RNA id: XM_007236502.3


Basic Information

Item Value
RNA id XM_007236502.3
length 5716
RNA type mRNA
GC content 0.41
exon number 3
gene id pdp1
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035899.1
NCBI id CM008302.1
chromosome length 74127438
location 6991903 ~ 7001192 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

CCTACCTGCGGTTTATAGAGTGATAGTCCTTTGAGAGTGGTTTGTAAAGCTGCATTGTTATGGCGGCAGCCTGCCAGTTTTTTCGGCTAATCCGTGGCAGGGAGTTGGGTCGGTTTTGGGCGCCTTCTGTTCTGTGCCAAAATTGCTGCCTTTTTCATCACCCCTGCCATGGTGCATACCAACCACTTGCAAATTCAGACTCACGGTGGAACCAGTCACGAGCCTATAGGACTTCAATTGCACGGCCCACCTACTACCTTACACCACCTCAGGTCAACAGCATCCTGAAGGCCAATGAGTACAGCTTTAAAGTGCCAGAGTTTGATGGCAAGAACCTCAGCTCAGTCATGGGCTTCGAAAGCAACCAACTTCCGGCCAATGCGCCCATCGAGGACAGGCGAAGTGCAGCCACCTGCCTGCAGACTCGTGGCATGCTTTATGGTGTATTTGACGGACATGCAGGTTGTGCTTGTGCCCAGGCACTCAGTGAGAGACTCTTCTACTACATTGCTGTCTCCATGCTGCCACACGAGACTTTAGTCGAGCTGGAGAATGCAGTGGAAAGTGGACGCCCTCTTCAGCCCATACTGCAGTGGCACAAGCACCCCAATGATTACTTTAGTCGTGAGGCTTCAAGCTTGTACTTTAACAGCCTGCGCACGTATTGGCAGGAGCTGCTGGACCTGAGCACACCCGGAGAGAAGCCTGATGTTTCTGAGGCACTGGTGAACGCCTTCAAAAGACTAGACAATGATATTTCCCTGGAGGCGCAGGTGGGAGACCCCAATGCCTTCTTGCACTACTGGGTGCTGCGTGTGGCCTTCTCTGGAGCTACAGCTTGCGTGGCACATGTGGACGGAAATGATCTACATATAGCCAATACAGGTGATGGCCGAGCAGTGCTGGGTGTACAGGAACCTGATGGATCCTTCTCAGCGATGACCCTCTCCAATGACCATAATGCACAGAACGAGTCAGAGGTGATGCGAGTGAGGTCCGAACACCCACGCTCCGAGACCAAGACTGTGGTGAAACAGGACCGCTTACTGGGCTTGCTCATGCCCTTCCGGGCCTTCGGTGATGTCAAGTTCAAGTGGAGCATCGAGCTGCAGCGGCGTGTGCTGGAGTCCGGTCCGGACCAGCTGCACGAAAACGAGCACGCCAAGTTCATACCACCCAACTACCACACGCCCCCTTACCTGACAGCAGAGCCAGAGATCACCCGGCATCGGCTGAGGCCTCAGGACCGCTTCCTGGTCATTGGTTCAGATGGTCTGTGGGAGACGCTGCACCGGCAGGAAGTGGTACGCATCGTGGGTGAGTACCTGACTGGTGTCCACCAGCAGCAGCCCATCAGCGTGGGTGGCTACAAGGTGACCCTGGGCCAGATGCAGGGGCTGCTGCAGGAGAGGAAGGCCCGCGTCTCCTCAACCTTTGAGGACCAGAACTCAGCCACTCACCTCATCCGGCACGCCGTGGGCAGCAATGAGTTCGGCACGGTGGATCACGAGAGGCTCTCAAAGATGCTCAGCTTACCAGAAGAACTGGCCCGCATGTATAGAGATGATATTACCATCATTATTGTGCAGTTTAATCCACATGTCATTGGATCACAGCAGAACTGAGCAcaacctttttttattagtgctgttttgctgttattattttttttttctgttacacAGGCTGTTACTCGTGCAATCGCTcacaaatagttattttatttgctttggCTGTGGGTTTCAGTTCTGGTCCTGGATTACTCTCGTCTTGCACATTTTAGGGTTTGCATCATTTACTTAACCCTCTGGAGAAAACACAATGTATAGGCCAAGGGTTCTCCAGAAACAGGGTTGAAAGTCCCCGTTCTCATTAATCTAAGGCTATGCAGCATCTAATGAGTGATGTTTTCTAACCCAAAACCCCTCTCGCACAGTATATTCATTCTGCCTGACATTATGAGGTCATTAGGTGGGCAAAAACTATACACAACTGCATGCATGCAAAAAAATCAGTCTATTTAGTTGCTGCACCAAGTTATGTGAAAGCAGGGCTATTGTGATATCTTTATGGAACATTTAGGTTCTAacatattatataacattaagCAGTTGCCTAAagcaacatttatttaatatgtagCCAGCAGTGGCATGGCCGTAGATTAGTTTGCACAAAAGAGTATTAAAAGTTTTTGGAACATCCAACTTGCCATCTTTCTAGTAATCTTTAGGTATAAAATACTCAGTGCACGTAAGTAACCTTGACTCAGTGGCACGCTGAATTATGTGTTTCATTGCTAACTACCacaatgttttacttttttaaaatctagGTTTGTTGGTACCTGAAGCCTTAGCTGTTCTAAAAAGGTGGCAACAGTATAATGAAatggaatattttttaaaatcttttttaaactgGTCACGcagtttaataaatagttcatCTCTTATTTTAGGTTGTCAGTTCTCTTTGTTTTGACCAATTTAATttgttcagcaaaaaaataaagaagcacACATAAGCTATCACACATCTTGGCTGAATGACACAGGATAAGTCATCAGTCaggttaattaaattttttaaccaaatattctgactgttttaaaatttaaatgcaaatgactGGGAAGAATTTGGAGAAAAATGACTTCAATCATTTTTCCTATAGTCAAACATTGCTTAGACCCTGGGCTAATGCTGAAGGCAATATCCCCAATCATCACTGTAGTGTAGAATACTGAGGGAATGAGTAAATGAGAGGCAGCGCACAAAAGGGAAGTTTTGTGAAGGTGTGAAAGTGGATAACAGCTAGTACAAACCTACAGTTTGTAGGTCTAAAGTTAGGGTGTGTctgagtctttttttattttattttaattaatttattcattttttgtattgtttttaccACCTCTGCTACAATATTTGTAGCAGTGAGGCCAGACTTTAAGGACTGAGTTTTGACATGCTGTGGGTTGGGTCGTGTggtagaaataaaatgatgccTAAAATGTGCATCACAACAGGTAATTCGTCATGGTTAACAGGATTGTTATAAATAAGTGTCAAAAGTTGCTGCTGTTTCACAATGCATATTAAATTACtatattaacactgttttaatgaAACCTATGCTGGCCCATACGTTAAGTAATAATCCCACACTTTAAAGGCCAGCTGGCATAAAAAAATAGTCGTAAGGTTTGGATGACCGCAACATAAAGTCTTAAGCTATAAAGGCACACCTTACCCACTAGGCCTGTtacgataattacattataggCTTATCACACAATAAATAGACATGAccttaataatatttgataGCTGTGATATTGTCAGTCATCACTGTTGTGATCATACAaagattgtgtttatttgtatgtttgttcacagtGAACATAGTATCTTATCCAGGCATGCAATGACCAGTGCTTTAGTAACGGTGACTCCATAGACACACTGTGGACTTTAGTAGGAGATGAAACTGTCAGTAGCATTGAATAGTCTTAAATGACTATCGTTTATTGCAATTTTTTCTGTAACAAAATATCAcccataaaatattgttatcgtgacaggcctatccaacattttaaaaatttaacttttcttgtcttgggTGTAACAACTGGTGaataaaatatctgtaaatTGAAAGTAATCTGCTGTataagagctgtatatacattacTTCTACACATTATGAGCTTATAGACACAATGCCTCACTCAATCtaacacttttataaaagtCATTATGTGACACCCACAGCCATAACACAGGTCTAAATGTTCAAATGAGAGCTAAGATGTACAGTTGAACATCATGTGCCAAAACTTTAGAAGTCTTGTTTACTCTGTTTTAAATaacttattattactatattagtTTCTTATTAAAGAAATGAATGAACCTTGGGAGAAGGTTCAGAATATTTCTAGGTGCTTGTGTAAGAGAGAACTGAACCTAGCATCAAAGATCTGCCTTAGTCAAGTACAAATTAAGTGTTGTCTCTAATCCAGAATGTGACTTACAACATATTGACTTTAGCAGTAGAGCTAGAAAGTTGAATTTCAAAAGGCTTAATTGCCAAACATTTCATAACACAGATTGATTGTAAATTATAGTGATGTGGATGAACAGATCTGGATGAAAGATTCTGtttttctaacatatttagggtcAGATACAATTTTTGCATGCTGTTGGTGAGCTATTGGTGATCAGACAACATATCTAAAGCACTTGTAGTTTGCATGTTCCAGATTTTCCTGGATTTTCACAGTTATCCCAATGAGCTACCAGTACCAAATACTACCAATATCCTTATCTATAGCACATGGGTGTATCTGACTTAATTTAGTGTTAAATTGATGACGTTTAATCTTTAATTGACAAATCTCTTAGGGTACTCCTAAGTAAGTGATGGTAAtaggtttgttttttgtatcaGATTTTATCACGGTCATAATTGTTGCTTTACTTGGAGATTATTTTGCAGTTGTTTGAGAAGAAGCAGATCCGATCTGTACCATTTCCCAATTCCAGTCTACAGATACTCTAAACCTTTTTACACCTGATAAGCCACATAAAACACCAGACTCATTAAAGCCTCATTTAAACcatatacaaatattgtcattttcaaATTTGTCTGAGATGCTTTTGAGCAACATTTCTAGCAGTACTTCAGTACTAATTACTGCACAATGAGTCAATTTGCATATTTCAGTCTTATGAACCAACATGTTTGACTGTCAGGTTGTAAATGCATGTTGTCCCTGAGGGCTGGGTTGGGAAATACTGGTCTGTGTAATGTTTGTGTAATACCCATGCTATTATCATCAGTTACAAAATGAGCTGCATGGACTGATATATTCCCTTTCTGTACTCTTCATGACCTGATGTTACACTAGGCCTGACCCCTTGGCACTCGCTGCAGTCCTGAACTGGCTCATGTGAGTGGATGACTGCATAGCAGGCCAAAAATAGCTCCTCTCGCCCTTACTCTGTGTTGTTGTACATTGTGTTTGAGGGTTTGGATGTATGTCCTTCAGGTTAAGAATGTTACTGCAGAAAGTACACAGCCGAACTTCTCTAAGTGGATACCCTGATGTTTTCAAGCTTATTTTGTTTTGGTCATTTGGTTTCACCTGGACATTTAGGTGAATACCTTCTTAGCTTCTTAAAGTATATGGAGACTACCAAGCTGGACTAAGATCACGGTTCAGAATGATAGATGTTTCCGTTTTTCAGATCActcctctctgtctttttttccgTCCCTTATCTTTCTCTCCATTTGttcatgtgtgtttgtatgttttatagCTATCCTCAACCCCATGCTGAGCTCAGAACCATGAGTACCAGCTCTGAAGTGGTTGCCGTTTTGCCTGTAGGCTCATTTTTTGCGCTCTTGTACAGATGGCAGAGGTTGTTTGACTTTGAATGTTTGACACAGTAAAAGATGTGTACATATTTACCTTGACGTATTTATCTTGAGAAATGCTTGCTTAATACTTGAAGGTCACTTATTCAGCTTAATGCCTTTGaagcattaaatatatattaaatatttacaacttGCAACAGGTGTATTTAACAATATTACCACATGTACTGGTGTATGAATTGAGAATGGTTTGGTTGGTAACTCTGGTATTTTGTATctagaatattttaataaaacattgaatgtcAA

