RNA id: XM_007259333.3


Basic Information

Item Value
RNA id XM_007259333.3
length 5631
RNA type mRNA
GC content 0.42
exon number 6
gene id kctd2
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035900.1
NCBI id CM008303.1
chromosome length 25652880
location 7029131 ~ 7040685 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

TGGGGCTGCTCGCTATCGACCCGGCAGTGCTCTGCTGTAGTTCCCATAATATTTGTAGCTTCCATGAGTCGTTTGAATAAACAAGGCGGATAAATGTCGTGTTTTCTCCGGGAGTAAAGTATGTCTTCTGGGGTCAGCGGTTCTCCCCTCCTGCACGGTCTTCGCCCCGGTTGTCAGAGCGCTTAGCGCGGATCCGCCGGGTTGTGGGTGGCGGCGGCGGCAGCGCTGTGCGGACGGTCCGCTCTGCAGAAGGGAGGCTGTGTTTGCGGGGTTAGCTGGGTGGGTAGCTCGCTGGGTAACGTTAGCTCaccggctgctgctgctgtttatataattatatccaGCGGAGgggagcgctctctctctcgggcTGCAGGGGTTTAGGATCAGGGTCCTGCGGATTGGGGCGGACTGCTGCTGTTTGGAGCCCGGTGAATATGGCTGAGCTACACATCGAGGCGAGCGCCGCCGGGATCATGGAGCAGAGCGAGCACCGCGGCTCGGTTAGCGTCAGGCTGCCCTCGCCCACCCTGGTGCTCCCGCCCCGCAACGGCTTGTCCAGTCCCGGAGTGTCCGGCTCCAGAGCCGTGTTCGGCTTCCCTATGAAGAGCAGCCCGAGCTCCCCGTCAGAACCGGCGGAGAAGCCGGGCTCCCGGTGGGTCCGGCTGAACGTCGGGGGAACCTACTTTGTCACCACCAAACAGACCCTGTGTCGGGAACCCAAATCCTTTCTGTACCGGTTATGTCAAGAAGATCCAGACCTAGACTCAGATAAGGATGATACAGGAGCATATTTGATTGACAGGGACCCCACATACTTTGGACCCATCTTGAATTATCTGAGGCATGGGAAGCTGATCATCAACAAGAACCTTGCAGAAGAGGGAGTTCTGGAGGAAGCCGAATTTTACAACATTGCATCTCTGGTGAGGCTGGTGAAGGAGAGGATACGAGACAATGAGAACAGGACGTCCCAGggCCCTGTGAAGCACGTGTATCGTGTGCTCCAGTGCCAGGAAGAGGAGCTCACTCAGATGGTCTCCACAATGTCTGATGGATGGAAGTTTGAGCAGCTCATTAGCATTGGATCCTCCTACAATTACGGCAACGAGGACCAGGCTGAGTTTCTGTGCGTGGTTTCCAGGGAACTCAACAACTCCACTAATGGGATTGTTATTGAACCAACTGAGAAGGCTAAGATCCTTCAGGAGAGAGGTTCCCGGATGTGAGGAGACCTTCTTAGCTGTGCTGACACACATCTCACACTCCCCTCCCTTCCATTCCTTTccactcctcctcttcctccaccatACAGCACTCTCCAGGTCCATCAGCTCACATGCCCTCACATGACTTCCTTTCTTTCACCCTCCTCCCTTGTGCCTTTCCGCAGTGGGGGGGTGTCCTCACCCCCCCTCCTCCCTGCAGTGCTGCAACATAGTCCATCCAGCACCATCACAAGCCAACACTGCTGTTATCAACTAATCAGAAATGCTAAACAGGTTAAAATTCAGATGATCTGTTGTGATGCAAGACTGCCAGTGACATTGACAGTGATGGCTAGGGAGGTGTCGAAGTAAGGTTTACGAGGTTTATCTGTCACTATAACCTTAATCATCTACGTTGCCTCGGAACTTGGTCCTAATCTATTTCATTTCCTGGTCATAATCATCGTAATCTACATTATTGCTGGCATGCTAATTTCAAGGAACGCCTGTGCCCTGCTCAGCTAGGCTGCGCCTACATCACTGAAATCTCCTCAGGACTTCCAGGGGCGCGAAACTAGACAAAACTATATTTTGTCCCCCACCCCTTACTTCACTTTTCATAACAAGCACATTTACTCACTGTGTACATTGAGTGAGTGAGCAAGCAAGTGAGCAAGCAAGCGAGTGAATGAACATCAGCAGCAACACTCGTCTACCACGCCTGGCCTGACCTAACGCACAGTATTCACTGGAGCAAGATAGCTGGGGCATAGAAGAAGACTGACTCTAAAAAGAACATGCAGCATTTTGTCTCCAGTTTGTGGTGTATCTGTCTCTTTAAGACTGACCGTCCTCCTGGAGCTGGCCCAGGAATAACTAGAGGGGAAGGGAGGACAGAGACAGTTTCCCGGTTGGGCATCCCACCCATGTTTACCGCTATGGATCGAAAGACGTCTCCCATATCTCATTCAGTCAGGATGATGCACGTCATCATGTGGaattcttttgttttctgttttttttttcttttggctcTTGTCATAATGGCATTCACACATTCAGTCAAACACTACACAATAGAAATGTGCAATTTTTGGGGCATGTAaggattattaatattacaaacACGTGTATTACAAACAGGCTCAATGCAAGTCTTGTAATTGTTAATGTCTGTACCACAGCAGTCGTTTTCGTTCAGCTAGATAAAGTACTCTATTTGACTGCGAAAGGTTAAGATTTGTCCCATGCTCCTGGTATATTTGTCCAGTGCCTAGTCACTGATATGTgagtttttgtgttgtgttctcCCTTCAGCTGTTTATATATATGACTGGAAAGTGGGAGACTTCCATGGTcttatttcacactttttctatGAAGAATATTTGTGTTTCACTTTATATAAGTACATAAGTTATTTAGCATATCATATTGCATAAGAGCCCCATGAGACTGTTGATAGAGGACCTGCCCAAATGAGGCTTTTAAGGCAGGGCATGAACCGTAAAGTGTGGTTCTCTAACATGATATCACTCCTTAGAACTCCATCATATTTTGGCTATTTAACTGTTTCTATCTCATAGGtatattattataagttatagTGGAATAGCATTGAATGTTAAGGGCTCTATTGTACATGGATTAAAAAGCTTGCCcttatgtcaaaatataatatattgtattactTCAGGTGAACTGTGCTAAATTCATTGATGTTTTGACATCAGGGCTAGTGCTTGGTCCCCTTTTACACTGAATTAATTGCCCTCGATATTTGATAGTTAGCCAGTCAAGAGTAGGTTATAAATGAATCTCCcatttgtaaagttgtgaaaagCCTAGAAGCTTAGAACCTGCTAATCTGCTAACACACAGTGTACTTCAGCATGTGTTGACAGTATTTTATCATACATTTCTTGTTCAGTATCATAGTATGGATAATGGCATGACTTTGGTGTAGGTTAATATGTTGTTCATGTCCATTGAAAAGCAACTGCTGACTGACAGTTGATTGTCTGTCTGTCACATATCCTCATCATGTACATTATGTTAATGTAAACgtttttgtttgttggttttctctgcttttttattgttgtgaACTTGTGTTCTAGTGTTTTATGTTGGAAATGTGtcccatttttttctccttGCCTCCCTTTTTCATGGACATTGACTCTTTAGGATGATAAGAAACAGGGAAAAGGGTCCCTAAGATTTGCTTCACATTTGTTTGcctttaaatattgatttcacaaAGCAGTTTCTTACTGTTGATTTGGTATTTTAAGCTCTTAAGCTAAGTTCACTTGCCTCTTATTGTATGGACATAAATTCCAGCAATTTTTGGTTTATTCTGTAAGGTGGAAAGAGTTCTGAAGCCTAGGTTGCAGGACTGTTCTCTAAAGATTGCTCCTTAGTACCCTATTGATCTCACAAACATGGAACCACCCAACGAGATCCTGCCTCTTGCAGTTGTGGTGCGAAACTCCTGCTTTTTgatttctttacaaaaaatatttataattagaaAAGCTAACATATTAAAACATGCTCTGCTGCAGAGTCTTTGTTTTTTGGCCTTTTTGCCCAATTATCATGTGTTGTTGTTTATACCCAGAGCAACTTGCTGTAACATGCTTTCAAGACTTTGCTTTTGATTACACAGCAcaataagatatataatttaAGATAGAATATAAGACTAAAGCAAGATGTTAAGTAACATAAAGATATATACAGAGATAGTAACTAAAAATGtgaatggaaatggaaatatAGAAACATGCAGGGTGGATACGCCAGTTACATCCTTAAAATGGCTGTGAATGTCTGCTGCGTTTTTCTGCTGAAATATTCTGCTAAAGCCTGATTACTGGACATGGATTAAGCCTAATCTTGAAATAAATTGCAATGTCATTGATGTTCCAGCACTGGCAATCCTTATTAAGTTTTAATATTGGGCAAGAAGCTGACTCAATATTAGTGTTTGTTCATAAAGTAAATCTAGGTCATAGCTGAGACAAATACCTTACTTTACAATATTCTTTGGTTGCTCTATTATTTCATATGCTTTTCAAATTGTCCTTGTGCCACTGTAACATTTGTTGTATTTTTccctttaatattttgtttattcccTTAATATTGTACCCACTTGCACTTTAAGTATGTCCATGTCTTACATTTCATGTCCGACCTCCACAGAGttatgtacacacacagcaaggtcATGTTCAAATGTGAAGTCGCTGCGGTTTGTGCAGTTAACTTTGGgccgtgtaaaaaaaaaaaataaaaaaaaaagtgttgttacAGTAATTGTTACTTTGTAATAAGTTTAAGAGATATTGAAGCACTTAGGCCTGCTAAAATAATATAGTTTTTTCTACTTTCCATTTCCTCTTTGTAGTCATCTCACTTAATTGTTTGTGgtcaaacaaactaaaaaaaaaaaaagacgttgAGGCAAAAAAGAtgtatgtgtgaaaaaaaatatattgtgaaacGTTATACTGTTCTATCAGATCTGAACTCGAGGGGGGAGGGGGCTCTGTCTCTGGTACGTGGACTTGAACTGAACGCATGCAGTGTGCTAAAGTATATGTTATATACTGGGACTTCTTGTGCTAGTGTAGGGGTGGAGTAATGCATGGGCAGTGACTGCAGGGGCTGGTGGAGGATAATATGTGCAGATGAACCAGTTGGTCGGAAACGTGTATCTTTGGTTTGTTGCATTTCATCTTGTCCAGATAAACACTAAGTACTCATAACCACATGAATTTT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Function

