RNA id: TU87811


Basic Information

Item Value
RNA id TU87811
length 4053
lncRNA type inter_gene
GC content 0.37
exon number 3
gene id G65064
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035903.1
NCBI id CM008306.1
chromosome length 40813162
location 18705140 ~ 18709436 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

tgggttgctgtggtatctgtagtatgggttgctgtgatatCTATAGTGTGggatgctgtggtatctgtagtatgggttgctgtggtatctgtagtatgggttgctgtggtatctatagtgtgggttgctgtggtatctatagaatgggttgctgtggtaagttgctgtggtatctgtgtgggttgctctGGTATCTGTATGGTGGTTCCTGTAGTATCTGTGTGGGTTACTGTTGTATATGTATGAGAGTGGCTGcagtatctgtgtgggttgctgtggtagctctagtatgggttgctgtggtacctgtgtgggttgatgtggtatctatgtaggttgatgtggtatctgtgtgggttgctgtggtatctgtagtatgggttgatgtggtatctgtagtatgggttgatgtggtttctgtggtaagttgctgtggtatctataGAAtcggttgctgtggtatctatagtatgggttgctgtggtatctgtagtatgggttgctgtggtatctgtagtatgggttgctgtggtacctgtgtgggttgatgtggtatctatgtaggttgatgtggtatctgtagtatgggttgatgtggtatgggttgatgtggtatctgtggtaaGTTGCTGTGGtaagttgctgtggtatctatagaatgggttgctgtggtatctatagtgtgggttgctgtggtctctgtagtatgggttgctgtggtctctgtagtatgggttgctgtgatatCTATAGTGTGGGATGCTGTGGTATCTACAGTAAGGGCTGCTGTggtatgggttgatgtggtaccTGTGGtaagttgctgtggtatctatagaatgggttgctgtggtatctacaGTgtgggttgctgtggtctctgtagtatgggttgctgtggtctctgtagtatgggttgctgtgatatCTATAGTGTGGGATGCTGTGGTATCTACAGTAAGGGCTGCTGTGGTATCTATAGTGTGGtatactgtggtatctgtgtgggttgctgtggtatcttactgaaaaaaagacaCTGAAATCCGATCTGATCATCCAAGCTGATGCGCATCTATACAATTCTGATTTTATTCGCatttcaaacaaccttaaaacGTAGCTTAAATCGGATTTCATgctctggatacaatctagacaCGCCAAAATTTGGATTTCAAAGTGGCTTTTGACTGTCCAGACTAACAAAAATCTATATGCAAACAATCTATTTAcgccaaaaatctgatttaatctggcagtctgaacacagccttcgttttccctttattttactgtgatCAGGCATGGTGGCATATCTTAAGGAGCATCACTAGATAATTATGGTtggtataattaaataaatattgtagaCATTGAACACAAAGCCAGCCCACACCACGCGACTATTAATGTCTGATGTTAAATTCACAGGTTTTTACCTCACTTTGGTttaataaagggttaataaagaaACGAGTCTCGATTTAGAGGCAGGCGTGAGCATTCACTAGTGCAGGGGTCGGTTTACTTTTTTGCTGGACATGCTCGCGAGATAGAGGTGGGCACCAGGACAGAGATAGATCTTGtttttacaatataatttcTGCATGGTCTGAGTCTCACAGAGAAAACACAATACAGGCTTTTAGAGTATATATGGTAATTGCACACATTTGAGACTTATTAACTTTTTTATCtcttattattctttatttaacaaTGATCTTACCAATAAAATTTAAGCAACTGGAAATAAATGTGCATTTAATGGATATTCTTTTGCGTGTCTTCATTTTTGGGGGTGTATTCACGGAAATGTTAGATTGAGCAAGAAATGTACAAATTATTGCTTAATGAACACACTACAGGTTGTATAAACtacctctatatatatatatatatatatatatgatgctaaaaggaattttttttttgttctgttcaaagtaaatgaaaaaaaaatcagatttagtcTGTCATTTTTGCCCGTTGTACTAtacttaggcctgtcacgataattacattatcgatttatcgtacaatatataGACATTACCTTagtaatatttgataatcgCGATATCTATccttctgttgtgtttatttgtatgtttgttcacctATATTTGCTGTATTTATAAGGgcataattgctttgttatgctcTACTATTGTAATTATAAGTAGCATTTAAATGGTCTTAACATGACATTAATATTAGTTtatcataataatatatattttatcgtGACAGATCAAAACCACAGTGTGAACCAATCCTAAATCTAATTCTAATCCTATATTTGTCATTATTGCCCACCTCCACTACAAGCATCTAAATTAgtggcaaatatatatttttttaattatctgttTCAAAATTTTAATGGCAAATACACTCTAACACATCGAACAGATGACGCGCAACAACTGACGGGACGGGACAGacacaacatatatatttatattcatattaatatttatagagCTCACACACAGGATGATCTGATCCTTCATTTGATGattagattattagattattaatgttaataaagcTGAGTAAAGTATTAATAACTCAGCGTGTTTAAACTCCTTCATGTGCTTCGTATAGAAATGTTGTGATTCTGAATTCTATTTAAGCAGGTAAATACAGAGGAGCCGGTGCAGCCTACAATCAAATACACGAACACAATCGAACGACATACAGGAGGTACcgctgcagccaatcagagcgttTTCCTGCACTtcaaaatctgattactgcagaatTTATCATCAGAGTCCGTCAGAAATACGATTAACGCACTCAGCCAACAATATAATCAGATTTTATCGAAGTTAATACCGTCAGTAATCGGTTCAACACATTTACATGGATATCAATAATCAGATAACATGAGTCAGGACAGTAATCAGATTTTCAGAACATCCAATTTTGTCAGTAATCCAATCAACATGTTTACATGCTTttttataatctgattactgtagAACAAAAGATTTTCTAAACTGTTAAAGTTAATACGGTTAATAATCTGATCAAGGTGTTCACACACAATTCCAAATCTGTGCCAATCTGTGTCAACACATCTACATGAACATCAATAATCAGATAATGGAAGATAATCAGATTTAAGTTAAACGTCAAAGTTAATATGGGCAAAAATCCAATCAACACATTTACATGAACATGGGTAATCAGATAACGTGAAAACTCATTGTTTACATGAGTCAGGCAGTAATCAGATTGTCTGTCTGTAATCCAATTAACATgtttatatgcttttttttataacctgattactgcagaacaaCATTACCATGAACTTCTATAATCAGATAATAGAAGATAATCAGATTTTAAGTTAATACCAAAGTTAATACGGTCAGAAATTCGATCAACACGTTTTCATAATCAGATTACTGTGGAACACTGGTGTTGTGTCTGTATTCTACCGATATTTGGCAACAttttataatctgattactaCATAACATCTGAGACAGTAATACGGTTAATGCATTTCCATGAACTTGGGTAATCAGATAATCGGAACAGTCACAGTTTACATTGAAAGTCAGatattaatcagatttttagaaAATCTGAGTTTTAAGTAttaacatgtttaaatgaaCTTGAATAATGAGATAACAgcagtaatctgattataaTCAGATAATATAATCTGATTATGAAGTGCAGGTAAACTCACTCATTGGAAGCAGTGCAGATAAACTGGGGACTGCAGAAGAGTAAATGGGGTAAAATTGCTTTAGGCCTGAAGCTTTTCTACTTTTACTGTTGTACTGTTGAACTGGTTTAAGGTGtgttattagaaacacttggCACTGTTAGAAGGTTCACAGTGGGAGGAGCCTCACCTCCACCTGTCCTCTAATCATCTACAGTGATGTTGCGGAACAGGTAGGCCATGGACTCGCCGTTGTGGATGCGGCGTATCGCTTCGGCCAGGATCATGCTGACGTCCACGGTCTTGATCTTCGGGCACTGCAGCTTCTGCACCTCGTGAGGAACGGTGTTGGTCAC

