RNA id: TU20256


Basic Information

Item Value
RNA id TU20256
length 4721
lncRNA type inter_gene
GC content 0.40
exon number 3
gene id G15074
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035898.1
NCBI id CM008301.1
chromosome length 34292151
location 32033051 ~ 32040230 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

CTGGTAGTCATCACTAAAATGCATTTCTAACACAATCCAGTAGAGGGAGCCACCCACTTTCACAACATCATTAGagcaaaaatattgggacacctgcttgttttattgtttcttctgtaATAAGAGGGGTATTATGAACATATATTAACttacaataacaaaataaacccaaataatttcaaatgtatacatttattgaGTAGAGTTGGTTTTCCAGCCAAAACAAATATAGCCACTGTATAATAACAGCAACATGCTGGAATATACATGCTTTgctatacagtaaaatacttcTGACgttaatttaacattatttatagTAAAGCAAGATTTCTTTGCTTAATTCAGAAAATTAGTATTTCaagaaaactgtacaaaatatacacacaaatacacacaaaatataatttaatttgcactttatttcataatttcattttattcacaatataaGGTATATGTACACAGCAGTTAAACTGCCTTaacaaataatacaattctGTTGGCAAAATTCACATCAATAAAACATCAAGGACACTATAAATGTACCTTAAGTTCAGtacaatttatttacaaaatctgatttggcagcTTTGGCAAACAtggttttaaagggttaaactttCTATAGCTTTTATTAAAAGGGACCAGAGTTTGTCAACACGGCGTCTGTGAAATGCATCAACAATAGCAGCATCATCTGGCATTTTGATTAAAAAGAGGGTTCAATCAAATATGTATAAAAGACAAAgctgtaaaaaacacaacaatgatTTACAGTGCAGccaaaatgcaattaaaaacacataaaaacagtatttaggACTATCATAATTTTTTCAGAGCAATGttctgagctctctctctctctttttctctctctctctgtaaatcCCAGGCTAAAGTGCACTTAGCATTAATAGGGCATTTATATAAATTGTTGGTCTAATTGAATTTGGCCATAAGCCACAGTTAGTGTAAAAGAACACTGTGACCAAAGTGAGAAATGGTGCCATCTTTATATATCTGTGctaataatgattattaatcTTCTATACAGTTGATTTGAACAGTCTGTACAGTTTCCCAGGCCAAATTCTTTGAAACACCTCTCTTTTTAGGGACAGATTGTACAGAATCGTGTACAAGAATCCTGGTGCTTATTTTCCACAGACTAAAATTTTATTCTAAGGCCTAAGATGTAAACTTGCACTTTTGCTAGAATGGTTATAGTCATAATTAGTCCTACAGGAATAGTTCACTGTAGTGTGTAAGTTAAGGAAAAGGTAGAGacactggttgcaggacttaACATTGTGCTGTTgttaaagtgcctgtaatgaaaaaccatgaaaaaacatttagatctccaccaagacaaaagcggGACAAAAGAGTCACTTCACGTCttcccaccaagtttcattacATTTCTGGGTACAATGATATACTTTTTATAGATTATAAGTGTAATCATATCTCATATCTCAATGGTTGTATAACATATAAGCAtaatgcattctgggaaatgtagtcaGAGAACACTGATCAAACcgaaaatttaaaaagtaagtCTAAGGAACGGAACATAATAATACCACAATAAACAGTAGTTTTAGGTCagattcttacttttttttagtccTTAATAAAACAGAAACTCTGGTCAAAATGCAGCAGCATTGGCATATAATTAATTCTGAAGGCATACGTGGTGactcctccctctccctcctcccCTTCAATTCCTAATGAATTAAATATCTGCTAATGATGTAttatatatagacatatagGCCACATATCAGATTAAGGGTTGTGTCTGCTTTAGAGCTGAAAGCTAAATACATTAATGGCAGCTGATTTTACTGAAAACTCCCTGAAGATCTGAAGGTCAGATGATGGAGTTGAGTTCGAGAGTGCAGGACGTAGCTGGCTGGTACAGTTTTAGAGGTCCGTGGTGTTTAGTGATGGGTTGGCAATGGTGAGGCTGGTGCTCTCTGGGCCTTTCTTCTTCCCTCTCTGCGCCAGTGCTGCTCCCAGCGGCTCAATGTATGTAGATTCACCCATattctcctcttcttcctcaatGATCTGATGAAGAAACGCATACAGGTgttaataataaagataataaagcCTATGTGATTAAGGTGATTCTTTAATCGGGGAAACTTTTTATGTTATACATACAATATCCAACAAAATTGAGTACACTCCTCACAGTTCTGcaaatatttgattattttctaATGTTATTTGATGTAATTTCATGGGAAAATACTATAGAAATGAAACAACAGGACAAAACTGCTTCTCTTTTATAAAATCCTAATATTTTCCTAtatcctatatattttttatgtaatgtatggagcttaaccctttcagactcgttgtccatcagaatatacAATGAaccaataaaatcaataaaaagttTACAAGCCATTAAAATCACAGCTTAGCCCTGCCCACTGCACAGACATTAACGCATGGCAGCACTAGAGCCATAGTaagagcttttttaaaaaacttttattaatgttatgttGTCAtgtcatgtttattttaccatttaaagGATGCTTTGTGAAATTAAAAAGtgaattctataaaaaaaattaataaaataaaattgttaaacacATGCTTCCAATGcactgtacataaaaaaaaaacaattaaatatttagggtaattagatttttaataaGAATTTTTCCACCActgaacataattcaggtctgaaagggttaatacagtaaaacacacagAAGAGATGCATGTACACTCACATATTCCACCATTTATACGTACTGTGTGCCAAGATCAGCAAAAAGGAAAAGCACAGAAAAGAAAAGCCTCATTAGCATAAGcttgggaaaaaaaatgcatctgcaaaaaccttgtatctccagtttttgagtttttattttcactttttgacactTATTCACATGAATCtgttgatggtgatgatgatggtgatgatgatgatgatgatggtgattattttaatatgtatttttgtattgtgtttttttaatgcaatgtaAAGCGTCTTTGAGTTTCCTGAAAagcgctataaaaataaaatgtattattattattattattattattattattattattattattattattattattattattaatctggTAGCTTTTCTGCATATTTAACAGAAGTTCataatgaatggatgaataaaaatgctccaaaatgctcCACCTCTCTCTTTACCTGTAAAGTtcttgttttggagatacaaggtttttgatTGACAGTGACAATGTTTATATTCCTATATTATATTTCAGGTCTTTACCGTCATTGCCATCGTGTCTTTCTCATGTGTCATGCCCATGTCGAAGTTGTAGTCCAGCGAATTGAGGctaaaaaacagaacacacacacatacacagaattAGAATCTCGGAAATATACAAcaattacatacatattaataatagaacaaaaaggaaaaagtgaaaaacaaggtaaagtaaaaagtttaggagattgccagttcgaatcctgttcatgcagcttgccatcagctgctggagccctgagaaagcccAATtgaccatgctctctctgggaggctagatggtgctctttccccacatcactcaaaaggtgatgtccgcagcacaaggcaactgtgagctgatgaatttgctttaaaatgtcATAAAGTTAAAACACCAgaatcacagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgaactgtacCTCTCCCTGTCTGCACTGGATCCATCCTCATCAAAGCCCAGATCAGTAGTGGAGTCAATATTCAGGTTCAGCACTGGGTTTGCACTGgaaaacacacaccagcatacagtatattaacataCACATCATTAGCTTATCTTGTTTTAATGGCTCTTGTCAAGGGGTGGGATCTACGTATTAGGAAGCGAGCGAACAGTcagcaaaaaagcaaaaaacagcaaaaaagattGTAAAACTACAGCAATTCACTCTGGAGAAAGATTACAGCATTCagcaataataattacattttaatactgTTGCAAATCAAATACTGTAATATCTTTACTAATAAATTACTGCAAAATTATTGCTAGCCTTACATACACTGTAAGAAAAAATTCAAtgcaaatttacactgtaaaataatgGGAGCAGAGAACCTGCAAAGTTTCTGCCCTCATGGTATCTTGCTCTTATGTCCTATAACACTGTGGCTAAGCAGGCaaccaatatataaaaaaatataagtgAAAACCCAAGGGTAGGTCGTCCCAAtgggaaagactacacactgatggtgggtTATGGGTGGTGGTGCAAATTAATTGCTGTATGCAAATTAATTGCTGTATGCAAATTAATTGCTGTATGTCAGGGGACAAAaagtgtagctccacccatcaCACCAGGTACTAGCAGCTACAACACCGAggagaaaacactaaaacacaacaGTCAAACTACCAAACACGTTAACGAATAAAGACGTAAAGAGAAAATCAGACTGAAAGTTGTAGAATCCTCGGTTGAAGAAGGTGGACTGGCTGAGAGTGCTGTTTCGATAGTCCAGCAGGCTACAGAACCACAAATACAGTCATTCATAATTCGGCAATGTATATACAGgggctggacaatgaaactgaaacacctgtcatcattttaatgtgggattttaggtttcatggctaaattggag

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU20235 lncRNA downstream 37989 31994633 ~ 31995062 (-) True G15063
TU20186 lncRNA downstream 153208 31877805 ~ 31879843 (-) True G15022
TU20185 lncRNA downstream 153603 31877805 ~ 31879448 (-) False G15022
TU20187 lncRNA downstream 153603 31877805 ~ 31879448 (-) False G15022
TU20202 lncRNA downstream 156090 31845182 ~ 31876961 (-) True G15037
TU20261 lncRNA upstream 2111 32042341 ~ 32045045 (-) True G15078
TU20262 lncRNA upstream 2111 32042341 ~ 32061852 (-) False G15078
TU20215 lncRNA upstream 28932 32069162 ~ 32086925 (-) True G15049
TU20216 lncRNA upstream 81046 32121276 ~ 32133782 (-) True G15050
TU20275 lncRNA upstream 307120 32347350 ~ 32348794 (-) True G15090
XM_007245601.3 mRNA downstream 37539 31973592 ~ 31995512 (-) False rnf44
XM_022676341.1 mRNA downstream 42403 31973592 ~ 31990648 (-) True rnf44
XM_022676347.1 mRNA downstream 42410 31973592 ~ 31990641 (-) False rnf44
XM_007245599.2 mRNA downstream 74595 31955606 ~ 31958456 (-) True higd2a
XM_022676315.1 mRNA downstream 100162 31880794 ~ 31932889 (-) False pdlim7
XM_007245604.3 mRNA upstream 5879 32046109 ~ 32055172 (-) True abhd18
XM_022676379.1 mRNA upstream 33936 32074166 ~ 32119158 (-) True dgkq
XM_022676958.1 mRNA upstream 81992 32122222 ~ 32159963 (-) True nfkb1
XM_007245610.3 mRNA upstream 120589 32160819 ~ 32172940 (-) False LOC103039786
XM_007245609.3 mRNA upstream 120589 32160819 ~ 32172940 (-) True LOC103039786
TU19927 other downstream 977548 31053764 ~ 31055503 (-) True G14839
trnap-agg_1 other downstream 1109104 30923876 ~ 30923947 (-) False trnap-agg_1
TU19838 other downstream 1109802 30914910 ~ 30923249 (-) True G14781
TU19827 other downstream 1140403 30889606 ~ 30892648 (-) True LOC103045124
TU20269 other upstream 102498 32142728 ~ 32159878 (-) False nfkb1
TU20525 other upstream 773844 32814074 ~ 32820769 (-) False hopx
TU20526 other upstream 773844 32814074 ~ 32819171 (-) False hopx
TU20527 other upstream 773844 32814074 ~ 32819171 (-) False hopx
TU20934 other upstream 2094362 34134592 ~ 34136732 (-) True G15497