RNA id: TU94935


Basic Information

Item Value
RNA id TU94935
length 3773
RNA type TUCP
GC content 0.36
exon number 6
gene id LOC103042548
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035904.1
NCBI id CM008307.1
chromosome length 27092187
location 794712 ~ 840214 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

tttaagcgacaatagtaaggaacaagggtgtcgcaatgttttcatttttaaatcagcAGGTTTTGCTGCTGGGGgcgtttaaataaacaaaactgtaattcttaaaaaatatatattttaaagtcaaacaagtgctggatgttaatctacacagatttatctcctgaaaactgtttattaagCTCCTCACCTGCAGACAGACTCACCTCCAGCACCAGGACAGTCCTGATCCAGACCAGAACATCCTCACCAACATGAACAGGATCCTGCTCAGCATCTTCGCAGTGGCACTCTGCTTCTCAGTGGccCACACTCTGCAGTGCTATAAGTGCACTCTGGGTTTTTGGGATCTGTGCGTGACCTCTAAAGAGACGTGTAACGGTGATCAACAGTGCTTCAGTGGAGTCGGAAAAGCAGTTGATGTTGTTAAGGTGAAGAGTAAGGGATGCCTGCCTGTGGGCCTATGCAACAAGACAGCCCCGGAGACCCTCCTCACAGTTTCCTACAATGTGACCAAGACATGCTGCAACACTGACCTGTGTAACTCCGCCTCCGGCCTGTCCATCAAAACCCTCACACTGGCCCTGACCTCCCTTACCTCAGTCCTCATCGCCAAGGCCATGGTGTGAGGGGCACCAGCTTatactacatacacacatacatatacatatatacatatagacatatataaacaagtacagtactgtgcaaaagtctcCTTTACAAAAGTCCTAAGACATGTAAGAAacgatttttaaatttttatatttggACATACTTGGATACCATAAAATTTAATACTATAATAACcaataaactgtgattattatGTGAGCTAGGTTGGGTTCAGTTGGGTTTTAGCTCTGGGTGGGTTTGTTGTACTGTGTATATGTTTCTACTGAGACCCAGATTGGCCATCCATAAGAACAGTAAATGTACAATGCAAATGGTACCATGTTTAACTTCCACCAAATCTGGTTCCATCACATCTGGTTGGTGTCAGTAGGTTTAATACTAactaatagataataaaataaacaacatactgtatataaccaCTGTTctgagagtgtgagtgttttAGCCTCCAACTTATCTCAATCATGGCCAATTGATATTCCCAATTTCTATCCAGTCCCCAGTCCGTcattaaaacaaatcataagTAAGCTGCTGGTGGAACTGAACAAATCCATGCATACAGTACCTGAGAATGTTCATTGAGAAAGAAGATCAGAACCCAAATCTAGTTTCTTCTAAATGTCCAGTTTTTTCTAACGTCAAAATAAGAGCATGGGCTACAGGGTTTCCTGGTGTGTTTTTGAGGTAGGTATGGGTTTTCAGTGGGTTTGTAAATGTGTTCTTCCTGGGACCTAGTTGGGCTTTCCAAATAGGACTCTATGAATGTGGACAGACCAAAATACTAGAAACTGGAGGTCAGATTTCCATTTTAACAACACTTTTTGAATCACTCATAAAAGCCGAAGAAAAAAAGCCATAAATATTTTATAGCGATTGgcaaaatacataatttttcagcttgttttggcTGCTGctcttgcgcagatctccacatcagCTGGAGCTTCTCATTCGAGCATGCTAAACCTCGTCCTTCACTCTTTTGGCTCAACCAGAAAGCTGATTGGTTCTTTTTGTGTTtggctactgcacttgcgcaTATCTCAACATCAGGTAGATCTTTTTATTCGAGAATACTAAGCATAGGCTCACATCTCTATGAATGGGGATTGACCAAAAAAAGAATTTCTAttttcataaaacattttttaaatcactcaTAAAATCTGATGATAAAAATCTCATAATTATTTTATAGTGATTggcaaaatacacatttttcagCTCGTTCTGGCTGCTGCTCTtacgcagatctccacatcagCTAGAGCTTCTCATTCGTGCATGCTGACCCTCCTCCTTCACTCTTGGCTCAactagcaagctgattggctctttttgtggTCTGCTTGTTAATATTGTCTCTAGTACAACCCAAACAGGGCCCAGGTTCCCCGATTTCTGATCCCATCACTGACCTAGATGGGGCTAATGAATAATATCTATATATGAGGCCAATATTTAACACATGTACCTGTGAATTCTCATTTTATCCACAGTTTAACACGTTAAAACACTCACTTCAaagttttaaaccattttattgGCTacgtttgcacagtactgtagatTTAAAATTCAtcaaacatgcacacactgtCACAGATTTATTCAAATTAATTGTATTTCTTTATAATGTATCACACAGGCACAAAGGTGAAGTGCCACACATTGCCAAATAATGCCAAAGATGCCAATTGACTAGTCCATACCtggatttatttgtttattatggATGAATAAAAGGGTGAATTATGTTTTATCACTTTTCTTTGCTTGCATTGAATTCAGTAAAATGCTGTAGCTCTTCTTAAAGATTGTGTGAATGATTAGAACAATTTTTAGCCTAAACTCAACGATAACAGATAAAATTTACCATAAATATAGAGATATCCTATTGAGCTTCAGGCAAAACCAAATCAATTCAACATTCGTTTGCATTGTTTGAAGTGATCAAATCAGCCACCATCTATAAAACAGGAAAACTGGCAAATTATTGGatctaaaactaaagaaattcAAATTTTCTAATGAACTATGTTTGGaattcattatatattaaatcTAGAAAATTGACAACTTGAAAATGTTCTTTTACAATGATAAgagttaattttacattttagaattaattctaaatttaaaatgaaattgtggtttaaattgaaaaaaaaaaaagaattagttTTGTATTTGGATACGTGTTGAAGAATGTATACATGTAGAAGAAAGTATgaaagtggctcagatctgatttaaaaCTCCAACATCATTTCAGTGAAatcctgtatgtattttttttttaatccaatggtgttttttttttgttttgtttttttgtaagtgaaatgttttaaaagcctTTAAGCCAAAGTACACCTGCAATATTACTTGtgcttttttcccctttattttattattattatatgtttttttaagatagGGGGTTCTTTCAGCATTTAggtaaaatttatatatatataaataatatgataAATGTCGTCTAGAATTTCAACGAAAACTCTGTAAGATCATGAGAAAAAAGGAACAGGGTGCTTGAGATGATGTAAGTTACGTAATTCCAGTACGTAGCTCAACTGATCAGGTGCTACATGGTGTTGCGAGTTCTTTCAGTATCATGGTAGATGGATAAAGAGAGTATATTTTTGTGAACAGTGATGTTAATGTATGTGGGAGTGATGCAGTTTTAATGACTTTCTTATCCTAAGCTAAACGTAAGCTAAGCCAGATACTTACACTTCCAATATTGCAAGATTTTTGAGGAACTTTTATTGTGAAGAATCACCTTTTAAACATTTCCTCCACAGTTTCAAACTGAGGAACTTCCAAAAGGTCATTGTAAGGTCTTGTAATTTTAGCAGTGTAGGAACACTTTTATATACATAAAGAGTTCTTAACTTACTATATGATAGTGAtctgcaaaaatgttttataattccTGGTCTAACATTTCTTGTTATTTGAATTGAGTTGTTAAAAATGGTCGCTGTACTCTAATCTGTTGGGACTGTTTTGATTTTTGCCAGAATAAAACTGCCACTATTAAAGAAATTGACACAATCTTATGGTATTCGTGGCTTCACTCATGTCTTTGTGTACAGGGgttggct