Function

GO:

id name namespace
GO:0006470 protein dephosphorylation biological_process
GO:0046872 metal ion binding molecular_function
GO:0004722 protein serine/threonine phosphatase activity molecular_function

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU22912 lncRNA upstream 64986 6926771 ~ 6927019 (+) True G16968
TU22749 lncRNA upstream 90094 6901222 ~ 6901911 (+) True G16845
TU22742 lncRNA upstream 191869 6689720 ~ 6800136 (+) True G16839
TU22740 lncRNA upstream 307898 6674715 ~ 6684107 (+) True G16838
TU22712 lncRNA upstream 346008 6643184 ~ 6645997 (+) True G16811
TU22914 lncRNA downstream 2934 7004126 ~ 7020232 (+) False G16969
TU23037 lncRNA downstream 336239 7337431 ~ 7339982 (+) True G17062
TU23046 lncRNA downstream 350426 7351618 ~ 7355186 (+) True G17070
TU23167 lncRNA downstream 427816 7429008 ~ 7429319 (+) False LOC103032995
TU23172 lncRNA downstream 434709 7435901 ~ 7436615 (+) True G17180
XM_007229462.3 mRNA upstream 69643 6918058 ~ 6922362 (+) False ino80c
XM_022679630.1 mRNA upstream 70163 6918058 ~ 6921842 (+) True ino80c
XM_007229460.3 mRNA upstream 350070 6606985 ~ 6641935 (+) True tmem245
XM_015604598.2 mRNA upstream 350070 6606986 ~ 6641935 (+) False tmem245
XM_007229461.3 mRNA upstream 388130 6593467 ~ 6603875 (+) True frrs1l
XM_022679656.1 mRNA downstream 100389 7101581 ~ 7111945 (+) True LOC103046513
XM_022679659.1 mRNA downstream 100389 7101581 ~ 7111945 (+) False LOC103046513
XM_022679661.1 mRNA downstream 100390 7101582 ~ 7111945 (+) False LOC103046513
XM_007236512.3 mRNA downstream 141176 7142368 ~ 7172757 (+) True esrp1
XM_007236513.3 mRNA downstream 141177 7142369 ~ 7172757 (+) False esrp1
trnat-ugu_6 other upstream 324112 6667821 ~ 6667893 (+) True trnat-ugu_6
trnat-ugu_5 other upstream 332532 6659401 ~ 6659473 (+) True trnat-ugu_5
trnat-ugu_4 other upstream 335377 6656556 ~ 6656628 (+) True trnat-ugu_4
trnat-ugu_3 other upstream 337060 6654873 ~ 6654945 (+) True trnat-ugu_3
trnat-ugu_2 other upstream 338349 6653584 ~ 6653656 (+) True trnat-ugu_2
TU23483 other downstream 1674427 8675619 ~ 8716787 (+) True G17414
TU23546 other downstream 1915394 8916586 ~ 8921656 (+) True G17443
TU23528 other downstream 1916783 8917975 ~ 8921656 (+) False G17443
TU23538 other downstream 1931515 8932707 ~ 8950159 (+) False G17443
TU23933 other downstream 3280032 10281224 ~ 10281976 (+) True G17745

Expression Profile