RNA id: TU89343


Basic Information

Item Value
RNA id TU89343
length 4747
lncRNA type sense_over
GC content 0.38
exon number 2
gene id eps8
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035903.1
NCBI id CM008306.1
chromosome length 40813162
location 23222514 ~ 23323361 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

agctaactgTTAACAGCACAgactggtaacgttagctaactgtTAACAGCACAGACCGGTAATGTTAGCAAACTGTTAACAGCACAGACGGTTAGCTAAAAGGATAAAAGCTGACCACTAACAGCACAGACCGTGTTCCAGCTAAATGAGGTTAAAATCGCATGTTTAGCAGATGAAGCtccaAACCTGTGCACACAGTCGAGTTAATGATCTGTGGACTCCTTTGCCTAAACGTACAACTAGAGCGTGGCCTGGGTTTTTTTTCACTCCATCTCAAATTTAGTGAGTACCCACAAACTGTGTCCATCTTAAATGCACATGAATGAATGAGCTGTTTGGCCTGTTTTAGCAAGACACAGAGCAGAATTTGAAATGCTTTCCTCATTTTAAAGTACAGTTCAAATGTTGTAATACTACAGCATACGTATTACCGAAATACCGCCCAAACCCTACTTTGAACAGATCATTTTTTCAGTACAGTGATGAACAACGGTTGTGGTTTTTAAAGCTGCGGTTTCTAATGTCCTTCATCACAGAAAATCTTCCCAACAGAGAACGAGTAGAACAGTGTAAGATAGTAAACCTCACCCCCAAAACGACCTCCAGACATATTATCCTCTTCAGTAGCTTTTGCCCACTGTCTCTTCACCTGCTCCTTTGGAGTAGACACCAGTCCCTCTGATCCAGACACATGGCTGTAAATAAATATGCACATGTAACATGTGTGATTGGGTGTTTAGAACCCAGGTTAATGTTAGAATTGTTACTGTAGTTTACAATGCTTTTCTATTCCAGTTTAAAGGATATAGCCCTGCTTTTACCTGATGTTTAGTcgtgttcaggtgtgtgttgttatattctACAGTGCTTCTGTCCTCATGTCATGCACACATTTTGACTTGCTAATGGTAAccaattactgtatataaaagcaTGAGCATTACCAGAGTGTGTGGTAATGCGACCAACAGCACAACACCACATGATCAACTGGCTACCTGCCTTACAGCTCAACTCAGCTGCTTAGACTGTAATGCAGACCTTCTGTTCTAGCCAAGACTGCAAATCAAACTGTACCTCCACcttcttttgataaaaaaagaaggatgttttaaaatttttactCTGGAGATATCATTTGTCATCATAGAGCAACatatcatactgcaaccagccaccAGAGGTGCTACACCTTTGTTGGATTGCCTTTTAAAAGTTGTTGTGCTGTCCATGCTTTTCTCCAGTCATTGGTGGTCATTCTGTATTTCTAGGTTTCCTTTAGGTTTACAGCTTCTACAACAATTTAAAACAAGACCCCTCAGGCCAAGTGCAATTGATTAGCTAAGACcagagtttttttgtgtgtccaGAGTTTGCTTCTTCAGTTTTGTACTTGACTTATGTTTCCAGTAAATGTTGGGATTCGTATAATTCACACTgatattactattactagtgtgtatatatttataccagTCACAACCTCTGAAGTACTTTGACCTTATTAATGCTGCCCTCAAGTCATGTCGGAAATATTGTATTTACGAGATGAGAGAACATGAACGCCACCACAAACTCGTATTTACCAGCTGGGAAACTCAGATTTTTAGATAAGCCCTGAGTTTCCAGTTGGAGGCGTGTCAGTAACAAGAAGTCATGATGGCTGATAGTATGGATCATGCTcctacagtaaacagtaaaaatgttaagtttATTAGCCGTAGTTTTAAGCTCTACAGgtttaaaacaactaaaaaaaattacaaggtTAAAGTCTAGTATATGTCACAGTTCATAGGGAATAAAAACATCACTCTTCTAATACGTGTCTTGTTCACATTATTCTCTTAAAGTAGGGCAAAATGAACCTCCTGATTTTTATGATAACAGACCAAAAGTATAAACAAAAAGATTTTCCTAATGACGTCCATTTCCGCCCGACCAAAAAACACCCGAACGCATGTCAAGTCGTAATTACGACCTCCAAACTCATAAGTAGAAATTTCCGAGGaggacttgaaggcagcataacATCAACTGCCAACAGCTTCTGGATTTCTGTCATGAACAAAACCATATTGAACATGGTTTCTGACCgtgtataaaattaaaattaatagcTACAAatctaatacaataaaaaaaatatttttttttttgctggtcaATTTCACTTCAAGGGAATCTGCATTTAGATTTGTTGCTGAATAATTCTGTTAATTTAACCCATGCTGatactctctttctccatccctGTAGAGGAGCTCTGGCTCCGAGCTGCAGGAGATCATGAGGAGGAGGCAGGAGAAAATAGCAGCGGTGGCCAGCGACTCGGGGGTGGAGTCTTTTGATGAGGGCAGCAACCACTgacacctcctcctcctcctccccctcgcCCTCTTTCATCCTTCTCACGTTGTCCTTTTTCTAGGACGCATCTGAGCGTGCCCAGTTCGCAGCCATCATGCGCCGCAGACAGGAGCTCCTGGACCCACCGGACAACGGAACCACCTCGGACGTAGACTAAAGCGCTTTACACCCCACCGTGAAATGAAGGAGTACTGTAGATGTAGGTTTTTGTACACTACTCGCATCATTAGACCAAAATAATGCAGCCAAGATTTcactagtttaaaaaaagagacatcCGAAAAACACATAGTTGTAGCGCCATTAAGTTAAGCATTAAATCAATGTTTTCAATCATTAATATTCTATTAAAAAGTGAATGAGCTGAATGTTCATTGTGTAGTCCTGCTGTAATTTGTTTGGGAGGAAGCAGACTGAAACATTTCGGATCAGAGCGTCTCAGAAAGAATCGTACTGTGTGCTTGCAAACAAGTCAGTGGTGGAGAATGTGATATAAGTGGAGAAGGGCACATTTAAACAGTGTCTTTTTGGagtagttttataaaaaaaggaaatgtttcCAGTGATGAATGAAGGACGAAGATTCGAGGACACTGAAATGAAGCTGATTTGCTGGACtttaatatgaacttttttttttggtggaatgATTTAGATACAAGTGTCCACTGTGAATGTGAAGCCTCAGATTGTAAAATGGGTTATCAGCTCAGAATGTAGTCGTGCTGGATCAGAGCTCTGGGCCATTTATTGGTTATGAATGTTATATGAAtggaaaagaggagagagttgGTGGCTATCATTGTGTACATTGTTGTTTGCTGGCAAAgaatgaatattatatatatatatatatatatgataatttCAATTTAAGCATAATGCCAAAAGAGTAAGTTTATAATGACTGGCAGTCATTGTGCAGCAGATGTGGCCACGTAACAGTACCTGTTTGAAAACGCCTTCAGCCGTATTTTATGATTTCAGGGATTTTTTTCATACTGCTTGCCTGTAAAGCCTACCCAGACTGGTTCAGTTCTTCCAAGAGCTGCATGGTTTAGTTACTCCCCAgtttttaatatcatttttgATACTCTCTGGCATCATTTTATCAGAATTATTTTGCAGTTgaacaaatgattaaaaatcagattaaacacattttttagattGCAGTTGTTTACTTTCACAGTCAGAAAGGTGGCATTACTAATATTAACACTCACTCTGAAGACTGGACTTTTAATAATCAGGGTCAGAATGACCCAAACCGACCTGAACTATTCATTATATGGTACCTACATGTATGATTTCCCCCCATATTTTCTCATGTATCTCAAGTGCCATGATCATAAATGAAGCTAATTTGTCATCTCCTCATCCACACACATCATCCTGTtacatttaaccctcctgttatttTAACTGTAAGTAAGTACAATAAATCTGACGTGTTTTACAACCATGTTTAACAAtcgaaagggttaaaaataattaaaagtaatatttgtCTCTAACATTTATCTTTCGCTTAgtttgtaaaaaacaaaaaaatatgatcaatattttaatgtgatCAGAAATGTTACTCTTTTACAGATCATGGTTCACTTGCACAAAGATAACTCACAGTtaagaacaaacaaaaaatacttgCCCTATGTTTTGGTCTAAATTGTACATATTTACTGACCCAAGGAGAATTTAGGAGAATTTGTAATCACATTAAATTTGTCATTTTtcgtttatatgtttattacacTAACTAAGTCTAGCAAAAAAGGATTCAAGCTCcaaatatgattaaatatatattatcggtatttttttttccactttgaATGGGTTAATTTAACCTGTaatataacaggagggttaaaatgcTTAAAGCCTTATTAAAGGCTCATTTTGTTAATCTTACAAATCATTTACTCTCTTTTCCCACTCATCTCTCTGTTCagatctgtttagtttagctctgtTCTGTTCTACTGTGTGAAAGCAGTGCTCTTCACTCTGTGCTTTGGTTAAAGGACGGCCATTCTCTGTTAACTGAACAGGAAATGGGAACAACTTCAACAAGAAGCGTTGTGCTGATAAAGATACAGAATAAATGGATACATATAACATTGTGTCTTGCTTTATGTACTTTTATTATCACACATTATGAAGGTTTTATGATCTTGTGTTGTTTCTTAAAACATTTAGAGTAAATTAGAAGTAGAACAGTGCTCTTATCATTATTATATGGGCTCCTCCAAATAGAAAGAGCAAAGACAGTAAGTGTGGGATGTGTTTTTAAGGATATCAGACTGTAGGAATAGATAATAGATTAAATTGTGCCCAGAGGGCAGCAGAGGACACTTATTGCTccaca

