RNA id: TU2597


Basic Information

Item Value
RNA id TU2597
length 7387
RNA type TUCP
GC content 0.35
exon number 5
gene id LOC103030091
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035897.1
NCBI id CM008300.1
chromosome length 26953843
location 6513144 ~ 6554450 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

gcacacacacacacacacacacacacctCTACCTGCTCTCTCTGTTCTCAGTCTTCTTTACTGTGTTCAGTCAGTTCTACAGCAGAACCCCTCTCTGTGCGTCTGTCTGCTCACTATCTGCCCAGGCTCATTTTCCTTTGGTCTTAGTTTTTAAGAGGACCTCCTACCATTTTCAACATCAGATTCATAATTTATAACCTCATGCTAATGTTATCCCAACGTTAAAACAATGTGTTTGAAAGTTGTTGATTGGCTGGATCAGCTGCAGCAcgttggagctaaactgctgaagcGTCAGGTGGTGGTGGTTGACCAACACTTTGTAGGTTTCCTCATTTAAATAAGggtcatttttaaaacaagaaaaGGTTTATTCATGTTTCAATACAGAGTTTGGGCTTCAGATTGTTTTTATTGatagtttaataataaacagcaaTGATTACAGTATCGTTCAGCCCTAATTGCGATTAGAAATCTCTAGTCTGTAATAAACATCAAGGAGCATAaggggttaaaaataaatgtaagtttTAGGAGACGCACAGTTTCTCTAAATGGTCATCTCTCTCaactttaagataaaaaaaatataaataaatattactactactatttaaaGGTTGCTGAATATGACTTTAAAGGTAAGGGTGAGTAATATAGCCCTAAACAAAATAACATGATATATCAGGGTATCTTTGaatttaaatttcaaataattttaagaatttacTATTGcaaccaaataaatataaacgttttatgtagtgtatatatgtgtaatttCACATTCAGTAGAAGCAATGAAAActataaatgtttgtatttcATAAACAGTATCCTAACAATTTTGTACAAAACAATAATagtttaacaaaataataagtGTACCACAAAAATAAAGTTCAGCATATTTAGCGCATGCATATATACtgcaaactattattattatttttttaatgttgtcaAACATTTTTGCGGTTTTGTTGTGTACGATTCGGCACACCCTTATTCACAGGACGTACAATATCAAAGTAAATCAAAACCATTCAATGCTACAACCTTTTCATATCTACTAGATTTCTGCTACAACATATGCACaatatttacagaatttatCTATAATTTATCTGTTCTCTCGCAGACAAGCCCTGTAACAAAGTGGGTTAACTGTACTTTTTTACtgtaagtagttttttttttttttttatgtaacacaTTATCAGATCTCAATATCCTTCAAATCACCCacctcttctttatttttttacattagttcAGCGTTAGTGTGATGTTTCTGAATAGAGTCTGATGTTGGAAGATAGTAGAGCGTCACCTCAGTGTTtattcagcagtgctgctgttctGCGTCCTCATTAACTGCATTTGTCTAAAGTGTAACTGCTCACAGACAGATTGGCTACTCTAAAACACACTGTAGAACAGATACAGATGGGCACGGACAGAAGGAGGCTGTGCAGTGAATTAGTGTTCGTCACGTGATGAACAGTGAGCAGTTTGTCTGTCCCATTACTCCACCTGGGCCTGTGGATCAGCACCATCCTcagtgtgtcggtgtgtgtttACGTCTTAATGTTATTTCAGTATATTTGCTATATTATAGTTAGACTAATGGTTTTAGTTGAAATGACTTTGATTAATGTAGAAtgtagtttaatgttttattaaagctAAATACTGCACATTGGTTTGTGTTCAACCATAAATATACTGAAAGCATTTCTTGATGAATTTCTCGTCAAAATGGAGGGTCTCtctgcagtctctctctctgtgctttcTGTGCAAgttttgatctctctctctctctctctctttatctatctctctctatctatctatctctatacctcaatctgtctatctgtctctgctgctctctCTTGAAGTAATATCTAACTGTCTTTTCTCTCTAAGCTGTaacttctctctccctcttcctgaCGTTCCACTGCCTCTCTCTAAGCTATTCAGAGTTGGTATGAAATGTGGTAGCTCCACCCCCGCCTCATTTAtctcacttttctctctttgttattatgatttattatgatttattattattactactattataaTTCTTGTTATTTCTCTATCTATTTCTATAAAGTGTCCTTGTAATTTCTTTCTCCCATCATGGTTTCTTTCCCTAAACACACACTTGTGGGTTCTGTGGTTTTAAACATGACGTGCTGTCTGTTGATGCCCATAACTCTGCAAGGTGGTTTTCATGCCCACGACCTGCATGGCCTTTTTATCTCCTAATAATTAAAAAGGACAGATCGTCAGGCTAGCATTCCCTTTTAATCGAATGCTGAATCGCTGCCTCGCATTTCATACTCTGCCCAGCTTCAGCTACTAATTCAAGCTACCGAAGCCATTCTCTCTGCATGCCCTGTCCTTTCTCCCCCtcccaccaccagcaccaccactTCATTTCTATGCTGCAGTAAGTCTGTTTATATGTGCCTTACCCACGTTTGGTCTCGGGGGACTACATTTGGCACGATTAAAGCAATGTTCGGGAGCAGAaacaaaaggaaagaaaagagagcCCTGCCATTTCTGACCAAACTCCTGCATTTCCTGTGTACTgacctgtatttttatttttttgtccttttcccaactccttttttttcccccttgtTTTGTCCAACATTGCTTTTTACCCCTCTCCCACACCCCTTATCCCACCCCCTACCCTTTTACCCTCTTCCCCTTACACCCCCCTACCCCCCCGTTCATGCTTTGtgcctgaacacacacaaaaaaaaaaaacaacaaaccaaacatacaaaaacaaatgttcCTCCTCGGACCAACTTGCCCCAATTAACTGCCTTGACCCCCATGCTCCATGGTCACCTCACCATCCTGCGGGAAACCACCCTCCGTTATGGATGATCTGTTCATCTCCGCTCTACCTCGACTcttctctcttcctgtcttACGCTGCTTGCTCTTCTCTCCTTCTAAAGATGGTTACGCCCCAAAGTCTCTTTACCCTCTTCGGTATGTTATCGTTGGCAATCTAcctctttttaatttattgatttatttatttatttaattacttttgtcattttaatttatttcaggatttgacttattattattattattattattattattattattattattaattgttttctaaattttagctttattttaagtaaaaagttCAGAGCAATTTTTAGTTTATacagttcatttttttgttccattttttttccaaggaaaaaagaaagtaaatgcagttccttttttattttttattaacatttatttggattaattttcttaattaattaacctATTTTGGCTTCTAAAAGCCTGTGTCTCTatctttgctctctctgtctctcctcatATACAGCTTATCGTAATGCATGGTTGATTATTTTGCATGTaggcttttgttttttaactttGCCATAATCACTGAGCTCCTTTATTTGGGAGGGTCTATCAAACTATCAGAATGTGCTcttctctatttttttaaacactgttggATTCTTATGCTgtagatcatttatttattgagttatttattgatttgtttaGTTTGGGAAGATTGTGCCatcttcatctttattttattttgtttttatgtccGAACTCTAAAGTCTGTAAAGCACTAACTTGTCCTTCATGGTTCACTCTCTCCTCCTTCCCTCCTTTCCTCCCCTCTCCATCTGCCTCTCGCTTAACTGAAGGTGTGTATGGGGACGTGCAGCGCGTTAAGATCCTCTACAATAAGAAGGACAGTGCTCTCATCCAGATGGCAGATGGAAACCAGGCGCAGTTAGctATGAGCCACCTGAACGGCCAGAAGATGTACGGGAAGATAATACGCGTGACCCTTTCAAAGCACCAGACAGTGCAGCTTCCCAGAGAAGGACTTGATGATCAGGGCCTCACTAAAGACTTCACCAACTCTCCTCTGCACCGCTTTAAGAAGCCAGGCTCCAAGAACTTCCAGAACATCTTCCCTCCTTCAGCCACCCTCCACCTCTCCAACGTCCGtgaCGATGTGACCGAGGAGGACCTGAGACTCCTCTTCTCCAACTCTGGAGGCACAGTAAAAGCATTTAAGTTCTTTCAAGATCGTAAGATGGCTCTGCTGCAGATGTCCACAGTGGAGGAGGCCATCCAGGCCCTGATCGACCTCCACAACTACGACATGGGCAGAGGCCACCGCCTCAGAGTCTCCTTCTCCAAATCCACCATCTGAACATCTGACCATCTGAAGAACATCAGATCATGCTCTGAGCTGCACCCTTCACTCCCCACCCACTGCAGAGCATAGAGTGAAATCCATGTTGTATCAGTCATTCCTGAAGACCATATCACTATATCATTAACACACGGCATAGTGTTCATAGAGTCTCCTCTCTGTACAACCTGCTCCTCCTCGTCATTCGTGCGTCGGGCCAGCTGTTCTCCCCACGACAAAAAGGTGCCTTACGTACACAAAACAGCGTCATCTACTGTTTGTAATTTGCATACTCGTGAACTGGCGGTAGAAGTGTAGGCACGTtacgttcttttttttttctgtgaatgtTCTGTAGGATTTTAAATGTGGTactttttcaggtttttgtTAGTATTGAAGCATTTTAAATGCCCTTTCACACAGAGTCTGACATTTGTTTTGGTACTGTGCATCATAAACGGGGATAGAATCTCTGTTTCTCTAGTAAATGtccactctttctgtttctctgcttccTGTCTGCTTTAAATCTCTTTACTTTTCTCCTCCACACAAGTGCTCATTAGCAAGGGAAGCTAACGTTATGTGTGGTTCAGCTGCATAAGGTCACTGTAAAGAAATCACTGGCATCTATTCTTTAAAGCggcagtctgtaagttttggtgagagtgtgtaattgcactgagcatgctgAAAAGTACTATTAAAATCTGGATCTGCTGTCTTTTATCTTTACAACTTTTTTAAG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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU2555 lncRNA upstream 95579 6417323 ~ 6417565 (+) True G1916
TU2554 lncRNA upstream 98350 6413393 ~ 6414794 (+) False rwdd3
TU2538 lncRNA upstream 162132 6350511 ~ 6351012 (+) True G1902
TU2529 lncRNA upstream 179064 6333189 ~ 6334080 (+) True G1897
TU2504 lncRNA upstream 584447 5928157 ~ 5928697 (+) True G1873
TU2604 lncRNA downstream 3946 6558396 ~ 6565619 (+) True G1945
TU2606 lncRNA downstream 63902 6618352 ~ 6618666 (+) True G1947
TU2623 lncRNA downstream 115123 6669573 ~ 6669802 (+) True G1963
TU2622 lncRNA downstream 147650 6702100 ~ 6706375 (+) True G1962
TU2637 lncRNA downstream 278486 6832936 ~ 6833305 (+) True G1975
XM_007238862.3 mRNA upstream 98418 6408846 ~ 6414726 (+) True rwdd3
XM_007238864.3 mRNA upstream 107162 6381793 ~ 6405982 (+) True LOC103031157
XM_015602894.2 mRNA upstream 107162 6381824 ~ 6405982 (+) False LOC103031157
XM_007238863.3 mRNA upstream 107187 6381786 ~ 6405957 (+) False LOC103031157
XM_022677903.1 mRNA upstream 185233 6317305 ~ 6327911 (+) True LOC111194277
XM_007238801.3 mRNA downstream 392373 6946823 ~ 6961558 (+) True LOC103037029
XM_015602872.2 mRNA downstream 460858 7015308 ~ 7020982 (+) True LOC103041009
XM_007238807.2 mRNA downstream 627332 7181782 ~ 7188573 (+) True LOC103039155
XM_022679483.1 mRNA downstream 627332 7181782 ~ 7188573 (+) False LOC103039155
XM_007238809.2 mRNA downstream 627332 7181782 ~ 7188573 (+) False LOC103039155
TU2373 other upstream 809961 5700924 ~ 5703183 (+) False pnkp
TU2210 other upstream 1335832 5171375 ~ 5177312 (+) False LOC103026740
trnav-aac other upstream 1764864 4748208 ~ 4748280 (+) True trnav-aac
TU1521 other upstream 2526416 3981824 ~ 3986728 (+) True G1127
TU1480 other upstream 2717193 3795031 ~ 3795951 (+) False kcne4
XR_002651195.1 other downstream 607796 7162246 ~ 7167800 (+) True LOC111194639
TU3040 other downstream 2005616 8560066 ~ 8560478 (+) True G2304
TU3112 other downstream 2178273 8732723 ~ 8734952 (+) True G2358
TU3168 other downstream 2390029 8944479 ~ 8947316 (+) False lyrm9
TU3170 other downstream 2390029 8944479 ~ 8957392 (+) True lyrm9

Expression Profile