GO:

id name namespace
GO:0051260 protein homooligomerization biological_process

KEGG:

id description
K21914 KCTD2_5_17; BTB/POZ domain-containing protein KCTD2/5/17

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU47156 lncRNA upstream 8328 7017313 ~ 7020803 (+) True G35037
TU47150 lncRNA upstream 19214 7005776 ~ 7009917 (+) True G35034
TU47121 lncRNA upstream 86860 6809228 ~ 6942271 (+) True G35012
TU47270 lncRNA downstream 36003 7076688 ~ 7077157 (+) True G35096
XR_002649863.1 lncRNA downstream 75170 7115855 ~ 7119167 (+) True LOC111192361
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TU47277 lncRNA downstream 75440 7116125 ~ 7119127 (+) False LOC111192361
XM_007259325.3 mRNA upstream 972 7021847 ~ 7028159 (+) False LOC103033683
XM_007259326.3 mRNA upstream 972 7021938 ~ 7028159 (+) False LOC103033683
XM_022669032.1 mRNA upstream 972 7021996 ~ 7028159 (+) True LOC103033683
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XM_015608397.2 mRNA downstream 2797 7043482 ~ 7056429 (+) True slc16a5
XM_007259332.3 mRNA downstream 2798 7043483 ~ 7056429 (+) False slc16a5
XM_007259334.3 mRNA downstream 17223 7057908 ~ 7068528 (+) True LOC103036712
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TU48150 other downstream 3953676 10994361 ~ 11001539 (+) False dock1
TU48151 other downstream 3953676 10994361 ~ 11001805 (+) False dock1
TU48301 other downstream 4760773 11801458 ~ 11802204 (+) True G35903

Expression Profile