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU94919 lncRNA upstream 12975 741336 ~ 781737 (+) True G70345
TU94931 lncRNA upstream 24945 768928 ~ 769767 (+) True G70355
TU94926 lncRNA upstream 92226 700571 ~ 702486 (+) True G70351
TU94899 lncRNA upstream 263737 502689 ~ 530975 (+) True G70330
TU94897 lncRNA upstream 302128 492343 ~ 492584 (+) True G70328
TU94947 lncRNA downstream 23307 863521 ~ 937620 (+) True G70366
TU94941 lncRNA downstream 72839 913053 ~ 914183 (+) True G70361
TU94957 lncRNA downstream 110693 950907 ~ 957398 (+) True G70372
TU94958 lncRNA downstream 132676 972890 ~ 974277 (+) True G70373
TU94959 lncRNA downstream 138349 978563 ~ 980212 (+) False G70374
XM_022671936.1 mRNA upstream 16706 640691 ~ 778006 (+) False LOC103036550
XM_022671937.1 mRNA upstream 16706 640691 ~ 778006 (+) False LOC103036550
XM_022671939.1 mRNA upstream 16706 714556 ~ 778006 (+) True LOC103036550
XM_022671935.1 mRNA upstream 384490 404610 ~ 410222 (+) True LOC111193065
XM_022671897.1 mRNA upstream 473776 318527 ~ 320936 (+) False LOC111193042
XM_022671940.1 mRNA downstream 4811 845025 ~ 854055 (+) False LOC111193067
XM_007239720.3 mRNA downstream 27695 867909 ~ 877404 (+) True LOC103042240
XM_022671941.1 mRNA downstream 59680 899894 ~ 912522 (+) True LOC103041930
XM_007239718.3 mRNA downstream 117206 957420 ~ 972843 (+) True LOC103041625
XM_007257743.3 mRNA downstream 1248706 2088920 ~ 2098019 (+) True lrrtm2
TU94834 other upstream 475054 317331 ~ 319658 (+) True LOC111193042
TU94937 other downstream 4838 845052 ~ 855158 (+) True LOC111193067
TU94981 other downstream 165269 1005483 ~ 1005838 (+) True G70385
TU95147 other downstream 428553 1268767 ~ 1269404 (+) True G70522
TU95246 other downstream 1518669 2358883 ~ 2359229 (+) True G70604
TU95561 other downstream 2537470 3377684 ~ 3378610 (+) True G70846

Expression Profile