RNA id: TU17895


Basic Information

Item Value
RNA id TU17895
length 6206
RNA type TUCP
GC content 0.37
exon number 6
gene id LOC103035686
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035898.1
NCBI id CM008301.1
chromosome length 34292151
location 23784471 ~ 23853298 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

ttcagtggagtggctttactgctccttaatacctgactgatagaattcatacataaggagcaccggattataaggagctctgatgattttggggaaaattaaaggattttaaatgtgcgtatagtctgaaaaatacagtactgcaGTCCTGAACGGTTCTTTTACCTATACTACAGACGGGGCGACCAGTATGGATTTGCCTCTGGCTTCGAGGTTGAGAAACCTGAGGAAATCATCCAGAGAGTCTGTGGGCGTCTACAGGTCCGCTATACATGGGCGGGGTCTGTTCTGTAAAAGGAACATTGATGCTGGAGAGATGGTGATTGAGTATTCTGGGAATGTCATTCGCTCTGTTCTCACTGACAAACGGGAGAAATACTACGATGGCAagGGAATCGGCTGCTACATGTTTCGCATCGACGACTACGAGGTGGTGGACGCCACCATGCACGGCAACGCGGCGCGGTTCATAAACCACTCCTGCGAGCCGAACTGCTACTCCCGCGTGGTCAATATTGACGGTCAGAAGCACATCGTCATCTTTGCCATGCGGAAAATCTACAGGGGCGAGGAACTGACGTACGATTACAAGTTCCCCATCGAGGAACCAGGCAATAAGCTGCCTTGCAACTGTGGGGCCAAAAAGTGTCGCAAGTTCCTCAATTAACTAAAAACTCCTTTCtgattttcttctttttttttttttgtttgttttttttttaattttgtagaCCTCGTTTCTCCTTATTTCCTCTTCCTTCCTCCCTTCCTTCCTCATTTTCTTGCTTCTTtccttttgcattttttttttttactattccaAAGACTGAAGCCGCCATAGCTTTTTCCCATAAGAGTGCAGTCCACCAGTAGCTCTCATTTTTGCCATTCCAAGTTCCAAGTCAGTCATTGTTAAAATTACAattgcgagtgtgtgtgtacagtcaGATTAAGCCGTAAAACgctgtaaaaaatgtgtaaaaacgcGTAGAAAAATAGTCATAAGTGCTCATCTGTTGAAATGGCATGTCTCCCCCATTGCCAGCCTTAATATCACACCGACAACAactaaacataaacatacaaaAGCCCCTTTTTGGAATCTCTTACAATCTCTTACAATAAAGTGCAACTGTCTCAAGGGGAGAGgggaaaaaatgcaaaatatatatacttaaataaaaaaaaaacaagatgcctaaaatacaaaattttacatttaagcaaCTGGAAAAAGTCCCAAAGTTTACCCcatctattttattattgtataaatattttcaTAGATATCAGTTTAAACCCAAGGAATTTGCCACGGAGGCTCGCCCTCGAAAACTTTTCTTGTAGAAATGagagaaatataaaaagcactatatCTGGAGGAATGAAGGAAAGGCCCTCATTCTCCCCGTCTCGTGCACTGAACATCAGTCTTCTTCCCAGCTCGACACATGTTGCCTTGGCACTGCATGGAGGTTCCAGCCAGCCATTCGAAGCACACGACGACGTGCTGCTCATTCGTACCGTTTCCGTTCTGCAGTTTTAGTCCTCCCTGTTGTTCCTGTTCGGGCAAAAATTCAACGATTCAACTTTTAAACGTATTGTTTTAATCCTGATTCAGTATGTAGAGCAACACTTCTTCTCGTAGGCCTACATATATACGATGTATGGCTGTACTGATATATGTGTATACAGATTTTTCCTCCTTGGATGGCTGTcctgtatttctttataaaaacaGGTGTGGtgccttctttttttaattgttaatcctttttttattatttatttatttttacgtttTGGCCATTcgattatttgttttttctattcgcggataaaaataaaataaaatcaaaaaattACGTAACGTGTAATGTATGTAATCTGTAACGTCACCGGACGATCCAGACGATGAGACGCTTCACGCTTTGAGAGCGTAGCCAGAACTGtggcctttttaaaaaataaaaaaagattataaaagtataaaagtcaAAGCTGCTGCTCTGGAACGAAACTGCGAgagttcatttttttaaatgcatgttgAAATGggtcttaataataataatgttggtTAAGGTTAAAGCACTCGACCTCGTTGCGTTTAATTTGCATCAGTCtcttaaagaagaactctggtataaaagtgatttttggtgtttggtgtagtaaaaaacatgataaagagtactactAATCTTTATctgttgaatagctcacctccgctctcctgcagctttctgagatccagtaattttgtgctttatgCACAGAACTCTTTTTATAACAGGAGCTTCATGGCATATTTTgcactgataaatcactttttatactgttttcaaagctcaaagtagctccgcATTTTATTGGTGGAATGTGGAGAGCACTGACATTTAACTGGGTTCCTGCGGgcccttaaaaagtcttaaaaaaatgtcttattaAAAATCTTGAGAATTAAGGTCTAAATTAAGGTGTTAAATTGTCtaaaatttgctgtaggtattaaatgtttagatggtgtgtttaatgccagtggaaaaacatactaacattagcagcgagttaatgctaatgttagtaaGAACTGCTAAAGTTagagagctaactaacattactgggcagagaactaaggttaatagagagctagcttacattagcagagagctagctaacgttattgGGGAAAGAattaaggttagtggagagttggctaacattagctgcgagcttagctaacatactaatgttagtggtaagttagctaagttactggggagagaacaaaggttagcatagagctagctaacattagcggagtgatagctaacatactaacgttagcagcgagCAGCTATGTTACCATGAAAAAAACTAGGGATAGCAGAGTGCAGGCTaccattagcggtgagctaacgtgctaacatgttctgcatcacaATTTAATAACAAATGGAAAAGGTTAAGTTTTAATTTTcgatacaataaattattttctacttaAGAAGTTAGGGCAGAAAGTTATAATTATATTCaattataaattacatttattaagaACCCTGTTGAAACAAAGCggaaaataactttaaaagtgcacaagaagcttattataaaaaaagcttcttgtgcaccttttaagttttaaatgcttagttttaaatgtcagagctctccagattctaccaatgaagtttggagctactttaaaTCTTAGTAACAGTGTAAAATCGATTTATCACAAGCAAATTATGCCCTGAAGCTCCTGTTGCAAAGAATTCTGAgcaaaaaactcacaaaattactagatctcagaaagctgcagtaGAGCGGAGGAGAGCTATTCAAGGTTAGTAGTacacttttcattttaatttatatttttattacactaaaagtcaattttacaccgcagttctttttttaatggagcAGATTTGTCAGTTGTTCGGTTTAGgatggagctgctgctgctgctgtagtagTTGTTGTTCTTTTTCTACAAAGGGATATCGTGAGCATATATCAGTGTTGCAGGAAAAGGCTTGggatgtgtatatatttttaaatatatatatacctccaGACAAAGCTCACTCAATTTCCTGCTTTTTGTGCACCTCTGgctcttgtttttatttttatttttatcatatttttcagaACGAGCCACTAAAAAAAGGCCAGTTTCTGTGTGTAGCATTTGTCTTATTGCCTCattaatgattattatgatgatgattataatgatgatgatgttgactctaatatctttttttaaatatatatttttatggtgGTTGCAGACTCTTTTCCCCTTAAAAACCTCCTCTAACAGTCTCAGCTCGCCATCGTGACAAAGGCACTGACGATGCAGAGAGAATATAATACTTTCGCTCTCTGTTTTCGCTTTACGTCGTTACCAACTGGCTAGTTTTTGTTtcgtttttgttgtttttaaacttaAGCTTTTTTTACGGATATCtccttcttcttttattttattttttacatttttttgtacgTAAAAATGGCTTTTGACGGATTTGCCGCAGCTTCTTGCCGGGGGCTGGTTCGCCGTGCTCCTCGCAGTGTGGGTCTCGCCATCGATTCAGGGATAGAGTTCCTCTCGGTCCGTCTCTCTGGGTTGCGGCACAGGGGGCGGGCTGAACTCTGCAGCTAGGCCTTCgttgaatgtattttttgacttgtttttaaaacatatattgtcTTTATTCGGATCGTTCCGACACGAAAAGGCTGGAACGTTTTACAGGacagctttactttactttactttaacttcaGTGGGCGAGGATTGTACAGCGGTGGCTTTGTACGATCTTTGTGCGTCTATCAGTCTGACAAAATacgattaaatatatatattttttgttagtaATTCAATTACTAAACCTTAAGGGCTGCGGTCAAGACTTTCCTCCACTCGTTCACGTCAACGCAACTTCAGACGCTCCTCAAACTGGTGAATTCAGTCAGCGTGATTTCAGTCAGCGTGATTTCAGTCGGACGGTTTTTTACCGTCGTTTCCCGGACTTTACTCTTCCACACGCCACACCAGTGGTACCACACCTTCTCCTGTTTATagtcagtatatatatacataaatatacataaatatatatgtacacttCTTACATAcatgatggatggatatataaatatataaatacatacctAAACATATGTATGAATAGTAACTCGTACTTCAGTATCTTCAATATCTACACAATATTACGGAATGGACAGACAAAAACTTAGTTACAGTAGCAAAACAACAGTTTATAATGGTTATAACTAATAGTTCAGCTGTTCTCAGTGTAATCTATAATGGTTTTGTGTTACAGATACAGTTTAGAGTAACgtgcaacatttttaaaatattgacatATTATGTACCAGTTTTCCTGTGCCTGTGTATGCtctttactgtggggagcattGCAGTTAtgatttgattgttttttgagact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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU17890 