RNA id: TU89690


Basic Information

Item Value
RNA id TU89690
length 8136
lncRNA type inter_gene
GC content 0.37
exon number 2
gene id G66480
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035903.1
NCBI id CM008306.1
chromosome length 40813162
location 24223005 ~ 24231186 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

AATAAAATCAGAGATGTTGACAAACTGACAAACTGGTTAATACTGTACATGAAAATGTCATAAAACTCATTGCCTAATTATTACCCTAACTATGAACTACCCTTTAAAAAACTTTGACAGGAATTGAAAACTGCAGGTCAAATGAAGAAGATTGAACATTATACAAGTGAAGAACATTATACAAGTGATCAGTTGTTCTCAAATTCTTAAAAACTTGCAACACATAGGAATCGAGCAGAAATGTATGTCCCTTAGGACCACTGCACTACATGCGGACACTATGTACATACTTAATATTAATAAGTGTCTGTAAATTACTGCTAAATTCTGTAATCAAACCCACTGAgtctgtttgtctatttttgtgAATGTATAAACTTGTGTGCAGCATATACCAGTTATCATAAACTGATGAGTGAATCTGACAAGGAATGAAACAATGATGAACCTCTTATATCTGAGATCACTGACTAATGTGCAAAACTAACttaattttaattgaattaattaatatatatacagctctgaaaagaaaTCTGACCTCCTTgaatttttgcgccaggagtggcataaaattatccaaaagcagtgtgaaagactggtggaggagactattccaagatgcataaaaactgtgattaaaaaccaggggtattccaccaaatattgatttctaaactcttaaaactttataaatgtgaacttgtattctttgcattatttgaggtctgaaagctctccatctttttatttatttcagccatttctcattttctggaaataaatgctctaaatgacaatatttttatttggaatttgggagaaatgttgtccgtagtttacagaataaaacaacattaattttactcaagcatatacctaaaaatagcaaaatcagagaaacagatctcttatttttcccccagagctgtgtatatatacatatatagacctACAGATCTTGTCTTGTCATACATATCTTGTCTTGTGTTTGGTTCCCTTTGGTGACCCCTTGTGGCGTACAGGCTTGGAATCAGTGGACATACACAGTTCTAGGAAACAGGTCACATGGATATGGCTTGGACTACatgttattttgtgtgtgttcagtacATACAAACATTAATACACAACTCTTTGTTTTCACATCACAAGAACAGTTACTGCTGCAGTTTGCAGGCAGCCGATTTCAAACACCATGATGTAAAATGTATGTAGACTAATAAGAcacaattacaatattttatcaatACCCTGTGCCTGGGGCTtatatgattatttttaaaaggaTCCCTTAAATACATAGTGTGCGTAACAGAAAGTagattatgacaaaaaaaaaaaaagaacagaacagaatactTAATTGGCCATGACATTTATAAAATgatttacaaaagaaaaatgaaatgtCATTCAAGTACAGAAGTTTGCTTCAATTAGTTACTACAAAATATAATGCATCCCAACAATAAGTGCATTTAAATTAAACCTTTATCACATGTCctaatttcttattatttcttaatttagtAGGTTAATTAGTATCTTACATCAATAAGCATTTCTATACACATCATATATAGATATCTTTATACACTGTTTTAACCTGTTGTTAGTTACGCTCTTTACATTTAAGGCAAGcataagttgtaaatacttagttttatacatttacactctctctctctctctctctctctctctcttttctctctctacctctctttcccAAAATAAAACTCCCCATACAGTATCATAAATATCCCTGTTTGGTTTAAGGTtttaacacttacacaatggAAGGTATATTATAGATACACTAATGAACCAAAACATTAAGACAAGAAATAACAGATAAATCTAATAACACTAGAAAACATGTCAAGATTGTTGGTAAGCAAGCAGTCGGCTCTTGTAGTTGGATGTGAAAGAAACAGGCATGTGTGAAGACCTGAGCGACTCTAACAGGAGCCAAATCCATTATTTCCAGACTGCCATGCTCGTAATATATTTCTGAGCAGCAGTGGTGTATACCTGGGGCCAATTAGcccacccattcattaggactcttCCTATCACTaagagggtgaagacaagcacatgcctccttttttcaaactgctgctgttacagTTGGAAGCCAGCGAACTCAGAGCACAGCACAGTGACCTAGCTTTGGCAAGCAGTTTCCTCATATTCAAATCAGCAATCCTCAGATCATAGTAAAAGCAACTTAGTCTGCTAAACCATTTAGAGTCCTCCAACAGTGATGAATATCTACTAAGGCGATGTTCACAGTACAAGCCACAACGCTCAAATCCCACATTTTTTTGCttagatcagatttggctatcttgatggttcacattcacaaatataagtcatctgtatctgtgtgtaatgtgaacaaatccaTCCCTAAAACGCCTCACATGTGCACACTGATACGTGTATTAACGTTGCCTtcttcacaaacaacaaaaacacatcaTATTTATGAGACAACTCATAAtggatgtgttagcagctcatatgtggagcatcttttacTCCAGTggagagcaaacagctggtctgaagtacacacctaggtcgaggaggagaaaaaagacaaggtggtttgcttttgctgtttttttttatagctgcacagctgcaccaagagatgtatacgagggtacgagagagaagcacataggAAATGTGTAacagcaaaaagacgcatgaattctgatttaacctttcacattcatgttgcatgtccatggatcagatacaTATCCAATTTATGAGCACATATGTAAaagactcaaatctgatttggaaaaaaaaaccgGATTTgtcacgttcacacagccatgaaaaaatgaGATCTGAGCAACATTGGGCAAAATATCAGTTTTGAGTCATTTTGgtttggtaatgtgaacatagcctaagaGTGGTCGAGGAAAAGACAAACCATTAATTGGTGATATGATGTTGGGCATCCCAGGCTTAATGAGGCACAAAGGTTGTGATGGTTTAATGATGGGTATTGGAGGAGTGCTACGGTAGCACACTGCTACACTAACTATATTACCAAAAGTATTcgctcacccatccaaatcattgaacTCAGGTTTCAATCACTTCCTTGTCCTCAGGAGATCAGTGAATTCCAGTATGTGGCACAGTTATAGGCTGCCACCTGTTCAACAAGCCCAGTTGTGATATtccctcactactaaatattccacagtcaactatTAGTGCTATTATCACAAAGTGAAAGTGACACAGAATGACAGCAACTCAATCTGTCAATGTATCAAAAATTATaaagtggtgtcaatcactacagacctccaaattTCATGTGGCCTTAAGATAAGTTCCAGAACAGTAGagctagtgctgggcagtattcCAGTTCATACGGTGTACTGCGGGGGAACCGGTATGCGTTTTTCCCATACCGCcacaccactagaggcgctgcagaGCACTGTGTAGAAGTGTAGAGCGCCGCCAAAGAAGCAACTGGCAGCTCTGCAGTGCCTCACTCGGTCACGGTCCAGAAATATGAGAACAGAACTCCTGCAGCTTCTGCTGTTATACCTTACAACATGAGTAACTATAACTGTGTTTAAATTAAGTGGAAAACCAAGGCAATTGTGATAAATTGATAAACAGctgcttaaatactttaattcCTCTAATGGCCtaaataataacattgtaaattgatattaaacttctTTCTTATTTGTGCAATAAagattttgaaaaatatatattaggtttattcatagtgtttatggaactatttaaaatattaaaatttgtaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagctgtgttaaagttgtcggcgtatctctttttaaggtctattatttacattattcagctgtttttctgataatgaagtctgatttctgcatatattgtgtaatttttgggacaaagtaaaccccatagtaaaaataaaagccttaatttaaagctatattgtttgatattatatgtactcataacagtacagtaagtcacaaccctatattaaagcccagttatgcacaaacatataaataaataataaataataataaaaaataccatgatataaCGTGAAACTGTCAGAACCTTGCAAAATTCTTTATTTGTAACCTTACAAATATGCTTATTTGgtcataccacccagcactaagTAGAGCATAACAAACAATGCAGCAGAGTctatacttttggcaatatagtgtatatattggGCTATACAGCTGAGGACCTCTCAGTGTGTCCATGCTATTCCCTGTTTAACCGTCAAAAGTGCTTACAAAGAACAAATGAACACTGGCAGTGGATCTTGGAATAGAAGAAGTTCCATTGATTGTTATATCACGTGGGCAGCTTCATAGTCATAAGAATTTACTTGGAAAGTGATGGTACCACAATGCACGGTGGAAAAAAGACAAGCTGGGGGAGGGACTGTAATGCTTTTAGCTGTGTACTGTCCTTCAGGCATTCATTTGgatatacactgacatgtttAATCTACCTAAAACAGGGTTTTACCTCTTCGCGGTAATGGAATTCCCTGATGGTTTCGGCTTCTTTCAGCAGAATCTCTTTCCTGCTGAAAACATTGTTTGAGAATGGTTTGAAGAACATGATAAATAGTTCAAGGTGTTGATCTGGACACCAAATTCTGCAGCTCTCAGTCtgattgagcatctgtgggatgtgttggaaaagaaaaaaaagttacctCAAAGACAAATTAATCAGGAATTAAAAGATCTGCTAGCGTGTCTTGGTGTCAGATACCACAAGGCATATACCGTGGTCTCGCAGCTCGAGTTGAAGCTGTTTTTGTGGCAAACAATAGATACACTACATATTATGCAGgaggtcataatgttttggtcatcagtgtatataaatatataattaggtTCTATATTTGGTAGTTACCCagcaatatgtatttttattcccCACATTTTGGTCAGGAATGTGTTGTAAGGCCCTTAATAAAACCACAAGCATGATGATTTACATTCAACCATATTACACTGGCCTGAAAGTACAACTTCAACTAGATCATAGATTACAGTGCAGCAGATATGGGCGTGCAACTTACAGCAGTGGATGGCTGATGTGTCGCTGGTGAATGCAGCTCAGATTCTGCAGAGGTTGGACATGTAACAAATCCTAAACACAGTGCTCAGATGACAATCCTCAGCAGAGTGAATTCTGTTTTTCTGAAAAGTTTCAAGGTGGAAAGTGTTTCTGACTGATTCCTGAGCTAAATTATTCATCTTAAAAGAAAATTCAACCGATTTTTCAAATATGTACACATAGTTAAATTGTTGAAAAGCAGAAAAAGTAAATCAGAGTGGTTTGATGTGAAACTGTGCACTTTAAAGAAACTTCACAACACAGAAATCATTATAACACTGGCAATATGAACCAAAGTCAAAGCAAAGTCAAAACTATTACTGAaactccctgttttatgtttaaacaTGTGATCTGAAAAATCAAGGTTTTGAATTGGGTCAGTATTAGTAAAATGCACCTTTTGTGTTTACagcatatttgtttaaatgtcatacaaacactgtgtaacacttTTTGTGGGGGTAAGTAACATCACAATCTAAcatcacactgttttattttcaagggaCTGAGACTCAATAATGCATGTTTATTAATTAGTAACATTAACTTAAATTTCACCTAAAATCTTTCATATTGGGTCTTATGTTATGTCCTCtgcgttgcgatgctcattgctatcttactccATAtctacagtctattttcacaccttctgcCTGCACCATTTaaattgtgaatatatctacactgatgggcttggtggtctggaagtgatgtgagttcaggtacatttctggtgtattgctatcttggcaacagaaaactcAGGTGTCTCAGGTGACACTGACTGGTCCGACGTGCACGCTCAGTGTGTGAATGAATAGTTTAAACTAGGAATATCAGATATCAGATATAATTTTTTGGTATACCGAGTACAagtatgtgtatttttgttgttgtggcGGCTTCCCAACTCACTTGCCCCTcactcacagtctctctctcattctctggcTTGTGTCATCTCCAGTGCTGTGGATTTGGGACTGGATATATATAATTAGAACCTGAGCGATGAAGTTGCTGGCAACAAGCAATGTGCACTGGGCACGTGGTGTCGGATGTTGGTATTGGAGCATTGTTTGTGATTATGGCTATTCATGCATCTCtagtataaacagtataatttAGACCAATGTTTATCCAAAAACAACAGCTAAGACTGAAACGTAGGCCAGTCTTATAATTCAGTGCCTGAAGATATCTGTGGTGAAGTTATCTGTAATTGCAATATATTTGTGATGGATCTCCAAACCATcgctgattgtggaaacttcacactagacctcaagcagcttggactgtgtgcctctccactcttcctccagactctgctcccttaatttacgaatgaaatgtaaaatttaactgatgatcagtgatggtttggagagacatgtcatctgctggtgttggtccactgtgttctaccaagtctaaagtcagcacagtgttttcccacaaaatcttacagcacttcatgcttccctctgctgacaacttttatgaagatgcgaatttaattttccagcaggacttggcacactgcccacactgccaaaagtaccaattggtcttatatagtattccagatttcttgtttttttatcagcTGGTATACATAATCTtcacaaataaaagaaattaatgcctaaaatagaaaaaaaaaagaatctaacTGGATATAAGATAATATTTCCATAATCTAACAGCGGTAGGTGCACCAACAGAGATTttatacaaacatttaaattgGACATCTGTCTGATTTGTATGTGTCTAAATATTTAGCCTCTGTTTTAGAAAACAGACAGAATGTTTTGTACTGCTGGAAGTAGACTAGAAATTCAACTCCTTAAACATTTGGTTTTTAGCACTGCCACTGCGAACAACTCTGAGGCtgtgtatttcttcagaaaagaGCGTTTTACACCaaaccactctgaatgagtGTTCACATCTTAAACATTGGAAATCAGTGGAATTTTCCTTTAATTAGcgaattaataaataatcctatctatctatactaTTATCTATCTGGCTCATCTAAAGTGTACAGCTGATTACCACAGACAGTCTTTTTGACCAATCATTTCTCTaccaagaaaagaaaagagaagactCAAGCTGCTGAGTTCTGTATGTAAATGCTAATGGAACCCATGCAGAACTCTCATTAGTTCCttgttgagttattttgtaaATGATTCTTTTATGAACGGGTTTCAAGTCAGCAGGTTCTCTGTTCTTTTAACAGTacaaagaaaaaagtgaaaattgcTGTCCATGGTAATCagtaatttaaaacaaacagtACAGCCAAGATCTGCAGAGTATTGCTACAAGAAATCTAAGTGCTATTAGACTTCATGTATCAACAGTTTCTAATGATACAACATAATGCAGGGTTTTTGCCCACGGTACATCTCTCTCCACCACCAGACCCTTACGGGCCTACATTCACAGTTCttgatttacataaaataattgaATGCTAACATACAAGTGTTAATGTCTTTCCTACCAAGTAACCCCTCAGAGGAGTTACGGTTTGCTTTGGCAGTCGAGTCTTGGGTTGTGAACCTCAGTGTGACCCTCTCCTCACCTGCTGAGGCCACATGGCCGGGTATAAGTGCAGCGTTGTCTCAGAAGAAGTCTAAATGTTAGTTTCCCGCTGCATGGCTTCTTCATCCTTCACACACAGATCCTCTGAAGCCTGAgcatctgtttctgtattaggcTCTGCCTCTGCCCGGTCCTTGTCCTTGTCTGGGTCCTCAGTCTCAGTTCGTTTATACATCTCCTCCTTCTTGCGCTCCTTCTCCAGCAGACGGTAGTTGATGAAGTTGCCGATGAAGAGCCAGATGCTGGCGAAGATCACCACAGTCCCGCAGCAGATGTACATGTATTTATAGCTTTTAGTGACATCAACTAATCTCCCTGC

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU89683 lncRNA upstream 36622 24186134 ~ 24186383 (+) True G66476
TU89679 lncRNA upstream 84820 24137905 ~ 24138185 (+) True G66472
TU89579 lncRNA upstream 245059 23976240 ~ 23977946 (+) True G66389
TU89572 lncRNA upstream 310794 23911828 ~ 23912211 (+) True G66382
TU89529 lncRNA upstream 402028 23818073 ~ 23820977 (+) True G66353
TU89699 lncRNA downstream 92624 24323810 ~ 24324032 (+) True G66488
TU89739 lncRNA downstream 153733 24384919 ~ 24389774 (+) True G66514
TU89752 lncRNA downstream 177334 24408520 ~ 24414278 (+) True G66524
TU89753 lncRNA downstream 177334 24408520 ~ 24412117 (+) False G66524
TU89786 lncRNA downstream 274155 24505341 ~ 24505541 (+) True G66556
XM_015602945.2 mRNA upstream 105292 24026461 ~ 24117713 (+) True LOC103023565
XM_015602946.2 mRNA upstream 105292 24026480 ~ 24117713 (+) False LOC103023565
XM_007239001.3 mRNA upstream 269285 23916306 ~ 23953720 (+) False etv6
XM_007229748.3 mRNA downstream 65731 24296917 ~ 24320066 (+) True lrig3
XM_022671556.1 mRNA downstream 137187 24368373 ~ 24383022 (+) False rpap3
XM_022671187.1 mRNA downstream 228217 24459403 ~ 24461001 (+) True LOC111192915
XM_007229740.3 mRNA downstream 279303 24510489 ~ 24517356 (+) False LOC103034593
XM_007229739.3 mRNA downstream 279304 24510490 ~ 24517356 (+) True LOC103034593
TU89518 other upstream 512929 23698152 ~ 23710076 (+) False LOC103027234
TU89474 other upstream 739072 23483333 ~ 23483933 (+) True G66303
TU89467 other upstream 778328 23444174 ~ 23444677 (+) True G66296
TU89299 other upstream 1085051 23131094 ~ 23137954 (+) False crebl2
XR_002650203.1 other downstream 136306 24367492 ~ 24383022 (+) False rpap3
XR_002650202.1 other downstream 137187 24368373 ~ 24383022 (+) True rpap3
XR_002650204.1 other downstream 137187 24368373 ~ 24383022 (+) False rpap3
TU89793 other downstream 287436 24518622 ~ 24526052 (+) True osgep
TU89825 other downstream 414540 24645726 ~ 24684580 (+) False lingo1

Expression Profile