RNA id: XM_007254732.3


Basic Information

Item Value
RNA id XM_007254732.3
length 4485
RNA type mRNA
GC content 0.37
exon number 3
gene id LOC103036187
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035919.1
NCBI id CM008322.1
chromosome length 38085671
location 13439492 ~ 13447223 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

CCATTTGAGACGCAGCCTTTGTGGTTCTACCGGGGAACAAGTTTACGAAGCTAGTTGGGGAAATACCGTTACGGATTAGTTATGTACCTAATTCTAGGCAATTAACTAATATAATACCATctaaaaatgtgcattttacgCGTTTTGCGTGTTTTACGCCTGTTTATGTGTACGCTAAATGATCTGTTTTAGTAGGTTACCGGTTAAAGTCCGGTGGTCGTAGCTGTTAGCTTAAGTTAACTTTAAAAATGTGGCGGGGtctgtagttagttagttagggaTGAAGTGTCCGTGTTTCCCCAGATATTcctggctggattttctcttcGCTGTTGTGGGAGTTTGTACGTTTTTGTTCGATGTTGGCTCGGACGTGTGGCTGGCCCGGGAGTTTTACCAGCGCGGAGAACTGTTCTGGTTCTCGGCGCTGCTCGGCTTCATGCTGGTCTCCTCCGTTACAGTTCAGATGTTCAGCTGGTTCTGGATCCAGTACGACAGCCAGCTGGAAAACTACGACCTGGAGACATCAAGCAGGAGGGTGTTTCTGTTTGGCGGCCCAAAACGGGTCAAACTCACCTGCTTCCTTCATATATGTCAACTTGGCTTCCTCCTCAGGCACATTTCAGCCATCTGGCTGGGATTCTGTGTGTGGTGGCGGCGAGAGAAAGGGTCTGAGTACGCAGTATATCTAACCCATGACCTCAGCATGCTCCGGCTTATAGAAACGTTCTGTGAGAGCGCTCCTCAGCTATCCCTTATGATTTACATCATGCTGCACACCAACCAGGCCAGGACTATCCAATGTGTGAGTGCGATCGCTTCCACAACATCAATAGCTTGGATGGTGGTGGACTATCATCGCTCACTGCGCTCCTTCCTGCCTGACAAGAGCAAACAGGGATGGCTCTCTTCTGCAGTTTACTTCCTGTGGAACCTGCTGCTCATTGCCTCGAGAGTGGTCACTGTGGCCCTTTTCGCCTCCGTCCTCCCTTACTACGTCGCTGTTCACTTCTTCTGTATTTGGCCTGTGTTTGTCCTCTGGGCTTGTCTGCAGGGGACCAACTTTATGGACAGTCGCACTGGGGAATGGCTGTACAGGGCCACTGTAGGGCTTATATGGTACTTCAGCTGGTTTAACGTAGCAGAAGGTAAGACCAAAGGGAGGAGTATAATTTATCACTTGTTTATAATTACAGACAGTGGAATTTTGCTCTTCACGTGGTGGTGGCTCAGGGATCTGGAGAAAACGCAATCATACACCTTCTATCTGCTCATCTTCATCCCCCTTTCATATATCATGGGTCTCCTGATCAAAGCGCTATATTATTGCTGCTTCCACCCAAAGCTGTGGCAGCCAGTGGACACAGGAAAAGTTCCAGATGATGCACCGGACACTATAGTGGCTCTGAATGTTTCTGTTGAAGCAGACACTTCCGACCAAGAGTTTGTAAACAGGAGAATGGCCAAACATGTCAATAACTTTTACAGCATGACGACGCATGGCTAAGACAAATGGCTGAGGAGAGATGAGCAAAGTGAAGCATGTACATAGTGTCTGTTATGATTGAGTTATTTGTAGTGTGCTGGAGTTTTTATACTGTTACAAATGTAGGTAAAAAGGGAAGTATTTTATGAGCAGGCAAGATAAAATTAACCTAGATTAAGACTTAGACTAAAACAGATTTCAATTGCACCATtcatgccattttttttttagaaactgcTGCTAAACTGGAAAAATGTTACAGAACACATGCAAAATatcattttaacataatttgTAAAAATGCCTAGATTTAAGAgtgataataatttaatatgacATTTAATATGTAGTCTTTTCTGATACAGTCCTCGCTCTGATCACCAATacaaactgagatttttaaaaccaaaaataatatactatattattttgGAGTCAGAGCCATCTCATGTCAGTATTTGGCATTCTTAGCATAATTTAGATTTTCAGTGGCAGAAATgaatgctgttaaaaaaaaaatagtcacttcatcacattctgtggtaaatgaATATGTTCAGAAACCTGTGGGTCAGTTTCTAGAACAGGGATTAAGTCCAGGCATAAGCTGTGTAGCTCAATAATTACTTAGGTTAATCCATGTCTGGAAAAATGTCCTTCAGTGGTACatgctaaaaacaaacaaatagtatatatttgagtttagttactaaattgtttatttactaaaattcttaaaaatagaagtaaaatagtataaaatgtGCTTGTTTTAGTGCGGTGGACCGATTCAAGCAATCAAACAGTCTTGCTCCATGGCAAATATTATAGTAACTTCTGTAGAGAAGTTTAGAGAGGTTGTTAATTGTATGTCACCTTGAATAATCCCTGAATCACTGGGGTCAGCACCCAGCCTAATGTAGAGATAGCAGTTTAGTCAGATCAAAGCATTAATCATGAGCTAATAATAAGTATGAATGTGTTGAAGAAAGGATAAACACTAAGCATTTTTCAACATGATCTCAGTATCTGTAGTCAACTGTTGATCCTCACAAACAACAGTGTTACAAATAAAGATGcactgaaataaacatttatggcTGAAATAAAGCACAAGGAAATAGTTGCACGATGAAAACTAagccttttattattattatttgttttccacaactaaataaatgtaatagcCTACATCTATTTGTCTTGCATCTCACAGAAAATGaaactaaatgaaaaatatttattaaacatttaattttttaatatctctgccgacaaaccaacacaacacaatataaTGCAATCATACATTTCTCAGCACTGCTGCTCTACTCATAATATACTTTAGCTTTGCTACTCAAGAGAGACATCCAGTTACGTGCCATCTATTCATAAATGTACTTTATGAAAACAGTTACAGGTTGATCAtacatgtacctcagtagtgccattcttataatatatttacctcagcagtgctaatctAGTTATGTCATttgaaatttacacagagaaaagcAACCAGACTTTAGGCAAACAAAcacatgctagctagctaacgttactattCTACAATCTTAGATATTTACAGTTTGTACCTTTAAGCTGGAAAACAGACTGTTTGTGTAGAGGTGTTAAACTAAATAGAGTGATGCCAAGCGCATAAATGACACTGAactagatttaatttaatttttgcaagtacactgcaatatgacttaaaataagttaTTGTTCACTATTAGTGTTTTCACCTATTCAGCTGAACAGCGAAAGTACATTTGCCGATAATAattttttggttgccaaatatctATAAAGTGTATTTTGTCTGGCACCTAATTTTTTGTACTGTAACTAAACACCGAGAGTTTAATGTGTGTGGTAATGACTGTGTGCTACAGTTGTGGCTGATAAAGCAATTAAATCTGAATGCTGGAGTAactttctataaataaataataacctcAACGCACTTAGTAGGGTTAAGAACACATTTCAGGTTTGAGCACATCTGTGGTATTCTGTAAAAAGTTTAcagtttgtttacatttttaatgttacatgttgctatttttgtatatttgatcCTTATTGCTGTATCCTTATATTAACTCTTAGtgagttaatataaaaatgtctcAGAATTGCTAGGTTTACAGGTTAAGGACACATTGGCCCAAGCATGATATACTTTTatgtcaaaaagaaaaaaataaatgttttttatgatgAGCAAATACCTGCTTATTTATCCACCCATGATGATGTATTGTTAGTTTGTAAATACCAACACTTAGGCCTTTCACGATAATTATATTATCCACTTATTGTACAATGGACCTCTAAGAATAAGCAGTGGTTCCTGGAAGGGTGTGGCTAAAGTGCATTAGTTCATTAAACCAGTGATGGATATCAGGACATTATAGGttgaattaaattttttatattttgctgtACGATTTCTGTTTGTCCGAGATCAAACCTGTTTCACTTTTAAGCTAAGTGTTGAAGCATCAAGCGCTGATGGAGGCACTACATCAGACTGTTGAATATTTCATGGCATGCTATTGTTTTTAATGTGGGTTCctgcctctttattttttgtatatcttTATCCTATCTGCAGCAGGACAGAAAGCCAGatctttttaattataatacCATTAAAACATGTGGAAAGTTGTGCTGCCTTTTATATATGGGTTGTTTGACCTGAatgttattaatggttatttaaATTTATACTGCTAcatttgaatgtaaattatttgttGGAAAGTTTGTTACACATCAAAGATGTTACAATGTATTCTTGATTTTGTCACAGTACACAGCACTACATTAAGCCTAGAATAAGATGACCTATACAGGTCAgttgctgtcacacaaaaatattgtattttatgttcTTTAAATTGTATCACAATTGCATGATAAAtgatagaaaatagaaaatatcaaATAAGAATTTCTAAATAAAATCTTGTATACTG

