RNA id: XM_007228191.3


Basic Information

Item Value
RNA id XM_007228191.3
length 5292
RNA type mRNA
GC content 0.43
exon number 13
gene id amfr
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035904.1
NCBI id CM008307.1
chromosome length 27092187
location 14776711 ~ 14786908 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

CTCTTGTGTAAACAGCGGAAGAGGCTCGGGTTGCGTCAGCAGCGCCGgaaaagctgagagagagagaaactccGAGAAACAACTGGAAGACTggagcagacacacacagagacgaACACAGCGGACCCCGGGAGTCCTGTAGTTGTAACACAGCCTGCACTACAAGTTCTGTTCGGACATTTGTGGGCGAACTCGGCCTGAAATAGTCCCTGACGGCATTTCCCCCTGACTGCCTGAGTTCGTATTAATCCGCTTAAGAATATTACTGACATTACTGAGAGGCGAGGCTTCAGCTGGAGCGGTGAGCTATAGCCCTGCTGgctttagcctgttagcttctCTAGCTAACTAACCTGTCTTGCTGGAGACCACAGGCACTGCCAGTGAAACTGTAGCTATTGTTAAAACATTTGCCCGCTCTGAGATCTGTAGTAATGGAATTTAAAACcgagaaaagcagaaaaatgcATGTAACCTAGCGTTAAATAGTCTAGTCTAGCTAACGTTAGTCGTTTTCACTGGTGTCTTGTGTTGTTTACACGTAATGCTAAACcaactagcttagcttagctaacagaCAACACGTAAGCTAACCTAGATTTTGATAGCTAGCTGTCAggctaagctagctaggttagctttcCCAATTCTAAGTTCTAAGGACTTGTGACAGCACAGAAACGAATTTGCAACTTGCTAGCTaattatttagctagctaaggtTACCTAGTGTCTAGGTAACCTATCTAACGTTAACTTACCTTACCTGTCTAacttatatatctatttaaccTGGTAGCTATCCAGCTTCACAGGGTTCGTGCCGTGACCTGAATCCTAAATAAAGCTTGTTAAATAGCCAACTAGGCCTGCTAAATAACTTggttaactaattaactatttAGCTAAACTATATCTAACGTTATAGAAGACGGGAGCTCACAGTACTGCTCCCACCCCATTTCATCATCAGTGTAAACATTTCAGTGTAAACACAGAAAGCCTCTCTGTAGATCCCTCTCTTTATCTGAAGACGTGCACACTGGACAGTCTCGCCATGCCCCTGTTGTTTCTGGAGAGGTTCCCCTGGCCCAGCCTGCAGACCTACACTGCGCTTAGCACAGTCCTGCTCGCTGGTTCGATCCTCAGTGCCTACACCGCTGTAACCCAGATCCCAGAGCCCGCAGCTCCGGTAGCAGAGGACGCCCGGACCGAGCCCATCGAGGACAGTAAAGCTGATCAAGGAGAGGCCATTGAACATGTTGCCTCTAACGTGTTGCTGTATCTCATCGCCGACAACTTATTCGTCTGGGTGATGGTGAATACAGCATGCTGTGTCCTCATGCTAATCGCCAAGGTGATCCAGTGCATTGTTTTTGGTCCTCTGCGGGTCAGTGAGAAACAGCACTTGAAGGACAAGTTCTGGAACTTTATCTTCTATAAATTTATCTTCATCTTTGGAGTGCTGAATGTGCAAACAGTGGACGAGGTAGTGCTGTGGTGTTTGTGGTTTGCTGTACTTATCTTCCTTCATCTCATGGTTCAGCTCTGTAAAGATCGGTTTGAATATCTGTCATTCTCCCCAACCACCCCCATGAGCAGTCATGTGCGAGTACTGGCCTTGCTAGTGTCCATGCTGTTGTGCTGTGGAGGCCTAGCTGCGCTCTGTGGCCTGGTCGGACATCTTCATGGCATGCATACTGTTGCATTTATGACAGCTGAGTGTTTACTTGTTACGGTGCGCACTGGACATGTTATTATAAGgTACTCTATTCACCTGTGGGACCTGAATCATGAGGGGACTTGGGAGAGCAAAGGCTCTTATGTCTACTACACTGATTTCATTATGGAGCTTGCTCTTCTCTGTCTTGACCTGATGCATCATATTCACATGTTGCTCTTTGGGAATATCTGGCTGTCTATGGCCAGTCTGGTGATCTTCATGCAGCTGCGCTACCTCTTCCATGAGGTGCAGAGGAGAATCCGCCGCCACAAAAACTACTTGCGTGTTATTGACAACATGGAGTCCAGGTTTGCAGTGGCAACCCCAGATGAGCTGGTTGCCAATAACGATGACTGTGCAATCTGCTGGGATTCAATGACCTCAGCACGGAAACTGCCCTGTGGACACCTCTTCCACAATTCATGTCTGCGCTCATGGCTGGAGCAGGACACCTCCTGTCCAACGTGTCGTATGTCACTGAATATCAATGAgggtggaagagagagagaagagggccAGAGAGCGCAAATAGATGACAACATGGCTGCAGGACCTGGGGCTGATGCCAGGCCTCACCTCAACCAGCATAaccatttctttcattttgatGGTTCTCGAATTGCTAGCTGGCTTCCAAGCTTCTCTGTGGAGGTCATGCATACAACCAACATCCTGGGCATTGCACAGGCCAACAACTCTCAGCTCAACACCATGGCACATCAGATCCAGGAGATGTTTCCCCAGGTTCCTTATCACTTGGTCCTGCAAGATCTGCAGCTTACCCGCTCTGTGGAAGTCACCACAGATAACATATTGGAGGGCAGAATCCAGGTGCCCTTCCCTGCTCAGCCTGTGGAGCGGACACCCATACAGTTAAACTCATCCCCAGATGAGTCAGGAGGTGCCAGTGGTGGTCCAGAGGTTCCAGCTGCAGAGACCGAGGATTTTGAAGTGCGCGGAAGTCGCTTTTCCAAGTCTGCTGATGAGAGACAGAGGATGCTACTGCAAAGAAAGGAGGAACTGCTGCAGAGAGCACGCAGacgcTATCTGAACAAAAGTTCTGGAGAAGTAGTCACCTTTAATTCAGCTGCTGACACTGCCTTTGAGGGTGACGATACCTTACCCTCCCTGGAGGATGAAGACTCCACCTCGGACTTTGTGACTGTGCGCCGCAGGATGCTAGCAGCTGCAGCTGAGCGGCGCATGCAGAGGCAGCCAGACACGCCACTCTGAAGTGGGACAGCACCTTTGTGCACATCCAGCTCTGCCTCGCTCAACCCTGTCAAGGCTGACATGGAAAAGACCTCCTGGTCACCCTCATCTCAAGTCAAGCAAAATTGTGCATGACACTTGCTTGTGCCGTGATACAGCCGAGCCCAGCAAGCTAGGTAAACTTCAGCAGCTCGGTTGTTTCTCAGATAAGTTTCAGTGTCTACTCAGTCTTAACACTTATCTATATTGCACAATGTTAATACGTGACACACCAGCTTCGCTGTGCTCTGCAAAAAAGTCTATGCATGTGTCATTTTAACCTTTTCCAACGTTCAGTCTATTATCTGCCCAATCATGGGCTTATTGCTGTACATTcctttatatgtaaatataaaggAACTTGGTGAACCTTGGGACAGAATTGTAAACCCAAATCCTGGCGGTTCTTCAGAGTCCGCTTGAAGAGTCTTGTCTAAAGTGGGCTATCTGAATAGCAGGCAGCAAACGCTTTTGGTGTAGGTCCTCAGTAATGCAAGCATtacattgtatttgttttaatttaggaATGTttcatataaattatttttagaatcaaaaatgtattaaattcacCTTTGATTATTTTAATCTAAAGCAATATCTCATGCTATCATTTTAAAGAGCTAGTTTTATTAGACATGGGCTGTATTCAATGGTCAGCTTCCTCCATGTCCAAGTACATGCTGAAATGATGACTTGTTATTCACCTCCAGAATTGTTGTGATTTTTCATGATTCAGATCCTTAAAGCTTGTGGACTTCTGGGCCAGAATTAGAAACGTAATTTGCTTTATGGATTAGGCTTTACTAATACTACCAGCACATTATAGAGCTGTAGGCATTGGTGTGCTGTTTTAAAGACTACTGAAATTATTTGAATGCCTTTAGTCTGATCGCAGTGCAAATTTCTGGTGTTACGAAGATGCAGACCGGCAGTTACAGACAGTTAAGGCTTATCGTCTTGACTAGCcttgctctttttcttcttgGAAACGTGtgcaaaaaaacttttactttactttctctAACTGTTTGTCAATGTTACACTATTCAGATGTATTTTGGCATTTATAATTGCATTTGTTTGTGTTCCCTTCAATTATTTGTTGTACTGTAGACATAATTGGGTGGAATGTTTCTGTGCTCCACGTTAGTGCTGTTTGTTTTGTGGTACATTTAAAGATAAAGTGAGGCAAGATGCACACAGTTGATTGGAATGTTTGGAGGTGAGTTATGAAAAACATAATGCTTTTGAAGAAAATCCCATTTAATTTGGATTTTTCTTCAACAATTGCTACAGATGGCAGTTTTCTCACTTAACTTGATGCCTAAAAATGCTTATGTTTTTTGCTTCTTAATGAGCATTAATTCAGTTATTCTAACTTAATAATAACCTTAAGCAATACTGAATGTTAAATCAAATCAGATTGAAGGTTTATTCTAAGGTCATTTTGCATGTTTTCAGTCGCAGTGAGTTGAGTTATGCAGGTTAGTGTTATAACTTTAAGAGCAGCTCAAAGGTAGAAAAAGCCCAATTTTCATAATActagtatattaaattattattgttttaaactgAGTGAAAATATTTACTGGGTGATGCAAGATGCAGAGTCACTAACCAGCTACACTTAACAAGAAATGCTGACTACAgcattgttttcttttgttttgtttcagaaTGAGTAGAGAATTTTAAACTGGTCTTGTCTGTGTAGTGATGTGCAGTCACTACTGTTTTACACTGTGAACCTATTTtatcaaatgtgtttttttgtttttctcatttCACAATTACCAGCCactttctgttctttctttcaatttgttcttttctttctttcaatttGTTCATCTTGCTGCCTCTCTTCTATGCATGGAATATCACTGTTTGTGATGTATCTGTCTTATCTTTCTTAAAGTATTCCCAAAGACTGTGTTGGTACCTGAGGTAGGAGGTTGTGATAAGTGTTTCTAACGAGTTCATGCAGCTCTTTCATTCCAGGTCACATCTTCTGGAGCTATAT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Function

