATTACCCGTTATTTTAGGCAAAAGACTGTTTTACTTTTTCATTATCTGTCCTGAGACAGTTTCATCTGCCATGCCTGGACAGATGACTGATGGAACTGCATAAGATGTGAGAGAGTTGAGGTTGCACTTTGAGGAACTTTCATCTTTCTTTTGTTGCTGTCTGAACTCTTATTGCAGTTTACAGAAATGATGATGACTTACTGTAGGATAGCAGATTGTTCCCTACAAGCTTGAGCATATGACTCAGGGAAGGTGTGAGGGATGAGTCAGAATCAGGCGGGGTCTAAGGAGGGAGGGGGTACTCTGCTACCTGTTAGGGGGTCCTGTGACGTGACGGGATCAGGTGAACCAGACCAAGACAATCTAAACACTCATcaaacacaataatattgctGATAATGGTAACACTAACAACACACGGAAGCCATTTTAGAGGATCACATATCAGCCATTTGTTGTGTTCAGTCCACTGCCAAAACAGTGTTACTGCAcctattaaatttcattttctatttttccatgctgatattttttataaaacacgCCTTCctgtttctattattattatttttaaactatttaaataatacaaaataaatattttgagttgTGACAAGTTTTAGCTAGACTTCAAAAGCAAACCAGCAAGGGTCATACTTGATAacttgaaaataaattaagaaatgagaataaaataaattaaattaaaaatatatattttctattattaattttaatgactGATGGTCATGTTTCAGTAACATTCTTATTGTATAAATGACTGAATGAGCTAAGAACACTTGGACATTTTGGCACTAATCAATAATGTTTATCCACACAACTATTTAATTTCCACGTATTCTTATTATATAGGACATAAACATAATATAcatatgttaatattaataacaagtctttaaatatttggaaaaaaggAAATCTCATTTCTTTTCATATACCGTACATGGAACATAAAACAGGACACAGCCCTAcgcacaacttttttttttttattactaattcTGAAACAAAGTTGTCGGTGATGCATTCATTTATCACATTATATCATAATCAACTCATTTACACAATCAGAGCTGCTGCAGAGTGGCAGAAGCAGACAAACATGTAATGTGATAGTGCTGCATGCACAAAATTCAGCAGAGACCTTAAGACTAAACTACTA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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU101365 lncRNA downstream 15142 20084429 ~ 20086739 (-) False hsd17b12
TU101362 lncRNA downstream 67122 20032610 ~ 20034759 (-) True G75208
TU101227 lncRNA downstream 229200 19871142 ~ 19872681 (-) True G75106
TU101228 lncRNA downstream 229200 19871142 ~ 19872681 (-) False G75106
TU101207 lncRNA downstream 296911 19804766 ~ 19804970 (-) True G75093
TU101382 lncRNA upstream 25947 20148689 ~ 20151436 (-) True G75223
TU101390 lncRNA upstream 30805 20153547 ~ 20158204 (-) True G75224
TU101400 lncRNA upstream 58408 20181150 ~ 20186487 (-) True G75232
TU101437 lncRNA upstream 150033 20272775 ~ 20276444 (-) True G75265
TU101415 lncRNA upstream 155734 20278476 ~ 20284642 (-) True G75243
XM_007244252.3 mRNA downstream 1632 20084428 ~ 20100249 (-) True hsd17b12
XM_022672295.1 mRNA downstream 20546 20074123 ~ 20081335 (-) False alkbh3
XM_022672294.1 mRNA downstream 20548 20073506 ~ 20081333 (-) False alkbh3
XM_022672304.1 mRNA upstream 69783 20192525 ~ 20206698 (-) False LOC103045029
XM_015604527.2 mRNA upstream 69783 20192525 ~ 20200987 (-) False LOC103045029
XM_015604526.2 mRNA upstream 69783 20192525 ~ 20200984 (-) True LOC103045029
XM_022672308.1 mRNA upstream 120624 20243366 ~ 20253823 (-) False LOC103029688
XM_022672307.1 mRNA upstream 120624 20243366 ~ 20253823 (-) True LOC103029688
TU101364 other downstream 1631 20087418 ~ 20100250 (-) False hsd17b12
TU101358 other downstream 69854 20027162 ~ 20032027 (-) True G75207
TU101215 other downstream 235899 19859694 ~ 19865982 (-) True G75100
TU100809 other downstream 1028993 19070938 ~ 19072888 (-) True G74838
TU100745 other downstream 1161417 18939174 ~ 18940464 (-) True G74791
trnat-agu_2 other upstream 773361 20896103 ~ 20896176 (-) True trnat-agu_2
TU101746 other upstream 1147387 21270129 ~ 21273017 (-) True LOC111193105
XR_002650263.1 other upstream 2333589 22456331 ~ 22513724 (-) False LOC103024007
XR_002650267.1 other upstream 4061827 24184569 ~ 24188202 (-) True LOC111193112
TU102973 other upstream 4791556 24914298 ~ 24920365 (-) True G76377