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU267842 lncRNA upstream 988 13378047 ~ 13438504 (+) True G197331
TU267843 lncRNA upstream 57119 13378047 ~ 13382373 (+) False G197331
TU267846 lncRNA upstream 57119 13378047 ~ 13382373 (+) False G197331
TU267852 lncRNA upstream 110783 13324386 ~ 13328709 (+) False G197334
TU267827 lncRNA upstream 154975 13281682 ~ 13284517 (+) True G197325
TU267861 lncRNA downstream 6596 13453819 ~ 13475449 (+) True G197341
TU267963 lncRNA downstream 119145 13566368 ~ 13567811 (+) True G197406
TU267967 lncRNA downstream 139010 13586233 ~ 13605958 (+) True G197410
TU267969 lncRNA downstream 141782 13589005 ~ 13593041 (+) True G197411
XR_002651690.1 lncRNA downstream 206461 13653684 ~ 13658560 (+) False LOC103039008
XM_022683075.1 mRNA upstream 119801 13301895 ~ 13319691 (+) True LOC103042102
XM_007254725.3 mRNA upstream 140613 13289714 ~ 13298879 (+) True chtop
XM_007254718.2 mRNA upstream 323521 13114501 ~ 13115971 (+) True LOC103032168
XM_015607231.2 mRNA upstream 328731 13099037 ~ 13110761 (+) False LOC103031854
XM_007254733.3 mRNA downstream 7480 13454703 ~ 13463236 (+) True LOC103036495
XM_007254751.3 mRNA downstream 16076 13463299 ~ 13468103 (+) True LOC103042421
XM_022683083.1 mRNA downstream 212664 13659887 ~ 13666328 (+) True LOC103043039
XM_022683084.1 mRNA downstream 212664 13659887 ~ 13666328 (+) False LOC103043039
XM_007254742.3 mRNA downstream 223120 13670343 ~ 13794112 (+) True LOC103039331
TU267853 other upstream 76834 13324386 ~ 13362658 (+) True G197334
TU267673 other upstream 475148 12956860 ~ 12964344 (+) False s100a14
TU267630 other upstream 510968 12889358 ~ 12928524 (+) True LOC103029421
TU267531 other upstream 664996 12715368 ~ 12774496 (+) True G197106
TU267213 other upstream 2021904 11402194 ~ 11417588 (+) False mrpl24
TU268310 other downstream 1019196 14466419 ~ 14468882 (+) False tac1
TU268380 other downstream 1347197 14794420 ~ 14796728 (+) True G197665
TU268755 other downstream 2874780 16322003 ~ 16328158 (+) False ppp1r11
XR_002651696.1 other downstream 2897894 16345117 ~ 16359668 (+) True atat1
XR_002651698.1 other downstream 2977710 16424933 ~ 16430534 (+) True LOC111195522

Expression Profile