RNA id: XM_007259099.3


Basic Information

Item Value
RNA id XM_007259099.3
length 5201
RNA type mRNA
GC content 0.38
exon number 7
gene id LOC103023976
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035900.1
NCBI id CM008303.1
chromosome length 25652880
location 2074630 ~ 2087567 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

GTTGAcggcaggaggaggaagatgaataattacattacagagCTCAGTCCGGCGGGGAGAGATCATTTTATCTGTagataaagtttattttatctCTATATCTAATAACGCTCCTGTAGAGTAACGTGGATTCTAGACTGAGGTCACGATGCTGTAGGGGTATTGCTGATAAAGATGTCCTGTGTGCTGGTTCAGCTTCGGTAGGATGATCAAAAGTCAGGAAGATGAATTCATTGCCGTGAGGGTTCAGGATCCTCGGGTAGTGAATGAAGGATCATGGAACTCGTACGTGGACTTCAAGATTTTTCTTCATACTAACAGCAAGGCGTTCACAGCTAAAACCTCCTGTGTGCGCCGTCGATACAGTGAGTTTGTGTGGCTGAAGAGGAAACTGCAAAAGAATGCTGGCCTTGTACCTGTTCCTGACCTACCTGGAAAATCAGTGTTTGCCTTTAACAACACAGACTTCAtcgaaaaaaggagaaaaggtTTACAGAACTTCCTTGACAAGGTGGTTCACATGACCGTGTGTCTGTCAGACAGCCAGCTTCATCTGTTCCTGCAGACTCAGCTTCCTGTAGGCCACATTGAGGACTGTGTACAGGGACACACTCCATTCAGTGTTACTGACGCCATTCTGACCTACGCCTCCTCCAATCGCGGCTGGGCTCAAGAGGAAGAGGATGGGTCGGTGGAGCCATGCCCAGCTCCAATTTCTTATGAGTCAATGGAAAGtagccCTTCTCCCCATGTTCCCACTTTACAATGTGAAGGGGCTTCTGGCGAGCCGACGGTGGACACTACTGACCTCAACACTGTGGAGCTAAGAGTGTGTGAAATTGTTGCTACTGAACATAATACAGCTAACGGAGATGGACCAGAACAAAGAATAAAGGAGGAGAGCTGTAATAACCTGGTGGTGGAGGTCCACCACTATCATGGTTCTCTTTTGGGAGACACTAAAGAAGAAGTTGATCTCGTTGTGCCAGAGGAgacaacacaaacacatgacAACACAGGAGATTCCAGTAAAGAGATATCTTTGCAGGTACACAGTGCAGCAGACAGGTCTGAACCAAAACATGTGGTCAGTAATGATACTTGGGTCAACAATTTTTTGAACCACACTCAACCACAGTTCTGAGAAGCAGACATGTTCACGACAAACACTTGGGTCACATATTAACATGCACTTCCTGCAACAAGACTCCTATTATTAATCTTCAGCTCTTCCGTTTCTTGAGTCACTCTGTCATTAGGGGCCATTGAGGAGGACCAGATTGAAGCCTGTTTTTATAGATTACTTGGTGTCTGAGTGAGATAGACACAGAAAGTAAAATAGCTTGAGAGAATGAGGAGGAGAGCAGTCAGCAGTGCAATGTTATACATGTTGATGAGGACAGCTTTCACTGTTAAATTAAGCTTAAGTGCTTTGAggaacatttaagaacatgtgTTTAGAATAAAATGTTTCATGAAGATTCCTTAAAGCACATTAAGCTTTCTTAAAGGTTCTTCAAAGCAGTTTCAAACTTAAGAACCCCTGAATACTTTTAATAGTGTTGCTCAGAATAGAAATGAATAGTCAGTTTTGAGATGATAAGACGTGCACTAGGCAattgcattacattatatttcatgATGGGGGTTATAATTAGATATAATTTGTAATAAGTATTCTTTTGTAGTAACTGTTGCTATGTTGGACAAGCACTACACAATGCAAAATAAGTAATTGTAGCATATGTTTTCATATAAATATCTTATTTTGAGTATGTTAATAATTCAACCAATACTGTGTATAAAGGATTGACTGCTAGGGTAGGCTGTGCATAGTTATCTTTCCCATGTTGCTGTTATCAAAACTATTAACAGTGAGAGTTACAcctgatatacagtatacattatATAGCATTTAAATGTCATATCAGGATTGTAAAGcactacatttatatatattgatcTGTTTCCAACGTAAGTtaagttttaataatttaataattttaataatgttctGTTAAGGCTTGTCCTTTTGTAAGAGTTACTACAAAGAAACATATGTAAGAATATATTGATGGATCAGATGCAGTACAGCTTGTGGGTACATCACAAATGACACAAAGATTGACTGCATTAATGACAATATCTTGATAAATTATTACCTTTTACTGCATTACATAAATATCTTGCCTCTTCAAAACACGCACAGAAATGTTCCTCTGGAACTGTAATTAAACTAGAGGCTCACAGCACACATTAAAGTTGGAGTAATGCTTAGTAAATGACATTGTACAACTAACTGCTCTACTCAGTCAACCAATTATCTAACCAGTCAGTCATGTGGTTGCATAAGTCACATAAAATTGCAAGCATAAAAACACCAAACCACAACGCATTTAACACAGATACAAATTTAGTCACTCAAACCACCTGAGAGGGTGGTCTGAGCCACATTTAGTGCACATGTTTTATCAGTGTACAGTAAACATATTCCCCTCTTCAAGACACGTTCGAGAACCAAACCcctacccccacccccccagtacaaccaaaataCCAGTAATAATTGCCACACCACAAACTAATTTGCATAACCTGTCCCACATAGTGATCAGGTTTCAGTCTGACTCAAGTGCAACTGATGTAAATACACTCTTCTCAAGCGTAAGAAGAAAGATGTGTAGTTACACTATCTGGATGTCAGGTTACTGTTGGTCACTGTCACTGACAGAGATTCCTACTGTGTAACTGTTGTGCTTTTCTGCATTTAGATTGTTGACTGCACTGAAAACTGCCCTTGGAAGAGACGTCAGAAAACTGCTGAGTGTAAAGAACAATATGGATGAGTTGCCACATGAATTCAGGACAAATAGGACTTTACACAAACCTAAACCTTGTTTTATTTGCCTTTGGTTTAAGTATTCGTTGATCCAGGGACATTATGCAGTGTCAACAACtgcaaaacatttgttttgcatCTGGAATGGTCAGCTATTGATAAACATTTAGAGCCAGTCaatagtttaaatgtattgCTTATTGAGGGAAAAGGGTGAAAGTATGATCATTTACGGAATGATTGGGTGTTGCTGAGCCACTGCATTAAGGCAACGTTTAGACTGCAGGCAAGTCCGATCTGGTTGGATGATTGTTAACTGCTATTTGCAAGTGATCATATCAGATTTGCGTGTCCAGACATCACAAATATATCTGCATGGTttgctgtgtttatgttttcatttACAAAAGCAGAAACTATGGAGGTGCCTTGTTTAAAGTAGGCAAGTCAGTTCACTCTGCGGCCATCTTGGCAATGCGGCTGGAAAGTTATATCCACTCATACAAGACCGGCCAACTACCTGTTTGAATAgggagagaccaaaatactcaAAACTGAAGGTCTAATTACTATTTGAACAACATAATTTGCACCACTATAAAATGACCAAATGTGACAAAAACCTCATGAACAGTTTGTAACTTTGGATCAAAAATGCTTGTTGTGGCTGCTGCGCCTGAGCTGATCACCACAGTGAGGTAGGCTTTTCCACCAGCACCTTGACTCTCCTTTACTCTCAGCACAAGCTGATTGGTTATTTTGTTGAAGAATGGGACCTATTATGTAAACGCGCACCGTGATTAGCATTAGAGAAATTCCATTAATTCAGcggtctcctcattaataaggTCTCTGCTTGTGAGTGACTGAAAAAGTTATATTAGAATCTGATTTGAGCATCTAGAGCCTCCAGAATGAGATGCATCTGTACAAATCTAATTATAATGACATTTTAAATCACTTCCAAATTTGGATTGAATTTGGTTTGCAAAAATGTGGTATCTGGCTGTACAGATACAATACAGTGTAGATATGTTATTAATCAGATTGGGGATTTGCAGGCTGAACACAACCTTAATATGTACAGCCAAAAATCTGATATCAGCAGACCAACATTTGTCTGTCTTCTCTGGGGTTGCATGGCTAGTAATGAAGTTTATAGAAAGGCATCCATCATGTTTTTTGCACTCagcttattttttgtgtttatccACATATACTTGTATTGATGTCTGCTTGTGTTGTACTACTGCAAGACTGGTTATTTACTCTGGCTTATTTGGAACTGTGATTGAGTGTTAATTatgcacactgtaaaaaaaaactacagctaAATTTAACATATAATACAAAATGTGTTAAGAAATTGGTAACTAAGCAGTTAATTTAGCATTGCAGATATGAGCTAGCTGCTGGGGTGGGTTGGGCCTCATCTTGTAACACAAGAAAGTCCAGTTAAACATCTGTATGCTAATGTTGGTCTTCACAAGCTTTGGAAGAGGAGTGCACTGATGGTTCTATATATCTACTGTTATCTTTGTTACTATTACGCCAGTCTGTTAAACCAAACGAATATGCTAAGTCACTGTACATCTATCTGTATATGTTCCtatatttactgtgtttctTCATCAGACTCATTTGTCACATGATCAGAGCCACCCACACCAgtctgtgagagtgtgttcATGAGCGCAGATGATTACAAGTCCCACTGATGAAGGCTGCAGAACGATTTTAAACTagtataaacagataaatagccAGCACGCACAGGGTTCAGGGTGTTAATAGGGacagttttaaattgttttaaaaagttataaagTTGCACTAATCTTCTGggaattattttactttctaaTAATCTGTCTCACAAATGCTGCTTATAATGTTGTTCACGGGAACAGGGAAACTCtgataaacataaaacacatcAACAGTAAAGGGAAAgttttttggggggattttttttgttgttctccACATCATGCTAAACAAGATGGCTAtgactttatatttattatattgattTTATCAGCTAGGTTTCTTTAAACGGTATGCAGTGTTTTCTATGGTTTACAGAGATTTTCAGGATGAGCTTTTATGCAGGGATGACGTAGATGCAATATAGCACATATTTAGTTTTACATAGCAGTTT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Function

