RNA id: XM_007259872.3


Basic Information

Item Value
RNA id XM_007259872.3
length 7700
RNA type mRNA
GC content 0.39
exon number 9
gene id LOC103044694
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035899.1
NCBI id CM008302.1
chromosome length 74127438
location 39223883 ~ 39246614 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

gagagagagagagagagagagagagagggacagggaCTCGGGGTTGGGGAGAGACCGCGGTGTTGCAGTGAGCGCAGGGCGGAGAGAGGCGCGCTTTGTCCGGGCTGAGCTGTGTGTCTGCTCCCGCGGCGCCATGGCGGCTCCGCTGGCTCAGTTCGATGAGGACTGGCAGGACTTTAACGAGTTTAAAGCGGCCGGGGAGGAGCAGAGCTCCGCCGACAGGCTGGACCGGCTCAACTCGAACGTGGGCGAGCCGGGCCTGGAGGACTTCTCCGACCTGGACAACAGCTTCTCCGGGGAGATCTGCAGCTTCAAGTCCATGGAGGACCTGGTCCACGACTTCGACGAGAAGCTGACCGTGTGCTTCAGGAACTACAGCGCCACAACCGAGAACATCGCGCCCGTGAAGCCCATCACCGAGGAGAGCTTCCTGAAGGACGACGAAATATGGAATGCTCTGACTGACAACTATGGGAACGTAATGCCGGTTGATTGGAAGACGTCTCACACTCGTTCTCTGCACCTTCCTACACTCAATCTCTGCCAGCAAACGGTGGATAATATGAATCTGGATCTGTCTGATGATGAGGAGCTTCGGGAGCAGATGGATCTGCACTCCATTATTGTCTCCTGTGTTAATGAGGAGCCGCTGTTTACTGCTGAACAGgtgATAGAAGAGATTGAGGAGATGATGCAGGAGTCTCCAGACCCCGAGGCTGAAGAGAGTCCATCCCAGTCTGACTTGTCGATGCTCTCTCACGAGCTGCACACACTCTCCCACTCCACCTCCACCAGCAGCTATGAAGAGCGTCTGCGTGGTTTGGGAGTGTGTGagctggaggagctgctggaggaggtggagagggAGATTCGTCGTTATTCAGAGGAGCTGATTGAGCAGCTAGCTCTGAGGGATGAGCTGGACTTTGAGAAGGAGGTGAAGAATGGCTTTATCTCCATCCTTATTGATGTGCAGAATAGACAGAAGGAGCACCGGGagatgatgaagaggaggagaaaggtGAAGAGTTCATCCGGGACGCAGAGGAATGAGCGCACGCACCTGCCTGGAACTcTCTTCAGTGTGGAAGGCCTTTCTTCTGTAATTCAGAACAGTCTCCGCCAGACTTTTGGAGGTTCCGGAGGGGACAGACAGtATTTGACCACAGTTATTCCGTATGAGAAGAAAAATGGCGCCCCATCAGTTGAGGATCTGCAGATCTTAACCAAGAttttACATGCCATGCGGGACGACAGTGAGAAGGTTCCCAGCCTCCTAACTGATTACATTCTCAAAGTGCTGTGTCCCACATAGACGTAGCAGCAGAACCTTCCTGAAGGATCCGATGTGGTTCTGGACTAGGGCGGTTCCTCTTCCTCTGTGGTTCTTCCTTCTCTTTAACACCAAACAAGAGATTCCTCATAGCtctttgtttatgtgtgtaacagtgttttaatgtttaggtATGACGCTAGTTTTTTGTTAGTTAGGCGTACTTGGTCTCGTCTTGTTTAGCTGATAAACAGTATTCTCCCTCTAAGAGATGAGCAGCAGGAGCGTGCCGTGATGCCTAGGTCTCTGCGTGAACGGGTTCTGTATGAAGCTGCATGCTGTGCATGGGTTTCATAatgttcatgtttgtttatctgaAGTCCAACTTTCTGTTGGGCGACATCTCTAAAAtctctaaaaaaggaaatatccAAACAGGAAAATTCACACTAAACTCTCTCATCACATGTAGACAAGCATGATTTAGCGTAGGGTAGCCTAGCGTAGCTTTAACATTTCTTATAGTGTCATGAATATTTCAAAGCAATATTTTCCAATGCAGTCACTTTAAAGCAATAGTTTAGTAAAAGCTCCTCCCCCATGCAAGACCTGATTGGTGTCTGAAATAGTACTTTGCCCATAAATGCTAGTGTAGCTATATTAGCATAGTATGTAACAGCAGAGTTTAGACATGCAGTTAGTACTAAGCTTATTGACTTATTAGATTAGCTTACATTAGCTGCAGAGCACCTTCAGACACTAAAATTCTTAACTGtccaactaaattaaaattttatatttgctgaactatcactttaatgtttttagttttatatgaAAGTGGTGATGAGCAGGACTGTTTTGGTGTACAGAACAAACATCTTAGCGAAAAGCTACTGATGATATTTTGTATTAGCCAATGAAATTTTCAGAGATTTGTAGTTTTGATAATGTAATTTGCAAACAAGTAAACAACAAAACGTTGAGGTGTCAGAGCCGGTAATCATAGCTGCAGTgtctgttagcggttagcatatCACTGTGTCCAGGGTGTCcttcatttattaaacaattcCTGTTCAATAATGTTAAAAGTTAAGCTTCACTTCCACTCCAAACAACTATGGCAGATGTTTTCTGTCACTGTAGTGTAGtagtgctttaaaataaaaaagaaattgacTTTACAATAATTTCTAGATGATAAAATGGAAAAATTCTGGATTTAAGCGAGAAatcattgatttaaaaaaggatGCTGTGGGTGGTGTGGGATATAAGCGTAAAGCTGAATTCCTGAGGTAGCCCTGCTGGCTAACACAAATCCAGTTCCtgtcacacacatacagaatgatttgatttgatttgtttcttttcttcatattttagcTGTCTGGTAGTTAACGCTATTGTATGTCCAGAGGCTGGTATGTCCACTGTAAAGATCTTTACAGTGACGTTTTGGTTTGACTCACAGAAAAGCCAAAATCTGGCTTAGCAAATCTCACTTATATGTTGCTAACAATAGCTATTTTTCCACTGAAATTATTGTTTTCAGTTTACAACCTGACCTagacataaacaaacaaaaatcataTCGTGTATCATTTCTGGTCTCTATTTAGGACATTCATCTAAGATAGAAATGAGTGACGTGCAGAAGCTGCTAACTCCAgtggcagctaatgctaacatagCTCTTGTGTTAGCTGTGAACAGCTCTAGCCAACTGTATCCCTGCTACAATTCATCCAGATAAATTGTGGAAGTGGCAAAGActgttatatttaatgttttctgtGTAGAACAAAGGAAAACTATAATTTTGCTGTAGTTCTTTGTAGTGGAAGTGATTTAACATAAGACATCCCTCTCTATGAGAAAGGTCAATAGATAAATTTAGTTTGTTCAggaaaaacaccataaaacCTTTTCTGATTAGTCAAAATTGAAGAAACCGTGTGTAGTTTTATTTTGAATCAGCATTGAACagaacatatttaatttttattaatgacATTCAGTTTGAGTTTAGGTTTTAAAGAAATCACgatcaaataaatacatttaacaatGAATTGATTTAATAGATTTTCAAGATTGATTGATCTGAAGCtttttttcagatctgagctcagagaacagaaaaaaataacatttcagattttgtttcttgatttatgttttttgtctattgttttactctgtttaatttttctttttttatggtgTCAAAACTGGATAGCAGCCGTtgagaacatgtttttttgttatatatatgaTATTCTGTGTAATAACcatgttttaattaataatatcatGCTTGTTGCCCTAGTAACCCACACTGATGGCTCCAATGAGTCTGGTGTTTGTTTACATTGTGTTATAATTATGGTTTTGTTCATAATGGGCGATTTTTACTGGTAGCTTGCATATGGTCAGTCAGCTCGTGTTAAGTCGTACGAGAACGGAGGGCGATTGTGCATGTGTTTGAGCctacacgcgcacacacacacaaacacacgtgtGTTAGTTATGCTGTGTGGATTTTAATTAGAAAGACTTgaaggaattaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagattttctcaACCTAATCTCATTATGCATCTATAGAGTACAGTTGCGTTTCACTCAAAACTAGTAAAAAAGTATAAGAGAATAGGCAGTTTTCTTTAATCCTTTTCTATTATAAATGCTTTTTATGCAggttttctgttctttctgtttaccAATACATATGGGAGTTGTAATTATTGTACttatggttaaaaaaatagGAGTTTTGGTATGTTCTGTTCTGGTACAGTAATTAACTgtattaatagctaaaatatcCAATCATACCCAAAGAGCTGTTGTTGCAGGACTCAGAttaggcgcagtttaatcttcACATCACAGAGTACACTTTTACTGTAGTGACAGCCCTTTTTAGATGCTGCCCAGTTTAAATATGTCCCCTGAACTAGATTATATTGCCAATATTAAGTTTTGGTGGTAATTTTAGCTTTcgtctgtctgtgtttatattGGTACTATGCTTCGGTTTTGGCTGTGAGGATTTCATAAAGCAAACCAAGGTTAAACCTGTTGAATTGGAGATGCAGGTTTGTGTTACAGTGTGCTATAAATAGaatattgttgttattgttattatttaacaCAGTGCACTCCAATTGGACAGTTCTGACTTTGGACATGAATTAACCAGCTAAAGTACTTTGTGAAATACCTTCCAGGTGTTAACAGGTACAGAGCACCCTATACTCAGGTACTAACTCCCTACATGCTTAAACTATGcttgttaaaaatataattactttatacatgcaaacaaaGCAGTTAGTGAATGGAAGTCATGATGCTAATCTGTGACTTTTCACTTTCATTCACTGTTGgcaacatttattattattaaaggcaCTATTCCTTTAAGTCTACATAAACATGCTCCAAAGCCTAGGAATAGGCAAGTCTTCTTATATAATCAAAGCACAAGCATTATCCTTTAAGTACCATTCAGCTGTGAATGCACACACATTGCGGCAGCACTGTAAAGAGCTAATTATCAGTAAACGTTCAGTCGTGTTTGAGTTCTCTGTACAGGATAAGTGAAGTGACCCCTCCAGCTCTTTTATGCATTAATTTAGGGTCTGTTTTTATGACTCTAATCCTCCATATGCTAGCCCAGCCATACTTCATCTATCCAGA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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
XR_002649667.1 lncRNA downstream 14618 39207714 ~ 39209265 (-) False LOC111191798
TU33461 lncRNA downstream 14770 39207480 ~ 39209113 (-) True LOC111191798
TU33456 lncRNA downstream 35605 39187782 ~ 39188278 (-) True G24860
TU33424 lncRNA downstream 70432 39147559 ~ 39153451 (-) True G24839
TU33428 lncRNA downstream 165317 39058005 ~ 39058566 (-) True G24843
XR_002652028.1 lncRNA upstream 226210 39472824 ~ 39480344 (-) True LOC111196213
TU33518 lncRNA upstream 252429 39499043 ~ 39499466 (-) True G24911
XR_002652030.1 lncRNA upstream 267855 39514469 ~ 39524274 (-) True LOC111196215
TU33580 lncRNA upstream 477841 39724455 ~ 39732479 (-) True G24964
TU33623 lncRNA upstream 572662 39819276 ~ 39825981 (-) True G24992
XM_007259878.3 mRNA downstream 20886 39199438 ~ 39202997 (-) True LOC103046220
XM_007259876.3 mRNA downstream 31802 39173990 ~ 39192081 (-) True slc35a1
XM_007259882.3 mRNA downstream 79132 39135818 ~ 39144751 (-) False LOC103047758
XM_022685270.1 mRNA downstream 79133 39131248 ~ 39144750 (-) False LOC103047758
XM_007259870.3 mRNA upstream 4430 39251044 ~ 39273282 (-) True LOC103044372
XM_022685326.1 mRNA upstream 27885 39274499 ~ 39306789 (-) False LOC103034748
XM_022685336.1 mRNA upstream 27885 39274499 ~ 39306785 (-) False LOC103034748
XM_022685329.1 mRNA upstream 27885 39274499 ~ 39306784 (-) True LOC103034748
XM_007259867.3 mRNA upstream 63112 39309726 ~ 39324702 (-) True batf
TU33229 other downstream 296971 38925696 ~ 38926912 (-) False smim8
TU33230 other downstream 296971 38925696 ~ 38926912 (-) False smim8
TU32960 other downstream 946291 38275472 ~ 38277592 (-) False ndufaf4
TU32826 other downstream 1279537 37938829 ~ 37944346 (-) False fam76b
TU33468 other upstream 27021 39273635 ~ 39346869 (-) False LOC103043888
TU33473 other upstream 63116 39309730 ~ 39324690 (-) False batf
TU33467 other upstream 92412 39339026 ~ 39346869 (-) False LOC103043888
TU33469 other upstream 92412 39339026 ~ 39346869 (-) True LOC103043888
TU33508 other upstream 208622 39455236 ~ 39458189 (-) True G24903

Expression Profile