RNA id: TU103094


Basic Information

Item Value
RNA id TU103094
length 2800
lncRNA type inter_gene
GC content 0.43
exon number 7
gene id G76438
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035904.1
NCBI id CM008307.1
chromosome length 27092187
location 25207830 ~ 25213026 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

AGGAGTTTAATGACTAGCATCTGCAAACATGTAGTTAAAAAGTCAAAATCCACTTACCTGGGAGGAATTTTTCATTTCTGTATGTACAGACACATTGTGGTGGTGTTGTTGTTGAGATTAACTCTGTAGTTGATGTTGGAGTAGTACTGCTCGGCATGGTTAGTTTGGTCGTAGTGATCTCTGGGGTAGTTGAAGAAATTTCTGTAACTGTTGGTGTTGAGCTCTCTATGCTCCTTGTTGTTGTTGGGGGAACTACAGCTGTTGTTGTTGACTCTGGCTGAGTTGATGATGGGGGGATCTCAGTTGTTTTGGGTGTTGTTGGAGGCACTGGAGTAACAGGTGTTGTAGAAATAATTTTTGTGACAGTGGGTGTTGTTGTTTCATTGACTTGTGGTGCGCTTGAGGGGGTTGTTGTCTGGACAGGTTGtgtgattatattttctgtggtACGTGATGTTACTACAGTTGATGGAATTACCTTTGTGGTTGTGGTTAGTGTTGGTGTTGAGCTCTCTATGGTAACTGTTGTTGTTGGGGGAACTACAGCTGTTGTTGTTGACTCTGGCTGAGTTGATGATGGGGGGATCTCAGTTGTTTTGGGTGTTGTTGGAGGCACTGTAGTAACAGGTGTTGTTACAGGTGTACTTCCTGTGACAGTTGAAGGAGAGACAGTTACGGTTGTAGTGGTCACTGCTGTAGTTGATTGACTTTCTGTTACTGTTGTAGTTGAGCTCTCTACGgtaattgttgttgttgtaggaactgctgttgttgttgaCCCTTGCTCAGTTGATGTTGAGATTAACTCTGTAGTTGATGTTGGAGTAGTACTGCTCGGAATGGTTGCTGTGGTCGTAGTGATCTCTGGGGTAGTTGAAGGAATTTCTGTAAATGTTGTAGTTGAGCTCTCTATGCTACTTGTTGTTGTTGGGGGAACTACAGCTGTTGTTGTTGACTCTGGCTGAGTTGATGATGGGGGGATCTCAGTTGTTTTGGGTGTTGTTGGAGGCACTGTAGTAACAGGGGTTGTTACAGGTGTACTTCCTGTGACAGTTGAAGGAGAGACAGTTACGGTTGTAGTGGTCACTGCTGTAGTTGATTGACTTTCTGTTACTGATGTAGTTGGGCTTTCTATGGTAGTCGTTGGCGGAATGATCTTTGTTGTTGTGGGTGTTGGGGTGGTACTGGGCGTTGATTCTGTTGTTGTTGTGCAATGTGGATTCTGAGAACAGCATTTGACTCGTATTTCATAATTATAACATGGTGGTCCCATCTGATCATTGTTTTTACAAATGAGACCATCATCAACATTACATGTCACCTTTTGACCCAACTCTGATAAAGTCTTGTCCGTGTATTCTTTAGCACGACATTCTATCTTTTCTCGTACCTCACAGGAAATGGTGTTTGCTTCGAAAATGGCATTTACAGATTCGgtctcacctccaccatcattTCCAGTATAATTAGGGTAATTGTTATCAAACCAATTTGTCCATCTGCATGTTGAGCAATCAGATATTGGAGTAGTACTGTTCGGAATGGTTATTTTGGTCGTAGTGATCTCTGGGGTAGTTGAAGGAATTTCTGTAATAGTTGTAGTTGAGCTCTCTATGCTCCTTGTTGTTGTTGGGGGAACTACAGCTGTTGTTGTTGACTCTGGCTGAGTTGATGTGGGGATCTCAGTTGTTTTGGGTGTTGTTGGAGGCACTGGAGTAACAGGTGTTGTAGAAATAATTTTTGTGACAGTGGGTGTTGTTGTTTCATTGACTTGTGGTGCGCTTGAGGGGGTTGTTGTCTGGACAGGTTGtgtgattatattttctgtggtACGTGATGTTACTACAGTTGAAGGAATTACCTTTGTGGTTGTGGTTAGTGTTGGTGTTGAGCTCTCTATGGTAACTGTTGTTGTTGGGGGAACTACAGCTGTTGTTGTTGATTCTGGCTGAGTTGATGATGTGGGGATCTCAGTTGTTTTGGGTGTTGTTGGAGGCACTGTAGTAACAGGGGTTGTTACAGGTGTACTTCCTGTGACAGTTGAAGGAATTTCTGTAATAGTTGTAGTTGAGCTCTCTATGCTCCTTGTTGTTGTTGGGGGAACTACAGCTGTTGTTGTTGACTCTGGCTGAGTTGATGATGTGGGGATCTCAGTTGTTTTGGGTGTTGTTGGAGGCACTGGAGTAACAGGTGTTGTTTTGGGTGTTGTTGGAGGCACTGGAGTAACAGGTGTTGTAGAAATAATTTTTGTGACAGTGGGTGTTGTTGACTCTGGCTGAGTTGATGATGGGGGGATCTCTGTTGTTTTGGGTGTTGTTGGAGGCACTGGAGTAACAGGTGTTGTTACAGGTGTACTTCCTGTGACAGTTGAAGGAGAGACAGTTACGGTTGTAGTGGTCACTGCTGTAGTTGATTGACTTTCTGTTACTGATGTAGTTGGGCTTTCTATGGTAGTCGTTGGCGGAATGATCTTTGTTGTTGTGGGTGTTGGGGTGGTACTGGGCGTTGATTCTGTTGTTGTTGTGCAATGTGGATTCTGAGAACAGCATTTGACTCGTATTTCATAATTATAACATGGTGGTCCCATCTGATCATTGTTTTTACAAATGAGACCATCATCAACATTACATGTCACCTTTTGACCCAACTCTGATAAAGTCTTGTCCGTGTATTCTTTAGCACGACATTCTATCTTTTCTCGTACCTCACAGGAAATGGTGTTTGCTTCGAAAATGGCATTTACAGATTCGgtctcacctccaccatcattTCCAGTATAATTAGGGTAATTAGTATTAAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU103032 lncRNA downstream 80914 25119923 ~ 25126916 (-) True G76421
TU102994 lncRNA downstream 247896 24952843 ~ 24959934 (-) True G76388
TU102987 lncRNA downstream 261148 24937194 ~ 24946682 (-) True G76385
TU102988 lncRNA downstream 261148 24939594 ~ 24946682 (-) False G76385
TU102976 lncRNA downstream 270768 24934391 ~ 24937062 (-) False G76378
TU103118 lncRNA upstream 23428 25236454 ~ 25238013 (-) True G76453
TU103285 lncRNA upstream 316798 25529824 ~ 25564430 (-) True G76570
TU103294 lncRNA upstream 383399 25596425 ~ 25596663 (-) True G76579
TU103301 lncRNA upstream 399099 25612125 ~ 25615351 (-) True G76585
TU103316 lncRNA upstream 423946 25636972 ~ 25645157 (-) False G76590
XM_015601831.2 mRNA downstream 106730 25013293 ~ 25101100 (-) True LOC103023960
XM_022672406.1 mRNA downstream 409218 24791192 ~ 24798612 (-) False LOC103025724
XM_022672421.1 mRNA upstream 69763 25282789 ~ 25301768 (-) False rab3il1
XM_022672420.1 mRNA upstream 69763 25282789 ~ 25301768 (-) True rab3il1
XM_022672422.1 mRNA upstream 69763 25282789 ~ 25296378 (-) False rab3il1
XM_022672423.1 mRNA upstream 69763 25282789 ~ 25296377 (-) False rab3il1
XM_007235184.3 mRNA upstream 104100 25317126 ~ 25327553 (-) True mpi
TU103036 other downstream 23361 25184209 ~ 25184469 (-) True G76424
XR_002650272.1 other downstream 257808 24949044 ~ 24950022 (-) True LOC107197705
TU102973 other downstream 287465 24914298 ~ 24920365 (-) True G76377
XR_002650267.1 other downstream 1019628 24184569 ~ 24188202 (-) True LOC111193112
XR_002650263.1 other downstream 2694106 22456331 ~ 22513724 (-) False LOC103024007
XR_002650273.1 other upstream 75824 25288850 ~ 25301768 (-) False rab3il1
XR_002650274.1 other upstream 76856 25289882 ~ 25301768 (-) False rab3il1
TU103672 other upstream 1650388 26863414 ~ 26868817 (-) False LOC103031319

Expression Profile