GO: NA

KEGG:

id description
K17924 SNX10_11; sorting nexin-10/11

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU45446 lncRNA downstream 1081 2074335 ~ 2074606 (-) True G33759
TU45403 lncRNA downstream 99102 1976329 ~ 1976585 (-) True G33732
TU45402 lncRNA downstream 99579 1975829 ~ 1976108 (-) True G33731
TU45353 lncRNA downstream 212175 1862786 ~ 1863512 (-) True G33693
TU45350 lncRNA downstream 217972 1856968 ~ 1857715 (-) True G33690
TU45517 lncRNA upstream 40730 2128267 ~ 2130172 (-) True G33804
TU45554 lncRNA upstream 104553 2192090 ~ 2192968 (-) True G33833
TU45556 lncRNA upstream 106750 2194287 ~ 2194607 (-) True G33835
TU45586 lncRNA upstream 198733 2286270 ~ 2287428 (-) True G33853
TU45658 lncRNA upstream 231071 2318608 ~ 2318897 (-) True G33909
XM_007259095.2 mRNA downstream 9441 2056100 ~ 2066246 (-) True LOC103022929
XM_022668896.1 mRNA downstream 12025 2056100 ~ 2063662 (-) False LOC103022929
XM_022668892.1 mRNA downstream 33384 2025560 ~ 2042303 (-) True LOC103022010
XM_022668891.1 mRNA downstream 41217 2022071 ~ 2034470 (-) False LOC103022010
XM_015608382.2 mRNA downstream 79976 1977614 ~ 1995711 (-) False LOC103047336
XM_007259107.3 mRNA upstream 30003 2117540 ~ 2120383 (-) True snf8
XM_007259113.3 mRNA upstream 43481 2131018 ~ 2134043 (-) True chmp2a
XM_022668916.1 mRNA upstream 189220 2276757 ~ 2282984 (-) False psme3
XM_007259128.3 mRNA upstream 189220 2276757 ~ 2281258 (-) True psme3
XM_007259140.3 mRNA upstream 537401 2624938 ~ 2637751 (-) True dhx8
TU45452 other downstream 33413 2035094 ~ 2042274 (-) False LOC103022010
TU45451 other downstream 33413 2036125 ~ 2042274 (-) False LOC103022010
XR_002649841.1 other downstream 41217 2022741 ~ 2034470 (-) False LOC103022010
TU45334 other downstream 263065 1810586 ~ 1812622 (-) True G33675
trnar-ccu other downstream 949220 1126395 ~ 1126467 (-) True trnar-ccu
TU45542 other upstream 81486 2169023 ~ 2177059 (-) True G33823
TU45557 other upstream 107220 2194757 ~ 2196095 (-) True G33836
TU45650 other upstream 215725 2303262 ~ 2309329 (-) True G33904
TU45820 other upstream 1093631 3181168 ~ 3194377 (-) True G34046
TU45985 other upstream 1695588 3783125 ~ 3789192 (-) True prr15l

Expression Profile