GO:

id name namespace
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity molecular_function
GO:0008270 zinc ion binding molecular_function

KEGG:

id description
K10636 AMFR, GP78; E3 ubiquitin-protein ligase AMFR

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU99198 lncRNA upstream 99917 14675873 ~ 14676794 (+) True G73566
TU99158 lncRNA upstream 129149 14646443 ~ 14647562 (+) True G73532
TU99150 lncRNA upstream 138158 14637947 ~ 14638553 (+) True G73527
TU99154 lncRNA upstream 157387 14614418 ~ 14619324 (+) True G73529
TU99136 lncRNA upstream 231198 14542198 ~ 14545513 (+) True G73514
TU99239 lncRNA downstream 57537 14844445 ~ 14844664 (+) True G73598
TU99411 lncRNA downstream 336964 15123872 ~ 15126987 (+) True G73710
XR_002650246.1 lncRNA downstream 399341 15186249 ~ 15187955 (+) True LOC111193097
TU99416 lncRNA downstream 401987 15188895 ~ 15189386 (+) True G73715
TU99417 lncRNA downstream 401987 15188895 ~ 15189386 (+) False G73715
XM_007228183.3 mRNA upstream 1507 14757323 ~ 14775204 (+) True LOC103030248
XM_007228184.3 mRNA upstream 1507 14757323 ~ 14775204 (+) False LOC103030248
XM_007228185.3 mRNA upstream 22181 14745268 ~ 14754530 (+) True dus2
XM_022672172.1 mRNA upstream 139638 14627212 ~ 14637073 (+) False LOC103027493
XM_007228173.3 mRNA upstream 139638 14627214 ~ 14637073 (+) True LOC103027493
XM_007228188.3 mRNA downstream 1859 14788767 ~ 14797233 (+) True LOC103031607
XM_007228189.3 mRNA downstream 1859 14788767 ~ 14797233 (+) False LOC103031607
XM_007228190.3 mRNA downstream 1859 14788767 ~ 14797233 (+) False LOC103031607
XM_022672174.1 mRNA downstream 1859 14788767 ~ 14797233 (+) False LOC103031607
XM_022672173.1 mRNA downstream 1859 14788767 ~ 14797233 (+) False LOC103031607
TU99159 other upstream 127160 14648829 ~ 14649551 (+) True G73533
XR_002650241.1 other upstream 1878780 12871484 ~ 12897931 (+) False LOC103043719
trnar-ucg_4 other upstream 2173287 12603352 ~ 12603424 (+) True trnar-ucg_4
TU97933 other upstream 4694571 10078579 ~ 10082140 (+) True G72621
TU97487 other upstream 5627292 9142899 ~ 9149419 (+) True G72281
XR_002650242.1 other downstream 104626 14891534 ~ 14921003 (+) False rpgrip1l
TU99974 other downstream 1499768 16286676 ~ 16288329 (+) True G74169
TU100573 other downstream 3667943 18454851 ~ 18455197 (+) True G74649
TU100801 other downstream 4295908 19082816 ~ 19085556 (+) True G74832
TU101007 other downstream 4741083 19527991 ~ 19533073 (+) False LOC103044129

Expression Profile