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU87823 lncRNA downstream 81537 18619711 ~ 18623603 (-) True G65066
TU87830 lncRNA downstream 123124 18581608 ~ 18582016 (-) True G65069
TU87826 lncRNA downstream 144592 18560128 ~ 18560548 (-) True G65067
TU87825 lncRNA downstream 144592 18560203 ~ 18560548 (-) False G65067
TU87675 lncRNA downstream 259373 18444626 ~ 18445767 (-) True G64959
TU87867 lncRNA upstream 2144 18711580 ~ 18753784 (-) True G65096
TU87880 lncRNA upstream 50364 18759800 ~ 18760297 (-) True G65102
TU87885 lncRNA upstream 50935 18760371 ~ 18816516 (-) True G65103
TU87890 lncRNA upstream 72435 18781871 ~ 18836432 (-) True G65108
TU87893 lncRNA upstream 124411 18833847 ~ 18835436 (-) True G65111
XM_022671437.1 mRNA downstream 54839 18638307 ~ 18650301 (-) False LOC111192971
XM_022671436.1 mRNA downstream 54841 18638307 ~ 18650299 (-) False LOC111192971
XM_022671435.1 mRNA downstream 54842 18638307 ~ 18650298 (-) True LOC111192971
XM_022671447.1 mRNA downstream 75171 18625075 ~ 18629969 (-) False LOC111192976
XM_022671445.1 mRNA downstream 75171 18625075 ~ 18629969 (-) False LOC111192976
XM_007242359.3 mRNA upstream 8066 18717502 ~ 18718630 (-) True LOC103035404
XM_022671426.1 mRNA upstream 401697 19111133 ~ 19121460 (-) True LOC103035518
XM_022671457.1 mRNA upstream 596551 19305987 ~ 19319417 (-) True cdr2l
XM_022671463.1 mRNA upstream 699862 19409298 ~ 19515383 (-) True sema3c
XM_007232715.3 mRNA upstream 890812 19600248 ~ 19605725 (-) True ndufb2
TU87843 other downstream 54797 18643371 ~ 18650343 (-) False LOC111192971
TU87588 other downstream 773970 17928507 ~ 17931170 (-) True G64886
TU87274 other downstream 1107595 17586845 ~ 17597545 (-) False LOC111192911
TU88001 other upstream 188749 18898185 ~ 18919522 (-) False G65184
TU88002 other upstream 188749 18898185 ~ 19023658 (-) True G65184
TU88053 other upstream 570866 19280302 ~ 19284032 (-) True G65231
TU88123 other upstream 890778 19600214 ~ 19605682 (-) False ndufb2
TU88246 other upstream 1088243 19797679 ~ 19799602 (-) False llph

Expression Profile