RNA id: XM_007257029.2


Basic Information

Item Value
RNA id XM_007257029.2
length 5735
RNA type mRNA
GC content 0.39
exon number 11
gene id dcun1d4
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035899.1
NCBI id CM008302.1
chromosome length 74127438
location 63318652 ~ 63334868 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

TCCATCGTCCACCTAAATCATCGGTGGGCATGGGGAACAGTGACATATCCCGCCCACTGGCCGGTCTGCTGCAGCTTCACACAAATACAGTTGAGCGTTTCATAAAAATGCACTCAGATGCGACAAATTTTCAGCTGAACTCCCACTTGTCCACACTGGCCAGCATCCACAAGATCTACCATACACTGCACAGGCTGAATCTGACCGAGGACGTTGGGCCAGACACTCACGCCACAGCCTGCTGCTCCAGAGCCATGCCCCCCAGGAAAAAGAGGAGGCCCACAGCAGGAGATGACCTGTCCGCCAAGAAGAGCCGCCAGGACAATGTTTACAGAAAACAGGAGCCATCACACATTCAGGAGGCAGAGGCCTTCTCTAATAAGAGATGTCTGGAGTGGTTTTATGAGTATGCAGgGTGTGATGAGGTGGTAGGACCAGAAGGCATGGAGAAATTCTGTGAAGATATCGGAGTGGAGCCAGAGAATGTCGTGATGCTGGTGTTAGCCTGGAAACTGAATGCCCAGAGTATGGGCTACTTCACTCTTCAGGAGTGGCTCAAGGGGATGGGCTCTTTGCAATGTGATTCAACTGAAAAACTCAGGAATTCTTTAGACTACCTGAGGTCTATCCTCAATGATGCCACCAGTTTCAAACTCATTTACCGATACGCCTTCGACTTTGCCCGGGAGAAGGATCAGAGGAGTTTAGATTTAAATACTGCCAAGTGCATGCTGGGACTTCTATTGGGGAAGACCTGGCCACTGTTTCCTGTGTTCAACCAGTTTCTAGAGCAATCCAAGTACAAAGTAGTAAATAAAGACCAGTGGTGCAATGTTCTAGAATTCAGTAGGACCATCAACTTAGATCTCAGCAACTACGATGAGGATGGGGCCTGGCCAGTGTTGCTGGATGAATTTGTGGAATGGtacaaagacagagagatgtCGTAGCGACAGTTTCCTTGCCTTTGACACCAACAACTAGAAACTAATCGGCAACAAAGCACCAAGGCGACAATGACAGAAACGGCATAGAAACAAAGGTCCACAAAGAAACAAAGCATAAACCTGAACCGGCTGGCGCAAACTGTAGGTGTCCTGCCAGTGATgagtagcgtgtgtgtgtgtttgtgtgaatgaatgaatggatggatcaGTGAGTGAGTGGTTGAGTGAATGCGTGAGTGAATTATGGAGAGactgagtgagcgagagagagtccTGTAATGCACCAGTTCACATGTTGCCCTTCTCACCATTTTTATGTGAGGGTCACCACTGGTGAATCGTAGGACAAACTGCACCTCAGTCCTAAATCCCCACCTGATGTCCTCCCTGACATGCAGTGCACCTTTGGGAAAGCACACAGCCAACCTCAGTGCCGCTCCCTCCCACCCTACTGTGACGTGTCATATTACTGTGAATGTTTTGATGGGCGTTTAAGAGCAGTTGTATTCTCCACATGGCAGGGTATCTCCAAACAGGCCCCTCcccctttttactttttattcttaGTGATTTTACGTAATAATGCCATGGCATTGATTGCACTGGGCCTTATTTATCAAATACGAGAAGGGTTAAAACGTATGTGTGAGTCCTCAGCTTCTGATGTATTTTATGTGAAAATACAGCATCCAAACAAAAGATGTTCCCTTTTCACTTTACTTGCTTTTATAGAGAAATACACTATTAATCGACTCCTTCCCTTAAACAGCACGATAAAGTCCAGTTAGACTGGAGTTAGACTGAATTGGAGTGTTTACAATTAAATTGTAAGTTACAAGTTCCTAAAATTTGGAGTGTTTTATGTATTAAGTTTGCACATATTGCTTTAAATCCACCATTTCCACAGGGTAAATGAACagtaacttaaaatatttaatataaattgatccttatatattaattatataggATCATAATGACTGTCATTGTTCTGCACATATTTGATAAATGAGGCCCAGGCTGTGTGGAAAACAGATGAGACATGTTTGTGTATTCAGTTGGTTTggcctttttaaaacattcttcCTTTTCTTAATTTCTGTATAACACGCTGTATGTTTACCTGTGTGTGTTATCGCTGGCCGCCATGCTTCCAACGTTGCTTATGGTGGtcttcacactggagaaaagtTACCAGAGCACATTACAGTACTTTAGCTCCATTTCGTACAGTGTCTCACTTTGCTCAGGATACACTACATCCATGTGTGATCCTGATTCCGAATCTATTTCTGTACAAATTATTTCTTCTGTACCTCAATAGCACCTTTCAGTAGGCATGGAAATGCCTATTTatcacactttttattttctttcttcgtTTTTGATGGTTGATTCAATTGGATCTGTTAATGCTGTTAATCATACCTGAACTTGTACTAAACTGAGTGGCAACAGTTATTAGGTGTGAAGCAAAATGAACTTCGGTGTGGCAGATTTTATGAAGTGCCAACTATAAGAAATAATGATTGTTATGAAGTAATAATTAAGTTGccattctttttctgtttttaggcCTACTTTATGTTGTAGTTCCTGTGGTAACACTTTCATGAAGGGCTGCTTTCTAGTGGCTACACTGCACCTAGTCAAGTCTTTTATTTTAGTTGAATTAAAACCTACAGTATCGCACAAAAgtaagtacacccctcacatttttgtaaatattctatatattaaatatctttTCATGAGATTACACTGACGGTATGATACTTTGATACAaagtaaagtagtcagtgtacagcttgtattaCAGTGTGAATTTGCTGTGttttcaaaataactcaacacacagccgttaatgtctaaaccacgggcaacaaaagtgagtacacccctgagagaaaatggccaaattgttCCAAATTAGCCCTTTTCCCTCCctggtgtcatgtgactcgttagtgttacAAGTTCTTGGGTGCAGATCAGTTAAATGTGGTGTTTTGTGCAAAAttctctcatactggccactggatattcaacatggcactgagttattgagttattttgcaGACACAGTAAATGTGAGATATACGTATACCTTTTCATGGGAAAACACtgaagatataataaaatacctacataaatgtgaggggtgtactcatgTTTGTGAGGTTCTTTATGTACATGTTTATAAAagcttattttaataatttgtctGTTATGATGAGGCTTTTATGGGGTGAAATTAACACAAGCATAACTCAACTAATACtggtttgaaaatgtttttctgAACTCTATGTAGATTTATGTTATGAACAGCTTATGTAGGTACTGTGTAGCCTTTAGAATGCTACTTTTCAGCGCAAAATCATTTTAGAAAACTTagcacttttttctttactgtggCTAATAATTTGAGACATTGTGGTGGAGATGATATTGCTGACATTAGATAAGTGAGGCTAACAGTTAAATGCAGGAAAGTTTGCCAAAAGTTAGTAGTTAGATTCTGGCCACTCTCTAGCTACAGATTTTAagtgttacatttcttttatcaCTTAGTCTTCATGCTGCTTTCACTGCAGGGAGTTTTCTTTGAGGCTCAGTGTGTTATTGTCCCAGGTGTGTATGACTGTTTCCTTGAGTTTTGAATGGACTGTAGATTGCAGACGCTGCTGTGCCCTTAGATTGAGTTCATGCCCTCTGGTTGAAGTCTGTGTTGGCGGTGGGCACAGCCTCCGGTTGGCCAACTCTGATAGATCTCCCACAGAATCGTACAGCTGTGAGAGTATGAGGCCATTCCACTTTTTTTCCTGTTGTTCCAAACAAGTGTTCCTTTGGACAGTTGCTCTCGTATTGCAAAAGTAAACCGGCGATATGGAGACAGGCTCTTGAAGTGAAACAAACTTCCACAGCAAAGACCTTAAACCCATAGTGACTGTTGcagagcaaccacttaacacTCTAGTtacatttgtaaaaatgttcagttttgTCTCTGGCTGTGATGTGAAGCTAACTTGTCTTTGGAGTGAAAAAAGTGTGCATGCATGCTCCACTCCCATCAGAGCTGTCTGTGaataaattccttttttttttttgtaaattttgtgatttttttgtacAGGTATTTGTGGACTTGtgcttatttttgtttccaGTCATGCAATCttaatgctttataaaaaaTCATGGTTGTGTGATGGTATTTAGAGCTTAAACACACTTGTAACCTCATTTGCTGAGATGTTCCTCTTTGCATTACTTTACTGTCCCACCATTTTCACCAAGTGCtgaactccaactcccagaagtCATTGCGGCATTCAAGGTTATTTGCAAATAATGTCACATTCTGCTCACAGCATCAAATGCCCAACGACTGTTTGCTTtccattatttttcatttaaaatggtTTCTTATAAGATGTATTGTCCCTCTTCTTGGTTGCTGCGTCATTCcaactgtaatatttttatatttattttttttagacttcATTTAGTTAAAACTAAATTGCACAAAGTCTGTTGAGACCAAAGTCTCATTCTCTATGGTGGCCATGTCAGTCTGAAATGCATAAAGGCAATAAAGGAATACAAATTCAATGCAAATACATTAGTTAGAATAATTTAAGAACTAACTGGTAATTATGAGCCTTCCTTATATTATAGTACGGTGACATGATAACATTATAATTCTTACCCAAAACCAGAAATaaaggtctgttttttttttgggaatgCATTTACATCTACACAATAGATACTTGTTAAAATCAGACTGGGAGAAAATGTGATTCCCTTATTCATAAGTTTCATAACTTTGTTAATGCTAAGCTGACTTGAACACAATTTATGCCTGGAATAAATTTaccattcaatgtttttcttttaatgtattaaattgtaCGTATTAAAGTGTTGAACAAAATGTATAACCTCTGTACACCTCTAGAGGTATAACATATTTGAGTTTATGGTATTGGCTGTTGATGCTTACAACATATGAGTTAAAAAATTGTATTAACTTGGTTTATTTTCCCCCCAGATGCAGTCGATTAGCCAAGACATGTTTAGAATGACAAATACTAGGCTATTGTTGCTAAAAACAATGGACGTAGACTGTCACCTATTTCTTCTCTGTAAATACATGCCCCAAACATCCAGATCTTCATTCGTTTGAAAGAGACAACTCTtttatgataatataataatttacaaaATGTATGATTTACTTTgtctataaaaaacacattttcatttatCAACTGCATCTGGGATCACTGAttaaccatttttttatatgattaaaattttgtttagccaaatatttaatttaatagggATTCAAGTCAGCGGAGGGTTAGGATATCAGGTGGCGACCCTAAATTTGTGATATGTTAAGGAGTTAAATGTTTATACTAGAGTTAGATACGATATATTACCAAATTTTACGTGAAATGGCAACAAACCCACTGTGATGTGCATGCTAATTAGAGACCATACAGTCTAACATTGCCATAGACACTTTTTTGTAGGTTCTTTCATATAGCTGTCTGTGCCTCTGAATGAAGAAGGGTCTGCTTTGAAAGTATGGAGATGTGAAAAGAAGAAGCAGATCTCTTAGTCATGACTGTTTTTGGTGGGAACGTTGGCTAATGCAGGGGGCTGAACAATCTCATctgactgtatatatgtatggatgtgtgtatatgtgtttgttttcacTGTAACCTATCTCTACGTTCAGTATATAAAGGGGTTTATTAACGA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
XR_002649739.1 lncRNA upstream 20524 63297863 ~ 63298732 (+) True LOC111191941
TU40658 lncRNA upstream 31122 63263950 ~ 63288134 (+) True G30335
TU40634 lncRNA upstream 169041 63149666 ~ 63150215 (+) True G30314
TU40631 lncRNA upstream 176588 63139298 ~ 63142668 (+) True G30311
TU40572 lncRNA upstream 201841 63116862 ~ 63117415 (+) True G30280
TU40763 lncRNA downstream 98963 63433831 ~ 63435982 (+) True G30383
XR_002649180.1 lncRNA downstream 131375 63466243 ~ 63468751 (+) True LOC103041812
TU40768 lncRNA downstream 131407 63466275 ~ 63468617 (+) False LOC103041812
TU40773 lncRNA downstream 192653 63527521 ~ 63550200 (+) True G30393
TU40942 lncRNA downstream 922246 64257114 ~ 64269674 (+) False kit
XM_007257028.3 mRNA upstream 4299 63307949 ~ 63314957 (+) True ociad2
XM_007257027.2 mRNA upstream 23533 63290134 ~ 63295723 (+) True ociad1
XM_007257026.2 mRNA upstream 23570 63290134 ~ 63295686 (+) False ociad1
XM_007257025.3 mRNA upstream 184519 63132960 ~ 63134737 (+) True zar1
XM_022664317.1 mRNA upstream 188156 63123306 ~ 63131100 (+) True slc10a4
XM_022664370.1 mRNA downstream 30806 63365674 ~ 63379522 (+) False spata18
XM_022664364.1 mRNA downstream 30808 63365676 ~ 63379522 (+) True spata18
XM_007257035.2 mRNA downstream 186677 63521545 ~ 63524944 (+) True rasl11b
XM_022664403.1 mRNA downstream 429901 63764769 ~ 63822100 (+) False fip1l1
XM_022664404.1 mRNA downstream 429901 63764769 ~ 63822100 (+) False fip1l1
TU40444 other upstream 476213 62839235 ~ 62843043 (+) False LOC103045797
TU40175 other upstream 1383173 61926106 ~ 61936083 (+) True LOC103046322
trnad-guc_1 other upstream 1622385 61696800 ~ 61696871 (+) True trnad-guc_1
trnad-guc other upstream 1625972 61693213 ~ 61693284 (+) True trnad-guc
XR_002649037.1 other upstream 2875749 60430861 ~ 60443507 (+) True LOC111190190
TU40713 other downstream 866 63335734 ~ 63345693 (+) True G30362
TU40718 other downstream 866 63335734 ~ 63345693 (+) False G30362
TU40730 other downstream 866 63335734 ~ 63345693 (+) False G30362
TU40731 other downstream 866 63335734 ~ 63345693 (+) False G30362
TU40712 other downstream 1059 63335927 ~ 63345693 (+) False G30362

Expression Profile