lncRNA downstream 12505 23771648 ~ 23771966 (-) True G13317
TU17881 lncRNA downstream 29981 23753551 ~ 23754490 (-) True G13311
TU17876 lncRNA downstream 31952 23750470 ~ 23752519 (-) True G13307
TU17871 lncRNA downstream 60008 23674210 ~ 23724463 (-) True G13303
TU17874 lncRNA downstream 63402 23720584 ~ 23721069 (-) True G13305
TU17905 lncRNA upstream 93101 23896919 ~ 23903053 (-) True G13325
TU17907 lncRNA upstream 111895 23915713 ~ 23916288 (-) True G13327
TU17913 lncRNA upstream 185117 23988935 ~ 23989467 (-) True G13330
TU17915 lncRNA upstream 188901 23992719 ~ 24071966 (-) False G13331
TU17914 lncRNA upstream 196266 24000084 ~ 24019447 (-) True G13331
XM_022675250.1 mRNA downstream 9155 23767027 ~ 23775316 (-) True c1qtnf5
XM_022675241.1 mRNA downstream 59703 23650417 ~ 23724768 (-) True LOC103035063
XM_022675222.1 mRNA downstream 230506 23547242 ~ 23553965 (-) False LOC111193708
XM_022677923.1 mRNA downstream 1501369 22269223 ~ 22283102 (-) True LOC111194286
XM_022677922.1 mRNA downstream 1515243 22258919 ~ 22269228 (-) True LOC111194282
XM_022675259.1 mRNA upstream 55935 23859753 ~ 23895075 (-) True ube4a
XM_022675312.1 mRNA upstream 105593 23909411 ~ 23927376 (-) True LOC103036322
XM_022675270.1 mRNA upstream 124997 23928815 ~ 23947378 (-) True nlrx1
XM_022675273.1 mRNA upstream 128321 23932139 ~ 23947378 (-) False nlrx1
XM_007258874.3 mRNA upstream 128321 23932139 ~ 23947378 (-) False nlrx1
XR_002650646.1 other downstream 230501 23539257 ~ 23553970 (-) False LOC111193708
XR_002650645.1 other downstream 230501 23541334 ~ 23553970 (-) True LOC111193708
TU17143 other downstream 1789720 21993807 ~ 21994751 (-) True G12767
trnak-cuu other downstream 2809317 20975082 ~ 20975154 (-) True trnak-cuu
TU16104 other downstream 3702029 19998440 ~ 20082442 (-) True G11917
TU17900 other upstream 100365 23904183 ~ 23908771 (-) True G13322
TU18307 other upstream 1669916 25473734 ~ 25494452 (-) True G13630
TU18373 other upstream 1921095 25724913 ~ 25726156 (-) True G13677
TU18474 other upstream 2203424 26007242 ~ 26016396 (-) False nars2
TU18746 other upstream 2874463 26678281 ~ 26698793 (-) False G13960

Expression Profile