RNA id: TU85697


Basic Information

Item Value
RNA id TU85697
length 4248
lncRNA type inter_gene
GC content 0.33
exon number 2
gene id G63510
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035903.1
NCBI id CM008306.1
chromosome length 40813162
location 13257901 ~ 13311171 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

ttttattgtttaaatgctcAACTGTACGGAATACTGAAGTGTACGATGTACCGTTCTCTTACgttacttcagcagagtggctccactgctctttaatacctgactggtaaaattcatacatagggCACACTGGCTTTGAAGGCACACTGAtggtttttgggaaaattaaaggattttaagtgcgccttatagtctaaaaaatatggtatataccTTTAACCCTTAATTTGCTGATTGGAATGAACAGTAAAGATTAAACAAATTGAGGGGGCTAAGCCACAGGCTAGAGatctataaaaaaatgcaatatctTATCTATTACAGCTGCAGCTCATTCAGTAATGTTTTTGGGGCTCAACTCAATATGTATCATTGATAAAAAGTTAGAAGAACTTACTAGAACTAAACTAAGTTTTTgagttaagtaaaaaaaaatccctgtaatcagttactgtatcattttagtAGGCCTGGCTTTACTgactttttttacagtgtacaggtAGCTTCAGGAACTGTCTAGGAACTGCTGTAACAGGAGGCTTGCAGGTTAAATAAGTGTATAACTTGAAGGTGAAGGGGACAGCATAGGGCCATATCACGTTCTTTGGCCTGCACCATGATCTGAACCCACCAACACAAAGGTGACTGTGTTTAAAGTCAAACCCAGTCACCTTTCCATCACAGAAACTGAATGAAAGAAAGCAAATAATGAAATCCTCTTGGGTTTCAGAATAGAGCAGGTTACTAAATCCATCCTCACtgtctttagatcatgtgttcACATTCCTTGAGAGGTTGAGtgccttttttaatgtaaaatatttaagaaaaaaaaaagcaaacaaggctaagattttattttgtaaaagacACTGGAAACGGTATATAAGGACAGTTATTGATATTTatcttgctttctttttttatttttgttcctgggatttattcatatttattatttggaCCTTTGTTGTATTGAGTGATGTATTGAATACAGTGGGATAATGGTGATTGCATACAGTTTTGTGAAAAGCTTCAAATGGATGTTTCTAGAAGTCTTATAATAGGGCCCGGCTGATATATAGTTTAATTGATAGGTAATAGTTATTACAGATAACACACCATACAGTTCCGGTAATTATTCAGGATTACCAGAACTGTTATTCTATTGTTTTCCAGATACCTTTTACAGAAACTCAGCAAAAAATCAAACATTAACAGTATCAAACATTATAAGACGCATAGTGATAAAAAGTGTAGTCTAAACATGCTTATTTGGCTAGctaactttactttactttactttagccaactacaataatattaataactatattatgtataatatctaatatacagccctggaaatgtttatatgttttagtaaaattaacataattgttttattctataaactacggacagcatttctcccaaattccatattaaaatattgtaatttacagcatttatttgcagaaaataagaaatggctgaaataacaaaaaagatgctgaaCTTTCAGaagtcaaataatgcaaaaaaaaaaaaaacaagttcatattcataaagttttaagagttcagaaatcaatatttggtggaataatcctgtttttaataaaagttttcatgcatcttggcatgttctcctccaccagtcttacacactgcttttggataactttatgccactcctggtgcaaaaattcaagcagttcagtttggtttgatggcttgtgatcatccatcttcgtcttgattatattccagaggtttttaatgtggtaaaatcaaataattttcatttttaagtggtcccttaattttttcaagagctgtatattggcCATACATTGACAGATATCATAAAATGAGAACTTCCAGTGACCGACatataaaaactaataattaaatataaaagcatggtgtaaaaaaaacacttaaagttTGAGGAAACACTGCAGTGTAACTGAAAATCAATTAGTCAatattgtccaatgaaaaacaagtatctcaactttacaggagagaggtAAAAACCTAATTAACTTTCaattgaagtcaatgtaaaaagagtttgtttcatgtcattttgaagagattctattggtccattcgtcaagaaattttgacacagtgtaagggacagttgtgtgttcaaatgatgtagtaaactaaaaatccacaaaaatgggGATACTTCTTTTTCACATAATTTTCATTAGCAATGTTTGTAAATGAGATTTTTTAAGTTAAGACAGTTGAAAAATCACGAAACTGTCATGTAAAGCACGGTTCAGTCCAACATATTAGGTACCTTTAAAAAGGTCCTAAAATACAGCTACACAGCACATTTTAGCACTGGCAGTGTCTGTGTATAAAGCAGTTAATATTGAcagttattttataatattactatTTTGATATTGGCCGGGCCCTAGTCTTATAACCAGCTGGTTACTGAAGGACCAAGTGGACTTTAATGCGTTTTGATGTTGCAGAGTTAAGTGAAGTGAAGGCATGTTTTGTGCCTCTCTACAGTGTATTTGGGATGAAGGATATTTGGTAAAAGTTTAAAGGCATTTGTTCATTTTGAATTCTTGTTAtttgcaccttgtttttgtcctgttcagtatttcagtattgtGAATGAGTGCGACTGTAGCTTGTAGTGCAGTCTGTATGCATGACTGTGGTATGTGTATTTGTTTAGTGAGCTGAACTTGAGTTGGACACGTTTTGAAGATCATACACATTCCTTTAATTCCTTCCCCTTCCTTTAATTTCTGAGCCATGCCAGGCTGTGCACCCAAAGTCTATCAGTACAGAAGTGTTTTactgatatattatatactgaagAGTTGTTGAAGCAGAAGAACAGGTTGAAtgaaataaattgaattaatgCTTACTGAGTTACATCTTACATTTTCCTATGCAGTTctcatatttatttaatcatttttatatttataattcagTTGATAGTATTTCAGTGCACATATATTTCCTTTAAAATGTCAAGTCAACTACTTcaataaaaaaaggcttttaaatTCCAAATGGAAAATTCAACCTGTAAAATTTGATCTGTAAAGCTCAAAATTTAAAATTGGACCTGTAAAACTTACCATGTAAAACTCAACATGTAAAATCTGACCTGTAAAACTCAACATGTAAAATCTGACCTGTAAAACTCAACatGTAAAATCTGACTCTTAAAACTCAACATGTAAAATCTGACCTGTAAAACTCAACATGTAAAATCTGACTCTTAAAACTCAACATGTAAAATCTGACTCTTAAAACTCAACGTGTAAAATCTGACCTGTAAAACTTAACATGTAAAACTCAACATGTAAAATTTGAACTGTTAAACTCACCCTGTATAACTGAACATATTAAAGACCTGTATAATAAGTAAATTGTAAACTGTAAATTTGTAAAATACAATCTTGAAATTTTAATGTATGAcatttgacctaaaaaaaaatcttctaaatTTTTGCATTCAACCTGTATGTTTAATGTGAcctgtaaaaatgtacttttttaacATGCAAAATTCAACCTGTAAAATAAACCCCcgcaaaaaagtagtaaaacaaCGATATCCCCGAAGGGATAATCCCATAATTTTAGTTTACAGGTaaaatttttaaatacactGGAATACTTTTAACAGTTGTAAGACAGTGTAATTCAGGAAGCctgtaatacatatattttattcagtcTGTTCTTTTGCTATAACAATGTtgatatatttctgtatatcaGTGCTTACCTCAGACATTCTCTCACTACTGATCCCCCTCTGATCCCCTCAGTCTACATCATGTATTTATTAAGCCCGGGAGTTCAGACCTCTTTGAGCTTTACGACAAATCAGATCTAAacctttactgtttttactgttcaGTCAGTGTCGCTGAGCCGGACCTACAGACGGGACTGTGTCCTGTGTGGTACATGCTTGTGTACGCAATGCTTGGTTCACCGTGAATAGGTGTGCTGTGATTTGCCTTGCTTGAAAAGATAAATTTATCATGTATGTTCTGTGGAGGATGAGCTGAAATCTTTTTTTGAGCATGTCATAGTGAACAATGGAAATCGGTATTAACAGCTTGATCTGAACGTGGTTTCTGTTTCATCTGGATtatgtcaataaaaaaaatcaaccaactAAAGGATGAATTGATAATGAAGGAAAACACTGATATCAAGTAATAAAGGAGTCCAG

