RNA id: TU281202


Basic Information

Item Value
RNA id TU281202
length 5942
lncRNA type inter_gene
GC content 0.36
exon number 6
gene id G207242
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035920.1
NCBI id CM008323.1
chromosome length 47266144
location 22000241 ~ 22012713 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

ACCAGAACCTTTCTCCAAACGTGCAACAAGGTGTTCAGTCTCTCCCAGAATCCTCTCCTCCATAGACTGCTTCCCCATGCCGAAGTTCCTCAGAGTCGTGAGGGCAAAGCGTCGATGCTCCTTCCAAGCAGGACCATAGTCAGCTAATATGACTCTTTTCCTTCTCTTATATCGCTGATGAGGATGTTCTGAGGCCGTCCTGAAAAGTCTGCAGCTTTGGTCACCAGAGCTTCCTTCAAAGCCTTCATTCCAGTAAGAACCACTGTTGGTCTTCCTCCAAAATAAACGCTGTAAACGTTCCCATAGCGCTCAGCAACCTCTCAAAGTCCTTCAGGGGATTGGCAATGTTGAGCTGAAAGAGGTTCCCGAATATAGGCACAGGCCGGGGTCCAGGAGGGAAGTTTTTAGGCCTCTGGATCCggatgaagaggaagaggaggcagATAAAAATCCAAACCAGGACCAAAGAGCCCAGCATGTTGTAGAGCTGTAGCACTGCTCTCAAAGTGCACAGCTTTTCCAGCCTTTGGTATATGTATAGCCCTTATTTCAAAACTGCACTCTTCTGTCTTTCCCAGACTATCCATCCATTTAACTGCAGTTAAATCATTGACAGAGTCACAGAGTAGTTCTGTAgccatgaaagaaaaaaaagcttaacgCTAGTGAAATCAAAAATGATTTTCTTTCTGTGTATTTAGTCAGATTGTATTACAGTATGTAATACACAATTTTGGACTATACACTAAagcactctttctttctttcttgttatGACAACTTTGTATATCTTTagaatatatactgtacatcccTTATATTGAAATGAACTCTTCTGTCTCTATACATTAAACTGCAGTTAAATCATTGACAGAGTTACACAGTTTAGTCCCgtcataaaaatgaaaaatctatAGTCTATAAAATCTAAGTCTATAAAATGTACAAGGTGTGGTCGTGTGATACTCAGTGTGATGCTCAGTGTGATGCTCAGTTTCAAACATGAAAACAAACATCACTCTCATCTagtcaaattaaaaattgtACAGGAATCAGTTCAACATTAgctgattagcattagcattaacactgaaaagtataaaatatcATGATTAATATAGGGTCCTAATGAAGACTAAGGCCCAATTATATTTCAGTTAACCCACCCTTTGGCCTACCACTTTCCCCCTACCCCTCTGATTTTCGCATGCAcgccaaggggtaggggtgtcccgattcttgttaaGCTGGAGGGGTAGGACTTGTTTGTCCTGTTTTCAGAACTGGTAAGATGGTGGAACaagtgaccaaagaaacccCGAATGTAACCTAAgcattttgctttttaaaagtgGCGATTAGCACTATTTTACCACAGTTTAatatgtagtttcaatgttttatggccggattcttcataacaagcataaaaaaagatcgctagtagtttgtctcagtagatGGATATCTAcctaactttcctctTTCACCTTAAAAGGCAGAacggaaaaattaaataaaagttaatcaaAGCTAAATTTCAGCTCTGCATCACAGAGGAATGAATAAACGGACAATAACAATTAGtttctgcaccatctcccctctttctgaagacatacaataaaatacgccctaaaattaactagttatccagttagcagcagctaggttaatGAAGTTTAGTGCTTCTAATGACGTATCAGGTGCTTAAAGGGTTTTACCAATTCTTATGGGGaagatttcaccccttccccttcTGTTTTAAggtaaagaaaaagtaaagaagaagtaggggtaagtggtagggccaagtaGTAAAATGGGATTAATCCAAAAAGaataggctacgttcacattaccaggctgaagtgactcaaatctaatttttgctcaatgtggctcagatctgattttttcatggctgtgtgaacgtgccaaatcctattttattttttttttcaaatcagattttcagtcactttcatatgtggtcccaAATCGGACAGGTATTCAATTTATGGACATGCAACaagaatgtgaacggtcaaatctgaattcatgcatctttttgcttttacgcattagcattagcgctacatgcttctctctcatacccacaacacatctcttggtgcagctgtgcagctttAGCTGCTGTTAcggcctggccttttttcaccttcctggacctgagcatgaacttcagagcagctgtttactctccactccagcaaaagattcTCCACATATAAGCTGCTAACTCCtccattttcctttataaagctacgagtcgtctctcaaatgtACGTTTTTTTGCTGTTGGTAAAGAAGGCGACGTTTTTATATGTAtcagtgtgcagcatgtgagacggcgtttcagggacagattcgttcacattacacacagatacagctcacttcaAGATTTatagcaatgtggcttgtaatgtgaacgtagccttagttttagtattaaaaGGACACCACACCTGCAAGCTCATCACAAAAATGTAGAGCCCAAAACCAAATATGctcccttatttttattttaaatccaaCATCTGATTACATAATCTAGGCTATAAAGTGGCTAAATTCATGCTGGTGAACTGCTGGTATATACGATAAGATGTGAGATAAGATACAGCATGTAAGGAACATACGGAACTAGGTCAAACTCTTACTGAAGTGCAGTCAGCAGCTAAATGATGACTGTAATAAATGTCGGCTCTTGTGTTTCAATGTTCCTAACCAAACACATCTGAGCCAATGACTTTTGTCCAGTCAAGAACTTCCAATCTGTTGCCCTCTGATTCTCTTTGGCAGGCTCATGATAATCAGGtacatcagtgtgtgtgtgtaggtgtgatgAAGCAgattttgtgttatttatatttGGGTTGACCCTCACATTCttgcatgtaaacagcatttACAGTGACTtgcacattttgtcaccttacaaccacaaactaaaGTGCATTATATTGAGATTTTAGGTGATAGACCAAgacaaagtagcacatatttgtgaagtggaatgaaaataatacatagtttttaccattttaatcaaataaaaaatctgatacAACATTGTGATGTACAAAAGTATTATATAAATCTGATATTAAACTGAAATTCCTAAATAAAATTCAGTGAAATCAATTACagtgccttcagaagtcacttaatcaGTTCATTagagagtccagctgtgtgtcaTTTAGTCTTAGTATATATaaacctgttctgtgaaggcctctgTAATTTGTTGGctaacactagtgaacaaacagcatcatgaagaccaaggaactcatcagacaggtcagagatacaTTTGTGAAAAAGAAGTTTatagcagggttaggttataaaaacatatctcaAGCTTTAAGCATCCCGAGGAGCACCgtttaatccatcatccaaaaatagaaaaagtatacaaacctaccaagaggcccatggtcactctggaggagctgcagaaatccacagctcaggtagaTTAGccgaatctgtccacaggagaACTATTTAGTCATGCACTTctcaaatctggcctttatggaagaacagcaagaagaaaaccatgtTTGAAAGGAAGACATACgaagtgctgtttgcagtttgtagccACAAGCCATGTAGGAACACATgtagcaaacatgtggaagaaggtgctgtggtcagataagaccaacataaaaaaaaaaaatcacttcttaTTTCAAGTGTCTGTGCCAAATAATTGGTAATAATTAATTAGGAGTttggtttattaaaagattacaTCAGCAGAAAATCAGCAGATTTACAGCGAGAAGCAAAATAATAGCTTTTAATTGCATCTTTATTACAGTTGACTGAATATCATAGTTTATCACACTTTTTTAAGCtcatacaaatatttaaatctgtTGATATTCATATGTCATATTTTATATGAGATATATAAGAAATGTTTTGTAATTTAACAACATTTAGCCTGAGTCAAtaagaaatattttatatagattaaTGTAGGTACAttatgctaataaaaaaaacatcctgcaacaataagaaataaaaccactctaaaaaataaaatcactctgAGTTTAGTGTGAGCAGAATAGGGGTTTGTGATTAAAAATGCCTCAGCCTCTTGCTTCCCCCTGGTGGCTGGACCCCTGCAGATGCAAGGTGAAATCTTATCATCTATAGGCAAACTTCCACACATTGTAAAGATAAATTAGTATTGcctatataatattaaacatatataaaaaataaaatcattattttcagTGGTGTTGTTGTTTCTGTTGGTTGGGGCAGAGTTAACAATGTCATTGTCCCAAATATCAGTACTagttaatctaatctaatcttatATTAGctttagtcttagtcttttcattataatgtataatagatttagtcacttatttatttgatgaaagcaaaacattttagtctagttttagtcaatgaaatttctaaaatatttagtttaattaatgtcatatatttttgttttctcttattTAAACGTGTTATTATATTCACATTATTTATAgcttattatttagtatttaatttataCCTTAtactaaaacattacatttaaactaTCCTTACATTAggcaatataatattttaataacattgCTTGCTTTAGGTAGccctgttttatatatatatatatatatatatatatcttattTTTTGGTATAGCTTATACTAAGACATTATATTTAAACTATGCTAACATTATGGCAAACTGTATTTAAGCAATTAAACCAatatagatttataataacattGATTGCTTTAAGTAGCCTTTATTAATGTACATTAACAAGtatatttactataatataGTTTCTATACAGTACTATATGCTGTGTATTTTGCACTTCTAGTAGTGTTCAtttattacagtgtattcaGACAATTTTCTATGACAatgtactgaaaaaagtaatttattttttatttgctca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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU281183 