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU89345 lncRNA upstream 90017 23226030 ~ 23226867 (+) True G66207
TU89293 lncRNA upstream 112177 23107886 ~ 23204707 (+) True G66183
TU89320 lncRNA upstream 127218 23184357 ~ 23189666 (+) True G66201
TU89218 lncRNA upstream 347581 22963871 ~ 22969303 (+) True G66143
TU89219 lncRNA upstream 354042 22958441 ~ 22962842 (+) True G66144
TU89349 lncRNA downstream 2906 23326267 ~ 23424924 (+) True G66210
TU89362 lncRNA downstream 72385 23395746 ~ 23396291 (+) True G66223
TU89364 lncRNA downstream 73122 23396483 ~ 23399420 (+) False LOC111193001
TU89365 lncRNA downstream 73122 23396483 ~ 23397609 (+) False LOC111193001
TU89370 lncRNA downstream 73122 23396483 ~ 23397609 (+) False LOC111193001
XM_007256029.3 mRNA upstream 178873 23131080 ~ 23138011 (+) True crebl2
XM_007256032.3 mRNA upstream 231840 23020384 ~ 23085044 (+) True lrp6
XM_015607538.2 mRNA upstream 304111 23004755 ~ 23012773 (+) False LOC103025638
XM_015607512.2 mRNA downstream 128202 23451563 ~ 23544843 (+) False rerg
XM_007256037.3 mRNA downstream 144172 23467533 ~ 23548257 (+) True rerg
XM_007256038.3 mRNA downstream 374809 23698170 ~ 23720094 (+) True LOC103027234
XM_007239000.3 mRNA downstream 592945 23916306 ~ 23953720 (+) True etv6
XM_007239001.3 mRNA downstream 592945 23916306 ~ 23953720 (+) False etv6
TU89299 other upstream 178930 23131094 ~ 23137954 (+) False crebl2
TU89300 other upstream 178930 23131094 ~ 23137954 (+) False crebl2
TU89229 other upstream 313463 22999370 ~ 23003421 (+) True c7h11orf98
TU89211 other upstream 367692 22939602 ~ 22949192 (+) False ccdc167
TU88777 other upstream 1632050 21629862 ~ 21684834 (+) False gen1
TU89467 other downstream 120813 23444174 ~ 23444677 (+) True G66296
TU89474 other downstream 159972 23483333 ~ 23483933 (+) True G66303
TU89518 other downstream 374791 23698152 ~ 23710076 (+) False LOC103027234
XR_002650203.1 other downstream 1044131 24367492 ~ 24383022 (+) False rpap3
XR_002650202.1 other downstream 1045012 24368373 ~ 24383022 (+) True rpap3

Expression Profile