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU85665 lncRNA upstream 107926 13173393 ~ 13198835 (+) True G63493
TU85662 lncRNA upstream 112993 13170802 ~ 13193768 (+) True G63490
XR_002650154.1 lncRNA upstream 134334 13171696 ~ 13172427 (+) True LOC111192873
TU85657 lncRNA upstream 143663 13158325 ~ 13163098 (+) True G63488
TU85656 lncRNA upstream 144399 13158325 ~ 13162362 (+) False G63488
TU85704 lncRNA downstream 14129 13325300 ~ 13325508 (+) True G63514
TU85950 lncRNA downstream 86461 13397632 ~ 13401310 (+) True G63709
TU85987 lncRNA downstream 140575 13451746 ~ 13509597 (+) True G63738
TU85993 lncRNA downstream 161263 13472434 ~ 13475420 (+) True G63743
TU85999 lncRNA downstream 175228 13486399 ~ 13487618 (+) True G63749
XM_007234959.3 mRNA upstream 3649 13271177 ~ 13303112 (+) True st8sia1
XM_022671364.1 mRNA upstream 64019 13210222 ~ 13242742 (+) True LOC103034836
XM_022671363.1 mRNA upstream 145394 13156245 ~ 13161367 (+) True LOC111192955
XM_022671362.1 mRNA upstream 503190 12767838 ~ 12803571 (+) True LOC103034184
XM_022671358.1 mRNA upstream 563150 12702097 ~ 12743611 (+) True LOC103025111
XM_007234962.3 mRNA downstream 58509 13369680 ~ 13381915 (+) True LOC103036201
XM_022671368.1 mRNA downstream 75367 13386538 ~ 13395569 (+) False LOC103026035
XM_022671367.1 mRNA downstream 75369 13386540 ~ 13396263 (+) True LOC103026035
XM_007234964.3 mRNA downstream 122398 13433569 ~ 13445672 (+) True usp44
XM_007234965.3 mRNA downstream 196207 13507378 ~ 13539050 (+) True fgd6
TU85654 other upstream 145441 13156226 ~ 13161320 (+) False LOC111192955
trnag-gcc_1 other upstream 647243 12659448 ~ 12659518 (+) True trnag-gcc_1
TU85565 other upstream 837859 12468050 ~ 12468902 (+) True G63432
TU85065 other upstream 3656674 9646579 ~ 9650087 (+) True G63051
XR_002650190.1 other upstream 3866197 9433437 ~ 9440564 (+) False LOC111192948
TU86374 other downstream 1433564 14744735 ~ 14745082 (+) True G64015
TU86778 other downstream 3111063 16422234 ~ 16426613 (+) False arid2
TU86763 other downstream 3128049 16439220 ~ 16442449 (+) True G64289
TU86945 other downstream 3441872 16753043 ~ 16753560 (+) True G64431
TU86961 other downstream 3522125 16833296 ~ 16864454 (+) False LOC103030423

Expression Profile