lncRNA downstream 17545 21979819 ~ 21982696 (-) False LOC111195740
TU281188 lncRNA downstream 51613 21946829 ~ 21948628 (-) True G207232
TU281174 lncRNA downstream 184591 21815266 ~ 21815650 (-) True G207218
TU280974 lncRNA downstream 312566 21686432 ~ 21687675 (-) True G207068
TU280931 lncRNA downstream 430652 21494614 ~ 21569589 (-) True G207038
TU281203 lncRNA upstream 3887 22016600 ~ 22034647 (-) True G207243
TU281239 lncRNA upstream 314189 22326902 ~ 22376687 (-) False G207269
TU281241 lncRNA upstream 359627 22372340 ~ 22376687 (-) False G207269
TU281242 lncRNA upstream 360798 22373511 ~ 22376687 (-) True G207269
TU281250 lncRNA upstream 364407 22377120 ~ 22377638 (-) True G207275
XM_022683767.1 mRNA downstream 17511 21979799 ~ 21982730 (-) True LOC111195740
XM_022683766.1 mRNA downstream 24067 21962543 ~ 21976174 (-) False LOC103037493
XM_022683765.1 mRNA downstream 24067 21962543 ~ 21976174 (-) True LOC103037493
XM_022683756.1 mRNA downstream 151761 21764104 ~ 21848480 (-) True LOC103034681
XM_007228377.2 mRNA downstream 370194 21623244 ~ 21630047 (-) True LOC103036162
XM_022683777.1 mRNA upstream 23718 22036431 ~ 22042385 (-) True LOC103032567
XM_022683776.1 mRNA upstream 40511 22053224 ~ 22076039 (-) False cnot1
XM_022683775.1 mRNA upstream 40511 22053224 ~ 22076039 (-) False cnot1
XM_015601677.2 mRNA upstream 40511 22053224 ~ 22076039 (-) False cnot1
XM_022683773.1 mRNA upstream 40511 22053224 ~ 22076039 (-) False cnot1
TU280694 other downstream 1488097 20463703 ~ 20512144 (-) False LOC103040850
TU280695 other downstream 1488097 20463703 ~ 20512144 (-) False LOC103040850
TU280696 other downstream 1488097 20463703 ~ 20512144 (-) False LOC103040850
TU280287 other downstream 3161325 18838369 ~ 18838916 (-) True G206575
TU279905 other downstream 3958328 18039706 ~ 18041913 (-) False LOC111195732
XR_002651782.1 other upstream 897331 22910044 ~ 22956024 (-) False LOC103035944
XR_002651781.1 other upstream 897960 22910673 ~ 22956024 (-) False LOC103035944
XR_002651783.1 other upstream 1211892 23224605 ~ 23225055 (-) True LOC111195748
XR_452612.3 other upstream 1926212 23938925 ~ 24020314 (-) False dnajc24
XR_002651784.1 other upstream 1943633 23956346 ~ 24020314 (-) False dnajc24

Expression Profile